genome.fa.s7768.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007768.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110044_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2539099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1909522--1909560	20	2.0	20	94	0	69	33	28	12	25	1.93
1909528--1909600	20	3.7	20	81	0	74	36	26	19	17	1.94
1909567--1909651	18	4.8	18	77	13	79	42	21	22	14	1.88
1909587--1909668	19	4.7	18	76	15	73	43	23	19	13	1.86
1909658--1909721	19	3.7	18	72	21	64	12	18	21	46	1.82
1909707--1909749	20	2.2	20	87	4	61	18	23	20	37	1.94
1911613--1911650	20	1.9	20	100	0	76	31	26	21	21	1.98
1911901--1911944	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
1912129--1912222	20	4.7	20	79	7	91	23	17	26	32	1.96
1912149--1912226	41	1.9	41	92	5	131	20	16	25	37	1.93
1912109--1912223	20	5.7	19	73	12	70	23	16	25	34	1.95
1912149--1912244	41	2.3	41	84	10	117	19	18	25	36	1.95
1917726--1917821	48	2.0	47	93	2	165	43	5	4	46	1.45
1917732--1917832	48	2.1	48	88	3	150	46	5	3	43	1.46
1930327--1930440	60	1.9	60	81	3	140	37	16	13	32	1.87
1931302--1931333	15	2.1	16	88	11	50	43	0	0	56	0.99
1932333--1932368	18	2.0	18	88	0	54	41	0	5	52	1.24
1933211--1933256	20	2.3	20	100	0	92	15	23	4	56	1.57
1938981--1939027	21	2.2	20	76	20	51	23	34	4	38	1.74
1939681--1939705	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
1940819--1940933	59	1.9	59	85	3	160	40	11	14	33	1.82
1941383--1941426	23	1.9	23	90	0	70	43	4	0	52	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1943971--1944064	6	15.7	6	93	0	125	30	5	17	46	1.70
1954315--1954342	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
1959199--1959283	41	2.1	41	84	2	109	28	18	20	32	1.96
1959518--1959608	24	3.8	24	72	13	71	47	9	14	28	1.76
1959553--1959621	12	5.8	12	73	13	54	47	13	13	26	1.78
1959556--1959629	36	2.1	36	84	5	96	48	12	10	28	1.74
1968317--1968345	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1968423--1968456	16	2.1	16	94	0	59	23	14	23	38	1.92
1968572--1968812	127	1.9	125	94	3	421	41	12	10	35	1.77
1971887--1972000	60	1.9	60	83	7	151	29	18	13	38	1.89
1973035--1973094	31	1.9	31	96	0	111	30	8	6	55	1.55
1973127--1973195	33	2.1	33	91	5	113	37	7	14	40	1.74
1973640--1973684	22	2.2	20	88	8	63	28	17	8	44	1.79
1977247--1977298	24	2.2	24	92	0	86	34	26	23	15	1.94
1977354--1977404	22	2.5	21	81	9	61	23	0	9	66	1.21
1983276--1983331	23	2.5	22	83	13	71	25	21	25	28	1.99
1991011--1991035	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2001841--2001872	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
2002414--2002510	29	3.3	29	69	11	70	37	11	13	38	1.81
2007225--2007256	10	3.1	10	91	8	55	28	0	0	71	0.86
2007225--2007256	11	3.0	11	95	4	57	28	0	0	71	0.86
2007852--2007901	21	2.4	21	96	0	91	20	18	34	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2017820--2017857	19	2.0	20	84	5	51	23	13	18	44	1.85
2019060--2019100	20	2.0	20	85	4	55	56	0	12	31	1.36
2019222--2019352	59	2.2	59	82	6	151	34	14	16	34	1.90
2019562--2019699	60	2.3	60	85	7	174	32	16	18	31	1.94
2022184--2022329	59	2.4	58	82	9	170	30	17	16	34	1.92
2023386--2023453	31	2.2	31	81	5	75	41	2	8	47	1.50
2023399--2023457	31	1.9	31	89	0	91	45	1	6	45	1.40
2023754--2023891	60	2.3	60	85	5	172	30	17	6	45	1.73
2024047--2024207	60	2.7	60	75	13	154	40	6	20	32	1.77
2029196--2029244	23	2.1	23	96	0	89	46	2	20	30	1.62
2038688--2038745	23	2.5	23	82	0	80	67	13	3	15	1.36
2038698--2038737	13	3.3	13	80	16	50	65	12	5	17	1.44
2038716--2038758	13	3.2	14	83	6	54	67	16	4	11	1.38
2038719--2038823	54	2.0	53	81	9	124	61	15	6	16	1.53
