genome.fa.s7173.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007173.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018827_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1357898

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167238--167889	113	5.5	114	76	14	590	38	14	20	26	1.91
167237--167977	237	3.1	237	88	4	1023	38	14	20	26	1.91
167588--167984	123	3.2	122	80	3	424	39	15	19	25	1.91
168132--168203	3	23.0	3	83	8	90	37	0	0	62	0.95
173574--173629	28	2.0	28	85	0	76	48	1	0	50	1.11
175790--175853	32	1.9	34	87	6	96	43	21	0	34	1.53
175850--175921	33	2.1	35	84	5	94	38	1	15	44	1.55
183478--183965	245	2.0	238	94	5	845	39	18	19	23	1.92
190670--190726	29	1.9	30	85	3	80	26	24	7	42	1.80
191194--191663	79	5.9	79	91	0	690	29	24	10	35	1.89
191262--191658	45	9.8	43	69	22	254	29	24	10	35	1.89
191307--191608	34	7.9	34	71	21	190	30	24	10	34	1.89
192203--192259	21	2.7	21	94	0	105	35	15	15	33	1.90
203596--203709	3	37.0	3	79	10	97	57	0	3	37	1.22
204975--205051	22	3.5	22	85	3	102	44	12	7	35	1.72
210522--210546	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
212325--212398	29	2.6	28	79	8	87	1	25	5	67	1.20
212775--212898	3	40.7	3	86	3	167	62	0	1	34	1.10
213026--213516	76	6.4	76	92	0	786	33	21	20	24	1.97
216453--216902	115	3.9	115	92	0	699	32	21	14	32	1.92
219038--219088	1	51.0	1	80	0	57	0	5	3	90	0.56
219038--219096	14	4.2	14	82	6	75	0	8	3	88	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219038--219092	11	5.0	11	84	8	76	0	7	3	89	0.60
219388--219429	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
225099--225172	29	2.6	28	81	8	96	0	25	6	67	1.15
225549--225642	3	30.7	3	89	4	143	64	1	1	32	1.07
227669--227780	3	36.7	3	78	12	86	57	2	1	38	1.24
232243--232268	11	2.4	11	100	0	52	34	15	0	50	1.45
237224--237289	23	2.9	23	88	0	96	37	19	19	22	1.94
237920--237957	20	1.9	20	94	0	67	36	23	21	18	1.95
238101--238167	20	3.3	20	87	8	100	17	19	19	43	1.89
240426--240472	24	2.0	24	87	8	69	6	25	12	55	1.61
240650--240696	24	2.0	24	95	0	85	36	21	21	21	1.96
241296--241346	20	2.5	20	77	3	57	37	11	23	27	1.90
241360--241408	19	2.5	19	87	9	64	22	14	30	32	1.93
245167--245377	63	3.4	63	83	1	248	16	29	5	47	1.69
250191--250308	21	5.4	22	76	13	84	40	2	9	47	1.49
250195--250308	22	5.3	22	75	12	103	39	2	9	48	1.50
256251--256275	12	2.1	12	100	0	50	28	16	16	40	1.89
257534--257830	72	4.1	72	70	9	203	34	21	19	25	1.96
259014--259181	24	7.4	23	75	14	136	42	4	9	43	1.56
259019--259179	22	7.2	22	80	6	157	42	4	9	43	1.58
259058--259201	24	6.0	27	72	21	81	41	4	10	43	1.58
259160--259271	28	4.1	28	68	22	78	42	3	8	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259289--259350	19	3.3	18	80	10	54	19	4	0	75	0.97
259306--259350	6	7.3	6	80	14	56	15	4	0	80	0.87
259291--259349	23	2.6	21	80	17	64	18	5	0	76	0.97
259300--259352	19	2.8	18	83	13	63	16	7	0	75	1.02
262093--262158	22	3.0	22	82	8	82	28	10	18	42	1.83
262098--262166	21	3.3	21	80	13	81	33	8	21	36	1.84
262112--262178	21	3.2	20	78	17	66	26	11	17	43	1.84
262099--262178	42	1.9	42	82	10	101	30	10	20	40	1.85
262133--262219	21	4.2	21	69	14	63	32	11	17	39	1.85
263205--263246	15	2.6	16	82	17	52	61	0	4	33	1.17
265024--265067	3	15.0	3	95	4	81	65	0	0	34	0.93
265066--265101	3	11.7	3	94	5	63	36	0	0	63	0.94
266915--266971	21	2.6	22	80	2	71	64	5	14	15	1.45
273584--273609	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
288467--288514	20	2.4	20	96	0	87	29	14	33	22	1.94
