genome.fa.s5203.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005203.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011761_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1490345

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  6  of  8  ( 934 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842516--842571	3	20.0	3	82	14	66	32	0	1	66	1.03
843856--843898	14	3.0	14	81	15	52	32	2	0	65	1.06
843926--843973	19	2.7	18	76	20	55	27	4	2	66	1.21
843969--843998	15	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
846432--846470	15	2.7	15	88	4	53	20	15	12	51	1.76
851270--852070	115	7.0	115	95	0	1363	34	15	19	30	1.92
854004--854083	40	2.0	40	95	0	142	33	15	23	27	1.94
854044--854188	54	2.8	54	86	6	192	35	15	24	24	1.94
854554--854609	23	2.5	23	82	2	69	37	14	12	35	1.84
855043--856478	113	12.6	113	91	4	2268	36	15	21	27	1.93
855845--855884	16	2.5	16	95	0	71	45	15	25	15	1.84
855507--856478	355	2.8	355	92	4	1550	36	15	21	27	1.93
855394--856478	468	2.4	468	90	4	1722	36	15	21	27	1.93
856743--856801	13	4.4	14	76	18	54	32	0	1	66	1.02
856743--856799	10	5.6	11	74	17	61	31	0	1	66	1.02
856747--856822	24	3.2	24	81	7	68	38	0	1	60	1.05
856747--856801	3	20.0	3	78	17	57	32	0	1	65	1.03
858063--858118	15	3.8	15	76	9	53	28	3	0	67	1.07
858117--858173	3	19.0	3	75	13	55	28	3	1	66	1.18
858109--858173	12	5.2	12	77	20	62	27	3	1	67	1.14
858057--858142	29	3.1	27	74	22	79	27	2	2	67	1.15
858136--858173	16	2.5	15	91	4	58	23	5	0	71	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858131--858173	13	3.1	15	77	16	56	25	4	0	69	1.07
858368--858409	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
867280--867311	15	2.0	17	88	11	50	31	12	3	53	1.54
867303--867338	18	1.9	19	88	5	56	27	0	2	69	1.02
867356--867470	39	2.9	38	76	17	101	73	4	6	14	1.19
867416--867470	18	2.8	19	78	18	60	74	7	3	14	1.17
870931--871014	31	2.7	30	76	5	87	34	16	19	29	1.94
877316--877340	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
878259--878308	23	2.2	23	88	0	73	38	10	18	34	1.84
878259--878315	23	2.5	23	82	0	60	42	8	15	33	1.78
878066--878326	87	3.0	86	86	1	360	43	9	12	34	1.76
878366--878680	156	2.0	156	93	0	531	40	15	13	30	1.86
878809--878882	23	3.2	23	92	0	112	33	18	8	39	1.81
878928--879021	23	4.1	23	90	0	143	36	15	8	39	1.79
879463--879760	155	1.9	156	93	0	517	39	14	13	32	1.85
879933--880006	23	3.2	23	88	0	103	36	18	6	37	1.78
880052--880242	23	8.1	23	74	14	183	32	19	7	39	1.80
879907--880116	110	1.9	110	93	0	357	33	16	10	40	1.82
880672--880977	156	2.0	156	96	0	567	40	15	14	30	1.86
881144--881240	23	4.2	23	90	0	149	34	18	9	38	1.83
881277--881337	23	2.7	23	89	0	95	34	19	6	39	1.78
881499--882050	274	2.0	276	97	0	1036	42	9	6	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881577--882135	274	2.0	271	83	6	669	44	9	6	39	1.64
882031--882335	155	2.0	156	88	1	452	39	14	13	33	1.85
882490--882534	23	2.0	23	90	0	72	40	17	8	33	1.81
882455--882627	87	2.0	87	93	0	292	31	15	10	42	1.81
882568--882651	23	3.7	23	88	0	114	35	19	5	39	1.76
883506--883552	23	1.9	24	87	12	69	65	0	14	19	1.26
885050--885084	9	4.0	9	96	3	63	8	0	0	91	0.42
885051--885084	1	34.0	1	87	0	50	5	0	0	94	0.32
885067--885123	26	2.3	24	79	8	62	15	10	3	70	1.29
900318--900346	9	3.2	9	100	0	58	31	0	0	68	0.89
913565--913726	60	2.7	60	75	3	157	41	7	20	30	1.80
913945--914420	234	2.0	234	98	0	925	33	19	20	25	1.97
916496--916531	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
916470--916657	47	4.2	47	81	12	211	48	3	4	43	1.40
