genome.fa.s761.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000761.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001478_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5609167

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2581884--2581958	29	2.6	27	76	17	71	46	1	4	48	1.29
2581880--2581941	29	2.0	29	84	9	79	48	0	3	48	1.17
2581958--2582369	37	11.2	37	75	13	272	46	2	6	44	1.42
2582099--2582163	2	33.5	2	88	11	100	50	0	1	47	1.10
2582461--2582519	28	2.1	28	84	6	75	23	1	1	72	1.02
2583671--2583747	8	9.6	8	69	16	52	16	3	2	76	1.05
2585211--2585274	24	2.6	25	82	9	69	64	1	1	32	1.13
2589802--2589985	92	2.0	92	100	0	368	32	23	16	27	1.96
2594318--2594470	77	2.0	76	92	3	254	45	6	5	42	1.54
2599381--2599427	25	1.9	25	95	4	87	38	8	12	40	1.74
2599374--2599442	29	2.6	26	84	13	88	37	10	14	37	1.80
2601790--2601828	21	1.9	20	84	5	51	33	12	0	53	1.39
2604723--2604789	30	2.2	30	81	0	80	35	19	26	17	1.94
2606092--2606153	23	2.7	23	79	16	67	50	0	1	48	1.10
2606270--2606325	29	2.0	28	85	3	76	50	1	1	46	1.22
2606549--2606743	72	2.6	73	90	6	286	45	3	11	40	1.57
2606549--2606753	110	1.9	108	86	8	290	44	3	12	39	1.58
2606549--2606743	38	5.3	37	84	7	254	45	3	11	40	1.57
2606723--2606777	23	2.3	24	87	3	76	45	5	10	38	1.63
2606686--2606803	60	2.0	60	91	3	193	44	5	11	39	1.62
2606720--2606777	24	2.4	23	80	5	71	43	5	12	39	1.64
2606820--2606877	29	2.2	26	81	12	64	46	1	5	46	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2606887--2606926	12	3.5	11	87	12	55	35	0	2	62	1.09
2609241--2609272	15	2.1	15	94	0	55	25	3	3	68	1.18
2611930--2611983	24	2.3	23	84	6	74	40	18	18	22	1.91
2611937--2611991	24	2.3	24	87	6	76	34	20	18	27	1.95
2612489--2612878	192	2.0	194	98	1	766	32	23	24	19	1.97
2624510--2624538	14	2.0	15	93	6	51	62	27	0	10	1.28
2624852--2624890	15	2.5	15	87	4	60	5	7	2	84	0.84
2624853--2624899	8	5.9	8	82	9	51	6	6	2	85	0.82
2626216--2626251	17	2.1	17	94	0	63	41	5	13	38	1.68
2626210--2626258	17	2.5	21	68	25	52	42	4	14	38	1.64
2631834--2631887	21	2.7	20	80	11	56	16	11	1	70	1.25
2636895--2636939	23	2.0	23	100	0	90	48	2	4	44	1.35
2636906--2636999	36	2.5	38	87	5	138	46	4	8	40	1.54
2636982--2637064	21	4.0	21	90	3	123	46	4	7	40	1.52
2637034--2637105	30	2.3	33	90	7	114	45	0	4	50	1.21
2637034--2637099	26	2.4	27	87	10	89	46	0	4	48	1.22
2643019--2643084	17	3.8	17	78	9	55	43	9	10	36	1.71
2649217--2649340	36	3.4	36	92	2	187	31	11	4	52	1.58
2652594--2652685	38	2.3	40	83	3	125	30	30	19	19	1.97
2652596--2652666	18	3.9	17	79	15	79	30	29	19	19	1.97
2652884--2652941	24	2.5	21	75	25	55	32	22	5	39	1.76
2659610--2659687	20	3.9	19	79	12	86	26	30	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2659611--2659687	38	2.0	40	87	5	113	27	31	22	19	1.98
2659611--2659687	22	3.8	21	80	13	90	27	31	22	19	1.98
2667326--2667374	6	7.5	6	78	17	53	16	2	4	77	1.01
2667956--2667991	18	2.0	18	94	0	63	52	13	11	22	1.72
2669633--2669681	14	3.1	16	72	27	50	20	24	34	20	1.96
2669706--2669747	22	1.9	22	95	0	75	21	23	28	26	1.99
2669713--2669784	36	2.0	37	91	2	119	23	25	25	26	2.00
2672121--2672250	66	2.0	66	90	0	206	17	25	23	33	1.97
2673225--2673295	36	2.0	36	100	0	142	14	23	19	42	1.88
2673901--2673954	20	2.8	18	76	13	54	40	1	1	55	1.21
2676184--2676220	16	2.2	17	95	4	67	43	8	0	48	1.32
2676207--2676344	70	1.9	73	80	12	160	50	5	0	44	1.26
2676335--2676377	22	1.9	23	86	13	63	58	0	6	34	1.25
2677092--2677134	16	2.7	16	92	0	59	2	20	20	55	1.54
2678149--2678195	5	9.4	5	77	9	51	78	0	6	14	0.93
2678149--2678189	14	2.9	15	85	7	59	80	0	7	12	0.90
