genome.fa.s7768.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007768.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110044_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2539099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164360--2164720	110	3.4	108	87	5	466	27	16	26	29	1.97
2164413--2164798	166	2.4	164	80	5	397	28	16	24	30	1.97
2168512--2168685	86	2.0	86	92	0	285	39	16	17	27	1.91
2175274--2175349	21	3.7	21	75	3	82	40	15	25	18	1.90
2175257--2175330	20	3.7	20	74	3	76	41	17	21	18	1.90
2175257--2175349	41	2.3	41	92	0	159	40	16	23	19	1.90
2175341--2175452	20	5.6	20	82	6	109	31	25	18	24	1.98
2175335--2175472	41	3.4	41	78	6	145	34	23	17	24	1.96
2175640--2175683	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2175946--2175994	20	2.5	20	89	0	71	18	18	26	36	1.94
2177325--2177369	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2177850--2177916	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2177905--2177962	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
2177889--2177979	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
2177850--2177984	19	7.6	19	71	19	85	42	23	20	12	1.86
2177996--2178053	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
2177991--2178069	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
2178010--2178127	20	6.4	19	77	11	95	13	20	24	41	1.88
2180082--2180197	33	3.4	33	82	11	142	44	19	21	13	1.85
2180111--2180178	19	3.6	19	100	0	136	48	16	20	14	1.81
2180216--2180273	20	2.9	20	97	0	107	15	22	24	37	1.93
2181557--2181581	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2183872--2184002	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
2183872--2183998	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
2183873--2184005	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
2183998--2184040	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
2184026--2184059	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
2184181--2184217	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2185570--2185636	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2185570--2185692	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
2186858--2186916	20	3.0	19	78	9	64	44	18	23	13	1.86
2186883--2186976	47	2.0	48	87	2	136	39	25	23	11	1.88
2186967--2187056	19	4.7	19	93	2	153	46	21	20	12	1.82
2186967--2187056	39	2.3	38	94	1	153	46	21	20	12	1.82
2187647--2187700	20	2.7	19	88	8	81	29	20	25	24	1.99
2187709--2187762	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
2187649--2187765	61	1.9	61	83	0	153	24	17	23	33	1.97
2187649--2187783	61	2.2	61	80	2	146	23	20	23	32	1.98
2188741--2188792	27	1.9	27	84	7	70	36	3	0	59	1.16
2192386--2192679	59	5.0	59	95	0	507	32	19	11	36	1.87
2192510--2192604	31	3.2	31	60	14	72	29	18	11	40	1.86
2192384--2192692	119	2.6	119	94	1	530	31	20	11	36	1.88
2195868--2195911	19	2.3	19	80	0	52	43	9	18	29	1.80
2198129--2198186	18	3.1	19	80	9	82	18	22	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2204322--2204373	19	2.7	19	93	0	86	30	17	30	21	1.96
2205009--2205066	18	3.1	19	78	9	73	18	20	29	31	1.97
2206704--2206780	19	4.1	19	82	0	100	42	10	19	27	1.83
2206715--2206795	19	4.3	19	80	0	63	44	11	18	25	1.83
2206825--2206883	12	4.7	13	77	12	52	54	3	15	27	1.57
2209652--2209691	21	1.9	21	84	0	53	27	0	22	50	1.50
2211507--2211549	21	2.0	22	90	4	70	25	34	23	16	1.95
2212346--2212553	65	3.2	65	82	12	232	25	17	24	32	1.97
2212516--2212553	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2213947--2213980	2	17.0	2	93	0	59	52	47	0	0	1.00
2215183--2215248	30	2.2	30	83	0	78	40	22	27	9	1.84
2215467--2215513	24	1.9	25	91	4	78	38	17	21	23	1.93
2216278--2216307	9	3.4	9	90	9	53	10	10	0	80	0.92
