genome.fa.s761.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000761.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001478_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5609167

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660752--660870	42	2.8	42	80	7	116	22	35	18	23	1.96
662052--662087	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
662188--662291	19	5.7	19	80	13	128	47	16	22	14	1.82
662298--662424	19	7.3	19	71	20	100	14	22	17	45	1.84
665791--666082	20	14.5	19	76	12	194	20	18	22	38	1.94
665797--666021	40	5.6	39	88	2	245	21	19	21	37	1.94
665797--666021	60	3.7	60	81	4	227	21	19	21	37	1.94
666131--666185	20	2.8	20	77	5	67	18	16	30	34	1.93
666485--666565	21	3.8	21	86	6	110	65	3	2	28	1.22
666627--666667	21	2.0	20	85	4	55	63	7	2	26	1.33
668386--668440	19	2.8	20	78	8	69	40	0	0	60	0.97
668503--668556	22	2.4	23	82	11	60	55	1	0	42	1.10
671505--671557	2	26.5	2	84	0	70	43	0	7	49	1.31
671726--671750	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
679748--679812	28	2.4	28	94	2	114	32	26	0	41	1.56
680958--680985	14	2.0	14	100	0	56	21	28	7	42	1.79
684749--684789	22	1.9	22	90	5	66	43	17	4	34	1.70
687645--687685	22	1.9	22	90	5	66	43	17	4	34	1.70
705452--705766	42	7.4	43	79	9	215	36	19	19	24	1.95
705452--705766	84	3.7	83	76	5	240	36	19	19	24	1.95
705473--705702	126	1.8	127	85	4	331	34	19	20	24	1.96
708140--708180	21	2.0	21	95	0	73	21	19	12	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708268--708339	35	2.1	35	100	0	144	40	26	8	25	1.83
710593--710814	41	5.5	41	84	3	279	33	16	20	29	1.95
711328--711420	22	4.2	22	74	15	84	31	24	19	24	1.98
717547--717726	21	8.2	21	65	13	69	22	23	12	41	1.88
717454--717890	45	9.7	45	91	0	658	22	22	11	43	1.85
721532--721599	33	2.1	33	86	8	95	57	1	1	39	1.17
723244--723309	3	22.3	3	75	9	64	57	0	1	40	1.08
723233--723309	18	4.2	19	83	9	90	55	0	1	42	1.07
723425--723593	45	3.8	45	94	0	293	36	18	23	21	1.95
723763--724557	73	10.9	73	95	0	1403	37	12	18	30	1.89
724592--724916	165	2.0	165	91	1	526	36	13	13	36	1.84
725432--725486	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
729453--729513	11	5.5	11	78	20	56	0	18	0	81	0.68
729461--729513	9	5.9	9	76	8	54	0	16	0	83	0.66
729453--729515	19	3.4	18	84	8	83	0	17	0	82	0.67
729458--729533	36	2.1	36	85	9	102	0	21	0	78	0.74
729461--729518	8	7.2	8	77	13	57	0	17	0	82	0.66
729469--729533	4	17.0	4	78	12	57	0	21	0	78	0.75
735764--735813	15	3.3	15	80	8	57	62	2	2	34	1.18
737104--737173	3	23.3	3	82	5	88	58	0	0	41	0.98
737093--737173	21	4.0	21	84	10	107	56	0	0	43	0.99
742161--742338	90	2.0	90	92	2	295	37	10	6	45	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745420--745471	23	2.3	23	93	0	86	28	15	17	38	1.90
745425--745467	12	3.7	12	75	6	52	27	13	20	37	1.91
748536--748594	28	2.1	28	96	0	109	47	8	18	25	1.77
750613--750646	16	2.1	16	94	0	59	44	11	20	23	1.84
752828--752879	23	2.3	23	86	0	77	25	17	17	40	1.90
754299--754448	74	2.0	74	100	0	300	40	10	17	32	1.84
757193--757253	24	2.5	24	94	0	113	44	18	16	21	1.87
757465--757826	180	2.0	180	100	0	724	33	17	14	34	1.91
771437--771553	53	2.2	53	90	0	180	44	11	22	21	1.84
771929--771991	24	2.6	24	78	19	60	50	0	1	47	1.10
771963--772009	22	2.1	23	88	4	69	44	0	2	53	1.12
772086--772177	27	3.3	27	72	17	73	46	1	2	50	1.20
772178--772223	23	2.0	24	83	12	60	50	2	2	45	1.26
772341--772400	22	2.7	22	78	2	57	50	0	3	46	1.18
782478--782527	25	2.0	25	84	11	66	56	0	4	40	1.18
