genome.fa.s2352.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002352.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004797_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2012169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792897--792936	21	1.9	21	94	0	71	25	25	25	25	2.00
795513--795555	18	2.5	17	85	7	59	23	4	0	72	1.04
808600--808674	5	14.8	5	87	6	71	76	0	21	2	0.92
810499--810569	23	3.1	23	85	2	99	43	42	11	2	1.55
815443--815490	12	3.9	12	78	13	53	68	4	6	20	1.28
815444--815477	17	2.0	17	88	0	50	73	2	2	20	1.09
822734--822766	17	1.9	17	93	0	57	75	3	6	15	1.11
822733--822788	25	2.4	24	82	11	71	73	3	8	14	1.21
824153--824189	14	2.6	14	100	0	74	21	0	0	78	0.75
825964--826001	17	2.2	17	95	0	67	68	5	0	26	1.11
828649--828690	15	2.8	15	92	0	66	7	26	9	57	1.56
837159--837211	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
837201--837353	60	2.5	60	90	2	245	35	21	20	22	1.96
837201--837334	20	6.7	20	92	0	223	37	21	20	20	1.95
837923--837971	20	2.5	20	75	0	53	34	20	20	24	1.96
837999--838048	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
839924--840087	20	8.5	20	83	8	214	39	20	19	21	1.93
839924--840125	40	5.4	40	78	12	214	39	19	20	20	1.93
839927--840125	54	3.6	54	82	8	238	39	19	20	20	1.92
840137--840180	20	2.2	20	87	0	61	22	20	22	34	1.97
840248--840295	20	2.4	20	96	0	87	18	18	22	39	1.92
842219--842256	14	2.7	15	84	12	53	31	0	18	50	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842358--842433	33	2.3	34	88	2	109	39	18	25	17	1.91
842462--842551	20	4.4	21	86	6	132	17	22	24	35	1.95
844947--845000	24	2.2	24	90	0	81	38	22	18	20	1.93
845828--845943	20	5.8	20	87	6	105	23	20	22	33	1.97
845838--845924	40	2.2	40	93	4	149	21	19	20	37	1.94
845838--845943	40	2.6	38	81	11	122	22	19	22	34	1.96
848546--848591	10	4.6	10	88	0	65	36	34	0	28	1.58
848663--848700	19	2.0	20	94	5	69	28	0	5	65	1.14
848764--848806	21	2.0	22	90	4	70	16	51	4	27	1.64
848917--848986	24	2.9	25	91	6	110	21	2	2	72	1.10
848946--848983	20	1.9	20	84	10	51	23	2	2	71	1.12
852805--852895	30	3.0	30	76	10	96	16	4	38	40	1.68
852955--853074	51	2.4	51	85	0	150	24	30	27	17	1.97
857405--857469	19	3.4	19	77	10	69	58	1	3	36	1.23
858408--858437	14	2.1	14	93	0	51	40	16	0	43	1.48
862039--862102	30	2.1	30	94	0	110	51	10	3	34	1.53
862325--862414	32	2.8	32	78	9	112	38	27	12	21	1.89
865559--865619	29	2.1	30	84	3	79	34	19	4	40	1.73
873896--873934	20	2.0	20	84	0	51	56	10	2	30	1.46
874759--874796	15	2.5	15	86	0	58	39	34	13	13	1.83
874989--875050	29	2.1	29	100	0	124	33	0	11	54	1.36
875000--875059	29	2.1	29	87	3	86	40	1	8	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875381--875438	30	1.9	30	86	6	82	36	13	20	29	1.91
875862--875892	15	2.1	15	93	0	53	58	9	6	25	1.54
884280--884318	15	2.8	14	88	11	62	43	20	15	20	1.88
885521--885563	14	3.1	14	86	0	59	41	2	11	44	1.53
889762--889820	23	2.6	23	86	0	82	40	6	20	32	1.78
889734--889896	87	1.9	87	88	0	245	41	11	15	32	1.82
889918--890413	198	2.5	199	81	6	553	30	13	15	40	1.86
893142--893190	19	2.6	19	93	0	80	51	8	6	34	1.57
894754--896143	199	7.0	199	90	2	1965	31	15	14	38	1.87
894754--896143	399	3.5	397	88	3	1945	31	15	14	38	1.87
897543--898334	201	3.9	201	90	0	1199	34	15	14	35	1.88
897385--898335	403	2.4	387	87	5	1363	34	14	14	35	1.87
900367--900423	18	3.2	18	92	0	96	8	36	0	54	1.32
900610--900673	33	1.9	33	93	0	110	28	43	0	28	1.55
901131--901185	24	2.4	23	80	11	69	49	7	0	43	1.30
