genome.fa.s7790.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007790.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110076_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2956777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  9  of  11  ( 1250 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2292018--2292684	18	36.3	19	67	21	217	51	2	7	38	1.43
2292017--2292217	95	2.1	92	88	7	289	51	1	8	38	1.41
2292156--2292248	40	2.4	37	82	8	105	51	1	7	39	1.37
2292017--2292241	95	2.4	93	84	12	280	51	1	8	38	1.42
2292187--2292299	46	2.5	44	82	13	117	50	2	7	39	1.44
2292341--2292546	35	6.2	33	76	17	169	56	3	4	34	1.37
2292342--2292553	57	3.8	56	78	13	188	56	3	5	34	1.38
2292093--2292468	151	2.5	153	76	13	373	52	2	7	37	1.44
2292392--2292678	41	6.9	41	72	19	161	52	2	6	38	1.39
2292066--2292568	246	2.0	243	80	12	555	52	2	7	37	1.42
2292102--2292613	98	5.4	97	70	21	295	52	2	7	36	1.43
2292618--2292817	20	10.2	20	70	19	102	41	5	2	51	1.37
2292691--2292817	39	3.4	37	79	12	127	40	5	2	51	1.38
2292365--2292782	2	210.0	2	66	21	132	49	3	5	41	1.42
2292759--2292808	26	1.9	26	84	8	66	40	6	2	52	1.38
2292827--2292866	21	1.9	21	85	10	55	47	2	5	45	1.38
2292866--2292926	22	2.8	22	87	5	88	47	3	6	42	1.45
2292892--2292942	20	2.4	21	84	12	61	43	3	5	47	1.46
2292864--2292933	22	3.1	22	83	6	79	48	4	5	41	1.46
2293619--2293688	20	3.5	20	76	0	77	31	20	15	32	1.94
2293632--2293710	40	2.0	40	92	0	131	32	25	13	27	1.94
2295220--2295586	184	2.0	184	98	1	707	35	13	26	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2296017--2296167	75	2.0	75	100	0	302	37	13	25	23	1.91
2298508--2298563	28	2.0	28	100	0	112	35	7	39	17	1.78
2302605--2302690	5	16.8	5	81	9	66	69	1	9	19	1.22
2308212--2308255	19	2.4	19	92	3	72	75	0	6	18	1.02
2308852--2308914	19	3.2	19	75	4	54	55	12	0	31	1.37
2308861--2309043	76	2.4	75	81	5	190	54	11	3	30	1.52
2312229--2312311	37	2.2	37	93	0	139	27	16	24	31	1.97
2316889--2316933	19	2.4	19	96	0	81	26	20	24	28	1.99
2317482--2317554	31	2.4	31	86	4	94	45	16	4	34	1.66
2319585--2319625	11	3.6	11	93	6	73	85	7	0	7	0.75
2319585--2319625	12	3.5	12	96	3	75	85	7	0	7	0.75
2327250--2327416	91	1.8	91	90	0	271	27	17	17	37	1.92
2329941--2330042	21	4.8	21	72	20	86	23	15	27	33	1.95
2336839--2336887	21	2.3	21	85	0	62	22	16	26	34	1.95
2350900--2350991	42	2.2	42	94	0	157	33	23	18	23	1.97
2369902--2369960	30	2.0	30	82	0	73	40	5	18	35	1.73
2374561--2374586	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
2387548--2387591	16	2.5	18	82	10	56	65	0	15	18	1.27
2387611--2387653	22	2.0	22	90	0	68	20	2	41	34	1.65
2392041--2392104	21	2.9	23	77	13	64	53	1	0	45	1.10
2425623--2425669	20	2.5	18	82	6	58	74	0	8	17	1.05
2426006--2426069	2	32.5	2	96	3	121	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432056--2432142	30	3.0	30	76	15	83	36	16	8	39	1.78
2432662--2432770	40	2.7	40	79	0	137	18	25	22	33	1.96
2435637--2435672	17	2.1	17	100	0	72	41	22	11	25	1.86
2447691--2447800	39	2.8	39	87	5	159	19	26	21	32	1.97
2449245--2449308	30	2.1	30	80	11	76	21	7	7	62	1.48
2449454--2449498	14	3.2	14	80	0	54	44	17	0	37	1.49
2449954--2450033	30	2.7	30	84	3	90	43	12	3	40	1.60
2452605--2452733	59	2.2	59	87	0	177	27	24	18	29	1.98
2458988--2459054	30	2.2	30	91	0	107	43	8	16	31	1.79
2462089--2462146	18	3.2	18	85	9	73	44	6	15	32	1.73
2462293--2462375	39	2.1	39	88	4	123	28	8	15	46	1.75
2465867--2465936	31	2.2	32	80	9	83	45	11	14	28	1.79
2468924--2468970	19	2.5	19	75	3	51	55	4	10	29	1.53
2469032--2469078	13	3.7	13	77	5	51	48	0	23	27	1.51
