genome.fa.s5203.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005203.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011761_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1490345

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127033--127078	25	1.9	23	82	8	56	63	2	0	34	1.07
131624--131711	45	2.0	45	93	4	151	26	27	19	27	1.99
131565--131779	109	2.0	109	82	8	267	28	23	20	27	1.99
137686--137710	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
146813--146854	22	1.9	22	95	0	75	23	42	14	19	1.87
147242--147315	20	3.7	20	85	0	85	14	14	24	45	1.83
147231--147318	20	4.4	20	82	1	79	14	13	23	47	1.80
149046--149095	18	2.8	18	100	0	100	32	20	6	42	1.76
149242--149309	20	3.4	20	97	0	127	39	26	19	14	1.90
149242--149328	40	2.3	38	84	11	110	42	24	19	13	1.87
149352--149458	20	5.4	20	85	6	139	20	18	25	35	1.95
149948--150052	21	5.0	21	72	3	86	21	37	18	22	1.94
149945--150055	42	2.6	42	77	5	109	21	37	18	22	1.94
150389--150413	12	2.1	12	100	0	50	24	16	0	60	1.36
151453--151514	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
151613--151665	20	2.7	20	87	0	61	45	24	16	13	1.83
151628--151666	20	2.0	20	100	0	78	48	20	20	10	1.78
151709--151973	20	13.9	20	78	11	261	26	18	22	31	1.97
151697--151811	54	2.1	54	91	3	187	26	19	20	34	1.96
151709--151966	54	4.5	58	80	10	236	26	18	23	31	1.98
151944--152213	140	1.9	140	97	0	513	42	15	12	28	1.84
152273--152307	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154551--154604	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
154820--154846	14	1.9	14	100	0	54	33	7	37	22	1.82
155426--155533	20	5.4	20	95	0	171	23	23	29	24	1.99
155522--155613	20	4.6	20	97	0	175	23	19	16	40	1.91
155427--155617	60	3.2	60	79	8	167	24	21	23	31	1.98
155821--155857	17	2.2	17	100	0	74	67	16	5	10	1.38
156116--156173	22	2.6	22	77	0	62	20	15	39	24	1.91
157730--157754	3	8.3	3	100	0	50	36	0	64	0	0.94
163197--163241	23	2.0	23	82	8	56	22	15	0	62	1.33
165017--165129	60	1.9	59	81	5	138	33	15	15	34	1.90
172486--172574	34	2.7	32	77	10	90	39	0	2	58	1.11
174295--174342	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
174346--174439	21	4.5	21	89	5	120	18	34	26	21	1.96
174980--175331	126	2.8	126	97	0	659	32	20	26	21	1.97
175399--175439	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
178429--178469	11	3.6	11	84	15	57	41	0	0	58	0.98
178479--178536	23	2.6	23	94	5	102	44	12	3	39	1.58
181429--181488	29	2.0	30	84	9	79	28	13	8	50	1.70
181705--181733	15	1.9	15	100	0	58	27	0	17	55	1.42
181720--181785	17	3.8	17	76	11	71	37	1	15	45	1.55
181877--181918	15	2.6	17	81	14	61	33	9	16	40	1.81
182501--182654	30	5.1	32	88	7	157	47	21	15	15	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182522--182654	60	2.2	60	91	0	212	47	21	15	15	1.82
182501--182673	15	11.5	15	65	22	78	47	20	15	16	1.82
184561--184658	13	7.5	13	75	8	92	27	13	13	45	1.80
184546--184707	26	6.0	26	79	8	148	29	13	12	44	1.81
184548--184708	52	3.0	52	81	8	171	28	13	13	44	1.82
185374--185488	16	7.2	16	77	10	92	16	4	14	64	1.44
185359--185488	32	4.1	31	78	8	127	16	4	14	63	1.46
187591--187648	26	2.5	22	83	11	62	41	0	17	41	1.49
188126--188179	20	2.6	21	72	16	51	22	11	25	40	1.87
188193--188238	23	2.0	23	95	0	83	26	23	21	28	1.99
188195--188254	23	2.6	24	82	10	72	21	25	26	26	2.00
188361--188397	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
188536--188573	12	2.8	13	88	11	51	55	0	7	36	1.29
193296--193353	23	2.5	23	88	5	82	20	24	25	29	1.99
