genome.fa.s4862.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004862.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010968_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2846896

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  5  of  13  ( 1530 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863632--864319	204	3.3	207	84	9	947	29	11	8	49	1.69
867167--867244	40	1.9	41	92	2	131	23	10	16	50	1.76
869655--869693	18	2.1	19	90	4	62	56	5	10	28	1.54
872369--872597	97	2.4	94	81	9	263	41	15	6	36	1.73
872554--872645	48	1.9	47	82	6	114	34	13	7	44	1.72
872601--872692	38	2.4	39	85	3	125	35	11	5	46	1.64
872718--872799	39	2.1	39	84	4	103	41	15	7	35	1.75
873637--873669	14	2.3	15	89	5	50	57	15	3	24	1.52
875340--875378	21	1.9	21	84	5	53	61	5	2	30	1.31
876619--876711	30	3.2	28	71	11	96	59	6	9	24	1.53
877819--877906	3	30.0	3	79	13	94	67	2	1	29	1.10
877819--877905	26	3.4	26	81	12	101	66	2	1	29	1.11
877819--877902	23	3.7	23	70	19	61	66	2	1	29	1.11
878191--878531	137	2.6	132	86	7	465	26	19	14	38	1.91
878565--878877	113	2.8	112	90	2	504	28	18	15	38	1.91
879266--879322	22	2.6	22	88	0	87	33	10	17	38	1.84
879739--879957	54	4.1	54	81	5	237	26	19	14	40	1.89
879707--879956	108	2.3	109	76	6	269	24	19	14	42	1.88
883988--884122	71	1.9	72	96	1	254	34	17	20	28	1.94
885325--885359	18	1.9	18	88	0	52	40	22	14	22	1.90
886751--886837	43	2.0	44	84	2	113	35	22	10	31	1.88
888756--889002	136	1.8	138	90	5	403	47	8	7	36	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889133--889217	6	11.7	7	70	19	52	65	2	2	29	1.17
890639--890711	3	25.0	3	78	15	82	64	1	1	32	1.11
890639--890711	20	3.4	21	81	7	94	64	1	1	32	1.11
890639--890707	26	2.7	25	79	16	88	63	1	1	33	1.12
892023--892105	29	2.8	29	92	1	139	40	10	14	33	1.81
895465--895499	15	2.3	15	95	0	61	11	2	28	57	1.48
895472--895505	15	2.3	15	89	0	50	20	0	23	55	1.43
896773--896855	29	2.8	29	88	1	121	43	10	13	32	1.78
898259--898302	18	2.5	17	92	3	70	25	15	31	27	1.96
898810--898854	19	2.4	19	92	0	72	46	33	0	20	1.51
900594--900652	23	2.6	23	83	0	73	42	6	20	30	1.78
900567--900728	87	1.9	87	90	0	261	42	9	14	32	1.79
900723--901448	201	3.6	198	81	5	822	30	15	14	38	1.88
903927--903975	19	2.6	19	100	0	98	55	10	0	34	1.34
910912--911023	14	8.0	14	100	0	224	50	7	14	28	1.69
912067--912093	7	3.9	7	100	0	54	40	14	14	29	1.86
913114--913167	26	2.1	26	92	0	90	20	12	31	35	1.90
918001--918041	14	2.6	16	81	18	59	46	9	14	29	1.77
919431--919484	26	2.1	26	85	0	72	25	14	25	33	1.95
926449--926538	15	5.9	15	74	7	83	62	13	4	20	1.48
926447--926541	30	3.1	30	83	8	129	62	12	4	21	1.47
927716--927810	42	2.2	43	83	9	115	25	15	8	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927856--927887	15	2.1	15	94	0	55	25	25	0	50	1.50
933054--933105	3	17.0	3	84	11	54	40	0	0	59	0.97
933058--933105	8	5.6	8	83	11	60	41	0	0	58	0.98
938305--938354	13	3.6	13	80	19	57	76	8	16	0	1.02
938298--938343	16	2.8	16	87	9	58	73	6	19	0	1.04
938317--938373	24	2.3	25	82	8	73	73	7	17	1	1.14
939910--940130	66	3.4	64	81	8	268	25	20	14	39	1.90
939851--940130	65	4.2	65	76	9	271	27	20	12	40	1.88
940668--940701	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
943729--943785	24	2.4	24	91	2	89	49	21	3	26	1.65
944334--944360	14	1.9	14	100	0	54	59	3	7	29	1.42
946833--946884	23	2.2	25	82	6	63	28	1	7	61	1.34
947282--947428	56	2.6	55	82	4	186	42	16	14	26	1.86
948459--948518	31	2.0	31	86	3	86	20	20	15	45	1.86
948230--948654	186	2.3	187	84	4	563	29	14	14	41	1.86