916607--916701	38	2.5	37	84	5	127	44	3	6	46	1.44
916605--916718	37	3.1	38	85	2	142	43	3	7	44	1.50
916698--916737	20	2.0	20	95	0	71	37	5	15	42	1.68
916738--916776	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
917900--917938	7	5.3	7	82	11	51	15	5	0	79	0.90
917900--917938	15	2.6	14	84	11	51	15	5	0	79	0.90
918101--918125	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
922150--922351	99	2.0	99	86	5	284	36	15	17	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922270--922435	84	2.0	84	85	2	226	31	16	18	32	1.94
923938--924417	85	5.7	85	87	2	660	34	20	19	25	1.96
923938--924417	168	2.8	169	87	2	678	34	20	19	25	1.96
925071--925131	13	4.9	12	72	20	54	40	0	11	47	1.40
925049--925409	37	10.2	37	76	18	262	42	3	9	43	1.55
925168--925221	27	2.0	28	92	3	92	44	5	9	40	1.60
925213--925268	11	4.8	11	72	20	51	48	7	8	35	1.62
925121--925257	64	2.2	63	85	3	179	43	5	9	42	1.59
925182--925409	75	3.1	73	79	19	260	45	4	8	41	1.55
925140--925339	64	3.1	63	81	9	181	45	5	8	41	1.58
925257--925326	28	2.4	30	92	4	117	45	5	7	41	1.55
925221--925361	66	2.1	67	89	10	220	46	4	7	41	1.54
925390--925429	20	2.0	20	90	0	62	37	5	12	45	1.64
926642--926675	7	4.9	7	85	0	50	11	5	0	82	0.83
926705--926754	16	3.1	15	85	5	64	6	10	2	82	0.92
926767--926803	16	2.2	18	85	9	51	13	5	0	81	0.86
927519--927564	15	3.1	14	81	12	56	58	0	0	41	0.98
927757--927829	31	2.4	31	88	4	103	42	28	9	19	1.82
929261--929363	49	2.1	49	98	0	197	27	18	13	40	1.88
937040--937068	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
939466--939494	14	2.1	14	93	6	51	68	3	6	20	1.27
940657--940708	23	2.3	23	82	0	68	26	15	25	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
941927--942037	35	3.4	32	74	17	102	40	18	19	20	1.92
941961--942072	35	3.3	35	68	18	92	38	22	21	17	1.93
941925--942087	67	2.4	66	87	4	229	38	20	20	20	1.93
949153--949240	34	2.7	31	76	11	86	40	9	5	44	1.60
949153--949240	33	2.7	34	77	5	92	40	9	5	44	1.60
954338--954394	23	2.5	23	91	0	96	52	8	8	29	1.62
956441--956483	16	2.5	17	85	11	61	23	13	13	48	1.79
957377--957459	20	4.0	21	82	7	107	19	27	32	20	1.97
960774--960878	21	5.0	21	80	6	115	18	26	37	18	1.93
960818--960858	18	2.2	19	86	4	57	14	26	34	24	1.94
960774--960859	19	4.3	19	81	11	75	16	26	38	18	1.92
962013--962053	20	2.0	20	85	9	55	51	29	0	19	1.47
972793--972840	20	2.4	20	82	0	60	10	29	58	2	1.43
972810--972841	17	1.9	16	93	6	55	9	31	59	0	1.29
974399--974519	57	2.1	57	90	0	188	20	22	24	32	1.98
974399--974537	57	2.4	56	85	7	181	20	21	25	33	1.97
975487--975540	21	2.5	22	87	3	74	55	27	0	16	1.42
975440--975583	43	3.4	42	72	11	112	53	22	3	20	1.60
979849--979917	23	3.0	23	93	0	120	28	21	14	34	1.93
988754--988783	15	1.9	16	93	6	53	20	23	0	56	1.42
992387--992462	31	2.5	31	95	0	134	42	11	11	34	1.78
1000876--1000949	20	3.5	21	71	18	64	62	4	6	27	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1000848--1000909	25	2.5	26	84	5	83	66	3	4	25	1.27
1002190--1002472	123	2.3	123	93	1	496	24	18	16	40	1.90
1002621--1003310	73	9.5	73	94	2	1201	40	12	16	30	1.85
1004633--1004809	75	2.4	75	87	0	255	29	22	15	32	1.95
1006053--1006093	18	2.3	18	87	8	57	0	24	0	75	0.80
1006046--1006095	17	3.1	17	75	16	52	0	26	0	74	0.83
1006488--1006517	15	2.0	15	93	0	51	0	23	0	76	0.78
1007173--1007241	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
1007182--1007241	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
1007321--1007419	21	4.8	20	80	10	110	23	34	19	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8