genome.fa.s7790.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007790.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110076_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2956777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2579761--2580077	158	2.0	159	99	0	627	35	10	17	36	1.83
2581296--2581357	12	5.2	11	74	14	52	75	0	4	19	0.97
2581303--2581351	25	2.0	25	88	8	73	75	0	4	20	0.96
2582595--2582660	26	2.6	26	90	2	89	46	6	3	43	1.43
2582545--2582763	63	3.3	65	81	10	248	44	6	2	46	1.43
2582627--2582701	40	1.9	38	89	7	116	46	6	2	44	1.43
2582696--2582794	38	2.5	42	86	6	134	45	6	4	44	1.47
2583109--2583140	16	2.0	16	93	0	55	56	9	3	31	1.47
2595414--2595466	19	2.7	19	82	11	63	52	0	0	47	1.00
2596456--2596486	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
2597516--2597554	18	2.1	19	90	4	62	64	5	7	23	1.40
2599097--2599136	19	2.1	19	85	4	53	5	22	0	72	1.04
2603992--2604026	16	2.2	16	89	0	52	20	28	17	34	1.95
2611885--2611952	35	1.9	36	93	3	120	30	36	2	29	1.72
2612325--2612371	21	2.2	20	85	11	58	82	6	10	0	0.82
2612325--2612371	25	2.0	23	87	8	67	82	6	10	0	0.82
2616354--2616421	35	1.9	36	93	3	120	30	36	2	29	1.72
2621452--2621534	38	2.2	38	84	0	103	43	8	12	36	1.72
2621982--2622068	28	3.1	28	61	9	70	34	8	14	42	1.76
2621975--2622089	55	2.1	56	96	1	214	31	8	15	44	1.77
2625468--2625512	22	2.0	22	95	0	81	31	17	20	31	1.96
2629256--2629322	2	33.0	2	78	3	62	38	0	7	53	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2629282--2629328	6	8.0	6	85	2	51	36	0	12	51	1.40
2630697--2630738	18	2.4	17	84	11	50	54	14	0	30	1.40
2632103--2632264	29	5.5	30	86	5	120	48	16	3	32	1.61
2632126--2632264	29	4.8	28	89	5	181	48	15	2	32	1.60
2632103--2632264	58	2.8	59	86	4	204	48	16	3	32	1.61
2639637--2639826	29	6.6	29	87	6	217	45	16	4	33	1.67
2639660--2639824	86	1.9	85	84	7	217	47	15	3	33	1.63
2639643--2639796	57	2.7	56	85	8	186	47	16	2	33	1.60
2643244--2643302	30	2.0	30	89	0	91	44	3	11	40	1.58
2648848--2648878	2	15.5	2	93	0	53	54	45	0	0	0.99
2648878--2648921	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2649263--2649309	23	2.1	23	84	7	62	59	6	2	31	1.34
2652410--2652452	13	3.2	13	83	6	50	37	11	30	20	1.89
2652415--2652453	14	2.9	14	88	3	53	38	12	30	17	1.88
2656180--2656220	12	3.6	12	77	12	50	58	0	0	41	0.98
2657908--2658067	65	2.5	65	83	7	202	27	16	23	31	1.96
2660733--2660814	23	3.6	22	81	8	103	25	24	25	24	2.00
2660737--2660833	44	2.2	44	85	10	128	26	21	24	26	1.99
2666209--2666260	19	2.7	19	96	0	95	28	21	28	21	1.98
2666211--2666276	19	3.5	19	89	6	82	30	19	25	24	1.98
2666226--2666386	64	2.5	62	74	13	148	30	18	23	27	1.98
2666720--2666745	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2667990--2668027	18	2.1	18	90	0	58	21	10	36	31	1.87
2673920--2673965	22	2.1	22	84	8	58	56	2	13	28	1.48
2674057--2674094	18	2.1	18	90	0	58	21	10	36	31	1.87
2677941--2677980	21	2.0	20	90	5	62	40	20	12	27	1.88
2686006--2686073	24	2.8	24	90	4	100	51	0	0	48	1.00
2688850--2688888	19	2.1	19	95	0	69	25	15	10	48	1.76
2690840--2690883	19	2.3	19	80	7	54	50	0	0	50	1.00
2693056--2693082	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2699674--2699735	23	2.7	23	87	2	99	51	0	0	48	1.00
2703868--2703895	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2710571--2710630	24	2.5	24	78	8	77	51	1	1	45	1.21
2717646--2717671	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2719647--2719695	14	3.5	14	78	10	64	32	20	22	24	1.98
2731068--2731105	14	2.7	14	80	11	51	31	18	18	31	1.95
