genome.fa.s1991.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001991.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004072_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2373627

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160271--2160316	23	2.0	24	95	4	85	2	21	4	71	1.14
2160273--2160323	23	2.2	23	89	6	77	1	21	5	70	1.18
2164914--2165002	45	2.0	43	82	8	108	68	3	8	19	1.31
2164930--2164985	20	2.8	19	75	15	60	67	1	8	21	1.27
2165154--2165189	19	1.9	18	88	5	54	61	2	2	33	1.25
2165425--2165460	2	18.5	2	88	5	56	50	2	0	47	1.15
2165859--2165955	37	2.6	37	85	0	122	35	11	12	41	1.79
2169808--2169963	31	5.0	31	94	1	251	38	23	17	20	1.93
2171211--2171259	26	2.0	25	84	8	64	38	18	6	36	1.76
2172950--2172997	22	2.2	22	81	7	53	25	6	0	68	1.12
2176529--2176559	15	2.1	15	100	0	62	38	9	25	25	1.86
2177914--2177962	20	2.5	20	93	0	80	24	26	10	38	1.87
2183588--2183637	26	1.9	26	84	8	66	30	4	6	60	1.39
2185288--2185348	26	2.5	23	75	14	68	34	19	1	44	1.61
2187646--2187691	19	2.4	19	92	0	74	36	19	30	13	1.90
2187988--2188507	259	2.0	260	99	0	1033	30	13	24	32	1.93
2190963--2191023	23	2.7	23	92	0	104	29	27	26	16	1.97
2194692--2194728	19	1.9	19	94	0	65	32	18	18	29	1.96
2195766--2195882	36	3.3	36	89	1	173	32	24	23	18	1.97
2200015--2200072	28	2.1	28	86	0	80	39	8	6	44	1.62
2202820--2202858	21	1.9	21	89	5	62	69	7	7	15	1.35
2204086--2204139	21	2.7	19	78	13	63	33	16	25	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206664--2206753	26	3.5	26	96	0	162	23	18	13	44	1.85
2207410--2207507	51	1.9	51	91	0	160	34	5	18	41	1.72
2207694--2207728	18	1.9	18	94	0	61	22	0	0	77	0.78
2208168--2208286	41	2.9	41	93	1	204	37	14	17	30	1.90
2210126--2210159	17	2.0	17	100	0	68	35	11	11	41	1.78
2215442--2215482	21	2.0	21	90	0	64	17	26	17	39	1.91
2215479--2215590	20	5.6	20	77	9	120	36	24	20	18	1.95
2215479--2215589	40	2.8	40	87	1	159	36	24	20	18	1.95
2216147--2216225	20	3.9	21	86	5	94	51	17	18	11	1.75
2216245--2216376	19	7.1	19	82	11	148	12	23	20	43	1.85
2218053--2218432	94	4.1	94	93	1	629	22	12	18	47	1.81
2218265--2218297	17	1.9	17	88	11	50	24	15	15	45	1.84
2218767--2218859	42	2.2	42	84	0	123	21	37	16	24	1.93
2218778--2218889	21	5.3	21	65	7	57	23	33	19	23	1.97
2220243--2220278	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2220385--2220435	14	3.1	17	72	21	54	45	17	23	13	1.84
2220385--2220464	33	2.4	33	93	0	133	46	21	21	11	1.82
2220385--2220443	19	3.4	19	73	22	74	45	18	22	13	1.84
2220470--2220529	19	3.4	19	71	21	67	11	23	20	45	1.83
2220531--2220604	20	3.7	20	81	0	94	21	20	22	35	1.96
2220530--2220606	40	1.9	40	91	0	127	22	19	22	36	1.95
2220533--2220618	20	4.3	20	79	8	77	23	19	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220533--2220618	40	2.2	40	86	0	118	23	19	22	34	1.96
2228179--2228204	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
2232786--2232810	13	1.9	13	100	0	50	56	24	8	12	1.62
2233242--2233660	205	2.0	209	97	2	801	45	20	13	21	1.84
2235379--2235426	25	1.9	25	100	0	96	45	0	4	50	1.21
2237661--2237721	31	2.0	31	86	0	86	40	6	8	44	1.60
2254339--2255445	182	6.2	183	81	9	1304	43	13	15	27	1.84
2254279--2255362	345	3.1	344	87	5	1602	43	13	15	26	1.84
2255831--2255893	19	3.3	19	88	4	90	52	0	12	34	1.40
2257442--2257492	9	5.7	9	80	0	57	37	7	49	5	1.56
2257442--2257479	18	2.1	18	95	0	67	36	5	52	5	1.47
2257867--2257906	18	2.2	19	86	4	55	57	0	37	5	1.21
2259371--2259420	19	2.6	19	90	6	75	26	4	10	60	1.47
2259792--2262389	199	13.0	199	93	0	4377	41	15	15	27	1.87
2264008--2264053	6	7.7	6	90	0	56	41	4	32	21	1.73
