genome.fa.s2352.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002352.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004797_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2012169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1845--1954	37	3.0	37	85	2	159	40	20	15	22	1.90
1951--2210	47	5.5	48	87	4	359	28	20	15	34	1.94
1950--2210	95	2.8	95	88	3	368	29	20	15	34	1.94
2210--2331	65	1.9	65	89	0	190	28	23	17	30	1.97
3804--3828	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
4448--4543	48	2.0	48	100	0	192	22	22	20	33	1.97
8295--8441	78	1.9	78	92	0	249	48	16	11	23	1.78
8572--8611	20	2.0	20	90	4	64	12	10	45	32	1.75
8919--9014	42	2.3	42	82	7	106	31	22	18	27	1.97
9003--9138	41	3.3	40	73	8	105	41	16	13	29	1.86
16754--16794	21	2.0	21	90	0	64	43	14	0	41	1.45
18460--18529	35	2.0	35	94	0	122	22	32	27	17	1.96
18964--19033	34	2.1	34	86	5	99	31	14	28	25	1.95
24592--24637	22	2.1	22	87	0	65	60	4	4	30	1.35
26033--27151	345	3.2	347	90	1	1764	36	11	13	37	1.82
26033--27116	519	2.1	518	91	2	1757	36	12	13	37	1.83
26033--27151	174	6.5	174	90	1	1723	36	11	13	37	1.82
28464--28519	27	2.1	27	93	0	94	28	8	16	46	1.77
29243--29282	19	2.0	20	95	4	73	35	5	17	42	1.71
29247--29293	20	2.4	19	85	3	58	38	8	17	36	1.80
29987--30066	22	3.6	22	94	0	133	23	26	22	27	2.00
34073--34128	29	1.9	29	85	0	76	39	5	19	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34124--34276	25	5.7	25	73	13	74	35	5	13	45	1.66
34197--34254	29	2.0	30	86	3	82	31	5	15	48	1.67
34074--34276	107	1.9	108	82	6	259	35	5	14	44	1.69
34944--35063	24	5.0	24	75	0	114	25	17	16	40	1.90
34957--35063	48	2.2	48	94	0	187	24	17	16	41	1.90
36276--36313	3	12.7	3	100	0	76	65	0	34	0	0.93
37901--38001	31	3.3	30	91	2	157	51	8	11	27	1.68
40566--40638	33	2.2	33	87	4	103	13	6	34	45	1.71
44492--44522	14	2.2	14	100	0	62	22	0	58	19	1.40
56581--56635	15	3.7	15	79	13	60	78	0	14	7	0.96
56578--56637	26	2.3	26	85	5	77	78	0	15	6	0.95
57916--59640	56	31.0	56	86	1	2221	33	17	25	24	1.96
66504--66590	23	3.9	23	86	4	106	41	19	11	27	1.86
67348--67395	20	2.3	21	85	3	71	20	16	12	50	1.78
67655--67716	26	2.4	26	82	15	67	48	1	1	48	1.21
69329--69440	35	3.2	35	87	3	136	40	21	0	37	1.60
72858--72905	18	2.7	18	84	9	62	77	6	0	16	0.97
72996--73037	22	1.9	22	85	9	59	52	4	9	33	1.55
73284--73343	27	2.3	26	82	2	66	65	5	6	23	1.37
73332--73374	2	22.0	2	90	4	70	51	2	0	46	1.13
73332--73381	14	3.7	14	89	5	68	52	4	0	44	1.20
74889--75752	105	8.4	105	94	2	1472	23	17	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87216--87259	17	2.6	16	83	16	54	68	4	4	22	1.27
87389--87436	22	2.1	24	84	7	64	52	2	6	39	1.39
98260--98535	55	5.0	55	87	1	358	25	19	20	35	1.96
98862--98905	20	2.2	20	100	0	88	25	31	15	27	1.96
101196--101234	20	2.0	20	89	0	60	51	12	10	25	1.71
104303--104356	7	7.7	7	95	0	99	0	40	0	59	0.98
109307--109619	157	2.0	153	91	4	502	31	22	12	33	1.91
112991--113022	16	2.0	16	100	0	64	31	18	12	37	1.88
117091--117217	47	3.0	41	75	13	128	38	18	14	28	1.90
117098--117194	47	2.1	47	86	0	131	39	16	16	27	1.90
117091--117266	41	4.1	41	76	13	131	39	17	14	28	1.88
121246--121272	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
129152--129316	64	2.6	64	79	8	165	29	16	23	31	1.96
132705--132740	7	5.1	7	100	0	72	30	27	13	27	1.94
133212--133305	10	9.0	10	67	20	50	70	3	3	23	1.17
