genome.fa.s7790.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007790.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110076_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2956777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2105534--2105581	21	2.3	21	88	0	78	45	27	0	27	1.54
2111050--2111104	16	3.6	16	82	4	60	58	5	0	36	1.21
2111737--2111795	20	3.1	19	76	9	57	35	5	0	59	1.20
2111739--2111776	20	1.9	20	88	0	58	36	2	0	60	1.11
2111763--2111801	9	4.1	9	90	9	60	35	10	0	53	1.35
2111763--2111801	19	2.1	19	95	0	69	35	10	0	53	1.35
2113283--2113317	17	1.9	19	88	11	56	37	0	14	48	1.44
2113448--2113802	194	1.8	193	87	3	534	37	13	11	38	1.80
2113442--2113844	194	2.1	193	84	3	524	37	12	11	38	1.79
2114228--2114450	83	2.7	83	87	1	297	38	14	15	31	1.88
2114241--2114496	83	3.1	82	85	3	293	35	13	16	33	1.88
2115053--2115224	86	2.0	86	100	0	344	43	13	16	26	1.86
2117583--2117624	11	3.9	11	84	6	59	19	30	28	21	1.97
2118458--2118582	45	2.8	46	75	6	121	28	24	21	26	1.99
2119650--2119709	20	2.9	21	70	7	59	30	20	18	31	1.96
2122281--2122400	34	3.5	34	82	4	136	22	14	22	40	1.90
2124757--2124913	78	2.0	78	100	0	314	46	5	12	35	1.64
2124765--2124889	39	3.2	39	62	20	98	48	4	13	33	1.64
2126734--2126797	23	2.9	23	86	9	89	21	9	25	43	1.82
2133362--2133420	30	2.0	31	87	12	88	33	6	25	33	1.82
2134306--2134395	44	2.0	44	95	0	162	24	7	25	42	1.81
2134306--2134389	21	3.9	22	83	14	113	23	8	25	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2134355--2134420	9	7.2	9	74	16	64	16	12	24	46	1.81
2134376--2134420	17	2.6	17	96	0	81	15	13	24	46	1.82
2137933--2138005	29	2.4	32	77	6	80	35	17	6	39	1.77
2141314--2141614	150	2.0	150	99	0	593	43	11	18	25	1.84
2141854--2141920	30	2.3	29	80	12	75	43	8	19	28	1.81
2144792--2144818	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2144870--2144964	48	2.0	48	85	2	127	50	7	6	35	1.56
2145381--2145430	2	24.0	2	88	8	73	50	2	2	46	1.24
2145514--2145561	14	3.4	14	79	0	51	52	27	0	20	1.47
2145514--2145587	21	3.5	21	78	7	71	52	25	0	21	1.47
2144499--2146523	533	3.7	553	86	8	2467	42	11	8	36	1.73
2145895--2145919	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2145949--2145978	13	2.3	13	100	0	60	53	6	0	40	1.27
2145924--2145967	20	2.2	20	80	4	54	45	6	9	38	1.63
2146053--2146123	21	3.5	20	72	14	56	47	26	0	25	1.52
2145413--2146646	543	2.3	536	90	5	1944	43	12	8	35	1.73
2146093--2146123	14	2.2	14	94	0	53	54	29	0	16	1.42
2146492--2146521	13	2.3	13	100	0	60	53	6	0	40	1.27
2146461--2146511	20	2.4	21	74	9	59	45	5	7	41	1.57
2146814--2146863	23	2.1	25	92	7	86	48	4	0	48	1.20
2147125--2147211	16	5.4	16	90	0	138	40	13	26	19	1.89
2147568--2147613	23	2.0	22	87	4	65	36	8	13	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2149164--2149287	59	2.1	59	87	0	176	31	24	16	28	1.96
2150571--2150625	28	1.9	29	88	3	85	30	18	1	49	1.58
2159190--2159234	20	2.2	20	88	0	63	24	22	20	33	1.97
2161247--2161307	31	2.0	31	83	6	79	57	3	3	36	1.31
2165709--2165766	18	3.2	18	95	0	107	18	51	18	10	1.74
2165752--2165803	12	4.2	12	77	22	63	13	42	25	19	1.87
2165774--2165810	18	1.9	18	89	10	56	16	37	27	18	1.92
2165754--2165827	25	2.9	24	82	11	85	16	36	25	21	1.94
2168321--2168411	24	3.8	24	85	2	121	25	17	19	37	1.94
2168321--2168411	47	1.9	48	88	2	139	25	17	19	37	1.94
2168494--2168594	35	2.9	35	100	0	202	7	30	29	31	1.86
2170571--2170604	3	11.7	3	93	6	61	70	0	0	29	0.87
2176884--2176959	32	2.4	32	82	4	91	23	18	17	40	1.91
2178076--2178113	16	2.4	16	91	4	60	15	2	18	63	1.43
