genome.fa.s4862.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004862.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010968_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2846896

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  12  of  13  ( 1530 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2363224--2363588	166	2.2	163	83	4	455	37	10	14	37	1.81
2368580--2368612	6	5.5	6	92	0	57	48	0	48	3	1.17
2372676--2372724	22	2.2	23	85	3	64	18	22	30	28	1.97
2376964--2377099	45	3.0	45	92	0	218	41	6	22	30	1.79
2377493--2377532	21	1.9	21	89	0	62	30	25	22	22	1.99
2385246--2385352	23	4.8	22	80	8	119	34	26	22	16	1.95
2385246--2385352	44	2.4	45	86	7	139	34	26	22	16	1.95
2391243--2391307	3	20.3	3	84	12	69	69	0	1	29	0.98
2391266--2391313	4	12.8	4	79	16	50	72	0	2	25	0.95
2391243--2391313	18	4.1	17	86	12	92	70	0	1	28	0.96
2391430--2392300	123	7.1	123	86	2	1047	26	18	16	38	1.92
2397092--2397188	20	4.8	20	75	15	83	54	11	15	18	1.70
2398512--2398877	181	2.0	181	100	0	732	30	28	15	24	1.96
2399410--2399451	3	14.0	3	90	9	68	69	0	0	30	0.89
2401815--2401856	18	2.3	18	95	0	75	23	23	30	21	1.99
2404951--2404992	22	1.9	22	90	9	68	33	0	4	61	1.17
2405586--2405661	25	3.0	25	98	0	143	43	3	1	51	1.28
2408185--2408263	23	3.4	23	92	0	122	24	22	24	29	1.99
2415650--2415752	23	4.6	22	82	7	100	31	26	16	26	1.97
2415663--2415751	46	1.9	46	83	0	115	28	26	16	28	1.97
2415998--2416031	17	2.0	17	88	11	52	58	5	5	29	1.45
2416916--2416965	21	2.2	24	79	10	61	34	18	18	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2423281--2423330	21	2.4	21	93	0	82	24	16	14	46	1.83
2425485--2425537	21	2.4	22	81	12	63	37	20	15	26	1.92
2427863--2427894	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2429845--2429885	20	2.0	20	85	0	55	58	19	4	17	1.56
2436523--2436554	16	1.9	17	93	6	57	56	3	0	40	1.15
2450134--2450166	3	11.3	3	87	6	50	39	0	0	60	0.97
2454265--2454407	55	2.6	55	79	11	168	41	13	21	23	1.88
2454763--2454819	6	9.2	6	78	14	62	22	17	14	45	1.84
2454766--2454815	13	3.8	13	89	0	82	24	18	14	44	1.86
2459977--2460203	36	6.2	36	83	4	258	36	25	19	18	1.94
2459925--2460192	73	3.7	73	86	2	295	37	24	18	19	1.94
2460140--2460423	118	2.4	115	84	7	385	34	23	20	21	1.97
2460350--2460581	36	6.4	36	82	2	230	33	21	19	26	1.97
2460353--2460581	73	3.1	72	78	6	228	33	20	19	26	1.97
2459925--2460581	109	5.9	110	75	8	303	34	23	19	22	1.96
2460891--2461481	54	10.9	54	86	2	749	36	18	24	20	1.95
2466685--2466736	20	2.6	20	84	6	61	38	28	9	23	1.86
2466752--2466800	20	2.4	21	83	10	57	40	20	14	24	1.89
2467654--2467704	19	2.6	20	81	3	68	31	11	25	31	1.92
2468501--2468530	15	2.0	15	100	0	60	20	26	40	13	1.89
2470139--2470203	20	3.2	20	70	20	55	41	18	12	27	1.86
2473899--2473992	39	2.5	40	83	10	108	35	11	1	52	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474751--2474830	36	2.2	37	81	16	98	48	1	2	47	1.23
2477874--2477901	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
2482336--2482396	24	2.5	24	79	12	79	40	6	0	52	1.27
2482335--2482414	26	3.1	25	78	21	78	40	5	0	55	1.22
2482371--2482447	27	2.9	27	86	0	91	36	5	0	58	1.21
2483016--2483073	28	2.1	28	93	0	98	44	10	5	39	1.61
2484383--2484418	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2484536--2484584	24	2.0	24	96	0	89	32	18	2	46	1.60
2485277--2485315	20	2.0	20	90	5	62	56	0	0	43	0.99
2488100--2488139	21	1.9	21	94	0	71	47	10	22	20	1.79
2489217--2489573	54	6.6	54	81	4	344	34	19	15	30	1.93
2489217--2489575	107	3.3	106	84	4	398	34	19	15	30	1.93
2489217--2489590	161	2.3	163	85	1	491	34	19	15	30	1.93
2493338--2493654	81	3.9	81	83	2	334	29	23	11	35	1.90
