genome.fa.s7173.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007173.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018827_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1357898

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685360--685688	113	3.0	112	86	6	415	37	14	11	36	1.82
685360--685688	169	2.0	161	82	7	401	37	14	11	36	1.82
685729--685992	56	4.7	56	79	2	253	39	14	9	36	1.79
685730--686000	112	2.4	110	79	4	283	39	14	9	36	1.79
685903--686313	150	2.7	147	82	3	468	39	14	10	35	1.81
686212--686767	169	3.3	168	77	6	453	39	16	10	33	1.83
686212--686767	113	4.9	109	76	8	413	39	16	10	33	1.83
686195--687351	56	20.1	56	74	9	621	39	16	10	33	1.82
686591--686958	190	1.9	189	86	1	522	38	15	10	35	1.82
686534--687015	246	2.0	247	84	1	635	39	15	10	35	1.81
686780--687312	113	4.7	113	83	4	632	39	17	9	33	1.82
686780--689776	169	17.8	168	71	13	1089	38	16	10	34	1.82
686438--687312	359	2.5	359	81	7	951	40	16	9	33	1.81
687231--687501	150	1.8	150	83	4	368	39	16	11	32	1.85
687381--688281	56	16.1	56	80	5	896	39	15	10	34	1.82
687381--689783	112	21.2	112	72	11	1244	38	16	10	34	1.82
688328--688540	56	3.8	56	83	3	268	37	17	9	35	1.82
688612--689434	56	14.6	56	82	3	784	38	16	10	34	1.82
688607--689776	168	6.8	168	79	6	1016	38	16	10	34	1.82
689431--689784	56	6.3	56	77	8	335	37	17	9	35	1.83
689355--689508	75	2.1	76	81	4	179	42	18	8	31	1.80
689255--689774	187	2.9	187	78	7	463	38	16	9	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690703--690829	29	4.4	29	96	0	227	33	15	22	28	1.95
690717--690875	46	3.2	46	87	10	201	32	15	23	28	1.95
690746--690906	75	2.1	75	98	0	313	32	16	22	28	1.96
690821--690904	29	2.9	29	100	0	168	32	15	23	28	1.95
690703--690904	58	3.7	56	82	15	244	32	15	23	28	1.95
690717--690904	104	1.8	104	100	0	376	31	15	23	28	1.96
692545--692608	23	2.8	23	79	9	76	29	26	23	20	1.99
692624--692841	103	2.1	103	93	0	373	36	22	13	27	1.92
693290--693417	64	2.0	67	90	7	210	26	19	19	34	1.96
693302--693462	64	2.5	62	83	8	180	27	20	18	34	1.95
705127--705186	23	2.6	23	86	0	75	38	26	15	20	1.91
705211--705428	103	2.1	103	94	0	382	36	23	13	26	1.92
705874--706012	64	2.1	66	82	12	180	25	18	18	36	1.94
709577--709632	20	2.8	20	83	2	67	37	0	17	44	1.49
710231--710312	42	2.0	42	90	4	130	47	8	14	29	1.74
710253--710311	20	2.8	21	69	7	57	49	10	13	27	1.74
712478--712669	56	3.4	56	82	0	224	43	14	10	32	1.79
712457--712669	112	1.9	111	82	2	266	41	13	9	35	1.77
714999--715571	118	5.1	107	66	19	308	39	14	13	31	1.86
714841--715556	226	3.2	225	88	1	1033	39	15	14	30	1.87
715952--716003	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
716003--716029	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732839--732921	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
737545--737627	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
739154--739187	17	2.1	17	88	5	52	76	0	23	0	0.79
740923--740961	21	1.9	20	84	5	51	35	20	15	28	1.93
745792--745829	20	1.9	20	100	0	76	42	5	23	28	1.76
745791--745833	20	2.2	20	86	0	68	37	11	23	27	1.89
746109--746161	25	2.1	25	89	0	79	35	7	28	28	1.84
750354--750450	23	4.3	23	73	19	96	27	18	19	34	1.95
753051--753373	160	2.0	162	98	1	623	31	19	20	28	1.97
756598--756654	20	2.8	21	77	15	57	28	8	31	31	1.87
760112--760180	36	2.0	36	88	5	106	50	11	21	15	1.76
762772--762804	5	6.8	5	93	6	59	18	0	0	81	0.68
762773--762803	9	3.3	9	95	4	53	19	0	0	80	0.71
762772--762804	14	2.3	15	94	5	59	18	0	0	81	0.68
762771--762813	15	2.9	15	86	10	61	20	0	0	79	0.74
