genome.fa.s4862.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004862.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010968_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2846896

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
641209--641515	154	2.0	153	99	0	605	31	11	18	38	1.87
646457--646504	13	3.7	13	91	0	78	31	20	16	31	1.95
646487--646650	85	1.9	85	83	4	215	31	20	18	29	1.96
652479--652526	23	2.2	20	78	10	51	60	8	18	12	1.57
652543--652576	12	2.9	11	87	12	50	0	20	0	79	0.73
653715--653790	40	1.9	40	88	0	116	31	15	17	35	1.91
657146--657192	17	2.7	18	90	6	78	14	25	27	31	1.95
659025--659053	12	2.4	12	100	0	58	24	6	34	34	1.82
665082--665200	43	2.8	44	83	3	152	27	15	26	31	1.95
665095--665218	43	2.9	43	80	2	142	28	17	23	30	1.97
665686--665739	21	2.6	21	87	0	72	3	38	14	42	1.64
665708--665803	21	4.7	21	75	5	79	4	38	18	38	1.70
673937--674086	41	3.7	41	72	10	137	29	24	18	28	1.98
673936--674209	81	3.4	81	89	4	374	32	22	15	29	1.95
674009--674252	41	6.0	41	76	14	218	32	22	15	29	1.95
673994--674246	82	3.1	80	87	5	337	33	23	14	28	1.94
677936--677966	3	10.0	3	93	6	53	35	0	0	64	0.94
678714--678756	21	2.0	21	91	8	70	74	0	20	4	1.00
683296--683365	12	6.0	12	77	11	74	80	7	11	1	0.97
683302--683370	32	2.0	32	78	15	52	79	5	11	2	1.01
683310--683364	11	4.9	11	81	18	60	81	3	12	1	0.89
683302--683370	22	3.0	22	83	10	86	79	5	11	2	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
683322--683370	11	4.6	10	82	12	62	81	2	12	4	0.91
684554--684674	37	3.3	37	80	5	129	28	19	12	40	1.87
684571--684674	36	2.9	36	85	2	129	26	18	11	43	1.84
684660--685106	63	7.0	66	84	8	559	26	17	14	40	1.88
684845--685090	64	4.0	59	85	10	261	26	17	15	40	1.89
685055--685112	29	2.0	29	86	0	80	24	20	13	41	1.89
685113--685463	131	2.6	133	84	3	440	25	31	18	24	1.98
685658--685767	3	36.7	3	100	0	220	33	0	0	66	0.92
689691--689741	16	3.3	16	89	5	79	11	9	17	60	1.57
692397--692426	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
693597--693754	57	2.8	56	81	2	165	31	16	23	29	1.96
693614--693754	56	2.5	57	82	3	178	32	15	21	29	1.95
693709--693865	55	2.9	55	80	4	192	35	21	22	21	1.96
695636--695680	18	2.4	19	88	3	65	64	4	2	28	1.25
697310--697334	13	1.9	13	100	0	50	48	12	24	16	1.79
701236--701265	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
701661--701780	42	2.9	41	87	5	168	17	16	18	47	1.83
701971--702060	22	3.6	23	72	22	67	48	1	1	48	1.15
701963--702144	29	6.2	29	74	14	110	47	1	1	50	1.18
702052--702131	28	2.8	28	77	11	81	48	1	1	48	1.17
701982--702136	59	2.6	59	78	16	160	49	1	1	47	1.20
701981--702173	59	3.3	56	76	14	133	49	2	1	47	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702249--702286	18	2.0	20	85	10	53	60	0	0	39	0.97
702508--702576	36	1.9	35	88	2	102	30	21	5	42	1.76
702761--702818	27	2.1	27	96	0	107	25	3	25	44	1.70
705864--705896	17	1.9	17	100	0	66	30	18	18	33	1.94
711275--711325	7	7.3	7	100	0	102	45	0	41	13	1.44
712116--712218	30	3.5	30	82	13	108	39	2	0	56	1.21
712713--712772	30	2.0	31	87	9	88	25	8	13	53	1.67
720118--720298	54	3.3	54	86	5	258	37	23	14	24	1.93
720309--720337	14	2.1	14	100	0	58	44	6	20	27	1.77
726606--726648	17	2.3	20	80	15	56	46	27	4	20	1.71
741134--741180	23	2.0	24	91	4	78	55	0	4	40	1.19
748297--748690	41	9.6	40	81	5	207	28	20	17	34	1.95
748368--748716	124	2.8	124	83	3	395	28	21	16	33	1.96
748339--748736	41	9.7	41	82	3	365	27	20	17	34	1.95
