genome.fa.s761.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000761.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001478_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5609167

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329643--2329700	23	2.5	23	94	2	98	37	12	5	44	1.64
2340420--2340469	24	2.0	24	88	3	73	18	10	0	72	1.12
2348924--2349032	40	2.7	40	97	0	200	22	15	27	33	1.95
2358151--2358192	20	2.1	20	86	8	59	69	0	2	28	1.01
2358148--2358227	33	2.4	33	81	10	92	68	0	2	28	1.02
2358285--2358354	31	2.2	31	92	7	115	44	7	4	44	1.51
2358325--2358507	35	5.1	36	82	8	203	41	8	3	46	1.50
2358280--2358500	69	3.1	72	78	10	226	42	7	3	45	1.50
2358278--2358477	34	5.7	34	77	13	151	43	7	3	46	1.48
2358958--2359011	28	1.9	28	92	0	90	57	7	7	27	1.53
2361471--2361527	28	2.0	28	93	0	96	45	8	8	36	1.66
2369101--2369151	19	2.6	20	87	3	68	41	5	15	37	1.72
2372720--2372776	22	2.8	21	78	7	64	8	22	50	17	1.73
2379927--2379951	5	5.0	5	100	0	50	0	20	60	20	1.37
2379956--2380008	20	2.7	20	85	8	72	28	28	26	16	1.97
2379962--2380008	10	4.7	10	82	15	53	29	29	23	17	1.97
2379956--2380007	10	5.3	9	84	13	50	28	28	26	15	1.96
2381151--2381196	22	2.1	22	84	8	58	15	13	10	60	1.58
2382549--2382582	17	1.9	18	88	5	52	32	0	38	29	1.58
2382922--2382971	19	2.6	20	84	6	59	42	6	14	38	1.70
2383514--2383573	30	2.0	31	83	3	77	53	8	10	28	1.63
2384540--2384577	14	2.7	14	95	0	67	34	21	13	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395555--2395590	18	2.0	18	100	0	72	27	11	22	38	1.88
2403084--2403127	22	2.0	22	100	0	88	22	18	31	27	1.97
2405393--2405531	39	3.6	39	83	4	192	31	24	27	16	1.96
2411596--2411638	14	3.0	15	83	6	54	27	27	11	32	1.92
2420425--2420496	37	1.9	37	83	5	92	31	16	15	36	1.90
2420149--2420876	374	1.9	374	89	1	1136	31	11	17	40	1.85
2420790--2420869	37	2.2	37	82	8	92	36	12	13	37	1.83
2429347--2430008	55	12.0	55	89	1	943	30	26	13	29	1.94
2436278--2436390	20	5.8	19	75	14	90	32	15	15	35	1.90
2436280--2436396	58	2.0	58	96	0	216	32	15	16	35	1.90
2436448--2436486	20	1.9	21	84	5	53	41	7	7	43	1.62
2436752--2436788	14	2.7	14	95	4	67	45	5	16	32	1.70
2438549--2438579	15	2.1	15	93	0	53	3	58	0	38	1.15
2439156--2439181	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2439124--2439193	27	2.4	29	81	13	90	52	0	0	47	1.00
2439280--2439332	26	2.0	27	85	3	72	67	1	3	26	1.17
2439463--2439590	59	2.2	57	88	4	195	48	9	4	37	1.56
2445379--2445447	28	2.5	29	78	19	85	65	1	0	33	1.02
2445369--2445442	25	2.9	25	73	25	66	67	1	0	31	0.99
2445403--2445443	20	2.0	21	86	13	59	68	2	0	29	1.03
2445370--2445446	16	4.4	16	74	19	57	66	1	0	32	1.00
2448262--2448300	12	3.3	11	86	13	51	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451149--2451270	30	4.2	28	75	10	95	50	0	4	45	1.23
2451226--2451274	17	3.0	17	82	17	68	53	0	4	42	1.20
2451226--2451336	32	3.5	32	73	20	108	48	3	2	45	1.34
2451227--2451371	64	2.2	64	79	16	156	47	2	4	45	1.36
2451165--2451406	2	125.5	2	66	22	74	48	2	4	44	1.37
2452677--2452716	20	2.0	21	95	5	73	17	2	15	65	1.39
2454433--2455487	81	13.0	81	86	1	1362	35	10	20	32	1.87
2461966--2462082	47	2.6	45	75	5	110	25	21	11	41	1.87
2462113--2462447	81	4.1	81	89	0	499	29	23	11	35	1.90
2482399--2482656	129	2.0	129	95	0	462	31	5	20	43	1.73
2484420--2484457	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2485190--2485569	80	4.8	79	78	8	412	36	15	17	30	1.91
2488727--2488760	10	3.4	10	92	8	52	82	0	2	14	0.79
2493817--2493872	25	2.1	27	81	15	64	23	8	12	55	1.65
2498164--2498208	19	2.4	19	96	3	83	22	31	26	20	1.98
