genome.fa.s7173.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007173.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018827_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1357898

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4384--4464	23	3.6	22	75	8	65	38	25	18	17	1.92
4420--4480	23	2.7	23	86	0	86	36	24	26	13	1.92
4394--4480	46	1.9	46	88	4	133	36	26	21	14	1.93
5235--5282	20	2.4	20	89	6	71	25	20	16	37	1.93
9304--9389	27	3.2	27	96	0	154	53	25	1	19	1.52
13277--13328	18	3.1	17	76	20	56	57	0	0	42	0.98
13596--13713	42	2.8	42	93	1	193	17	16	18	46	1.84
13914--13965	8	6.1	9	78	21	51	44	0	0	55	0.99
13922--13996	8	9.8	8	71	17	52	49	1	0	49	1.09
13913--13963	14	3.4	14	79	15	57	41	0	0	58	0.98
14012--14053	20	2.0	21	86	4	59	45	0	0	54	0.99
14020--14077	27	2.1	28	90	9	93	46	0	1	51	1.11
13990--14077	30	3.0	30	82	14	98	45	0	2	52	1.13
14414--14483	20	3.5	20	98	0	131	32	15	11	40	1.83
14414--14492	40	2.0	40	89	0	122	32	16	10	40	1.82
14466--14515	15	3.4	15	83	5	57	36	14	10	40	1.79
14476--14517	15	2.9	15	89	3	59	38	14	9	38	1.78
15192--15247	18	3.0	18	71	19	51	42	0	3	53	1.18
17556--17709	29	5.2	29	77	14	113	38	5	1	54	1.33
17573--17727	59	2.6	57	79	9	161	41	5	1	50	1.35
17573--17725	29	5.2	28	77	14	114	41	5	1	51	1.35
20411--20907	54	9.3	54	87	3	684	31	20	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20630--20715	27	3.2	27	64	18	70	31	22	16	30	1.95
20411--20910	212	2.3	215	90	2	783	31	20	16	31	1.95
21082--21208	45	2.8	45	85	0	173	42	13	21	22	1.87
23387--23555	45	3.8	45	91	2	261	31	23	6	38	1.80
33449--33537	39	2.3	39	84	0	115	20	23	19	37	1.94
34911--34972	24	2.6	24	86	0	88	38	24	29	8	1.84
39976--40014	14	2.8	14	84	0	51	28	20	25	25	1.99
40987--41017	15	2.1	15	100	0	62	22	25	0	51	1.48
42299--42332	17	2.0	17	94	0	59	47	17	14	20	1.83
44029--44080	16	3.2	16	84	15	56	1	17	0	80	0.80
44746--44869	1	124.0	1	79	0	131	0	8	0	89	0.57
44746--44869	14	8.8	14	83	8	162	0	8	0	89	0.57
44751--44868	16	6.8	17	88	11	161	0	8	0	89	0.56
60219--60554	34	9.6	34	76	11	249	44	5	10	39	1.61
60219--60554	69	4.8	69	78	11	262	44	5	10	39	1.61
60219--60487	104	2.6	102	84	8	321	45	5	10	38	1.61
60564--60604	4	10.0	4	89	5	64	26	0	2	70	0.99
82475--82630	29	5.4	29	87	3	217	49	16	2	31	1.59
82475--82630	57	2.7	56	90	3	222	49	16	2	31	1.59
91347--91528	63	2.9	63	84	0	229	15	30	7	46	1.73
95108--95166	31	1.9	30	82	3	73	38	3	25	32	1.72
97751--97775	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97805--97972	22	7.5	22	75	15	139	44	8	3	44	1.51
97837--97938	21	4.6	22	81	9	111	44	9	4	41	1.59
97803--97965	67	2.4	67	86	9	215	45	8	3	42	1.50
97831--97965	45	3.1	44	78	14	136	44	8	3	42	1.53
99169--99488	143	2.2	143	93	0	541	24	19	22	34	1.97
99157--99630	72	6.6	72	77	4	359	24	20	21	34	1.97
99170--99561	143	2.7	143	88	1	500	25	20	21	33	1.97
105205--105284	20	3.9	19	76	16	65	31	13	17	37	1.89
105220--105325	21	5.1	21	68	12	58	33	13	15	38	1.86
108130--108216	3	28.7	3	95	2	156	34	0	1	64	1.01
110081--110137	21	2.7	22	81	5	73	66	5	12	15	1.41
111505--111553	3	15.7	3	83	8	53	63	0	0	36	0.95
111509--111560	12	4.2	12	79	11	52	65	0	0	34	0.93
112058--112776	113	6.4	113	92	0	1168	27	19	14	38	1.90
113484--113822	114	3.0	114	95	0	579	31	21	16	31	1.95
114481--114537	9	6.3	9	77	0	60	1	19	0	78	0.83