142239--142288	22	2.2	22	82	3	55	18	26	28	28	1.98
149772--149967	95	2.1	94	87	3	286	33	18	16	32	1.93
154036--154113	38	2.0	40	80	9	90	70	1	5	23	1.14
154108--154253	35	4.4	31	76	14	116	42	7	5	44	1.56
154109--154327	36	6.3	34	77	13	198	42	7	4	45	1.52
154694--154746	18	2.9	18	80	0	70	52	11	3	32	1.55
156875--156969	34	2.8	35	90	7	135	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156887--156969	34	2.5	34	94	3	143	40	0	0	59	0.98
158599--158724	35	3.6	35	76	0	108	33	20	17	28	1.95
164550--164590	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
164661--165289	128	4.9	128	93	0	1071	23	24	19	32	1.98
165344--165415	32	2.2	32	82	4	83	48	2	13	34	1.57
165688--165785	32	3.0	34	79	8	121	39	3	3	54	1.32
166288--166339	21	2.5	21	84	12	79	21	26	34	17	1.95
166343--166390	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
168123--168202	30	2.6	31	80	9	76	60	2	0	37	1.11
168114--168195	34	2.5	31	84	9	94	58	2	0	39	1.11
168150--168202	15	3.6	14	74	20	54	64	3	0	32	1.12
172395--172444	23	2.1	24	85	10	68	38	2	8	52	1.43
174282--174970	197	3.5	200	82	6	802	38	14	15	31	1.88
174991--175151	88	1.8	87	92	4	270	35	14	9	40	1.79
175940--176039	30	3.3	29	73	6	92	42	5	9	44	1.58
177862--177896	15	2.3	15	90	0	52	48	5	5	40	1.51
177986--178018	12	2.6	13	90	4	50	51	0	0	48	1.00
178748--178784	20	1.9	19	89	10	58	45	13	21	18	1.84
178928--178998	34	2.2	31	79	18	83	46	4	0	49	1.21
181155--181221	5	13.2	5	81	12	57	64	1	0	34	1.03
181156--181241	11	7.8	11	71	18	54	62	2	0	34	1.08
181140--181229	37	2.4	38	82	12	107	65	1	1	32	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181142--181243	37	2.8	34	81	14	98	63	1	0	33	1.12
181235--181290	17	3.2	17	78	14	60	42	5	5	46	1.49
181244--181290	20	2.7	16	79	20	58	40	6	6	46	1.55
181303--181572	74	3.7	74	75	11	261	43	9	2	44	1.50
181358--181535	37	4.9	36	76	11	157	44	8	1	44	1.44
181355--181497	72	2.0	73	83	2	180	42	6	2	48	1.42
181432--181560	37	3.6	36	78	11	115	47	10	1	41	1.47
204043--204099	21	2.7	21	94	5	98	28	29	19	22	1.98
204942--204984	21	2.0	21	81	0	50	34	23	13	27	1.93
207282--207327	23	2.0	23	86	0	65	17	21	26	34	1.95
208116--208177	22	2.9	22	73	2	63	20	20	12	45	1.84
215789--215830	2	21.5	2	95	4	77	52	0	0	47	1.00
220529--220570	21	2.0	21	85	0	57	28	0	26	45	1.54
222791--222865	28	2.7	28	93	0	132	32	32	14	21	1.93
222910--222968	21	2.8	21	78	0	64	37	23	15	23	1.93
223820--223859	15	2.7	15	96	0	71	35	30	12	22	1.91
237451--237496	18	2.7	16	84	15	65	36	0	0	63	0.95
237827--237877	22	2.3	22	96	0	93	35	7	13	43	1.73
248543--248571	15	1.9	15	100	0	58	55	3	0	41	1.17
248730--248771	20	2.1	20	82	8	50	33	9	14	42	1.78
263948--264002	28	2.0	26	89	6	83	10	30	18	40	1.85
267103--267159	28	2.0	28	89	0	87	14	35	12	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292335--292402	35	2.0	34	91	2	109	30	13	10	45	1.76
294816--294863	16	3.1	16	75	6	53	58	4	16	20	1.55
296381--296781	138	2.9	138	83	6	431	22	25	13	37	1.92
297752--297785	8	4.0	8	88	11	50	2	14	0	82	0.79
297743--297785	17	2.6	18	85	10	56	2	13	2	81	0.89
301846--301899	21	2.5	22	79	11	67	25	20	16	37	1.93
306155--306217	15	4.2	15	87	0	90	30	31	20	17	1.96
306155--306217	30	2.1	30	93	0	108	30	31	20	17	1.96
306302--306379	29	2.7	29	98	2	149	17	21	15	44	1.86
306734--306912	64	2.8	63	82	5	207	25	19	21	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10