genome.fa.s4862.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004862.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010968_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2846896

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2092624--2092788	88	1.9	90	81	10	205	43	1	10	44	1.47
2092714--2092747	15	2.3	15	89	0	50	52	5	5	35	1.50
2093002--2093045	22	2.0	22	100	0	88	54	4	9	31	1.52
2093043--2093117	37	2.1	36	85	5	98	42	8	9	40	1.66
2093102--2093159	16	3.6	16	86	9	73	48	5	5	41	1.48
2093114--2093163	2	24.0	2	80	15	57	50	4	2	44	1.32
2093107--2093161	18	3.2	17	92	5	85	50	5	1	41	1.36
2093395--2093522	22	6.1	21	78	11	120	42	6	7	42	1.58
2093560--2093607	21	2.3	21	85	0	60	41	4	6	47	1.48
2094655--2094705	23	2.2	24	92	3	86	50	5	0	43	1.26
2096368--2096844	239	2.0	240	99	0	938	28	32	20	18	1.96
2097042--2097078	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
2101458--2101505	2	24.0	2	95	0	87	47	0	2	50	1.12
2104239--2104677	66	6.6	66	91	0	644	28	17	15	38	1.90
2104296--2104610	30	9.4	35	63	18	134	27	17	15	39	1.90
2104703--2105237	139	3.9	139	84	1	698	30	28	16	24	1.97
2104703--2105237	278	1.9	277	87	0	791	30	28	16	24	1.97
2105610--2105672	3	21.0	3	83	6	83	38	1	0	60	1.07
2106554--2106584	2	15.5	2	93	0	53	0	48	3	48	1.17
2116656--2116704	24	2.0	24	88	0	71	32	20	22	24	1.98
2116735--2116781	13	3.7	13	78	13	53	19	34	21	25	1.96
2116733--2116783	26	2.0	25	88	3	75	21	33	21	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130818--2130869	17	3.0	17	91	2	77	21	48	19	11	1.80
2133140--2133192	25	2.1	25	86	6	72	24	1	11	62	1.39
2133838--2133873	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
2134189--2134221	3	11.0	3	93	0	57	33	3	0	63	1.10
2135252--2135342	31	3.0	31	96	3	168	32	6	17	42	1.75
2135542--2135583	21	2.0	21	90	0	66	26	21	26	26	1.99
2135612--2135651	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
2135866--2135968	33	3.1	34	90	5	158	31	15	30	23	1.95
2137932--2137982	26	2.0	26	96	0	93	58	7	1	31	1.37
2138142--2138232	31	3.0	31	95	3	159	31	6	17	43	1.75
2138431--2138472	21	2.0	21	90	0	66	26	21	26	26	1.99
2138755--2138858	34	3.1	34	94	2	176	30	16	30	22	1.95
2147948--2148210	127	2.1	127	81	2	296	34	27	14	22	1.94
2148597--2148626	3	10.3	3	92	7	53	36	0	0	63	0.95
2150989--2151056	33	2.1	33	100	0	136	30	26	19	23	1.98
2160222--2160258	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2164625--2164687	23	2.8	23	90	2	101	25	22	26	25	2.00
2164686--2164741	21	2.7	21	88	0	85	33	30	21	14	1.93
2165254--2165305	22	2.5	20	76	17	52	26	25	21	26	1.99
2165290--2165412	53	2.3	53	86	6	160	28	21	21	28	1.99
2165290--2165424	54	2.5	53	82	12	161	28	21	21	28	1.99
2172133--2172277	54	2.7	54	81	9	145	29	18	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172246--2172299	20	2.7	19	82	5	63	31	25	14	27	1.95
2177726--2177849	48	2.5	48	82	3	131	28	22	13	35	1.92
2177766--2177861	48	2.0	48	81	0	111	29	23	15	31	1.96
2178032--2178381	56	6.3	56	88	0	486	33	19	12	34	1.90
2181764--2181792	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2184011--2184492	56	8.8	56	84	8	605	33	17	11	36	1.86
2184081--2184503	217	1.9	217	88	3	629	33	17	12	37	1.87
2187713--2187808	48	2.0	48	81	0	111	29	22	16	31	1.96
2188054--2188555	56	9.0	56	87	0	709	34	19	11	34	1.88
2193242--2193282	18	2.3	18	100	0	82	53	4	4	36	1.44
2193239--2193295	18	2.7	23	82	17	72	52	5	3	38	1.41
2194542--2194576	12	2.9	12	86	0	52	2	11	8	77	1.10
2195297--2195342	16	2.8	16	86	3	65	32	0	2	65	1.05
2202076--2202685	226	2.7	224	86	2	810	37	14	15	32	1.88
