genome.fa.s761.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000761.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001478_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5609167

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273--319	24	2.0	24	86	0	67	38	14	19	27	1.91
1348--1406	29	2.0	31	86	6	86	28	8	10	52	1.64
2299--2350	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
2760--2797	19	2.1	18	85	14	51	26	15	0	57	1.38
3754--3806	19	2.6	21	88	8	74	45	5	13	35	1.67
7683--7736	19	2.7	20	91	5	83	46	5	12	35	1.66
10061--10128	24	2.8	24	81	0	82	33	17	19	29	1.95
10068--10144	24	3.2	23	78	10	75	36	19	16	27	1.93
11172--11231	30	2.0	31	87	9	88	30	8	8	53	1.60
20564--20602	13	2.9	13	96	3	69	2	20	7	69	1.26
27331--27370	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
31597--31636	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
35518--35582	30	2.3	30	82	15	77	6	20	4	69	1.28
35540--35589	17	2.9	17	82	11	57	4	16	6	74	1.17
39465--39523	19	3.5	19	63	29	51	61	13	18	6	1.54
39463--39529	31	2.2	31	97	2	127	64	11	17	5	1.46
43385--43464	35	2.2	37	88	4	119	31	37	5	26	1.78
44729--44784	11	4.8	11	74	20	51	78	3	16	1	0.97
55426--55477	24	2.2	24	85	0	68	28	17	23	30	1.97
58001--58075	35	2.1	35	87	4	107	26	33	4	36	1.75
58467--58501	11	3.1	11	88	8	52	85	2	11	0	0.69
58464--58499	17	2.1	17	94	0	63	86	5	8	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58525--58563	16	2.4	16	84	12	53	74	5	15	5	1.17
58773--58830	26	2.2	26	90	6	91	25	31	1	41	1.66
64943--64985	6	7.2	6	79	10	52	79	0	16	4	0.90
64943--64983	19	2.3	17	87	8	55	80	0	14	4	0.87
74638--74745	54	2.0	54	94	0	189	32	19	16	31	1.94
78748--78795	24	2.0	24	95	0	87	33	10	16	39	1.83
80209--80248	11	3.7	11	86	6	64	75	7	17	0	1.03
80210--80247	10	3.7	10	96	3	67	73	7	18	0	1.06
98504--98543	8	4.9	8	85	14	55	0	20	2	77	0.88
98497--98545	16	2.9	17	85	14	66	0	18	4	77	0.92
103428--103513	35	2.4	36	86	3	113	29	36	3	31	1.74
103484--103550	22	3.0	22	86	0	89	31	23	8	35	1.86
107705--107737	16	2.1	16	94	0	57	36	12	33	18	1.88
111078--111117	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
113420--113527	54	2.0	54	100	0	216	31	20	18	29	1.96
115499--115546	24	2.0	25	83	4	62	14	22	12	50	1.77
116951--117004	24	2.2	26	87	12	80	55	11	18	14	1.68
118265--118290	12	2.2	12	100	0	52	15	11	30	42	1.82
126151--126236	35	2.4	36	86	3	113	29	36	3	31	1.74
126207--126273	22	3.0	22	91	0	98	32	25	7	34	1.84
130419--130451	16	2.1	16	100	0	66	33	12	36	18	1.88
133796--133835	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134103--134160	20	2.8	22	75	17	70	74	1	15	8	1.14
135901--136008	54	2.0	54	98	0	207	32	18	18	30	1.95
140847--140896	17	2.9	17	80	19	59	78	4	18	0	0.91
140848--140896	18	2.8	17	84	12	64	79	2	18	0	0.83
140849--140889	8	4.9	8	85	8	55	78	2	19	0	0.87
140849--140902	18	3.1	17	78	19	58	77	1	20	0	0.86
143787--143832	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
145662--145715	24	2.2	26	87	12	80	55	11	18	14	1.68
152975--153024	18	2.6	19	87	6	66	44	6	16	34	1.72
154984--155025	6	6.8	6	83	5	57	80	2	16	0	0.81
154984--155025	19	2.3	18	87	4	57	80	2	16	0	0.81
159729--159798	27	2.5	28	83	4	79	60	11	17	11	1.59
164545--164570	13	2.0	13	100	0	52	23	38	0	38	1.55
170563--170618	28	2.1	25	83	9	67	8	16	16	58	1.61
177847--179460	806	2.0	806	95	0	2924	32	17	18	30	1.95
185714--185819	35	3.0	35	82	6	124	27	34	3	33	1.75