748339--748736	124	3.2	122	78	6	390	27	20	17	34	1.95
751744--751827	43	2.0	43	80	0	96	27	20	17	34	1.95
751798--751857	30	2.0	31	86	3	86	18	20	16	45	1.86
767886--767991	24	4.4	24	81	0	113	20	7	16	54	1.66
772650--772744	24	4.0	24	80	0	109	21	12	13	52	1.73
772650--772712	12	5.2	12	73	7	56	20	14	15	49	1.80
785192--785249	21	2.8	20	76	5	62	32	18	18	29	1.96
796999--797136	63	2.2	63	89	2	215	34	20	8	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799093--799151	19	3.1	19	71	9	57	49	0	0	50	1.00
800414--800460	20	2.4	19	79	10	58	53	8	17	21	1.70
800202--800674	181	2.6	182	91	0	741	42	14	17	26	1.87
800595--800641	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
800606--800646	20	2.2	19	83	12	50	51	14	17	17	1.77
802843--802890	19	2.5	19	93	0	78	31	4	10	54	1.53
803125--804520	200	7.0	200	94	0	2363	35	14	19	31	1.91
804383--805027	183	3.5	182	88	1	898	36	13	16	33	1.88
807434--807596	87	1.9	87	94	0	290	33	15	9	41	1.80
807518--807562	23	2.0	23	86	0	63	37	15	8	37	1.79
813946--814005	23	2.7	21	80	14	66	26	21	30	21	1.99
816410--816477	29	2.3	29	85	5	84	36	27	19	16	1.93
816452--816509	31	1.9	31	86	6	84	32	22	18	25	1.97
816462--816527	31	2.1	31	86	5	89	36	19	19	24	1.95
817418--817455	20	1.9	20	94	0	67	26	23	18	31	1.97
817463--817603	64	2.2	64	82	8	164	26	23	17	32	1.97
819626--819679	26	2.1	26	96	0	99	24	18	11	46	1.81
820458--820497	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
823635--823697	29	2.1	31	85	5	85	36	20	7	34	1.82
828923--829083	53	3.1	53	90	1	263	38	21	17	22	1.93
831090--831176	29	2.9	28	76	15	77	31	12	9	47	1.73
831105--831176	29	2.4	29	80	13	83	29	13	11	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849039--849157	48	2.5	48	97	0	220	28	17	27	26	1.98
849222--849431	65	3.2	66	89	3	327	41	13	20	24	1.88
849302--849393	36	2.9	29	69	18	85	43	11	20	23	1.85
860945--860973	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
861287--861353	6	11.0	6	79	3	71	4	4	49	41	1.43
861294--861382	12	7.3	12	78	6	54	10	3	43	42	1.54
861278--861353	18	4.2	18	81	3	71	5	5	46	43	1.48
861524--861839	99	3.2	99	87	7	407	30	5	32	31	1.79
862251--862518	49	5.4	48	77	13	283	42	5	6	45	1.54
862294--862452	33	4.7	33	80	10	185	42	5	6	45	1.53
862310--862367	17	3.5	17	69	21	59	46	6	5	41	1.53
862327--862469	71	2.1	67	90	5	223	41	4	6	46	1.52
862480--862553	2	35.0	2	72	20	53	44	0	8	47	1.32
862283--862527	33	7.3	33	69	16	130	42	4	6	45	1.52
862252--862535	153	1.9	150	86	6	403	41	5	7	45	1.54
862480--862553	13	5.3	13	76	16	69	44	0	8	47	1.32
862486--862662	28	6.8	26	70	21	88	43	2	7	46	1.45
862248--862574	153	2.1	153	81	8	373	43	5	7	44	1.53
862615--862654	9	4.4	9	81	12	55	45	0	7	47	1.31
862743--862830	41	2.1	41	87	10	135	40	10	9	39	1.71
862758--862830	23	3.4	23	70	26	70	42	10	8	38	1.70
862832--862906	34	2.2	33	90	6	116	41	8	8	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862832--862911	18	4.6	17	70	16	58	41	7	8	42	1.64
862898--862967	11	6.5	11	72	8	63	48	0	8	42	1.33
862916--862965	23	2.2	23	85	7	66	46	0	10	44	1.37
862952--863004	25	2.2	23	90	10	79	49	3	7	39	1.49
863033--863080	24	2.0	24	88	8	71	47	10	10	31	1.71
863075--863130	9	6.2	9	74	13	53	35	0	12	51	1.40
863380--863415	17	2.1	17	89	5	54	38	5	8	47	1.57
863380--863420	17	2.6	16	85	14	50	39	4	7	48	1.52
863407--863462	19	2.9	18	82	12	67	41	1	5	51	1.35
863514--863667	77	2.0	77	98	0	299	20	10	11	57	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13