289051--289165	61	1.9	61	94	0	203	25	19	26	28	1.98
290592--290658	25	2.7	25	76	4	64	37	1	2	58	1.23
293693--293749	15	3.7	15	77	9	69	17	28	33	21	1.96
293684--293749	32	2.1	32	91	0	105	18	25	33	22	1.97
301552--301594	16	2.7	16	100	0	86	41	11	13	32	1.81
304751--304873	63	2.0	63	98	0	237	45	13	18	21	1.84
306778--306864	27	2.9	30	74	19	92	42	0	2	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311497--311598	34	2.9	36	88	5	163	44	12	14	28	1.82
311990--312032	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
316226--316308	15	5.2	16	72	10	55	79	8	12	0	0.93
316959--317013	22	2.5	22	100	0	110	36	27	12	23	1.91
317430--317465	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
317893--318087	36	5.4	36	76	11	168	25	20	14	40	1.90
317903--318226	72	4.6	73	76	10	239	26	19	14	39	1.90
317946--318226	72	4.0	71	77	10	317	25	19	14	40	1.89
318001--318189	102	1.9	102	89	2	299	26	18	13	40	1.88
318103--318225	36	3.4	36	84	7	160	24	20	14	40	1.90
317965--318289	138	2.4	137	85	2	454	27	20	12	39	1.88
318184--318341	67	2.4	67	85	5	196	32	21	8	37	1.83
318175--318341	65	2.5	65	83	4	192	31	21	8	38	1.83
318993--319724	105	7.0	105	88	3	1034	34	26	17	22	1.96
318993--319725	207	3.5	208	87	3	971	34	26	17	22	1.96
318993--319724	312	2.3	310	88	3	1119	34	26	17	22	1.96
320259--320360	34	2.9	36	91	5	172	44	13	14	27	1.83
320752--320794	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
337953--338037	32	2.7	32	96	0	161	29	11	29	29	1.92
338502--338538	19	2.0	19	89	5	58	32	21	2	43	1.67
359188--359217	12	2.5	12	88	0	51	33	30	36	0	1.58
367905--367972	27	2.5	27	75	17	70	23	17	10	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
369214--369369	15	10.7	14	68	17	88	73	6	18	1	1.11
369208--369265	21	2.8	20	78	19	57	77	3	18	0	0.91
369218--369264	20	2.3	21	85	10	62	78	4	17	0	0.90
369218--369279	23	2.8	22	76	9	63	72	6	19	1	1.15
369272--369379	13	7.8	13	71	23	55	73	7	18	0	1.12
369279--369376	42	2.4	42	84	6	121	73	7	18	1	1.12
370507--370661	68	2.4	61	79	13	170	29	14	12	43	1.82
370633--370694	32	1.9	32	90	0	97	29	17	12	40	1.87
370739--370796	29	2.0	30	86	3	82	25	20	15	37	1.92
370810--371062	48	5.8	42	71	16	160	24	30	19	24	1.98
370874--371062	90	2.1	90	92	3	310	25	29	19	25	1.98
371419--371457	3	13.3	3	84	15	55	35	0	0	64	0.94
373071--373176	29	3.6	31	71	11	87	25	14	7	52	1.67
373109--373268	60	2.7	59	80	10	182	19	17	8	55	1.67
372928--373288	30	12.1	30	72	11	163	19	14	11	55	1.69
374054--374100	16	2.9	16	81	12	60	27	8	6	57	1.53
382129--382172	6	7.3	6	97	0	70	31	11	18	38	1.86
382235--382263	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
387476--387508	15	2.1	16	94	5	59	6	24	18	51	1.68
389619--389651	15	2.1	16	88	5	50	39	3	0	57	1.14
390924--390963	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
391388--391418	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
391472--391514	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
391928--391996	34	2.0	34	94	0	120	31	14	11	42	1.82
392545--393310	105	7.3	105	89	2	1087	22	17	26	33	1.96
393969--394096	31	3.9	31	70	17	73	32	13	21	32	1.92
393872--394063	67	2.8	67	85	1	249	36	13	21	28	1.91
394018--394132	33	3.5	33	86	5	153	31	12	19	37	1.88
394173--394287	37	3.1	36	86	3	167	39	11	20	29	1.87
394301--394359	30	2.0	30	86	6	84	32	10	16	40	1.82
394342--394427	36	2.4	36	84	3	102	40	13	19	25	1.89
394337--394609	93	2.8	95	87	6	363	37	13	19	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9