2223749--2223804	2	28.5	2	96	3	105	50	0	0	50	1.00
2225515--2225546	11	2.9	11	95	0	55	81	6	0	12	0.87
2225540--2225640	29	3.7	29	76	13	81	55	0	4	39	1.22
2225631--2225695	30	2.2	30	82	0	76	46	4	7	41	1.53
2225700--2225812	28	3.9	28	79	9	127	54	0	7	37	1.34
2225722--2225840	57	2.1	59	82	3	143	53	1	7	36	1.39
2231206--2231236	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2231228--2231313	40	2.2	39	95	2	154	48	10	5	34	1.61
2233040--2233102	3	21.0	3	83	6	83	38	1	0	60	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2234649--2234710	23	2.7	24	80	12	67	45	3	0	51	1.17
2236804--2236856	13	3.8	14	78	9	54	22	16	9	50	1.74
2236847--2236885	20	2.0	20	89	0	60	12	7	12	66	1.43
2239830--2239886	2	29.0	2	96	3	107	50	0	0	49	1.00
2240215--2240251	16	2.3	16	90	0	56	78	0	21	0	0.75
2240214--2240251	17	2.2	17	90	0	58	78	0	21	0	0.74
2240194--2240245	25	2.0	26	85	3	70	73	1	23	1	1.04
2242498--2242728	115	2.0	115	89	1	358	33	16	20	29	1.94
2244787--2244952	54	3.1	54	89	0	242	39	15	22	23	1.91
2245744--2246415	113	6.0	113	86	5	819	38	14	17	29	1.90
2245744--2246415	229	3.0	225	83	6	832	38	14	17	29	1.90
2246624--2246689	3	21.3	3	87	3	87	39	1	0	59	1.07
2248264--2248311	23	2.0	24	88	4	71	45	2	0	52	1.12
2254790--2254825	16	2.2	16	100	0	72	33	25	19	22	1.97
2254837--2254911	22	3.3	22	88	3	105	38	21	22	17	1.93
2258065--2258110	22	2.1	22	100	0	92	30	13	15	41	1.85
2258705--2258749	21	2.1	21	88	8	65	62	2	0	35	1.08
2259303--2259347	22	2.0	22	100	0	90	40	22	13	24	1.90
2269201--2269721	63	8.3	62	75	8	462	29	23	25	21	1.99
2269163--2269528	126	2.9	126	94	0	633	28	23	25	22	1.99
2269327--2269739	189	2.2	189	92	1	691	30	23	25	20	1.99
2271603--2271637	15	2.3	15	95	0	61	37	0	14	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2272512--2272536	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2272707--2272734	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2290937--2291303	30	12.6	28	75	10	231	39	8	1	50	1.43
2290937--2291303	59	6.3	59	74	8	261	39	8	1	50	1.43
2291335--2291442	30	3.6	30	81	8	123	53	0	2	42	1.21
2291378--2291445	28	2.4	28	85	9	77	55	1	2	39	1.24
2293314--2293348	18	1.9	18	88	0	52	20	20	31	28	1.97
2293962--2294001	21	1.9	21	90	10	64	30	20	22	27	1.98
2299816--2299893	23	3.3	23	75	5	77	34	21	19	24	1.96
2299904--2300220	103	3.1	103	97	0	589	36	23	12	26	1.91
2300957--2301113	64	2.5	64	81	6	158	26	19	20	33	1.96
2310800--2310828	11	2.6	11	100	0	58	65	0	10	24	1.23
2318769--2318834	23	2.9	23	83	0	87	51	15	10	22	1.73
2318866--2318894	15	1.9	15	100	0	58	62	13	13	10	1.55
2319858--2320021	90	1.8	88	86	2	238	39	21	17	21	1.93
2327576--2327628	27	2.0	27	88	0	79	24	28	16	30	1.97
2327724--2327878	27	6.0	27	68	18	89	23	28	15	32	1.95
2328057--2328137	27	3.0	27	73	7	83	37	16	19	27	1.93
2328433--2328477	15	2.8	16	80	10	56	62	0	0	37	0.96
2334738--2334771	12	2.8	12	90	4	50	20	32	5	41	1.76
2335463--2335521	3	20.7	3	81	10	61	59	0	5	35	1.20
2338665--2338735	36	2.0	36	91	0	115	14	11	54	19	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2338752--2338828	24	3.2	24	75	0	82	10	14	57	18	1.65
2340306--2340330	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
2347131--2347242	50	2.2	49	81	9	136	35	21	2	40	1.68
2347726--2347771	22	2.1	22	100	0	92	43	10	13	32	1.78
2348375--2348429	28	2.0	28	88	0	83	43	18	9	29	1.80
2350921--2350961	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2350961--2350985	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
2353508--2353570	33	1.9	33	96	0	117	31	30	15	22	1.95
2356117--2356200	42	2.0	42	92	0	141	13	22	14	50	1.77
2363063--2363151	45	2.0	45	84	0	115	26	26	23	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11