2264008--2264057	12	4.2	12	89	0	64	40	4	32	24	1.73
2264008--2264057	18	2.8	18	90	0	73	40	4	32	24	1.73
2265285--2265341	24	2.3	24	87	3	78	36	0	14	49	1.43
2265537--2266448	198	4.7	198	82	9	1182	41	16	14	27	1.87
2265790--2266351	177	3.1	177	87	7	745	41	17	14	26	1.88
2265592--2266351	374	2.0	375	93	2	1305	41	16	15	26	1.88
2265966--2266453	199	2.5	199	90	4	770	42	15	14	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2270153--2270654	182	2.8	182	91	0	828	42	13	15	28	1.85
2271179--2271341	87	1.9	87	93	0	281	31	14	12	41	1.83
2271263--2271307	23	2.0	23	90	0	72	37	17	8	35	1.81
2272002--2272102	27	3.1	34	67	20	90	61	3	2	31	1.29
2277290--2277360	18	3.8	18	81	7	88	30	32	16	19	1.95
2278924--2278981	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
2280054--2280090	5	7.4	5	100	0	74	0	0	81	18	0.70
2280095--2280127	6	5.8	6	86	13	52	30	0	69	0	0.88
2280095--2280129	10	3.3	10	92	8	52	28	0	71	0	0.86
2280189--2280246	2	31.0	2	75	25	56	48	1	1	48	1.22
2280198--2280251	21	2.6	21	85	11	83	48	1	1	48	1.23
2280597--2280667	22	3.2	22	67	15	56	61	7	5	25	1.43
2280574--2280668	44	2.2	44	96	0	172	63	6	5	25	1.40
2281658--2281737	40	2.0	40	90	4	126	30	16	17	36	1.92
2283600--2283684	32	2.7	32	82	10	102	32	10	20	36	1.87
2287371--2287414	18	2.5	17	82	7	52	22	2	4	70	1.17
2293810--2293841	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2297565--2297600	16	2.2	16	100	0	72	11	30	27	30	1.91
2302971--2303020	19	2.6	19	93	0	82	38	10	16	36	1.82
2303041--2303084	21	2.1	21	86	0	61	27	20	20	31	1.97
2303682--2303734	24	2.2	24	90	3	81	28	26	22	22	1.99
2303857--2303900	23	1.9	23	95	0	79	27	27	29	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2308353--2308456	5	19.2	5	69	25	54	72	0	7	20	1.09
2308349--2308456	11	10.0	11	74	23	70	71	0	7	21	1.10
2308410--2308451	8	5.2	8	80	11	50	78	0	4	16	0.91
2309232--2309296	26	2.5	26	94	0	112	18	0	47	33	1.49
2309273--2309305	17	1.9	17	93	0	57	15	0	54	30	1.41
2310789--2310852	20	3.4	20	66	29	59	46	18	3	31	1.65
2310744--2310853	35	3.1	35	88	3	141	45	18	3	32	1.67
2314885--2314916	16	1.9	17	93	6	57	37	21	3	37	1.70
2315323--2315442	35	3.3	37	84	6	156	45	18	3	33	1.66
2315370--2315433	20	3.4	20	66	29	59	46	18	3	31	1.65
2316274--2316339	20	3.2	20	64	16	53	25	10	10	53	1.68
2316256--2316342	42	2.1	42	97	0	165	24	10	12	52	1.70
2317778--2317838	3	20.0	3	90	9	97	32	1	32	32	1.68
2318589--2318636	25	1.9	25	82	0	60	33	20	4	41	1.72
2319597--2319664	31	2.2	32	83	2	84	35	11	17	35	1.87
2321616--2321729	39	3.0	39	91	3	180	52	7	11	28	1.65
2325552--2325585	10	3.4	10	95	0	59	58	14	11	14	1.63
2333169--2333212	22	2.0	22	90	0	70	40	13	22	22	1.89
2333705--2333764	17	3.4	18	76	21	56	33	16	0	50	1.46
2334076--2334110	18	1.9	18	100	0	70	28	34	17	20	1.95
2335132--2335170	20	2.0	20	89	0	60	28	28	30	12	1.93
2335552--2335612	20	3.0	20	97	0	113	40	11	13	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2342493--2342523	14	2.2	14	100	0	62	45	12	6	35	1.68
2345649--2345673	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2349960--2350017	29	1.9	29	89	6	89	32	22	17	27	1.96
2351861--2352173	41	7.6	41	76	5	231	30	17	16	35	1.92
2351976--2352182	82	2.5	82	84	1	272	30	20	15	33	1.94
2355439--2355497	21	2.8	21	81	0	73	22	5	18	54	1.63
2355609--2355877	43	6.2	42	76	6	243	26	21	19	32	1.97
2355682--2355859	84	2.1	85	84	3	225	25	22	18	33	1.97
2358815--2358888	37	2.0	37	91	0	121	45	16	27	10	1.80
2359836--2359862	10	2.7	10	100	0	54	88	0	11	0	0.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13