2679118--2679168	20	2.5	20	80	0	66	35	7	21	35	1.83
2679358--2679405	20	2.4	20	96	0	87	33	41	10	14	1.80
2682356--2682412	18	3.0	18	80	14	69	31	10	8	49	1.68
2682624--2682693	20	3.5	20	82	1	70	38	8	18	34	1.81
2685501--2685545	23	2.0	23	86	8	65	53	4	0	42	1.21
2687553--2687595	6	7.5	6	87	7	63	2	16	48	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2687553--2687595	18	2.5	17	92	7	70	2	16	48	32	1.58
2687713--2687870	21	7.6	21	81	11	182	29	25	21	22	1.99
2687713--2687871	83	1.9	82	88	3	221	29	25	21	23	1.99
2687860--2687908	20	2.5	20	93	0	80	26	22	14	36	1.92
2687899--2688077	21	8.6	21	85	6	238	23	21	24	30	1.99
2687879--2688077	62	3.2	62	85	4	274	24	21	22	31	1.98
2689301--2689345	21	2.1	21	91	0	72	31	17	6	44	1.75
2692292--2692318	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
2698939--2698996	29	2.0	30	86	10	84	60	17	5	17	1.54
2701448--2701496	22	2.2	22	100	0	98	44	8	18	28	1.78
2706153--2706219	34	1.9	34	82	14	84	47	19	11	20	1.81
2706385--2706439	23	2.4	23	75	0	56	29	23	9	38	1.85
2706778--2707181	3	131.3	3	65	20	99	57	3	5	33	1.38
2706778--2707189	13	30.8	13	63	18	82	57	3	5	33	1.38
2706768--2706852	24	3.6	23	74	16	59	56	3	1	38	1.24
2707082--2707152	29	2.4	29	90	0	115	63	0	5	30	1.17
2707112--2707192	20	4.1	19	71	24	53	66	2	3	27	1.21
2707585--2707666	36	2.3	36	80	4	94	24	13	25	36	1.92
2709629--2710013	53	7.2	53	82	2	423	36	4	24	34	1.76
2709629--2710013	159	2.4	160	84	3	472	36	4	24	34	1.76
2716099--2716142	22	2.0	22	100	0	88	18	0	36	45	1.49
2716821--2717178	73	4.9	74	87	3	517	37	13	16	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2716821--2717178	147	2.4	147	90	2	578	37	13	16	32	1.88
2717151--2717209	31	1.9	31	92	0	100	25	23	18	32	1.97
2726040--2726074	17	2.1	17	88	0	52	28	8	42	20	1.81
2727675--2727847	90	2.0	87	89	3	265	35	10	6	46	1.65
2728573--2728619	20	2.3	20	96	0	85	29	23	6	40	1.79
2734302--2734466	89	1.9	89	93	2	287	35	10	6	47	1.65
2739039--2739094	23	2.5	23	94	2	96	69	7	12	10	1.36
2739084--2739115	12	2.7	12	95	0	55	84	0	12	3	0.74
2740199--2740244	12	3.8	12	80	13	58	23	6	4	65	1.35
2741151--2741688	53	10.1	53	81	3	582	35	6	25	32	1.82
2759372--2759447	33	2.3	32	80	8	91	30	28	26	14	1.95
2761841--2762043	59	3.4	59	78	2	253	29	14	24	31	1.95
2761809--2761985	59	3.0	60	76	3	221	31	14	23	31	1.94
2761809--2762048	120	2.0	120	100	0	480	30	15	24	30	1.95
2776010--2776348	167	2.0	169	97	2	646	32	20	17	29	1.96
2783776--2783882	20	5.2	21	80	3	121	37	25	18	18	1.94
2783735--2783882	41	3.7	41	82	7	171	37	25	18	18	1.93
2785182--2785277	33	2.9	34	88	3	140	13	22	19	43	1.86
2785378--2785414	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2786199--2786394	98	2.0	98	100	0	392	28	17	14	39	1.88
2787441--2787563	20	6.2	20	94	0	201	39	20	19	21	1.93
2787611--2787711	19	5.8	19	78	21	132	5	15	30	47	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2787636--2787695	14	3.9	14	80	19	75	6	15	30	48	1.70
2787617--2787744	33	3.9	33	93	0	202	7	16	27	49	1.71
2787848--2788227	94	4.1	94	94	2	640	47	18	12	21	1.80
2789925--2789980	20	2.8	20	80	20	80	42	19	21	16	1.89
2790021--2790077	14	3.7	14	72	20	51	10	22	22	43	1.84
2790005--2790130	33	3.8	33	90	1	171	11	19	23	46	1.82
2790102--2790152	20	2.5	20	90	0	75	13	13	21	50	1.76
2790713--2790803	21	4.4	21	79	9	98	18	17	25	38	1.92
2790713--2790803	41	2.2	41	82	7	114	18	17	25	38	1.92
2790710--2790864	20	7.7	20	76	8	91	18	18	25	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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