2493597--2494130	68	7.9	68	87	1	741	30	23	13	32	1.93
2493597--2494130	203	2.6	204	89	1	797	30	23	13	32	1.93
2493597--2494130	271	2.0	271	87	0	773	30	23	13	32	1.93
2494338--2494497	55	2.9	55	84	2	205	34	20	10	35	1.87
2498830--2499064	81	2.9	80	79	5	240	31	22	8	37	1.85
2499021--2499685	68	9.8	68	84	1	814	30	22	14	32	1.93
2499883--2500041	54	2.9	55	85	0	212	34	19	8	37	1.83
2499898--2500053	55	2.8	55	83	2	197	34	18	9	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2504213--2504778	54	10.5	54	86	0	774	33	19	18	29	1.95
2504213--2504772	269	2.1	271	89	2	851	33	19	17	29	1.95
2511966--2513521	46	33.6	46	80	9	740	43	13	21	20	1.86
2511998--2512075	20	3.6	20	70	18	66	39	14	26	19	1.89
2512144--2512223	20	3.8	20	71	20	72	40	12	28	18	1.87
2512091--2512198	55	2.0	55	87	3	155	42	13	24	19	1.87
2512145--2513008	92	9.1	92	78	11	852	43	13	21	20	1.86
2512145--2513521	138	9.6	138	76	12	1100	43	13	21	20	1.86
2512257--2512819	72	8.1	72	67	21	286	43	13	21	21	1.87
2512302--2512642	164	2.1	163	88	1	513	44	12	21	21	1.85
2511966--2513528	531	2.9	531	88	2	2267	43	13	21	20	1.86
2512976--2513036	26	2.3	26	88	0	95	45	14	19	19	1.85
2512925--2513081	72	2.2	72	86	3	217	42	12	23	22	1.87
2512884--2513258	118	3.0	118	80	7	363	44	12	20	22	1.85
2513023--2513095	20	3.3	20	66	20	56	36	13	27	21	1.92
2513045--2513121	26	3.2	26	64	21	76	38	11	24	24	1.89
2512834--2513166	164	2.0	162	86	2	461	43	12	21	22	1.86
2516689--2516727	20	2.0	19	85	5	51	25	10	25	38	1.87
2521040--2521092	23	2.3	23	83	0	61	20	22	24	32	1.98
2527376--2528163	395	2.0	391	96	1	1450	34	16	16	33	1.91
2533145--2533192	21	2.3	21	85	0	60	29	18	16	35	1.93
2534383--2534418	18	2.1	17	94	5	63	58	16	0	25	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2541970--2542817	421	2.0	420	90	1	1322	40	19	13	26	1.89
2546852--2547172	161	2.0	160	98	1	617	38	9	17	33	1.83
2548916--2548940	13	1.9	13	100	0	50	44	0	48	8	1.32
2551715--2551765	25	2.0	25	96	0	93	49	13	23	13	1.78
2558082--2558112	15	2.1	15	93	0	53	29	16	12	41	1.85
2559017--2559068	22	2.4	22	96	0	95	36	28	19	15	1.92
2575999--2576028	15	2.0	15	100	0	60	26	0	13	60	1.34
2576151--2576225	31	2.5	31	86	2	107	20	9	14	56	1.66
2577434--2577511	31	2.5	31	91	0	129	52	11	14	21	1.72
2577932--2577972	21	2.0	21	90	4	66	51	0	0	48	1.00
2577935--2577979	21	2.2	20	84	4	54	51	0	2	46	1.13
2583989--2584065	21	3.8	21	82	5	86	24	20	22	32	1.98
2584788--2584850	2	32.5	2	87	6	94	52	0	1	46	1.10
2584788--2584850	23	2.9	22	90	4	92	52	0	1	46	1.10
2584788--2584850	21	3.0	21	90	9	101	52	0	1	46	1.10
2584794--2584850	25	2.3	25	93	0	96	52	0	0	47	1.00
2606076--2606135	23	2.7	22	87	5	77	23	36	25	15	1.93
2610037--2610105	24	2.9	24	89	2	104	21	24	21	31	1.98
2610064--2610116	24	2.2	24	86	0	70	24	26	20	28	1.99
2610949--2611011	11	5.9	11	71	14	51	55	1	3	39	1.25
2611509--2611573	21	3.2	20	75	16	62	49	29	0	21	1.50
2611514--2611565	21	2.5	21	84	9	63	50	25	0	25	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2611516--2611573	20	2.9	21	78	14	68	48	29	0	22	1.51
2612515--2612553	18	2.2	18	90	0	60	38	17	33	10	1.84
2612961--2613005	12	3.8	12	83	11	58	35	24	17	22	1.95
2613430--2613479	3	16.3	3	95	4	91	32	0	0	68	0.90
2615422--2615699	90	3.0	90	87	3	378	27	26	26	19	1.99
2616507--2616544	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
2621246--2621614	90	4.1	90	88	0	531	27	25	25	21	1.99
2627238--2627340	38	2.7	38	79	10	120	43	8	3	43	1.53
2627302--2627376	24	3.2	22	77	17	80	44	9	1	45	1.44
2627308--2627368	22	2.7	21	85	12	77	47	11	1	39	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13