788287--788311	12	2.1	12	100	0	50	8	0	40	52	1.31
794482--794873	42	9.3	41	81	9	343	21	18	21	37	1.94
794482--794874	63	6.2	61	81	9	352	22	18	21	37	1.94
794501--794866	105	3.5	105	84	7	501	21	18	21	38	1.94
794482--794870	84	4.6	83	80	10	427	21	18	22	37	1.94
795619--795685	21	3.2	21	89	0	107	26	25	23	23	2.00
795694--795740	21	2.2	21	96	0	85	23	23	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796110--796157	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
796171--796342	38	4.8	35	79	13	163	43	4	8	44	1.53
796182--796361	74	2.4	74	82	7	202	42	3	6	47	1.46
796177--796327	37	4.1	37	82	4	178	47	4	7	41	1.52
802522--802579	25	2.5	23	73	13	64	36	1	6	55	1.37
803249--803288	14	2.9	14	85	7	55	77	0	5	17	0.94
804072--804143	22	3.1	22	75	11	72	9	2	25	62	1.39
804605--805051	36	11.9	38	86	9	503	41	6	3	48	1.48
810217--810244	11	2.5	11	100	0	56	85	0	0	14	0.59
811579--811640	3	21.3	3	76	12	58	67	3	1	27	1.15
811708--811833	51	2.5	52	83	10	170	41	8	3	46	1.53
811708--811833	27	5.0	25	89	6	166	41	8	3	46	1.53
811800--812005	40	5.4	39	77	7	199	43	7	2	46	1.45
825946--826004	3	19.3	3	89	3	64	35	6	0	57	1.25
827503--828035	54	9.9	54	85	4	682	36	19	16	27	1.93
828582--828631	2	25.5	2	95	4	93	52	0	0	48	1.00
832712--833014	54	5.6	54	86	6	398	35	20	17	26	1.94
832712--833014	108	2.8	108	87	3	448	35	20	17	26	1.94
832712--833014	162	1.9	162	87	2	448	35	20	17	26	1.94
833005--833041	12	3.1	12	96	0	65	51	21	8	18	1.72
839372--839424	19	2.8	19	70	0	52	24	30	16	28	1.97
839427--839475	22	2.2	22	85	10	73	18	16	26	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842140--842545	191	2.1	193	82	3	489	38	12	10	37	1.79
843674--843708	16	2.2	16	94	0	61	65	5	8	20	1.40
843872--843915	22	2.0	23	86	4	63	65	0	2	31	1.05
844384--844427	22	2.0	23	86	4	63	65	0	2	31	1.05
848679--848852	54	3.2	53	83	2	231	32	21	18	27	1.97
855370--855604	54	4.3	55	88	4	336	31	20	19	27	1.97
855370--855604	108	2.2	107	90	3	373	31	20	19	27	1.97
856733--856775	18	2.4	18	92	0	68	18	16	18	46	1.84
861267--861305	13	3.0	13	92	0	60	17	20	20	41	1.91
861298--861343	19	2.4	19	88	0	74	26	15	13	45	1.82
862980--863092	36	3.2	35	74	10	106	29	19	18	32	1.96
862981--863116	71	1.9	70	83	4	175	28	19	18	33	1.96
863510--863547	13	2.7	14	80	12	51	34	26	7	31	1.85
864723--864764	22	2.0	22	85	4	59	16	23	21	38	1.93
866670--866708	18	2.2	17	86	4	51	35	2	0	61	1.10
866980--867022	21	2.0	22	81	4	52	34	2	4	58	1.32
867499--867544	22	2.1	22	91	0	74	21	8	15	54	1.68
869769--869802	17	2.0	17	100	0	68	41	17	5	35	1.74
872649--872690	20	2.0	21	86	13	61	28	19	11	40	1.87
873310--873508	100	2.0	99	94	1	344	30	26	19	24	1.98
875986--876032	4	12.5	4	79	20	57	74	0	0	25	0.82
875975--876032	15	4.1	14	82	13	66	75	0	1	22	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875986--876032	22	2.1	23	92	4	78	74	0	0	25	0.82
876070--876392	38	8.6	38	85	9	407	43	10	2	43	1.52
876070--876392	74	4.3	76	85	10	400	43	10	2	43	1.52
876239--876299	12	5.0	12	71	11	52	44	8	3	44	1.50
887159--887233	22	3.4	23	72	9	84	62	5	16	16	1.49
887156--887248	44	2.2	43	94	3	161	63	4	16	16	1.46
890980--891011	15	2.1	15	94	0	55	40	15	18	25	1.90
891859--891901	11	3.9	11	81	0	59	76	0	6	16	0.99
891859--891900	17	2.5	17	85	11	52	78	0	7	14	0.95
904163--904207	21	2.1	22	95	4	83	35	20	17	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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