2210889--2210923	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2210936--2211019	31	2.7	31	81	7	107	39	7	5	47	1.55
2218956--2219019	24	2.7	24	85	9	94	18	9	18	53	1.71
2222356--2222408	20	2.6	21	90	3	81	24	18	32	24	1.97
2222372--2222585	95	2.2	95	90	4	349	25	19	25	29	1.99
2222450--2222503	20	2.7	20	100	0	108	18	20	37	24	1.94
2223353--2223413	30	2.0	32	83	6	81	57	8	1	32	1.38
2223393--2223427	17	2.1	17	88	0	52	65	11	0	22	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2226263--2226324	17	3.5	17	73	26	65	20	30	20	27	1.98
2226270--2226335	22	3.3	22	72	27	83	25	28	18	27	1.98
2226259--2226335	37	2.1	37	100	0	154	24	29	19	25	1.98
2228811--2228854	12	3.7	12	81	0	52	20	9	18	52	1.72
2228790--2228855	24	2.8	24	81	4	71	24	9	15	51	1.72
2232720--2232796	12	6.4	12	75	11	59	19	11	16	51	1.75
2232716--2232798	24	3.5	24	77	0	94	20	10	16	51	1.74
2239838--2239878	21	2.0	21	95	0	73	46	21	0	31	1.52
2243924--2243950	6	4.5	6	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2252428--2252536	24	4.6	24	68	20	59	55	11	0	32	1.36
2252410--2252604	76	2.7	74	83	12	217	56	11	0	31	1.38
2252498--2252545	25	2.0	24	83	4	60	62	10	2	25	1.38
2252423--2252629	76	2.8	75	76	17	202	58	9	1	30	1.39
2253107--2253385	58	4.8	58	87	1	389	34	18	10	35	1.86
2253813--2253847	18	1.9	18	94	0	61	17	34	17	31	1.93
2259783--2260236	58	7.8	58	87	1	676	35	18	11	33	1.88
2260567--2260635	19	3.4	19	78	20	77	27	26	15	30	1.96
2263823--2264681	84	10.4	84	73	8	613	26	18	24	30	1.98
2263834--2264571	165	4.4	164	80	7	625	27	18	23	31	1.97
2264009--2264584	249	2.3	248	85	2	782	27	18	23	30	1.98
2263824--2264568	333	2.2	331	78	6	779	26	18	23	31	1.97
2269878--2269927	26	1.9	26	88	8	75	72	0	8	20	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2269878--2269940	26	2.4	26	82	12	67	71	4	6	17	1.25
2269946--2270002	4	14.5	4	76	20	50	73	1	3	21	1.07
2269904--2270002	12	8.5	11	71	23	62	73	5	3	18	1.14
2271356--2271408	2	27.0	2	87	11	74	52	1	0	45	1.11
2271390--2271802	38	10.4	39	76	14	287	47	6	2	43	1.42
2271394--2271802	78	5.2	79	79	12	387	46	6	2	44	1.42
2271390--2271802	40	10.4	39	78	13	319	47	6	2	43	1.42
2271513--2271693	87	2.1	86	89	4	276	47	6	1	44	1.36
2271591--2271620	11	2.7	11	94	0	51	46	0	0	53	1.00
2271553--2271654	50	2.1	49	94	1	177	49	5	0	44	1.33
2271602--2271802	37	5.3	39	85	7	220	44	6	2	45	1.44
2271604--2271884	37	7.4	37	77	12	207	43	7	4	44	1.52
2271602--2271884	76	3.7	76	79	10	251	43	7	4	44	1.52
2273817--2273845	15	2.0	15	93	6	51	62	0	27	10	1.28
2274075--2274099	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
2274727--2274825	28	3.4	28	78	10	101	40	5	1	53	1.30
2274936--2274988	23	2.3	23	81	15	65	50	1	1	45	1.23
2274980--2275015	17	2.0	19	89	10	58	55	0	2	41	1.14
2278389--2278429	22	1.9	21	90	5	64	70	4	0	24	1.06
2279867--2279932	32	2.1	32	100	0	132	42	9	15	33	1.78
2282991--2283026	3	12.7	3	88	11	58	36	0	63	0	0.94
2282993--2283027	11	3.2	11	92	8	54	37	0	62	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282991--2283026	14	2.6	14	100	0	72	36	0	63	0	0.94
2293263--2293308	18	2.4	19	85	7	58	26	26	17	30	1.97
2306728--2306769	19	2.2	19	95	0	75	33	35	4	26	1.77
2311873--2311898	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
2319742--2319796	20	2.7	20	79	20	69	23	23	20	32	1.98
2319765--2319810	18	2.4	19	85	7	58	26	23	17	32	1.97
2321942--2322047	45	2.4	45	87	1	142	33	23	9	33	1.87
2327274--2327351	2	39.0	2	100	0	156	50	0	0	50	1.00
2355284--2355435	61	2.5	60	79	5	171	30	23	17	29	1.97
2363224--2363594	55	6.7	55	83	4	424	37	10	14	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13