genome.fa.s761.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000761.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001478_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5609167

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2020639--2020718	41	2.0	41	84	0	106	31	17	16	35	1.92
2024291--2024336	15	3.0	15	77	3	56	41	10	8	39	1.71
2029679--2029911	74	3.1	74	84	4	283	33	12	15	39	1.84
2029944--2030034	42	2.2	42	90	4	139	27	16	20	35	1.94
2034854--2035199	131	2.6	131	82	4	396	38	18	8	34	1.82
2035643--2035693	24	2.2	21	80	16	57	68	9	5	15	1.36
2036066--2036267	109	1.9	109	86	2	289	48	17	13	19	1.81
2039879--2039935	24	2.6	23	81	13	75	33	17	24	24	1.96
2051578--2051607	7	4.4	7	95	4	53	13	23	0	63	1.29
2059084--2059539	77	5.9	75	79	6	423	37	8	17	36	1.81
2059103--2059540	154	2.8	154	84	2	529	37	8	17	36	1.80
2059878--2060263	100	3.9	100	81	6	437	39	13	13	34	1.83
2059877--2060282	101	4.1	101	81	5	452	38	13	13	34	1.84
2060585--2060721	73	1.9	73	84	3	186	35	13	4	45	1.64
2060869--2061018	78	1.9	80	85	8	209	34	19	9	36	1.84
2064976--2065028	20	2.5	22	78	12	65	35	20	16	26	1.94
2069978--2070008	6	5.2	6	100	0	62	51	16	0	32	1.44
2073529--2073586	19	3.1	19	75	5	55	53	6	18	20	1.67
2077480--2077524	17	2.6	17	100	0	90	26	0	26	46	1.53
2079651--2079742	26	3.5	26	76	2	85	41	9	8	40	1.69
2092405--2092527	55	2.3	55	92	4	205	32	15	24	27	1.95
2094887--2095006	59	2.0	59	100	0	240	35	9	21	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2098595--2098866	61	4.6	61	70	17	241	28	25	17	28	1.98
2098549--2098897	174	2.0	175	99	0	691	28	26	16	28	1.97
2104669--2104701	15	2.3	15	89	5	50	54	3	3	39	1.31
2104844--2104877	16	2.2	15	89	5	50	50	2	0	47	1.16
2110490--2110984	59	8.5	57	76	8	453	37	8	21	31	1.84
2110490--2111088	117	5.1	117	90	1	891	37	9	22	31	1.86
2110490--2111084	231	2.5	233	89	3	874	37	9	22	31	1.86
2110549--2110984	59	7.5	58	77	8	456	38	8	21	31	1.84
2111277--2111595	44	7.2	45	92	2	511	37	6	25	30	1.81
2111277--2111595	89	3.6	89	93	0	523	37	6	25	30	1.81
2111276--2111595	133	2.4	134	92	2	529	37	6	25	30	1.81
2112087--2112141	22	2.4	23	84	3	76	23	23	14	38	1.92
2114209--2114238	3	10.3	3	92	7	53	66	0	0	33	0.92
2117636--2118090	58	8.0	52	66	22	211	38	9	21	30	1.85
2117636--2117973	168	2.0	169	95	0	606	38	9	21	30	1.85
2117804--2118241	117	3.7	117	89	0	599	37	10	21	30	1.87
2117589--2118152	59	9.8	58	76	9	442	37	9	20	31	1.86
2117806--2118192	59	6.6	59	75	5	302	38	10	20	29	1.86
2118168--2118296	59	2.2	58	81	4	152	37	11	18	32	1.87
2118429--2118747	44	7.2	45	90	2	502	37	6	25	30	1.81
2118429--2118747	89	3.6	89	90	1	507	37	6	25	30	1.81
2118576--2118653	24	3.4	23	68	28	67	41	6	24	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118428--2118747	133	2.4	134	90	2	520	37	6	25	30	1.81
2123125--2123197	26	2.8	28	75	23	77	10	16	1	71	1.21
2125277--2125367	1	91.0	1	73	0	56	0	15	0	84	0.62
2125280--2125367	8	11.6	8	77	12	64	0	15	0	84	0.63
2125280--2125367	16	5.8	15	79	15	76	0	15	0	84	0.63
2125277--2125367	23	4.1	21	78	16	94	0	15	0	84	0.62
2125254--2125354	9	11.1	9	78	10	107	3	13	0	82	0.81
2131028--2131065	18	2.1	18	85	9	51	65	10	7	15	1.45
2131191--2131220	10	3.0	10	100	0	60	70	0	0	30	0.88
2132992--2133042	3	16.7	3	91	4	84	64	0	0	35	0.94
2134253--2134309	20	3.0	20	75	17	68	36	7	0	56	1.27
2134253--2134321	17	3.8	18	73	22	56	36	5	0	57	1.22
2136441--2136538	32	3.1	30	81	8	90	29	24	25	20	1.99
2136468--2136542	31	2.4	32	84	6	91	32	26	24	17	1.97
2139773--2139807	7	4.7	7	89	10	52	31	0	14	54	1.40