903183--903781	182	3.3	182	87	2	839	26	17	13	43	1.86
909975--910004	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
913646--913689	18	2.4	18	100	0	88	36	6	20	36	1.79
917359--917422	32	2.0	32	96	0	119	29	6	42	21	1.78
925319--925383	3	21.0	3	79	6	67	38	0	3	58	1.14
937571--937891	165	2.0	163	88	3	484	35	14	12	37	1.84
937894--938384	76	6.5	76	97	0	876	21	21	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938512--938576	3	21.0	3	81	6	76	38	0	1	60	1.07
944567--944795	19	11.9	18	72	14	122	36	23	11	28	1.89
944586--944793	58	3.6	57	82	2	229	37	23	11	28	1.89
947062--947182	54	2.2	54	91	0	188	23	17	27	32	1.96
953970--954020	3	16.0	3	84	8	57	60	0	0	39	0.97
957516--957636	54	2.2	54	92	2	199	19	19	26	33	1.96
959402--960215	407	2.0	407	99	0	1619	29	22	13	34	1.93
961184--961225	11	4.0	11	81	12	52	28	4	0	66	1.12
961184--961222	20	2.0	20	89	0	60	28	5	0	66	1.12
962477--962502	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
962706--963003	144	2.1	144	97	0	562	29	14	11	44	1.79
968034--968080	24	2.0	24	86	0	67	38	14	0	46	1.45
969021--969268	133	1.9	133	84	1	336	36	22	14	26	1.93
969210--969749	229	2.4	227	79	6	572	35	23	15	25	1.94
969546--969939	202	2.0	200	84	2	520	34	22	15	27	1.94
972277--972310	16	2.1	17	88	5	52	23	5	5	64	1.38
974901--975065	19	8.5	19	71	12	86	40	18	10	30	1.85
974900--975006	39	2.8	40	81	7	96	41	19	12	27	1.87
974939--975064	20	6.4	20	74	9	89	42	17	11	28	1.83
974871--974982	58	1.9	58	85	3	154	33	21	13	31	1.92
974935--975044	39	2.8	39	78	8	109	43	18	10	28	1.82
979657--979681	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
981265--981350	31	2.8	31	85	0	118	50	10	13	25	1.74
981872--981908	15	2.4	16	86	9	58	40	0	13	45	1.43
983647--983703	24	2.4	23	81	18	73	49	12	1	36	1.51
985080--985109	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
986471--986546	16	4.4	17	70	23	52	32	1	2	63	1.17
991031--991144	59	1.9	59	83	0	147	26	22	24	26	2.00
992042--992081	19	2.0	21	86	13	59	67	2	0	30	1.04
995625--995683	22	2.7	21	76	5	64	22	20	6	50	1.71
996022--996073	16	3.2	17	79	15	65	78	0	0	21	0.74
996022--996073	15	3.3	15	80	15	61	78	0	0	21	0.74
996022--996103	28	2.9	27	76	18	78	75	1	0	23	0.87
996022--996088	33	2.1	32	83	8	84	77	1	0	20	0.85
997197--997251	27	2.0	27	86	6	76	41	25	0	32	1.56
997374--997489	3	39.0	3	91	1	189	65	0	34	0	0.93
997330--997389	30	2.0	31	87	9	88	41	3	36	18	1.67
999161--999300	29	4.9	29	68	5	95	45	15	19	20	1.85
1001133--1001162	13	2.2	14	94	5	53	40	13	26	20	1.89
1002895--1002938	23	1.9	23	100	0	88	31	13	13	40	1.84
1005127--1005157	14	2.2	14	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1008114--1008142	14	2.1	14	100	0	58	62	0	0	37	0.96
1008445--1008638	55	3.6	54	87	6	268	29	25	13	31	1.94
1008489--1008802	55	5.8	54	81	10	227	24	25	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1008422--1008798	110	3.5	109	77	8	304	24	25	15	34	1.95
1008615--1008801	54	3.5	54	85	5	247	22	25	17	34	1.95
1022873--1022905	3	11.3	3	87	6	50	60	0	0	39	0.97
1022860--1022919	6	10.2	6	78	8	52	53	1	1	43	1.20
1027827--1028184	46	7.8	46	89	0	529	41	13	20	24	1.88
1032758--1033040	46	6.3	46	83	3	369	42	12	20	24	1.87
1040345--1040449	31	3.4	31	93	1	174	27	31	28	12	1.93
1041999--1042074	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
1046965--1047113	77	1.9	79	85	8	207	44	5	11	38	1.63
1049196--1049321	29	4.4	28	77	8	101	42	12	19	26	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10