genome.fa.s761.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000761.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001478_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5609167

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2790832--2790925	42	2.3	42	76	9	95	21	21	22	35	1.96
2791125--2791154	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2791748--2791780	8	4.1	8	85	14	50	36	15	0	48	1.45
2792099--2792152	24	2.3	23	83	3	72	20	11	20	48	1.80
2792100--2792262	76	2.2	70	77	14	184	20	14	20	44	1.86
2792114--2792256	76	1.9	76	86	2	207	21	13	21	42	1.88
2792518--2792581	12	5.3	12	79	7	58	43	17	12	26	1.84
2792511--2792581	24	3.0	24	85	4	90	45	16	12	25	1.83
2792511--2792581	36	2.0	36	91	0	115	45	16	12	25	1.83
2798391--2798631	123	2.0	118	93	5	412	32	17	14	35	1.90
2800282--2800377	31	3.1	31	85	5	113	30	27	25	17	1.97
2800294--2800377	32	2.7	30	83	7	96	29	29	23	16	1.96
2810312--2810427	57	2.0	58	98	1	225	21	12	30	36	1.90
2812311--2812378	21	3.2	21	95	0	127	29	13	14	42	1.84
2813368--2813399	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
2814151--2814189	19	2.1	19	100	0	78	66	10	23	0	1.22
2814416--2814492	26	3.0	26	92	0	118	41	2	2	53	1.28
2815335--2815410	38	2.0	38	100	0	152	34	13	28	23	1.92
2817344--2817377	13	2.7	13	95	4	61	17	0	14	67	1.23
2817344--2817380	12	3.0	12	92	7	65	16	0	16	67	1.23
2817752--2817814	11	5.9	11	69	14	51	57	3	1	38	1.24
2817872--2817933	21	3.0	21	87	0	79	50	27	0	22	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2817862--2817931	7	10.0	7	79	0	59	47	31	0	21	1.51
2817862--2817931	28	2.5	28	83	0	86	47	31	0	21	1.51
2831124--2831162	21	1.9	20	84	5	51	28	15	20	35	1.93
2837162--2837203	3	14.0	3	89	0	66	28	33	2	35	1.70
2839127--2839157	14	2.2	14	94	0	53	61	3	0	35	1.12
2848574--2848611	19	2.0	19	85	10	51	18	7	2	71	1.23
2859623--2859785	80	2.1	79	92	1	272	30	26	13	29	1.94
2865374--2865438	22	3.0	22	79	4	69	38	18	7	35	1.80
2868686--2868745	29	2.0	30	81	15	72	68	3	15	13	1.34
2871462--2871489	14	2.0	14	100	0	56	35	14	28	21	1.92
2879878--2879947	3	23.7	3	97	2	133	67	0	0	32	0.91
2880475--2880514	12	3.6	12	80	12	50	45	2	0	52	1.14
2880501--2880944	22	20.6	22	87	5	559	41	0	11	47	1.40
2880609--2880671	18	3.6	17	75	14	65	34	0	12	52	1.40
2880968--2881026	31	1.9	31	92	0	100	44	8	1	45	1.44
2884090--2884124	6	5.5	6	87	12	52	82	0	0	17	0.66
2884090--2884124	14	2.8	12	87	12	52	82	0	0	17	0.66
2884081--2884124	13	3.4	13	82	17	56	79	0	0	20	0.73
2884083--2884124	20	2.1	20	90	0	66	80	0	0	19	0.70
2887319--2887375	26	2.2	26	81	6	71	68	3	5	22	1.25
2887320--2887368	26	1.9	26	87	4	73	67	4	6	22	1.30
2889548--2889696	74	2.0	74	93	0	253	33	17	20	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2891369--2891431	26	2.4	26	75	0	63	20	31	36	11	1.88
2895962--2896023	13	4.8	13	77	0	70	24	37	29	9	1.87
2895958--2896008	26	2.0	26	96	0	93	23	39	29	7	1.83
2899195--2899243	21	2.3	21	92	0	80	16	18	20	44	1.86
2900155--2900205	23	2.2	23	96	0	93	27	15	19	37	1.92
2902597--2902633	13	2.9	13	85	14	51	48	16	5	29	1.68
2906494--2906521	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2906810--2906918	29	3.8	29	95	2	184	14	31	32	22	1.94
2906993--2907045	27	2.0	27	100	0	106	32	22	18	26	1.97
2907157--2907202	23	2.0	23	100	0	92	47	4	39	8	1.54
2907157--2907217	23	2.6	23	86	5	59	50	6	36	6	1.54
2907207--2907270	21	3.1	21	84	10	87	60	0	37	1	1.06
2907394--2907480	40	2.2	40	79	8	97	42	1	10	45	1.45
2907420--2907496	40	2.1	39	83	13	101	38	0	11	49	1.39
2907462--2907549	44	2.0	46	86	8	128	40	0	12	46	1.42