2142075--2142220	79	1.9	80	85	2	206	36	12	16	34	1.86
2149740--2149767	12	2.3	12	100	0	56	14	14	25	46	1.82
2154350--2154406	7	7.9	7	80	7	69	77	1	3	17	1.00
2154460--2154531	36	2.0	35	83	5	90	65	0	9	25	1.23
2168633--2168819	78	2.4	78	83	8	213	36	14	17	31	1.89
2171403--2171622	41	5.3	41	68	12	108	33	17	19	30	1.94
2171419--2171776	83	4.3	83	75	6	310	32	17	18	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173794--2174059	133	2.0	133	100	0	532	23	17	17	42	1.89
2177436--2177466	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
2177535--2177599	16	4.1	16	87	0	85	55	23	12	9	1.65
2177830--2177881	11	4.6	11	85	4	68	30	25	19	25	1.98
2180410--2180486	19	4.1	18	78	6	73	33	19	5	41	1.74
2184459--2184524	28	2.4	28	74	18	68	21	12	9	57	1.62
2187847--2187887	6	6.8	6	94	0	73	48	0	0	51	1.00
2187960--2188002	14	3.4	13	87	9	54	76	2	0	20	0.89
2187959--2188010	8	6.6	8	78	17	56	75	3	0	21	0.97
2188707--2188760	19	2.7	20	82	8	74	55	1	1	40	1.21
2188724--2188858	28	4.8	28	71	21	95	48	4	5	42	1.45
2188796--2188843	24	2.0	25	95	4	89	45	4	6	43	1.48
2188819--2188899	41	2.0	41	90	4	128	43	7	7	41	1.61
2189941--2189983	21	2.0	21	86	0	59	16	2	48	32	1.58
2195573--2195765	103	1.9	103	89	2	298	22	18	30	28	1.97
2207520--2207564	16	2.6	16	82	10	54	31	11	2	55	1.47
2207520--2207563	18	2.5	19	82	14	58	31	9	2	56	1.43
2215655--2215713	22	2.6	24	89	7	88	42	6	11	38	1.68
2215786--2215840	21	2.7	21	80	11	60	45	1	5	47	1.36
2215797--2215851	19	2.7	21	81	10	62	47	1	5	45	1.36
2215848--2215902	18	3.2	17	78	19	60	29	5	5	60	1.42
2216946--2216977	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232065--2232098	14	2.5	14	90	4	52	38	14	2	44	1.61
2232229--2232267	19	2.0	20	90	5	62	41	0	0	58	0.98
2232264--2232333	31	2.2	29	77	20	70	48	0	2	48	1.16
2232277--2232340	33	1.9	33	81	12	78	51	0	3	45	1.17
2232600--2232664	24	2.8	24	81	11	64	50	0	1	47	1.10
2232599--2232657	21	2.6	22	76	19	59	50	0	1	47	1.11
2248260--2248311	20	2.5	20	79	14	61	42	11	17	28	1.84
2251707--2251799	46	2.0	46	87	0	132	26	16	19	37	1.92
2253650--2253690	18	2.4	18	84	8	50	36	24	4	34	1.77
2260378--2260650	54	5.1	54	91	0	393	33	18	20	28	1.96
2260378--2260685	108	2.9	108	86	1	323	33	17	19	28	1.95
2265057--2265329	54	5.1	54	86	0	393	34	18	18	27	1.95
2267763--2267809	21	2.2	21	100	0	94	57	19	4	19	1.57
2277555--2277592	8	4.8	8	84	9	51	63	0	2	34	1.09
2280420--2280480	27	2.2	28	82	8	72	50	21	3	24	1.63
2286314--2286353	20	2.0	21	95	5	73	30	10	10	50	1.69
2286692--2286727	17	2.1	17	100	0	72	25	11	5	58	1.54
2288754--2288842	27	3.3	27	77	13	94	48	23	8	19	1.77
2290935--2290961	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2300017--2300225	47	4.4	47	91	0	319	21	22	11	44	1.85
2300092--2300165	20	3.3	20	70	22	58	18	27	12	41	1.86
2300101--2300197	27	3.9	26	73	19	98	19	24	12	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2300132--2300210	20	3.6	20	69	21	59	16	27	12	43	1.84
2300636--2300839	95	2.1	96	79	5	209	26	22	16	34	1.95
2308968--2309023	2	28.0	2	92	0	94	46	0	3	50	1.19
2311265--2311320	29	1.9	29	85	7	78	44	1	0	53	1.11
2312734--2312768	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
2321183--2321550	183	2.0	185	98	1	713	25	25	17	31	1.97
2324427--2324574	73	2.0	73	100	0	296	15	21	10	52	1.73
2327320--2327596	137	2.0	140	97	2	533	45	5	4	44	1.47
2329474--2329541	12	5.2	14	84	8	67	67	0	0	32	0.91
2329482--2329541	3	19.0	3	80	13	59	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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