2733451--2733526	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
2733949--2733992	7	5.9	7	80	15	52	29	0	0	70	0.88
2733945--2733992	24	2.0	24	91	0	78	29	0	0	70	0.87
2735965--2736011	25	1.9	24	91	4	76	25	12	12	48	1.77
2736346--2736425	34	2.3	34	86	4	106	71	0	5	23	1.06
2736345--2736407	10	6.9	9	70	22	51	73	0	1	25	0.93
2737102--2737291	76	2.6	73	84	7	242	56	13	0	28	1.41
2737184--2737231	25	2.0	24	83	4	60	62	10	2	25	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2737102--2737327	76	3.1	74	79	9	239	56	12	1	29	1.44
2738095--2738141	19	2.5	19	100	0	94	17	10	21	51	1.75
2743843--2743890	20	2.5	19	83	12	62	6	18	8	66	1.39
2749251--2749289	21	1.9	20	89	5	60	33	20	15	30	1.94
2752692--2752729	20	1.9	20	84	10	51	18	15	18	47	1.83
2759309--2759372	25	2.7	23	75	15	58	75	1	12	10	1.13
2759346--2759387	19	2.2	19	86	4	57	80	0	9	9	0.89
2759352--2759376	13	1.9	13	100	0	50	80	0	12	8	0.92
2759346--2759387	10	4.3	10	80	14	52	80	0	9	9	0.89
2759316--2759382	28	2.4	27	78	14	73	77	1	8	11	1.05
2760031--2760101	8	8.8	8	76	14	56	80	1	16	1	0.86
2760023--2760100	15	4.9	16	77	10	72	79	1	17	1	0.87
2761704--2761747	18	2.4	18	88	0	61	31	13	13	40	1.84
2773126--2773170	20	2.2	20	96	0	81	40	17	6	35	1.76
2775426--2775540	24	4.8	24	84	4	151	25	13	20	41	1.88
2775725--2775755	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2776730--2777242	257	2.0	259	98	1	987	37	11	14	37	1.81
2778950--2778992	18	2.4	18	84	7	52	51	2	0	46	1.13
2779025--2779072	18	2.6	19	77	12	55	41	0	2	56	1.11
2781994--2782059	27	2.5	26	83	9	80	37	1	3	57	1.23
2783317--2783366	2	25.5	2	95	4	93	52	0	0	48	1.00
2785228--2785270	13	3.4	13	78	15	54	55	2	0	41	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2789418--2789446	12	2.4	12	100	0	58	13	10	17	58	1.62
2789430--2789495	24	2.8	24	85	0	87	15	13	19	51	1.76
2792897--2792940	23	1.9	23	81	9	54	52	0	2	45	1.13
2793340--2793675	161	2.1	156	86	7	460	38	10	12	38	1.78
2795786--2795823	20	1.9	20	84	10	51	52	5	2	39	1.38
2796372--2797185	405	2.0	405	92	1	1346	37	15	13	34	1.86
2797652--2797696	23	2.0	23	81	0	54	37	6	2	53	1.40
2801309--2801376	19	3.6	19	100	0	136	35	25	22	17	1.95
2801642--2801675	10	3.5	10	88	4	52	73	17	5	2	1.16
2808862--2808905	21	2.1	21	82	0	52	9	38	15	36	1.80
2810004--2810041	20	1.9	20	88	0	58	31	34	13	21	1.91
2810052--2810211	65	2.5	64	80	10	166	31	21	18	28	1.96
2812312--2812350	20	2.0	20	85	10	53	56	2	0	41	1.13
2815417--2815449	12	2.8	12	90	4	50	42	3	0	54	1.15
2817027--2817319	43	6.8	43	87	4	315	34	24	22	18	1.96
2817027--2817319	86	3.4	83	87	5	370	34	24	22	18	1.96
2817058--2817319	129	2.0	129	90	2	411	33	25	23	17	1.96
2821830--2821854	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
2829748--2829799	24	2.1	25	89	3	79	44	0	0	55	0.99
2833324--2833379	24	2.3	24	87	0	76	21	7	10	60	1.53
2833330--2833432	24	4.3	24	78	6	93	19	7	14	58	1.60
2838060--2838139	24	3.3	24	80	0	88	18	12	17	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2841281--2841331	22	2.4	22	80	3	59	54	1	1	41	1.22
2844012--2844044	12	2.8	12	90	4	50	42	3	0	54	1.15
2845585--2845906	86	3.7	85	82	4	292	35	23	21	18	1.96
2845653--2845913	43	6.1	43	90	0	369	34	24	22	18	1.96
2852708--2852740	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
2854094--2854127	16	2.2	15	89	5	50	50	5	0	44	1.26
2856506--2856542	17	2.2	16	95	4	65	18	45	24	10	1.81
2856495--2856536	21	2.0	21	100	0	84	19	47	23	9	1.78
2856532--2856557	7	3.7	7	100	0	52	15	30	30	23	1.95
2856586--2856719	29	4.6	29	80	0	142	29	5	25	39	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11