950078--950142	30	2.2	30	82	0	76	35	12	6	46	1.66
955784--955840	29	2.0	27	93	6	96	40	7	7	45	1.58
957811--957860	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
966742--966768	8	3.4	8	100	0	54	51	0	37	11	1.37
968090--968344	139	1.8	138	85	2	359	29	13	16	40	1.87
968849--968882	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
974602--974627	10	2.6	10	100	0	52	11	23	19	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
977359--977396	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
977527--977664	20	6.8	20	80	5	127	41	10	23	24	1.86
977525--977685	40	4.0	39	76	11	146	40	11	22	24	1.87
977528--977685	60	2.6	59	79	9	176	39	11	23	25	1.88
977695--977747	21	2.5	21	100	0	106	26	13	22	37	1.91
980077--980115	15	2.6	15	100	0	78	46	0	48	5	1.24
980247--980301	29	2.0	27	85	7	74	50	20	14	14	1.77
980903--980935	13	2.4	14	95	5	59	0	21	3	75	0.93
982401--982799	44	9.1	44	88	0	566	23	23	10	42	1.85
982518--982589	24	3.2	24	62	28	57	23	20	12	43	1.86
987822--988140	44	7.2	44	88	0	440	22	24	12	40	1.88
992281--992336	24	2.3	24	84	3	67	12	5	5	76	1.12
992904--992968	20	3.2	20	65	10	51	20	20	24	35	1.96
992992--993065	20	3.7	20	80	3	94	14	20	24	40	1.90
993012--993085	21	3.6	21	81	3	105	17	18	27	36	1.94
992989--993085	41	2.4	41	98	0	185	19	18	24	37	1.94
993107--993178	22	3.4	22	73	11	78	16	19	26	37	1.93
993128--993193	19	3.3	19	72	12	69	18	19	21	40	1.91
993089--993193	41	2.5	41	92	4	167	16	20	22	40	1.90
993270--993349	6	13.3	6	100	0	160	32	51	16	0	1.45
993852--993883	6	5.3	6	100	0	64	0	18	46	34	1.49
993934--993982	20	2.5	20	100	0	98	42	22	24	10	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
993974--994023	20	2.4	21	86	6	75	36	30	16	18	1.92
994153--994218	19	3.3	19	72	12	69	40	21	19	18	1.91
994168--994239	22	3.4	22	73	11	87	37	25	19	18	1.94
994162--994382	41	5.4	41	93	4	231	38	23	19	18	1.93
994231--994385	20	7.6	20	72	4	139	38	24	20	17	1.93
994251--994406	21	7.6	21	73	4	147	35	25	18	19	1.95
994187--994410	123	1.8	122	89	5	353	37	24	19	19	1.94
994228--994410	41	4.5	41	99	0	357	37	24	19	19	1.94
997710--997751	20	2.1	20	90	0	66	2	23	9	64	1.35
997716--997758	20	2.2	20	87	4	61	2	20	6	69	1.23
998318--998345	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
998550--998669	43	2.7	46	76	11	131	23	15	34	26	1.95
998519--998720	51	4.2	46	73	13	133	24	16	31	27	1.96
998505--998775	141	1.9	140	87	3	400	23	19	29	26	1.98
999807--999875	17	3.9	17	77	11	68	10	17	0	72	1.11
999807--999872	9	7.6	9	86	6	66	10	16	0	72	1.11
1003829--1003895	32	2.1	32	100	0	134	35	34	5	23	1.80
1007476--1007891	207	2.0	207	94	0	726	23	27	9	39	1.85
1010940--1010988	18	2.8	18	82	11	50	46	8	6	38	1.58
1011915--1011965	20	2.5	20	83	0	66	7	21	3	66	1.34
1012518--1012561	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
1016834--1016941	25	4.2	25	87	2	135	74	0	9	15	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1016845--1016940	5	19.0	5	82	10	106	76	1	6	16	1.05
1019424--1019502	30	2.6	30	85	0	104	32	15	24	27	1.95
1019974--1020020	18	2.5	20	83	16	66	51	2	4	42	1.33
1024405--1024444	20	2.0	20	85	0	53	32	0	25	42	1.55
1025891--1025950	30	2.0	30	86	0	84	30	13	25	31	1.93
1025927--1026068	30	4.7	30	87	3	187	31	19	25	23	1.98
1025927--1026068	60	2.4	60	87	0	212	31	19	25	23	1.98
1029866--1030188	45	7.2	45	85	3	409	32	18	8	40	1.81
1029885--1030188	135	2.3	135	88	4	461	31	19	8	40	1.82
1030710--1030764	19	2.7	19	83	8	65	29	18	16	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13