2469124--2469188	19	3.3	19	72	14	60	26	4	18	50	1.66
2469108--2469188	39	2.1	39	90	0	126	29	4	17	48	1.68
2469124--2469189	21	3.3	20	72	12	64	27	4	18	50	1.66
2476494--2476603	45	2.3	46	80	12	116	48	6	0	44	1.34
2479054--2479404	54	6.5	54	84	3	431	31	19	19	29	1.96
2479073--2479404	160	2.1	161	86	3	454	32	19	18	29	1.96
2479092--2479408	54	5.9	54	86	3	444	31	19	18	29	1.96
2479763--2479947	94	2.0	95	87	1	273	24	24	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2481253--2481538	73	3.9	71	79	6	277	36	10	20	32	1.87
2481436--2481538	36	2.8	38	77	14	106	36	9	19	33	1.85
2481407--2481538	38	3.5	38	74	13	119	37	9	18	34	1.84
2481532--2481587	20	2.9	19	77	15	60	42	8	19	28	1.81
2489148--2489190	20	2.2	20	86	0	59	20	4	18	55	1.60
2489187--2489292	44	2.4	44	92	4	169	37	6	24	31	1.81
2498324--2498357	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
2505776--2505805	9	3.4	9	95	4	53	50	0	36	13	1.42
2507576--2507867	117	2.5	117	92	0	476	32	33	15	18	1.92
2508799--2508982	29	6.4	29	74	8	144	46	16	4	32	1.67
2514974--2515260	117	2.5	117	92	0	475	32	34	16	17	1.92
2516194--2516357	29	5.8	29	75	8	149	44	17	5	32	1.71
2516386--2516429	5	8.2	5	80	14	52	6	22	52	18	1.69
2516380--2516431	18	3.1	18	86	8	74	11	21	50	17	1.77
2518759--2518802	21	2.1	21	91	4	72	36	9	25	29	1.86
2521957--2522002	24	1.9	24	91	8	76	15	23	8	52	1.70
2526675--2526773	34	2.9	33	86	5	92	36	15	24	24	1.93
2526711--2526771	19	3.4	19	66	25	60	32	16	26	24	1.96
2526694--2526785	34	2.7	33	85	6	121	33	16	26	23	1.95
2531457--2531512	13	4.3	13	80	8	53	57	1	30	10	1.43
2539196--2539238	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
2541197--2541295	47	2.1	49	86	3	139	49	16	12	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2543954--2544081	53	2.4	54	84	3	161	35	18	15	29	1.92
2543990--2544140	54	2.8	54	83	1	178	36	17	15	30	1.91
2544843--2544892	20	2.5	20	87	6	66	26	26	16	32	1.96
2549946--2549984	14	2.7	15	84	4	53	46	5	0	48	1.24
2550000--2550030	16	1.9	16	93	0	53	32	6	0	61	1.21
2550518--2550575	29	2.0	29	83	12	75	41	3	22	32	1.71
2558601--2558647	22	2.1	23	92	4	78	36	0	10	53	1.36
2559036--2559106	16	4.7	15	73	26	53	59	4	2	33	1.31
2560411--2560514	24	4.1	26	67	21	69	66	1	3	27	1.20
2560411--2560469	26	2.2	26	85	11	75	72	0	1	25	0.93
2560412--2560469	20	2.9	20	82	12	66	72	0	1	25	0.94
2560614--2560638	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
2560659--2560699	12	3.5	12	84	15	59	56	0	0	43	0.99
2560662--2560696	2	18.5	2	88	11	56	54	0	0	45	0.99
2561194--2561298	37	2.8	37	86	0	147	30	14	15	40	1.87
2562048--2563319	106	12.0	106	91	1	1978	22	18	24	34	1.96
2564274--2564320	22	2.3	19	80	19	67	23	10	25	40	1.87
2564279--2564333	22	2.5	22	100	0	110	23	12	27	36	1.91
2564942--2565002	16	3.8	16	77	16	63	1	6	9	81	0.92
2565571--2565612	16	2.6	16	96	0	75	47	7	21	23	1.75
2568399--2568435	19	1.9	19	89	10	58	67	0	24	8	1.17
2569727--2569794	21	3.1	22	77	14	70	69	0	2	27	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2569733--2569842	24	4.4	23	72	22	71	66	1	2	29	1.16
2569738--2569842	25	4.3	24	73	20	76	65	1	2	29	1.17
2569736--2569801	10	6.8	10	69	19	50	68	1	1	28	1.08
2569874--2569922	22	2.3	21	82	13	64	67	2	8	22	1.28
2569918--2569972	15	3.9	14	81	11	60	56	0	5	38	1.23
2569912--2569964	23	2.4	22	75	12	54	58	0	5	35	1.22
2569918--2569951	2	17.5	2	87	6	52	52	0	2	44	1.16
2569981--2570028	21	2.2	20	85	10	60	72	0	2	25	0.95
2570026--2570056	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
2570456--2570560	37	2.8	37	86	0	147	29	14	15	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11