genome.fa.s1991.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001991.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004072_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2373627

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171801--171834	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
174259--174294	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
174611--174654	20	2.2	20	95	0	79	13	20	25	40	1.89
176494--176543	4	12.5	4	82	0	64	68	4	2	26	1.18
176766--176815	21	2.4	21	89	0	82	34	32	16	18	1.92
178488--178541	20	2.7	19	83	8	72	46	22	16	14	1.84
179038--179222	20	9.2	20	72	11	121	21	14	21	42	1.89
179087--179222	40	3.4	40	77	8	150	20	13	22	44	1.86
179071--179221	80	1.9	80	90	0	239	21	13	21	43	1.87
179191--179258	20	3.3	20	63	4	55	26	16	22	35	1.94
184010--184038	14	2.1	14	100	0	58	51	20	0	27	1.47
185563--185589	11	2.5	11	100	0	54	18	14	18	48	1.82
188340--188727	157	2.5	156	77	11	377	27	19	6	46	1.73
190880--190952	2	36.5	2	100	0	146	50	0	0	49	1.00
191731--191777	24	1.9	25	91	4	78	51	14	25	8	1.71
211450--211572	29	4.3	31	66	18	86	32	5	2	59	1.34
211441--211570	25	4.9	25	73	14	91	34	5	2	57	1.34
211441--211562	54	2.3	53	80	4	136	36	4	1	56	1.31
211465--211570	29	3.8	29	75	16	107	32	5	2	59	1.35
211580--211690	31	3.6	30	79	8	116	50	2	9	37	1.48
214845--214896	22	2.3	22	96	3	95	42	5	15	36	1.71
215276--215350	31	2.4	31	80	6	80	34	17	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233372--233410	20	1.9	21	89	5	62	25	38	25	10	1.87
237199--237266	28	2.5	28	83	7	86	23	7	2	66	1.31
237864--238232	131	2.8	130	77	3	393	32	11	15	40	1.83
239191--240593	704	2.0	694	88	1	2072	33	10	16	39	1.83
240577--240671	19	5.0	19	88	0	127	45	7	17	29	1.76
240725--240758	12	2.8	12	81	0	50	52	0	20	26	1.46
242109--242196	44	2.0	44	95	0	158	25	18	9	47	1.77
246977--247002	13	2.0	13	100	0	52	38	7	30	23	1.83
248062--248098	18	2.1	18	100	0	74	27	16	45	10	1.80
248065--248104	18	2.2	18	90	0	62	25	17	50	7	1.72
248175--248213	2	19.5	2	94	0	69	51	0	0	48	1.00
248338--248366	12	2.5	12	94	5	51	62	10	0	27	1.28
248234--248418	75	2.5	75	81	7	214	52	14	5	27	1.62
255468--255526	15	4.1	14	74	8	57	67	3	3	25	1.21
260651--260684	16	2.1	16	88	0	50	23	5	8	61	1.47
270713--270788	40	1.9	39	86	7	109	38	15	17	28	1.90
271688--271991	124	2.4	124	89	2	457	31	17	27	23	1.97
272716--272870	36	4.3	36	90	3	240	36	24	20	18	1.95
272716--272904	36	5.2	36	85	5	186	36	23	20	20	1.95
272716--272904	72	2.6	72	85	5	220	36	23	20	20	1.95
273284--273631	51	6.6	52	80	9	350	32	19	25	22	1.97
273274--273583	103	3.0	101	84	6	370	32	20	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273620--273899	55	5.2	54	80	5	264	31	13	27	27	1.94
273620--273852	108	2.2	108	88	0	340	30	13	28	27	1.94
273620--273901	108	2.6	108	84	2	298	31	13	27	27	1.94
280463--280637	91	1.9	92	90	1	280	24	20	16	39	1.92
280222--280878	332	2.0	331	90	3	1045	24	20	17	37	1.93
281155--281307	76	2.1	73	86	3	207	38	13	20	26	1.90
281239--281328	36	2.5	36	81	3	101	40	15	20	24	1.91
281295--281386	48	1.9	48	90	0	148	32	14	21	31	1.93
281367--281774	119	3.4	120	93	1	694	42	11	16	29	1.83
281692--281760	23	3.3	23	64	35	64	40	14	13	31	1.84
281367--281774	40	10.2	40	94	1	685	42	11	16	29	1.83
281364--281774	159	2.6	159	94	0	723	42	11	16	29	1.83
281748--281968	76	2.9	76	86	1	309	40	14	12	32	1.83
282776--282821	20	2.3	20	92	0	74	26	28	17	28	1.98
295181--295231	27	1.9	27	88	4	77	50	3	7	37	1.50