114481--114555	18	3.9	19	73	13	64	2	20	0	77	0.89
114481--114557	21	3.8	20	76	15	63	2	20	0	76	0.90
114487--114557	29	2.4	29	83	6	81	2	22	0	74	0.94
114480--114556	13	5.8	13	72	17	61	2	20	0	76	0.90
121883--121914	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
127057--127105	3	15.7	3	83	8	62	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127622--127932	107	2.9	108	92	3	529	44	20	7	27	1.79
132794--132834	16	2.6	16	92	0	64	39	9	26	24	1.86
141356--141475	61	2.0	61	93	0	204	25	19	26	28	1.99
143718--144432	216	3.3	216	91	2	1140	51	8	11	28	1.68
144176--144204	14	2.1	14	100	0	58	72	6	0	20	1.07
144485--144644	20	7.7	21	78	12	143	46	4	4	45	1.43
144485--144752	20	12.7	21	71	20	118	45	4	5	45	1.46
144485--144654	2	81.5	2	71	14	112	45	4	4	45	1.43
144701--144785	15	5.7	15	71	21	63	42	0	4	52	1.22
144709--144772	24	2.7	24	80	11	78	40	0	4	54	1.21
144755--144791	13	2.9	13	81	18	51	35	0	8	56	1.29
144793--144848	7	8.6	7	84	15	84	14	0	42	42	1.45
144803--144857	24	2.1	27	90	9	89	18	0	34	47	1.49
144875--144973	29	3.2	30	81	11	103	42	8	4	45	1.52
144931--145132	20	10.7	20	66	28	97	43	9	6	40	1.65
144939--145143	33	6.1	33	73	16	186	42	9	6	40	1.63
144935--144993	18	3.4	18	65	13	52	45	10	8	35	1.68
144901--144997	29	3.2	29	78	11	97	44	8	6	41	1.59
144939--145140	35	5.9	35	74	16	149	42	9	6	41	1.64
145023--145130	18	5.9	18	72	18	89	41	10	6	41	1.64
145023--145132	38	3.0	38	88	6	138	41	10	6	41	1.64
145020--145309	53	5.5	52	74	15	168	42	8	5	44	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145127--145309	2	87.0	2	65	20	63	42	7	4	45	1.53
145127--145306	20	10.0	18	67	23	96	41	7	5	46	1.53
145286--145335	20	2.5	20	80	3	66	48	10	2	40	1.48
145427--145483	24	2.3	25	81	3	71	47	0	5	47	1.24
145441--145483	18	2.4	18	84	3	52	51	0	4	44	1.22
145471--145520	22	2.2	22	85	7	64	46	2	6	46	1.39
145564--145624	7	8.7	7	75	7	61	19	0	36	44	1.51
145529--145624	41	2.3	42	92	1	158	20	1	35	42	1.59
145658--145707	13	3.8	13	77	17	59	38	6	2	54	1.37
145631--145761	43	2.9	48	87	10	147	39	7	0	51	1.36
145660--145763	22	4.7	23	73	23	98	38	6	0	53	1.34
145649--145763	43	2.6	45	91	5	207	39	6	0	53	1.34
145716--145806	33	2.8	33	83	8	109	42	7	3	46	1.49
145757--145808	13	3.6	13	75	22	50	46	9	5	38	1.61
145772--145839	22	3.2	22	70	16	70	45	10	5	38	1.63
145763--145841	42	1.9	41	89	5	124	45	10	6	37	1.63
145764--145882	18	6.3	18	66	27	61	43	9	8	38	1.67
147305--147336	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
149500--149546	23	2.1	22	84	4	58	31	14	17	36	1.90
150058--150099	15	2.8	15	88	0	57	59	0	2	38	1.10
150440--150478	16	2.4	16	91	0	60	33	17	28	20	1.96
150976--151037	25	2.5	24	76	5	70	35	1	3	59	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151787--151818	17	1.9	16	93	6	55	40	0	0	59	0.97
153903--153957	21	2.5	21	88	5	74	21	3	1	72	1.09
157210--157241	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
164546--164621	1	76.0	1	78	0	80	89	0	10	0	0.49
164543--164618	9	8.2	9	91	2	107	88	0	11	0	0.52
164541--164621	41	2.0	41	95	2	146	87	0	12	0	0.54
164940--164976	16	2.3	16	90	9	58	35	5	5	54	1.47
165985--166377	83	4.6	83	92	3	581	25	12	23	38	1.90
165985--166377	175	2.3	169	90	4	596	25	12	23	38	1.90
166704--166903	95	2.1	95	96	0	364	37	15	15	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9