2504545--2504584	17	2.4	17	87	8	55	72	2	0	25	0.97
2504538--2504584	14	3.4	14	82	8	60	70	2	2	25	1.10
2504588--2504937	37	9.7	35	81	11	318	45	6	4	44	1.48
2504582--2504936	74	4.8	71	82	9	362	45	5	4	44	1.47
2505265--2505337	28	2.6	29	84	4	94	23	32	27	16	1.96
2505265--2505348	28	2.9	29	77	13	93	23	34	26	15	1.95
2505595--2505639	20	2.4	19	78	10	56	60	0	35	4	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2506094--2506132	9	4.2	9	93	3	60	71	0	28	0	0.86
2506243--2506301	17	3.4	17	78	17	75	40	0	8	50	1.33
2506243--2506294	21	2.8	20	83	16	67	42	0	7	50	1.31
2506432--2506577	65	2.3	64	84	10	183	47	6	4	41	1.49
2508362--2508405	23	2.0	23	86	4	63	36	9	6	47	1.62
2508433--2508469	15	2.3	17	86	9	51	43	0	2	54	1.14
2517825--2517865	21	1.9	22	85	14	59	39	4	2	53	1.35
2519902--2519953	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
2520292--2520380	35	2.6	35	82	7	112	29	38	1	31	1.65
2520739--2520781	17	2.3	20	80	15	56	76	6	16	0	0.99
2523628--2523664	15	2.4	16	90	4	58	70	5	10	13	1.32
2529885--2529936	11	4.5	11	81	9	68	0	5	7	86	0.70
2529885--2529938	24	2.3	23	90	3	81	0	5	9	85	0.75
2531681--2531729	21	2.5	19	90	6	71	34	12	6	46	1.66
2532070--2532152	35	2.5	35	80	9	93	31	34	1	32	1.66
2533157--2533216	27	2.2	27	85	5	77	50	18	6	25	1.71
2534133--2534204	27	2.7	26	79	10	74	41	20	13	23	1.88
2534379--2534411	11	3.0	11	90	0	57	42	0	3	54	1.15
2534510--2534612	38	2.7	39	83	6	129	27	33	6	33	1.83
2561739--2561819	17	5.0	17	68	17	64	38	2	1	58	1.20
2561736--2561829	25	3.9	25	71	20	83	36	2	1	60	1.16
2562236--2562520	12	23.0	12	63	17	75	44	2	8	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2562178--2562552	37	10.0	37	90	4	569	45	3	8	43	1.50
2562178--2562552	112	3.3	113	89	5	584	45	3	8	43	1.50
2562532--2562577	12	3.8	12	76	23	51	41	8	10	39	1.71
2562554--2562694	35	4.1	35	78	11	148	43	3	9	43	1.53
2564114--2564150	15	2.5	15	91	8	58	16	10	0	72	1.10
2566090--2566123	17	2.0	17	100	0	68	11	35	17	35	1.87
2566352--2566390	20	2.0	20	85	10	53	17	7	0	74	1.05
2568676--2568703	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2571379--2571437	25	2.4	25	100	0	118	49	5	10	35	1.59
2572858--2572933	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
2573296--2573547	3	80.7	3	68	14	82	55	5	5	32	1.46
2573290--2573381	20	4.4	20	71	15	71	58	4	3	33	1.34
2573296--2573546	13	21.6	11	66	21	74	55	5	5	33	1.46
2573300--2573450	33	4.7	31	69	18	94	56	7	2	33	1.41
2573296--2573396	30	3.4	29	73	22	93	59	2	3	33	1.31
2573495--2573547	25	2.1	25	85	0	70	58	1	3	35	1.27
2573507--2573552	13	3.6	13	82	5	58	58	4	2	34	1.30
2573744--2573782	2	20.0	2	85	15	55	48	0	2	48	1.15
2573876--2573918	17	2.5	17	88	7	61	51	0	4	44	1.22
2573790--2574068	39	7.4	39	77	17	252	48	3	5	42	1.43
2573790--2574005	118	1.8	116	88	5	328	46	3	6	43	1.44
2573952--2574077	32	3.8	31	74	14	108	47	3	5	43	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2573949--2574039	35	2.6	37	84	8	120	45	2	5	47	1.38
2574103--2574194	37	2.4	38	78	7	107	45	4	7	42	1.52
2574955--2574983	9	3.2	9	100	0	58	10	0	0	89	0.48
2579511--2579563	25	2.1	25	100	0	106	43	15	11	30	1.81
2580229--2580507	86	3.3	86	90	1	416	29	25	22	22	1.99
2580384--2580503	43	2.9	41	72	17	111	27	23	25	24	2.00
2580641--2580671	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
2580657--2581097	168	2.6	168	83	5	561	36	19	15	27	1.93
2580657--2581097	85	5.2	84	82	4	532	36	19	15	27	1.93
2580657--2581144	253	1.9	250	83	6	619	36	19	16	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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