genome.fa.s7768.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007768.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110044_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2539099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681779--681808	13	2.3	13	94	0	51	43	0	0	56	0.99
681745--681814	36	2.0	35	83	8	88	37	0	5	57	1.23
686459--686501	16	2.8	16	78	3	52	53	30	11	4	1.57
686701--686751	26	1.9	27	84	4	68	52	5	3	37	1.44
687283--687344	25	2.5	24	79	7	72	53	1	0	45	1.10
702651--702689	20	2.0	20	85	10	53	46	2	2	48	1.29
714023--714066	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
716381--716467	29	3.0	29	96	0	156	26	20	13	39	1.90
726464--726488	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
728097--728143	16	2.9	16	76	14	51	48	2	0	48	1.13
728109--728197	44	2.0	43	84	10	115	48	1	2	48	1.21
731407--731464	30	2.0	29	86	10	82	31	5	25	37	1.78
731408--731472	29	2.2	30	83	8	80	29	7	26	36	1.84
732524--732591	19	3.7	18	73	23	70	48	30	14	5	1.68
747294--747353	28	2.1	28	100	0	120	50	26	3	20	1.64
748064--748131	28	2.4	28	97	0	127	35	29	20	14	1.93
749635--749691	30	1.9	30	89	7	89	26	10	15	47	1.78
749635--749712	30	2.6	29	80	11	86	29	12	12	44	1.80
764181--764237	16	3.5	16	78	17	64	15	12	8	63	1.52
765071--765105	18	2.0	17	88	5	52	82	0	5	11	0.82
775703--776559	448	1.9	441	92	2	1430	41	11	15	31	1.82
776541--776578	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785912--785963	9	5.3	10	82	13	72	13	19	30	36	1.90
785966--786019	18	3.0	18	94	0	99	18	48	16	16	1.82
785998--786039	13	3.3	13	86	6	68	16	45	21	16	1.86
786054--786120	29	2.3	29	86	0	89	22	10	26	40	1.86
786054--786137	29	2.9	28	82	5	71	25	9	23	41	1.84
793235--793286	9	5.3	10	82	13	72	13	19	30	36	1.90
793289--793342	18	3.0	18	94	0	99	18	48	16	16	1.82
793321--793362	13	3.3	13	86	6	68	16	45	21	16	1.86
793377--793443	29	2.3	29	86	0	89	22	10	26	40	1.86
793377--793460	29	2.9	28	82	5	71	25	9	23	41	1.84
796350--796390	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
803634--803659	4	6.5	4	100	0	52	23	0	26	50	1.50
817116--817178	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
817373--817398	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
819701--819770	15	4.7	15	69	13	54	14	24	24	37	1.92
819670--819764	42	2.2	43	83	9	113	14	23	24	37	1.92
820639--820693	12	4.9	12	78	12	55	61	1	0	36	1.06
820645--820693	17	2.9	17	90	3	73	63	2	0	34	1.06
820682--820767	44	1.9	45	88	2	129	60	3	3	32	1.30
820814--820840	14	1.9	14	100	0	54	59	0	3	37	1.15
821711--821989	141	2.0	136	88	3	414	21	21	21	35	1.96
825485--825672	60	3.1	60	74	11	170	40	5	20	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829100--829127	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
830257--830305	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
831099--831240	71	2.0	71	98	0	275	29	17	16	35	1.93
836975--837069	19	5.0	19	78	0	91	45	7	16	30	1.75
836975--837069	38	2.5	38	83	10	106	45	7	16	30	1.75
838188--838217	15	2.0	15	93	0	51	33	3	6	56	1.42
842058--842082	5	5.0	5	100	0	50	0	60	20	20	1.37
843170--843543	182	2.1	182	90	3	583	46	8	2	42	1.49
843660--843688	15	1.9	15	100	0	58	17	6	27	48	1.72
843970--843997	3	9.3	3	100	0	56	32	32	0	35	1.58
848544--848598	28	2.0	28	100	0	110	47	12	14	25	1.80
854834--854878	21	2.1	21	91	0	72	17	44	31	6	1.75
854920--855261	172	2.0	168	94	4	596	36	20	16	26	1.93
858967--860308	271	4.9	271	84	5	1556	32	20	15	30	1.94
