genome.fa.s5203.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005203.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011761_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1490345

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704547--704706	37	4.6	37	68	21	137	38	13	18	30	1.89
704510--705205	94	7.0	102	91	5	1098	37	12	18	31	1.88
704835--704907	37	2.0	37	86	5	103	41	13	19	26	1.88
704487--705205	290	2.4	290	93	2	1231	37	12	18	31	1.88
704837--704921	37	2.3	37	81	2	100	42	14	18	24	1.88
705031--705247	37	6.0	37	73	16	177	38	11	19	29	1.88
704510--705192	196	3.5	196	93	3	1130	37	12	18	32	1.88
705133--705238	40	2.7	39	91	4	162	37	13	21	27	1.91
710635--710716	18	4.7	18	77	13	66	73	1	9	15	1.16
710645--710716	9	8.3	9	75	20	64	76	1	8	13	1.08
710663--710712	5	10.6	5	75	12	52	78	2	4	16	1.00
710643--710708	23	2.9	22	82	6	69	75	1	7	15	1.09
710923--710974	23	2.3	23	79	0	59	67	5	5	21	1.33
711493--711534	20	2.1	20	86	0	57	7	38	38	16	1.76
713202--713239	20	1.9	20	84	10	51	50	2	0	47	1.15
714417--714489	24	3.0	24	88	4	67	10	15	24	49	1.76
714427--714482	14	4.3	14	82	17	75	8	14	25	51	1.70
714428--714502	24	3.1	23	90	3	96	12	12	21	54	1.69
715585--715641	16	3.6	16	90	0	96	8	12	19	59	1.58
726140--726183	13	3.2	13	76	17	52	13	20	25	40	1.89
727850--727960	31	3.5	31	72	18	109	21	18	21	37	1.94
727837--727962	66	1.9	67	91	1	209	21	18	22	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729324--729376	20	2.6	20	84	3	70	39	22	15	22	1.91
729368--729594	20	11.3	20	77	10	148	40	22	15	21	1.91
729368--729594	40	5.7	41	73	16	172	40	22	15	21	1.91
729323--729594	60	4.5	61	75	14	203	40	22	15	22	1.91
729736--729782	22	2.1	22	92	0	76	19	42	17	21	1.89
730148--730187	20	2.0	20	85	4	55	12	20	17	50	1.78
731909--732018	42	2.6	42	86	2	132	25	14	30	29	1.95
732054--732103	21	2.4	21	82	0	64	22	20	28	30	1.98
732200--732241	4	10.5	4	84	0	57	26	2	2	69	1.13
732385--732447	21	3.0	21	80	13	67	20	30	19	30	1.97
732411--732503	42	2.2	42	82	3	116	20	33	20	25	1.97
733830--734005	66	2.6	65	87	7	246	27	2	16	52	1.57
734060--734117	20	2.9	21	87	7	93	41	22	17	18	1.90
737501--737538	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
737694--737739	19	2.3	21	85	7	60	28	10	21	39	1.87
737706--737968	20	13.0	20	69	17	114	24	13	25	36	1.92
737714--737866	40	3.8	39	80	12	141	19	13	25	41	1.88
737735--737866	60	2.2	60	94	0	228	18	14	25	41	1.88
737862--737906	21	2.2	20	84	4	54	37	11	24	26	1.89
738409--738756	20	17.5	20	85	5	438	33	26	19	20	1.96
739456--739502	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
739676--739700	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741970--742224	19	14.4	19	80	16	316	47	18	20	14	1.83
741970--742224	33	7.2	34	82	13	240	47	18	20	14	1.83
741998--742224	52	4.2	55	89	9	298	47	17	21	14	1.83
741970--742246	90	3.2	89	88	8	387	46	18	20	14	1.84
741970--742246	52	5.3	55	86	11	290	46	18	20	14	1.84
742252--742353	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
742459--742495	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
744390--744454	18	3.4	19	83	10	80	44	27	16	10	1.81
744390--744523	19	7.6	19	75	18	119	45	23	19	11	1.82
744445--744501	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
744390--744518	33	3.8	33	87	5	168	46	24	18	10	1.81
744519--744647	19	7.3	18	73	20	112	8	17	27	46	1.77
744519--744610	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
744778--745148	92	4.0	93	96	1	694	46	18	12	22	1.83
746845--746931	14	5.6	14	69	28	61	42	24	24	9	1.83