2908940--2908975	18	2.0	18	88	0	54	44	0	2	52	1.15
2909892--2909924	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
2910043--2910082	14	2.9	14	88	3	55	47	5	2	45	1.38
2910028--2910270	26	9.8	25	73	13	82	45	7	2	44	1.46
2910041--2910338	98	3.0	97	74	13	268	45	8	2	43	1.47
2910093--2910338	124	2.0	123	92	3	413	44	8	2	43	1.48
2910188--2910283	26	3.7	26	90	5	140	41	9	3	45	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2913446--2913496	15	3.1	15	77	20	57	49	9	0	41	1.36
2913986--2914024	13	3.1	13	79	20	55	56	12	0	30	1.37
2913980--2914054	21	3.2	25	83	12	88	54	13	0	32	1.39
2914435--2914508	25	3.2	25	62	31	63	21	36	21	20	1.95
2914445--2914519	20	3.5	20	67	22	62	22	40	18	18	1.92
2914438--2914527	45	2.0	45	100	0	180	22	37	20	20	1.94
2914456--2914529	25	3.2	25	64	25	70	21	41	17	18	1.90
2914445--2914556	45	2.6	45	87	7	151	20	43	16	19	1.88
2914594--2914669	29	2.6	29	87	4	100	14	31	35	18	1.91
2917030--2917056	6	4.5	6	100	0	54	33	14	33	18	1.92
2921621--2921741	3	38.0	3	84	11	152	34	2	1	61	1.19
2921621--2921741	13	9.5	12	86	7	152	34	2	1	61	1.19
2921621--2921741	16	7.6	15	80	14	109	34	2	1	61	1.19
2925469--2925520	14	3.7	14	78	0	59	15	15	1	67	1.32
2928520--2928612	10	9.4	10	76	13	77	77	1	13	7	1.03
2928552--2928602	13	3.8	13	76	20	52	78	0	13	7	0.96
2928555--2928602	21	2.4	20	89	6	71	79	0	14	6	0.92
2928521--2928622	49	2.1	49	80	14	120	77	0	13	7	1.03
2928548--2928622	16	4.7	16	72	21	52	77	1	13	8	1.05
2928520--2928622	21	5.2	19	73	21	63	77	0	13	7	1.03
2935917--2936214	137	2.2	138	87	1	429	35	25	15	23	1.94
2936806--2936913	3	33.3	3	79	17	110	30	5	1	62	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2936806--2936913	13	8.3	12	78	16	110	30	5	1	62	1.29
2938544--2938586	5	8.4	5	82	5	50	25	4	0	69	1.07
2944113--2944226	56	2.0	56	93	0	192	32	17	7	42	1.78
2946279--2946573	149	2.0	148	98	1	574	22	25	27	25	2.00
2970385--2970437	22	2.4	22	90	3	88	18	20	24	35	1.95
2971141--2971212	30	2.4	30	78	2	81	16	25	26	31	1.96
2974486--2974531	13	3.4	13	81	6	56	34	19	19	26	1.96
2983135--2983205	19	3.7	19	92	0	124	33	16	28	21	1.95
2984076--2984227	18	8.4	18	85	0	196	19	21	30	28	1.97
2986178--2986277	50	2.0	50	96	0	182	40	15	23	22	1.91
2988061--2988162	18	5.7	18	89	0	159	19	24	29	26	1.98
2989168--2989216	22	2.2	22	96	0	89	34	22	14	28	1.93
2992176--2992210	13	2.7	13	90	0	61	20	14	34	31	1.92
2995860--2995917	23	2.5	23	94	0	107	53	1	6	37	1.38
2996179--2996227	22	2.2	22	96	0	89	16	20	8	55	1.66
3000625--3001030	203	2.0	203	100	0	812	40	12	16	30	1.86
3001093--3001134	21	2.0	21	86	9	59	30	11	9	47	1.72
3007584--3007742	42	3.8	42	82	4	171	29	20	22	27	1.99
3007670--3007742	20	3.5	20	73	14	58	31	21	21	24	1.98
3007661--3007724	20	3.0	22	71	17	71	31	25	17	26	1.97
3007889--3007994	53	2.0	52	85	5	142	29	17	26	26	1.98
3007744--3008123	197	1.9	196	87	2	557	30	15	26	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3008001--3008168	84	2.0	85	87	3	241	32	15	25	26	1.95
3008145--3008258	42	2.7	41	77	6	122	31	21	20	27	1.98
3008394--3008541	52	2.8	53	86	2	217	37	16	10	34	1.84
3008543--3008651	39	2.8	39	87	1	146	36	15	14	33	1.88
3008817--3008945	38	3.5	36	76	15	86	35	13	18	32	1.89
3009050--3009277	104	2.2	103	90	2	359	42	9	16	32	1.80
3009166--3009260	37	2.6	36	86	6	127	43	7	17	31	1.77
3013474--3013499	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
3015148--3015203	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
3016451--3016494	21	2.0	22	82	4	54	45	11	6	36	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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