2038853--2039001	68	2.2	68	98	0	289	44	12	10	32	1.76
2041261--2041301	14	2.9	14	85	0	55	58	21	9	9	1.59
2041261--2041336	14	5.3	14	70	6	53	55	21	11	11	1.68
2047552--2047596	19	2.3	20	88	3	65	33	2	22	42	1.66
2048782--2048829	20	2.4	21	75	10	55	45	2	0	52	1.12
2049129--2049163	17	2.1	17	88	0	52	65	0	0	34	0.93
2050105--2050554	229	2.0	228	94	1	785	45	8	7	39	1.61
2050618--2050664	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2050785--2050831	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
2053133--2053198	33	2.0	33	87	0	96	28	1	45	24	1.62
2054991--2055053	19	3.4	19	95	2	110	31	3	9	55	1.48
2055136--2056748	197	8.1	198	95	1	2869	37	15	15	32	1.88
2055136--2056748	397	4.1	397	96	1	2988	37	15	15	32	1.88
2058210--2058271	18	3.4	18	88	0	88	38	6	33	20	1.79
2058210--2058271	6	10.3	6	83	0	61	38	6	33	20	1.79
2058225--2058275	3	17.0	3	83	0	66	37	3	33	25	1.74
2058213--2058275	12	5.2	12	90	0	81	36	6	33	23	1.80
2059640--2060679	184	5.7	184	97	1	1910	35	15	15	34	1.88
2063170--2063227	23	2.5	23	91	0	89	36	6	18	37	1.78
2063170--2063237	23	3.0	23	86	4	84	35	5	19	39	1.76
2063240--2063278	20	2.0	20	89	0	60	25	15	10	48	1.76
2063592--2063654	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
2063592--2063664	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
2063163--2063934	428	1.8	418	97	2	1301	38	8	13	39	1.74
2066100--2066134	6	5.8	6	96	0	52	40	0	0	60	0.97
2070479--2070565	29	3.0	29	87	1	120	33	16	2	48	1.58
2071601--2071637	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2071900--2071958	23	2.6	23	83	0	73	27	30	28	13	1.94
2072707--2072762	2	28.0	2	96	0	103	48	1	0	50	1.11
2073490--2073567	20	3.8	20	75	18	70	24	25	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2077000--2077038	11	3.5	11	83	16	53	64	7	7	20	1.45
2077004--2077050	24	2.0	24	86	0	67	63	6	6	23	1.41
2078927--2078955	15	2.0	15	93	6	51	62	3	0	34	1.12
2080355--2080420	24	2.8	24	86	2	98	69	4	4	21	1.24
2083799--2083836	3	12.3	3	94	5	67	34	0	0	65	0.93
2084443--2084485	20	2.2	19	87	4	59	74	0	18	6	1.04
2088188--2088230	21	2.0	21	82	8	52	27	25	25	20	1.99
2088950--2088976	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2096268--2096387	60	2.0	61	86	4	172	30	25	6	36	1.82
2096839--2096954	58	2.0	57	94	1	205	32	22	15	29	1.95
2100883--2100942	30	1.9	32	83	6	79	30	6	13	50	1.67
2101073--2101126	23	2.2	25	80	6	67	51	20	7	20	1.70
2108814--2108862	25	1.9	26	83	4	64	32	8	2	57	1.40
2114754--2114817	30	2.1	30	88	0	92	40	9	14	35	1.78
2117135--2117333	101	2.0	103	91	2	330	39	12	9	38	1.76
2121735--2121769	17	2.1	17	88	0	52	31	0	28	40	1.57
2124034--2124078	23	2.0	23	100	0	90	28	17	26	26	1.98
2124034--2124085	23	2.3	23	90	6	72	28	15	28	26	1.96
2128753--2128831	23	3.4	23	91	5	115	30	22	13	32	1.93
2128740--2128831	11	8.1	11	72	8	69	31	22	14	31	1.94
2130634--2130675	20	2.1	20	86	0	57	19	0	35	45	1.50
2130694--2130725	7	4.9	7	85	14	50	15	0	40	43	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132625--2132674	25	2.0	25	88	3	75	40	38	8	14	1.75
2132649--2132806	44	3.6	44	87	2	221	32	36	13	17	1.89
2153139--2153236	45	2.1	48	90	5	157	27	12	20	39	1.88
2162879--2163024	9	17.1	9	66	26	54	73	0	19	6	1.03
2162886--2162986	10	9.3	11	70	15	50	75	0	18	5	1.00
2162868--2163029	42	3.8	41	75	16	141	73	0	19	6	1.05
2162888--2163015	26	5.2	24	71	23	72	73	0	19	7	1.06
2162868--2163001	28	4.9	26	71	21	96	73	0	20	6	1.06
2162886--2163023	44	3.2	42	77	19	142	73	0	19	6	1.04
2164362--2164720	55	6.7	54	88	4	401	28	16	26	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11