2179985--2180020	2	18.5	2	88	5	56	50	0	2	47	1.15
2182931--2183016	30	2.8	30	86	10	111	8	16	3	72	1.23
2182929--2183019	16	5.6	17	71	17	86	7	16	4	71	1.26
2182963--2183023	30	2.0	30	87	6	88	8	16	4	70	1.29
2183217--2183297	23	3.4	24	73	14	78	60	0	18	20	1.36
2183319--2183359	22	1.9	21	90	5	64	19	2	36	41	1.65
2184615--2184686	23	3.2	22	77	14	60	50	2	5	41	1.40
2197090--2197194	48	2.2	48	85	0	147	19	10	20	50	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2197269--2197386	53	2.2	55	80	10	147	29	16	17	35	1.93
2201688--2201721	18	1.9	18	88	5	52	44	8	17	29	1.79
2202383--2202493	53	2.1	53	84	5	143	27	18	18	35	1.94
2202405--2202508	53	2.0	53	84	3	138	28	16	19	35	1.93
2204417--2204472	22	2.5	21	75	16	51	28	32	5	33	1.80
2221774--2221912	71	2.0	71	95	0	251	38	10	4	46	1.57
2222591--2222631	17	2.5	17	88	4	57	12	24	4	58	1.53
2225445--2225541	24	4.0	24	72	5	79	47	16	11	24	1.79
2227489--2227641	74	2.1	73	97	1	288	34	17	12	35	1.88
2232452--2232531	42	1.9	42	100	0	160	28	25	12	33	1.92
2232938--2232981	18	2.4	18	82	10	54	15	18	45	20	1.85
2233887--2233936	19	2.6	19	87	0	73	30	14	30	26	1.94
2242446--2242496	21	2.4	21	93	0	93	21	21	31	25	1.98
2255179--2255211	16	2.0	17	88	5	50	45	9	12	33	1.73
2256684--2256927	42	5.8	42	80	4	240	33	19	22	25	1.97
2256684--2256927	86	2.9	84	77	5	249	33	19	22	25	1.97
2257812--2257906	48	2.0	46	90	6	147	32	24	11	31	1.91
2260411--2260534	42	3.0	41	79	9	117	29	16	20	34	1.94
2261143--2261203	26	2.3	27	88	5	88	45	4	6	42	1.51
2261143--2261207	27	2.4	28	87	7	98	47	4	6	41	1.49
2266564--2266669	40	2.6	40	72	10	99	30	21	22	25	1.99
2266833--2266962	42	3.1	41	73	5	109	30	20	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2266717--2267406	277	2.4	278	87	4	954	35	19	15	30	1.93
2267293--2267607	112	2.8	109	86	3	402	40	18	11	29	1.86
2267476--2267755	148	1.9	148	95	0	506	41	15	10	32	1.81
2269734--2269822	8	11.5	8	73	15	64	1	19	0	79	0.79
2269733--2269815	9	9.6	9	68	21	52	1	16	0	81	0.75
2269731--2269808	13	5.5	13	80	17	84	1	15	0	83	0.72
2269721--2269808	30	3.1	27	78	15	90	1	17	0	81	0.75
2269721--2269808	44	2.0	42	89	10	133	1	17	0	81	0.75
2271438--2272105	4	167.8	4	97	1	1272	25	0	24	50	1.50
2272256--2272308	2	27.0	2	77	11	56	45	1	1	50	1.23
2272274--2272383	50	2.2	48	81	12	118	50	0	4	43	1.28
2273081--2273178	39	2.5	39	84	0	142	31	18	27	22	1.97
2273161--2273265	43	2.4	43	88	1	156	35	19	31	14	1.91
2273145--2273290	44	3.3	43	85	2	175	32	20	28	18	1.96
2273317--2282626	4	2359.8	4	82	9	9724	26	2	23	47	1.63
2277262--2277310	2	25.0	2	80	12	57	46	2	0	51	1.12
2282652--2282706	14	4.1	14	76	6	51	52	3	7	36	1.47
2282657--2282703	21	2.2	21	85	7	60	53	4	4	38	1.40
2282685--2282717	12	2.9	12	86	13	52	54	6	9	30	1.56
2282657--2282713	21	2.8	19	75	12	53	54	5	5	35	1.46
2282747--2282808	2	32.0	2	79	12	67	46	1	1	50	1.20
2282765--2282810	23	2.0	23	95	4	83	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2283557--2283669	39	2.9	39	88	2	165	27	21	30	20	1.98
2283634--2283880	44	5.7	43	86	3	298	31	23	26	18	1.97
2283653--2283880	86	2.6	86	88	0	321	33	23	26	16	1.96
2283636--2283909	44	6.3	44	85	3	295	32	22	26	18	1.97
2284161--2284185	12	2.1	12	100	0	50	28	24	0	48	1.52
2288374--2288471	39	2.5	39	84	0	142	31	18	27	22	1.97
2288438--2288800	44	8.3	44	85	1	381	31	19	28	20	1.97
2288438--2288800	87	4.1	88	84	2	426	31	19	28	20	1.97
2288483--2288800	131	2.4	131	87	0	447	30	19	28	21	1.98
2292062--2292241	32	5.5	32	69	17	93	50	1	8	40	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11