762773--762813	19	2.2	19	86	8	57	21	0	0	78	0.76
762910--763074	75	2.2	74	89	3	242	27	16	3	52	1.60
762988--763086	35	2.9	33	76	8	103	27	15	4	53	1.59
763844--763884	5	7.8	5	88	5	55	14	2	2	80	0.92
772072--773000	220	4.2	220	82	2	1022	33	24	14	27	1.94
772072--772992	441	2.1	442	83	2	1174	33	24	14	27	1.94
775408--775449	5	8.2	5	89	5	66	19	4	0	76	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780028--780067	19	2.1	19	85	4	53	77	0	20	2	0.88
780535--780692	21	7.8	20	72	7	86	38	24	17	18	1.93
780660--780888	20	11.4	20	80	5	203	37	25	17	19	1.93
781761--781785	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
783099--783162	20	3.1	21	77	8	87	46	15	26	10	1.79
783099--783206	19	5.8	19	74	18	102	46	18	24	11	1.81
783223--783279	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
783207--783286	33	2.4	33	95	0	142	8	21	22	47	1.78
783267--783340	21	3.5	21	80	7	96	14	20	17	47	1.83
783420--783490	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
783870--784042	20	8.6	20	82	6	197	17	17	27	36	1.93
787298--787740	139	3.2	137	81	5	502	29	26	17	26	1.97
787826--788046	83	2.7	83	87	1	300	30	28	19	21	1.97
787886--788015	40	3.2	40	69	10	118	30	30	22	16	1.96
789346--789385	19	2.2	18	90	4	62	0	17	7	75	1.03
789364--789409	15	3.2	14	90	9	67	0	15	6	78	0.95
793374--793419	12	3.8	12	88	5	58	60	4	2	32	1.28
795269--795307	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
799208--799324	42	2.6	43	78	13	130	32	9	22	35	1.86
802980--803020	20	2.0	20	86	13	57	58	9	0	31	1.31
812135--812166	3	11.3	3	87	12	50	31	0	0	68	0.90
812138--812174	11	3.5	11	85	7	51	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812132--812174	14	2.8	15	86	13	61	32	0	0	67	0.91
812227--812260	14	2.3	15	95	5	61	38	35	17	8	1.81
813567--813637	15	4.6	15	69	19	56	26	5	1	66	1.22
813602--813677	11	6.5	11	70	20	50	28	3	3	63	1.30
813888--813928	15	2.6	16	77	18	50	31	0	0	68	0.90
814047--814078	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
819565--819681	7	15.4	7	72	19	60	77	3	16	2	1.01
819554--819633	26	3.0	27	87	7	103	73	7	16	2	1.16
819591--819635	8	5.4	8	84	10	63	84	0	15	0	0.62
819587--819642	19	3.0	19	75	12	62	82	0	17	0	0.68
819591--819676	34	2.6	34	75	15	90	79	1	17	2	0.91
822326--822386	31	1.9	32	93	3	106	32	18	14	34	1.91
823213--823747	112	4.8	113	92	1	853	38	14	19	28	1.90
823454--823517	17	3.3	19	67	20	51	43	10	21	23	1.84
823566--823629	17	3.3	19	67	20	51	43	10	21	23	1.84
823761--823894	68	2.0	69	87	1	198	44	14	19	22	1.86
824108--824143	14	2.6	14	86	0	54	33	0	0	66	0.92
824106--824151	17	2.8	16	81	12	58	34	0	0	65	0.93
825545--825605	15	4.1	15	76	21	58	26	4	0	68	1.09
827815--827890	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
828287--828534	130	1.9	130	92	0	415	36	15	13	35	1.86
828301--828565	130	2.0	129	81	4	300	39	13	13	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828860--828922	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
829002--829035	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
830956--830996	17	2.4	17	100	0	82	9	36	29	24	1.87
832108--832162	16	3.4	16	84	0	65	27	14	12	45	1.81
833805--833845	17	2.5	16	88	4	55	51	4	14	29	1.63
838371--838407	13	2.8	13	88	12	58	16	51	21	10	1.74
850350--850433	24	3.5	24	85	3	125	27	16	20	35	1.94
855066--855156	24	3.8	24	82	2	112	24	17	20	37	1.94
855066--855156	47	1.9	48	86	2	130	24	17	20	37	1.94
856733--856793	31	2.0	31	84	9	81	36	24	8	31	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9