860301--860340	21	1.9	21	89	0	62	25	22	22	30	1.99
860285--860605	96	3.3	96	85	1	439	22	21	17	38	1.93
860826--861097	66	4.1	66	90	0	409	22	23	13	41	1.89
870959--871005	23	2.0	23	91	0	76	27	14	10	46	1.78
872112--872154	4	11.0	4	87	5	61	23	0	2	74	0.93
872147--872411	36	7.1	36	72	17	172	46	4	5	43	1.47
872144--872350	74	2.8	71	80	9	218	46	4	5	43	1.46
872147--872411	37	7.1	35	74	11	183	46	4	5	43	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872390--872456	34	2.0	34	90	0	107	46	4	5	43	1.48
872510--872568	9	6.2	10	79	13	54	33	1	1	62	1.15
872534--872599	3	22.7	3	79	14	68	25	3	0	71	1.01
872528--872596	13	5.6	12	80	11	77	26	2	0	71	1.00
875727--875772	19	2.4	19	92	0	74	13	13	8	65	1.48
879127--879734	163	3.7	163	90	4	897	30	24	20	24	1.99
879127--879734	327	1.9	323	87	5	909	30	24	20	24	1.99
879707--879816	54	2.0	54	94	0	193	28	22	20	28	1.99
879541--879950	219	1.9	220	95	1	743	28	25	21	24	1.99
880581--880808	34	6.4	35	75	11	146	47	5	6	40	1.52
880581--880738	68	2.3	67	82	6	194	47	5	6	39	1.54
880716--880814	36	2.6	39	79	7	105	48	4	6	41	1.47
880793--880860	35	1.9	35	90	0	109	47	4	5	42	1.48
880914--880972	9	6.2	10	79	13	54	33	1	1	62	1.15
880938--880987	3	16.7	3	84	12	59	28	4	0	68	1.08
880932--880990	13	4.7	12	79	10	64	27	3	0	69	1.04
882696--882852	78	2.0	78	98	0	305	35	25	19	19	1.96
885854--885894	22	2.0	22	85	9	59	51	2	4	41	1.36
887877--887958	39	2.0	39	83	6	101	47	0	0	52	1.00
887892--887956	20	3.3	19	78	6	67	41	0	0	58	0.98
889120--889204	34	2.5	34	94	0	143	37	0	2	60	1.10
890087--890334	130	1.9	130	93	0	424	35	14	12	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890101--890365	130	2.0	129	81	4	309	39	13	12	34	1.83
890661--890723	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
890803--890836	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
890959--891001	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
890970--891055	35	2.5	35	84	0	100	37	1	20	40	1.61
898924--898984	31	2.1	30	87	9	90	26	6	9	57	1.55
903098--903257	64	2.5	64	85	4	207	34	19	19	26	1.96
903746--903781	17	2.0	19	89	10	58	44	5	11	38	1.63
903915--904021	30	3.5	30	78	3	90	24	18	21	35	1.96
903937--904042	30	3.5	30	79	3	88	24	18	23	33	1.97
908622--908767	21	7.1	20	74	13	127	20	20	23	34	1.96
908627--908806	42	4.3	42	92	1	292	22	19	22	35	1.96
909526--909799	21	13.3	21	73	11	230	35	24	20	20	1.96
909524--909759	19	11.6	19	69	14	114	36	23	19	20	1.95
909512--909729	42	5.2	42	91	4	361	36	22	20	21	1.95
909526--909799	61	4.5	61	76	13	301	35	24	20	20	1.96
909820--909866	21	2.2	21	100	0	94	19	19	34	27	1.96
910636--910677	14	3.0	14	76	10	50	57	0	9	33	1.31
910927--910997	24	3.1	24	67	22	71	29	18	33	18	1.95
910914--910997	44	1.9	44	92	0	141	29	17	30	21	1.96
912391--912486	40	2.4	40	91	1	158	56	8	11	23	1.62
912873--912904	11	2.8	12	90	9	57	53	0	46	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
928517--928558	17	2.6	17	88	7	61	35	4	4	54	1.42
939057--939104	24	2.0	25	84	12	64	52	2	0	45	1.12
939044--939114	33	2.1	34	86	2	99	50	2	1	45	1.25
940029--940053	13	1.9	13	100	0	50	8	4	8	80	1.03
941609--941652	8	5.4	8	83	2	52	31	4	13	50	1.62
951901--952892	30	33.6	29	73	10	719	19	8	39	32	1.82
951896--952895	60	16.9	60	84	5	1254	19	8	39	32	1.82
952998--953031	17	1.9	17	88	5	50	14	8	2	73	1.19
953257--953329	17	4.4	16	72	19	60	46	2	2	47	1.31
954253--954409	78	2.0	78	93	0	269	26	15	11	46	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11