genome.fa.s7790.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007790.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110076_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2956777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771711--771757	16	2.8	17	76	17	53	53	4	2	40	1.32
771714--771769	18	3.2	17	74	18	53	53	5	1	39	1.34
771711--771773	21	3.1	20	78	13	67	53	4	1	39	1.31
771714--771773	13	4.6	12	79	20	59	53	5	1	40	1.33
771758--771808	26	1.9	27	84	4	68	56	5	0	37	1.23
771768--772177	37	10.9	37	84	5	441	46	6	2	44	1.42
771768--772175	109	3.6	110	83	8	453	46	6	2	44	1.42
772269--772297	14	2.0	15	93	6	51	48	3	0	48	1.18
777840--777888	22	2.2	22	77	0	53	67	6	20	6	1.35
778937--778984	19	2.4	20	80	16	55	66	8	6	18	1.39
779059--779107	19	2.6	19	90	6	73	61	0	16	22	1.34
780280--780319	9	4.9	9	87	12	52	87	0	0	12	0.54
780282--780322	7	5.2	8	88	11	59	87	0	0	12	0.53
780319--780359	16	2.6	17	81	14	52	53	2	2	41	1.27
780319--780371	18	3.1	17	79	12	56	54	3	1	39	1.29
780343--780433	39	2.3	39	85	9	123	49	5	3	41	1.42
780366--780595	39	6.1	38	87	6	283	44	5	2	47	1.39
780391--780618	78	3.0	76	80	10	229	42	5	2	49	1.40
801164--801328	58	2.8	58	77	4	154	36	12	18	32	1.87
801539--801999	68	6.8	68	86	1	593	32	13	23	30	1.93
801539--801999	203	2.3	204	87	1	640	32	13	23	30	1.93
801951--802265	81	3.9	81	87	3	438	37	13	20	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802236--802295	30	2.0	30	83	0	75	46	6	21	25	1.75
806831--806960	58	2.2	58	84	0	161	36	12	17	33	1.87
807183--807446	68	3.9	68	91	1	413	31	16	23	28	1.96
807690--807923	30	7.5	30	84	8	290	47	0	2	49	1.21
807690--807923	45	5.0	45	83	9	290	47	0	2	49	1.21
807690--807897	15	13.5	15	84	7	265	48	0	1	49	1.16
807900--807942	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
807877--807974	32	3.4	31	73	26	115	36	0	10	53	1.35
807803--807952	69	2.2	67	85	7	205	44	0	6	50	1.26
807877--807991	54	2.1	54	98	0	221	35	0	11	53	1.37
807945--807992	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
807922--808071	80	1.9	80	94	0	264	34	0	14	51	1.47
808001--808359	32	11.7	32	71	21	234	34	0	12	52	1.42
808034--808076	22	2.0	22	90	0	68	37	2	11	48	1.52
808002--808327	54	6.0	54	81	7	399	34	0	12	52	1.42
808088--808130	22	2.0	22	95	0	77	34	0	11	53	1.37
808056--808416	165	2.2	166	97	0	688	32	0	13	53	1.40
808253--808295	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
808396--808422	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
808643--809046	68	6.0	68	91	0	630	30	15	25	28	1.95
808998--809312	81	3.9	81	85	0	416	37	13	20	28	1.90
809283--809341	30	2.0	30	83	6	75	44	8	22	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810353--810424	32	2.2	32	82	4	83	19	27	26	26	1.99
814201--814270	26	2.5	28	76	19	74	45	1	0	52	1.09
814461--814511	20	2.6	19	79	11	59	54	5	1	37	1.36
815275--815316	15	2.8	15	100	0	84	45	0	54	0	0.99
815614--815651	14	2.7	14	91	0	58	42	28	7	21	1.81
816535--816568	13	2.6	13	90	0	50	26	29	8	35	1.87
822155--822357	46	4.4	46	81	1	253	22	22	14	41	1.89
822762--822819	21	2.6	22	77	22	59	72	1	15	10	1.19
824053--824082	3	9.7	3	92	7	51	66	0	0	33	0.92
824080--824394	38	8.6	36	71	19	138	46	5	2	45	1.39
824188--824396	77	2.7	75	86	6	260	46	5	1	45	1.38
824188--824396	38	5.4	38	85	7	246	46	5	1	45	1.38
824458--824500	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