193296--193361	23	2.9	23	86	4	71	21	22	24	31	1.98
193460--193486	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
193623--193660	12	2.8	13	88	11	51	55	0	7	36	1.29
195294--195387	30	3.2	29	74	17	88	28	7	27	36	1.84
195581--195612	16	2.0	16	93	0	55	46	9	6	37	1.61
196581--196720	35	3.9	35	73	11	97	46	4	7	41	1.52
196763--196827	30	2.2	30	86	10	89	40	1	7	50	1.40
203347--203439	42	2.2	42	81	11	111	19	12	16	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203765--203827	28	2.4	26	85	12	92	47	0	1	50	1.10
203809--203883	23	3.2	23	83	7	71	50	2	0	46	1.15
203809--203884	37	2.1	37	83	11	97	51	2	0	46	1.15
203840--203884	23	2.0	23	90	0	72	53	2	0	44	1.13
204235--204264	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
204330--204387	15	3.9	15	81	2	64	34	22	3	39	1.71
204173--204424	124	2.0	123	86	2	344	40	19	5	33	1.75
208209--208304	47	2.0	48	97	2	185	25	29	16	29	1.97
217542--217584	20	2.2	20	86	0	59	34	13	16	34	1.88
222782--222839	23	2.5	23	94	2	98	51	0	36	12	1.39
224930--224981	26	2.0	26	92	0	86	32	0	11	55	1.36
245584--245612	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
248902--248949	18	2.7	18	93	6	80	22	39	4	33	1.74
249081--249189	51	2.1	51	93	0	182	14	55	10	19	1.67
249081--249207	51	2.5	51	86	0	146	12	56	10	20	1.65
249181--249270	30	3.0	30	91	0	135	8	57	10	23	1.59
251737--251777	17	2.3	18	80	19	50	73	2	4	19	1.13
253966--254017	24	2.1	26	89	7	81	15	13	17	53	1.72
255568--255653	41	2.1	41	97	0	163	51	5	9	33	1.58
259324--259371	25	1.9	25	86	0	69	25	12	12	50	1.75
261398--261558	87	1.9	87	95	0	295	40	10	14	33	1.81
261711--262351	182	3.5	182	95	1	1146	27	17	12	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265052--265400	184	1.9	184	92	1	592	33	14	14	37	1.87
266685--266724	12	3.3	12	85	0	53	20	32	7	40	1.80
268814--268862	19	2.6	19	87	6	73	55	10	4	30	1.52
270413--270500	33	2.7	33	91	3	133	3	42	0	54	1.17
270686--270750	34	1.9	33	84	3	85	24	43	0	32	1.55
270789--270829	21	2.0	21	90	0	64	19	26	12	41	1.87
270911--270943	15	2.2	15	94	0	57	9	63	9	18	1.49
273052--273525	182	2.6	182	89	0	707	26	16	13	43	1.85
274822--274847	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
275040--275448	30	14.1	29	71	13	164	36	7	2	54	1.40
275244--275324	31	2.7	31	81	14	98	43	4	1	50	1.31
275244--275334	32	2.9	32	79	14	100	40	5	1	52	1.32
279276--279336	20	3.0	20	80	0	77	22	14	16	45	1.84
279972--280045	29	2.6	29	84	2	96	24	16	18	40	1.90
280036--280104	29	2.4	29	87	4	95	20	28	13	37	1.90
282002--282059	23	2.7	20	80	17	62	34	0	3	62	1.12
282078--282123	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
290497--290704	105	2.0	105	90	0	326	33	23	12	30	1.92
300742--300824	43	1.9	43	92	0	139	18	30	38	13	1.88
301852--301913	33	1.9	32	87	9	90	62	8	1	27	1.32
306284--306355	32	2.2	32	85	0	90	27	27	26	18	1.98
308246--308275	16	1.9	15	93	6	51	83	0	16	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312478--312604	35	3.6	35	82	6	166	32	18	20	28	1.96
312475--312617	71	2.0	71	94	0	250	31	20	20	27	1.98
313613--313670	27	2.1	27	80	0	62	25	13	15	44	1.83
314580--314647	23	3.0	23	82	0	91	27	25	17	29	1.97
315571--315608	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
315626--315717	45	2.0	46	93	2	159	30	26	17	26	1.97
318481--318531	22	2.3	22	93	0	93	25	13	13	47	1.80
321188--321268	24	3.6	23	74	14	71	22	23	23	30	1.99
321369--321403	17	2.0	18	88	5	54	17	31	2	48	1.61
322803--322846	21	2.1	21	82	0	52	9	38	15	36	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8