296414--296641	120	1.9	121	90	5	374	38	11	13	37	1.80
297025--297060	11	3.4	11	88	7	56	47	0	0	52	1.00
304618--304643	10	2.6	10	100	0	52	65	0	0	34	0.93
304607--304652	22	2.1	22	84	8	58	60	0	0	39	0.97
305821--305877	27	2.1	27	87	6	80	47	1	0	50	1.11
306521--306665	72	2.0	72	90	0	227	35	8	16	39	1.79
306629--306799	83	2.1	83	85	2	227	41	11	14	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309750--309780	6	5.0	6	96	4	53	48	19	0	32	1.49
314299--314359	20	3.1	19	72	6	59	50	8	4	36	1.54
324131--324179	24	2.0	24	92	0	80	14	22	2	61	1.43
328708--328972	55	4.8	55	74	8	182	27	23	16	33	1.96
329018--329139	42	2.9	42	71	4	122	33	21	21	23	1.97
329155--329196	21	2.0	21	86	9	59	28	19	2	50	1.60
329104--329657	172	3.2	172	93	1	903	31	19	14	34	1.92
329608--329725	42	2.8	42	88	3	159	32	23	21	22	1.98
329603--329741	42	3.3	42	84	3	156	30	22	24	22	1.99
329868--329961	42	2.3	41	79	3	107	29	19	20	30	1.97
329472--329940	257	1.8	256	91	2	771	32	19	15	31	1.94
330079--330211	34	3.9	34	87	5	178	21	19	23	36	1.95
336187--336251	6	10.8	6	100	0	130	49	16	16	16	1.80
346148--346174	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
347252--347300	21	2.3	21	100	0	98	46	20	4	28	1.68
347245--347301	21	2.4	24	77	22	75	47	22	3	26	1.67
350916--350945	15	2.0	15	93	0	51	13	0	30	56	1.37
352255--352344	45	2.0	45	91	0	144	23	8	26	41	1.84
356123--356152	15	2.0	15	100	0	60	46	26	13	13	1.80
360355--360389	17	1.9	19	88	11	56	14	0	8	77	0.99
362331--362499	44	3.8	44	86	6	248	21	3	7	68	1.30
362331--362409	25	3.4	25	66	25	73	18	5	7	68	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
362331--362499	92	1.9	89	90	3	266	21	3	7	68	1.30
363739--363850	20	5.5	21	77	17	89	38	25	16	19	1.92
365872--365966	21	4.5	21	95	0	172	34	40	14	10	1.81
366137--366232	21	4.5	22	69	10	58	22	11	32	33	1.90
366575--366645	21	3.4	21	82	0	88	19	35	22	22	1.96
367931--368000	20	3.5	20	96	0	122	11	18	25	44	1.83
368147--368233	20	4.4	20	91	2	115	47	26	13	12	1.79
368230--368273	20	2.2	20	92	8	72	18	20	25	36	1.95
371685--371722	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
371860--372108	20	12.6	19	70	14	80	30	13	21	34	1.91
371890--371968	40	2.0	41	87	2	115	36	12	20	30	1.90
372548--372640	21	4.6	20	75	4	87	37	18	24	19	1.94
372545--372640	41	2.3	41	94	0	174	38	17	23	19	1.93
372548--372640	20	4.6	20	75	4	87	37	18	24	19	1.94
372567--372701	41	3.3	41	80	6	114	37	20	21	20	1.95
372629--372723	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
372911--372954	22	2.0	22	100	0	88	22	45	13	18	1.84
373219--373256	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
374576--374620	18	2.5	18	82	7	56	26	40	15	17	1.90
375093--375138	20	2.3	20	88	0	65	36	26	21	15	1.93
375132--375181	19	2.6	19	90	0	82	46	20	20	14	1.84
375193--375250	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
375188--375266	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
375207--375324	20	6.4	19	77	11	95	13	20	24	41	1.88
377325--377411	19	4.8	19	89	10	139	47	17	21	13	1.82
377296--377411	33	3.4	33	84	11	151	43	19	22	13	1.86
377430--377507	20	3.9	20	96	0	138	16	23	23	37	1.94
378567--378620	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
381112--381304	33	5.8	33	84	4	273	42	19	22	15	1.89
381113--381311	66	3.0	66	95	0	353	41	18	22	17	1.90
381487--381523	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
382877--382943	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13