746837--746949	33	3.5	33	89	4	185	46	21	23	9	1.80
746890--746954	19	3.7	19	72	19	68	46	21	21	10	1.82
746966--747020	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
746950--747020	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
746961--747042	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
746973--747061	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
747141--747211	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747391--747444	21	2.5	22	78	3	65	20	16	38	24	1.92
747590--747782	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
747590--747782	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
747838--747889	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
750458--750504	22	2.1	23	88	4	69	38	25	12	23	1.90
753893--754010	61	1.9	61	81	10	143	32	20	12	34	1.90
757311--757350	3	13.7	3	84	5	55	32	2	2	62	1.22
758072--758098	14	1.9	14	100	0	54	3	44	0	51	1.19
758481--758540	24	2.5	22	72	17	57	38	3	6	51	1.45
763072--763155	14	5.8	13	71	24	53	76	8	11	3	1.13
763104--763155	15	3.7	14	77	10	52	76	5	13	3	1.10
763052--763174	48	2.5	46	76	19	117	72	9	15	2	1.21
764341--764930	4	153.8	4	90	8	953	49	24	0	25	1.53
765446--765696	108	2.4	106	78	12	282	32	17	11	38	1.85
765632--765769	36	3.8	36	78	7	138	34	18	12	34	1.89
765785--765866	31	2.6	32	76	9	96	31	17	15	35	1.91
766267--766346	28	2.9	28	86	3	99	23	16	15	45	1.85
766493--766617	40	3.0	43	71	14	125	25	30	17	26	1.97
766768--766846	3	26.7	3	89	2	124	32	2	1	63	1.16
767618--767668	2	25.5	2	100	0	102	0	49	0	50	1.00
771192--771231	21	1.9	21	85	10	55	50	0	7	42	1.30
771785--771811	14	1.9	14	100	0	54	22	0	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777000--777063	31	2.1	31	82	5	76	35	23	21	18	1.95
778561--778642	26	3.2	26	98	0	155	30	2	7	59	1.37
793893--793927	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
793896--793925	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
793894--793929	17	2.1	17	100	0	72	47	0	0	52	1.00
797050--797176	57	2.2	58	87	5	186	41	22	14	22	1.89
798183--798237	18	2.7	22	75	21	73	34	0	41	23	1.55
802434--802565	20	6.6	20	81	4	149	21	35	25	17	1.95
802503--802565	19	3.3	19	86	4	99	17	41	28	12	1.86
802449--802565	39	2.9	39	88	3	162	21	34	28	16	1.95
803841--803887	19	2.4	20	85	3	60	48	6	12	31	1.66
805312--805396	21	4.0	21	80	4	100	21	36	24	17	1.94
808203--808251	13	3.6	13	78	8	53	53	14	6	26	1.64
811601--811689	31	2.9	30	82	12	110	26	17	19	35	1.94
811847--811916	31	2.3	31	85	5	88	27	20	17	35	1.94
811500--811996	246	2.0	246	98	0	958	30	14	23	31	1.94
816356--816408	20	2.8	18	75	10	61	64	7	1	26	1.31
817968--818010	14	3.0	14	80	6	50	25	0	4	69	1.07
818994--819062	32	2.2	32	91	0	111	13	8	23	55	1.65
819110--819167	27	2.2	26	87	3	80	17	3	18	60	1.50
820042--820567	83	6.3	83	77	3	436	31	18	15	34	1.92
820046--820574	248	2.1	248	79	5	559	31	18	15	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820653--820700	8	6.1	8	79	13	55	35	35	2	27	1.69
820655--820700	15	3.0	15	83	3	56	36	34	2	26	1.69
824229--824283	18	2.9	18	84	10	65	41	1	1	54	1.21
827772--827924	59	2.6	61	80	7	181	30	12	3	53	1.54
834574--834614	21	2.0	21	95	0	73	29	14	36	19	1.92
836172--836492	103	3.1	103	95	0	579	37	23	13	25	1.91
839003--839047	21	2.1	21	83	0	54	31	26	24	17	1.97
840006--840099	31	3.0	31	92	3	145	20	19	23	37	1.94
842515--842592	19	4.0	20	85	6	79	37	0	1	61	1.04
842506--842571	22	3.0	22	86	2	87	28	0	3	68	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8