824980--825901	84	11.1	83	80	5	923	25	18	24	31	1.98
824980--825901	248	3.7	248	87	2	1233	25	18	24	31	1.98
824975--825879	332	2.7	336	81	4	958	25	18	24	31	1.97
827023--827277	95	2.6	98	90	5	387	31	18	18	32	1.95
833193--833234	12	3.6	12	87	3	59	80	0	2	16	0.81
834534--834565	3	11.0	3	93	6	57	65	0	0	34	0.93
834577--834715	34	4.2	34	70	22	100	46	5	2	45	1.42
834567--834766	33	5.6	38	72	17	117	47	5	2	45	1.39
834674--834766	38	2.4	38	82	8	107	47	4	2	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835609--835820	38	5.9	35	71	21	131	45	7	3	43	1.49
835652--835784	64	2.1	65	87	7	191	47	6	3	42	1.46
835906--836261	46	7.8	46	84	2	457	23	22	11	42	1.86
836256--836517	82	3.2	81	85	2	335	27	22	11	39	1.88
836789--836836	23	2.1	23	100	0	96	25	20	18	35	1.95
839025--839088	32	2.0	32	96	0	119	21	14	6	57	1.58
840214--840249	11	3.4	11	88	3	56	8	22	11	58	1.59
840214--840257	21	2.1	21	87	8	63	9	18	13	59	1.60
841164--841262	52	1.9	52	82	12	123	54	21	2	22	1.55
843668--843703	14	2.7	13	87	8	54	44	19	5	30	1.73
843673--843706	14	2.4	14	100	0	68	47	20	5	26	1.73
852147--852219	17	4.3	17	71	10	51	31	17	6	43	1.75
852147--852240	34	2.8	34	75	6	84	32	17	7	42	1.77
852194--852240	17	2.8	17	83	0	67	36	14	8	40	1.77
852250--852313	32	2.0	32	93	0	110	26	14	6	53	1.64
854924--854963	17	2.4	17	91	0	62	40	17	5	37	1.72
858104--858157	21	2.6	20	77	8	54	55	3	12	27	1.54
861581--861643	24	2.6	25	77	10	67	44	0	14	41	1.45
864954--865007	21	2.6	20	77	8	54	55	3	12	27	1.54
875585--875653	21	3.2	21	81	6	75	21	33	24	20	1.97
875573--875654	23	3.7	22	83	4	94	23	31	25	19	1.98
875573--875657	22	3.9	22	80	6	82	22	31	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877221--877266	18	2.5	18	89	3	65	45	23	30	0	1.53
883232--883370	41	3.4	41	96	0	251	19	17	24	38	1.93
883233--883347	21	5.6	21	70	4	108	20	18	25	35	1.95
883262--883367	20	5.2	20	72	4	95	17	19	23	38	1.93
883380--883425	19	2.4	19	92	0	83	17	19	19	43	1.88
883236--883489	82	3.1	82	82	6	250	19	17	23	39	1.92
883418--883471	22	2.5	22	87	0	81	14	14	29	40	1.86
883582--883640	6	10.5	6	91	8	81	28	52	16	1	1.54
884292--884341	22	2.3	22	89	0	82	42	28	14	16	1.86
884270--884420	60	2.5	60	84	6	178	40	21	18	19	1.92
884332--884371	19	2.1	19	100	0	80	42	15	20	22	1.88
884389--884452	21	3.1	21	72	4	67	37	25	18	18	1.94
888412--888452	18	2.2	20	86	8	59	17	0	12	70	1.16
890014--890101	33	2.7	33	87	0	131	30	22	23	22	1.99
890990--891213	64	3.5	64	82	2	218	32	20	18	28	1.96
891722--891883	31	5.2	31	90	1	243	39	10	15	34	1.82
894900--895123	64	3.5	64	82	3	238	32	21	18	27	1.97
895633--895815	31	5.9	31	94	0	303	40	12	14	33	1.82
896759--896873	45	2.5	45	88	1	167	29	23	7	39	1.83
896978--897139	40	4.1	40	94	0	279	32	26	16	25	1.96
910713--910742	14	2.1	14	100	0	60	46	0	0	53	1.00
914088--914129	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914308--914805	39	12.9	39	82	4	503	22	22	11	43	1.85
914774--914829	26	2.2	26	87	6	78	19	25	8	46	1.79
915583--915631	3	17.0	3	87	8	75	63	2	0	34	1.06
915583--915631	17	2.8	18	87	6	75	63	2	0	34	1.06
915583--915631	20	2.5	20	93	0	89	63	2	0	34	1.06
915810--916314	39	12.9	39	85	0	623	22	22	11	43	1.85
915810--916525	117	6.2	115	80	8	767	22	22	11	43	1.86
916242--916380	65	2.1	65	85	0	179	23	26	8	41	1.83
916283--916338	26	2.2	26	87	6	78	19	25	8	46	1.79
916203--916419	104	2.1	105	86	4	296	23	23	10	42	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11