186293--186338	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
187943--187990	8	5.9	8	83	11	62	77	2	18	2	0.97
187943--187997	5	10.8	5	76	21	53	78	1	18	1	0.94
187942--187992	16	3.2	15	89	10	75	78	1	17	1	0.94
187942--188000	16	3.7	15	82	10	64	77	1	18	1	0.93
187994--188023	14	2.1	14	100	0	60	60	6	20	13	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190711--190760	23	2.2	23	79	10	59	38	6	8	48	1.57
191850--191886	19	2.0	20	89	10	60	24	10	0	64	1.25
196042--196152	35	3.2	36	79	5	129	27	34	4	33	1.77
196789--196827	18	2.2	18	100	0	78	12	20	17	48	1.80
201426--201496	26	2.7	26	95	0	124	16	35	19	28	1.94
204895--204937	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
212454--212627	91	1.9	91	93	0	303	20	27	22	29	1.99
213401--213463	28	2.2	28	75	10	65	60	14	14	11	1.59
220488--220535	3	16.0	3	95	0	87	33	0	2	64	1.05
222691--222759	18	3.5	18	70	24	50	28	5	4	60	1.39
225012--225052	7	5.9	7	83	11	57	14	17	9	58	1.62
227620--227666	17	2.8	17	81	15	53	85	6	8	0	0.75
229475--229792	115	2.8	115	92	1	514	33	15	19	32	1.93
229475--229815	114	3.0	113	86	4	470	33	14	19	32	1.92
232175--232217	22	2.0	22	100	0	86	32	9	13	44	1.76
232673--233543	76	11.5	76	97	0	1616	23	19	21	35	1.96
233670--233714	3	15.0	3	95	0	81	33	0	2	64	1.06
241964--242018	24	2.4	22	78	9	56	36	14	16	32	1.89
243439--243544	30	3.5	30	90	3	169	32	15	29	23	1.95
247956--248002	19	2.6	18	80	12	51	63	0	14	21	1.30
248411--248462	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
249226--249285	30	2.0	31	86	3	86	53	10	8	28	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251710--251753	13	3.3	13	84	6	61	2	15	2	79	0.93
252488--252539	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
253287--253346	30	2.0	31	86	3	86	55	8	8	28	1.59
256070--256103	17	2.0	17	94	0	59	35	0	32	32	1.58
261280--261351	17	4.2	16	75	12	63	37	12	11	38	1.79
274867--274901	13	2.7	13	100	0	70	8	22	37	31	1.85
286501--286531	5	6.2	5	100	0	62	0	19	0	80	0.71
288505--288558	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
291489--291528	8	4.9	8	85	14	55	0	20	2	77	0.88
291482--291530	16	2.9	17	85	14	66	0	18	4	77	0.92
295331--295375	24	2.0	22	82	8	54	33	15	15	35	1.89
296530--296560	5	6.2	5	92	0	53	0	19	3	77	0.90
300143--300186	24	1.9	22	81	9	52	36	11	15	36	1.84
301341--301371	5	6.2	5	92	0	53	0	19	3	77	0.90
309859--309903	24	2.0	22	82	8	54	33	15	15	35	1.89
311112--311140	15	2.0	15	93	6	51	0	20	3	75	0.94
315424--315495	17	4.2	16	72	12	54	38	11	11	38	1.76
320423--320522	51	2.0	51	95	0	182	34	12	14	40	1.82
320425--320533	51	2.1	51	91	0	173	37	11	15	35	1.83
332566--332613	22	2.3	21	80	16	55	75	6	12	6	1.19
354579--354612	17	2.0	17	88	0	50	32	29	0	38	1.58
357511--357562	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
358278--358335	10	5.9	9	77	20	55	81	3	13	1	0.91
358277--358335	18	3.6	16	72	20	50	79	5	13	1	0.97
358278--358338	12	5.0	12	72	4	50	80	3	14	1	0.92
362804--362836	10	3.3	10	95	0	57	90	6	0	3	0.52
362805--362840	16	2.2	17	90	5	56	88	8	0	2	0.59
368041--368083	22	2.0	22	90	0	68	58	16	13	11	1.64
370999--371053	24	2.4	22	78	9	56	36	14	16	32	1.89
377153--377264	35	3.2	35	88	1	152	29	36	5	28	1.79
377169--377300	35	3.7	35	87	4	167	27	34	5	33	1.79
377694--377737	6	7.2	6	82	12	54	79	0	18	2	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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