genome.fa.s7800.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007800.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110114_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4652821

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1085--1125	14	2.8	14	88	7	55	7	14	24	53	1.66
1075--1137	16	4.1	16	83	8	85	7	12	22	57	1.61
1069--1141	10	7.7	10	66	22	50	9	12	20	57	1.62
3706--3761	15	3.7	16	75	20	57	51	5	3	39	1.42
3699--3761	30	2.1	30	93	0	108	50	4	7	36	1.53
7074--7135	31	2.0	32	83	3	81	24	9	11	54	1.65
18474--18541	20	3.3	21	83	6	95	38	16	22	23	1.93
19087--19141	19	2.8	20	83	2	76	45	21	20	12	1.84
19203--19260	20	2.9	20	82	10	73	13	22	18	44	1.85
20943--21189	94	2.9	81	81	15	257	23	12	18	45	1.84
21005--21212	94	2.2	93	95	1	380	20	12	19	48	1.80
21284--21309	12	2.2	12	100	0	52	0	7	19	73	1.07
21311--21400	19	4.9	19	72	15	73	12	20	20	47	1.81
21853--21919	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
21801--21919	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
24127--24169	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
24149--24298	65	2.3	67	92	3	250	30	28	25	16	1.96
24918--24962	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
31014--31056	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
31036--31186	67	2.2	68	94	2	261	29	28	25	15	1.96
31193--31219	13	2.1	13	100	0	54	77	0	22	0	0.76
31805--31849	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32430--32476	19	2.5	19	92	0	76	46	19	21	12	1.82
32481--32519	19	2.1	19	85	0	51	53	17	10	17	1.71
32520--32670	19	8.7	19	65	21	89	11	24	19	44	1.84
32524--32650	33	3.8	33	93	0	218	11	24	18	45	1.82
32623--32716	20	4.7	20	72	13	68	21	20	23	35	1.96
34977--35001	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
35176--35243	24	2.8	24	81	0	73	38	22	16	23	1.93
35978--36065	20	4.4	20	95	0	149	26	20	29	23	1.99
36048--36112	21	3.1	22	76	13	82	16	16	26	40	1.90
36034--36112	41	1.9	41	94	0	140	18	17	26	36	1.94
35973--36107	20	6.7	20	86	5	146	23	19	26	30	1.98
44944--44981	15	2.4	16	82	4	51	44	0	0	55	0.99
53918--54087	3	55.7	3	88	5	252	63	1	0	34	1.06
54385--55170	113	6.9	113	94	1	1320	28	19	14	36	1.92
54385--55170	227	3.5	226	94	1	1329	28	19	14	36	1.92
54385--55174	340	2.3	343	94	0	1372	28	19	14	36	1.92
55732--57121	52	26.7	52	96	0	2534	38	23	14	23	1.92
58062--58107	6	8.0	6	80	9	60	4	13	0	82	0.81
58063--58118	11	5.1	11	80	8	69	3	12	0	83	0.76
58064--58107	23	1.9	23	95	0	79	4	11	0	84	0.77
58063--58120	17	3.4	17	79	13	66	3	13	0	82	0.79
70825--71003	3	58.7	3	88	5	270	63	0	0	35	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77289--77335	24	2.0	24	95	0	85	34	29	19	17	1.94
77307--77346	18	2.3	18	91	4	64	30	27	22	20	1.98
77578--77639	30	2.1	30	100	0	124	25	25	0	48	1.52
79842--79908	14	4.8	13	73	10	53	26	1	26	44	1.63
79850--79904	21	2.7	20	80	5	56	29	1	23	45	1.63
80008--80070	11	5.9	11	73	14	60	39	1	1	57	1.18
100855--101156	41	7.3	41	80	4	284	30	20	17	31	1.95
100838--101068	125	1.9	124	83	4	304	31	18	17	32	1.94
100895--101156	84	3.1	83	84	4	357	29	20	17	32	1.95
100855--101156	166	1.8	166	89	1	471	30	20	17	31	1.95
100875--101156	82	3.4	82	83	2	357	29	19	17	33	1.95
103087--103145	21	2.8	21	84	0	73	18	5	20	55	1.61
103296--103480	42	4.3	43	83	4	153	25	21	22	30	1.99
103340--103480	43	3.3	43	89	4	205	26	21	24	28	1.99
103298--103480	85	2.2	86	80	6	203	26	21	22	29	1.99
107770--107817	24	2.0	24	100	0	96	37	25	8	29	1.85
112034--112065	6	5.2	6	96	3	55	31	3	0	65	1.08
116986--117510	106	5.0	106	86	4	706	34	25	18	21	1.96
116986--117508	211	2.5	209	88	2	766	34	25	18	21	1.96
126756--126888	72	1.9	71	91	1	221	57	7	8	27	1.55
134236--134306	28	2.5	28	81	4	81	39	19	7	33	1.79
137747--137808	17	3.9	16	81	12	74	37	1	1	59	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137773--137836	26	2.8	22	76	11	58	37	1	1	59	1.16
137828--137885	24	2.4	24	82	5	64	37	0	0	62	0.96
137781--137886	46	2.4	44	77	16	112	36	0	0	61	1.09
143768--143811	12	3.8	12	90	3	63	11	9	47	31	1.71
143766--143811	24	2.0	24	91	4	76	10	10	47	30	1.73
143829--143909	24	3.3	25	75	16	71	45	0	0	54	0.99
143939--143974	13	2.8	13	95	4	65	13	13	55	16	1.69
144038--144062	6	4.2	6	100	0	50	0	64	16	20	1.30
145132--145365	109	2.1	109	80	6	260	47	17	14	20	1.82
146223--146262	12	3.3	12	85	0	62	15	5	32	47	1.66
146197--146262	24	2.8	24	86	4	80	12	4	36	46	1.61
149892--149920	6	5.0	6	95	4	51	68	31	0	0	0.89
153301--153348	14	2.9	18	70	23	50	27	35	12	25	1.92
153314--153343	14	2.1	14	93	0	51	30	26	16	26	1.97
153298--153363	32	2.0	32	85	2	87	27	30	16	25	1.97
153396--153435	21	1.9	21	89	0	62	35	20	25	20	1.96
153466--153505	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
154647--154694	19	2.5	20	86	3	62	50	6	14	29	1.67
155873--155920	19	2.5	20	86	3	62	50	6	12	31	1.65
157057--157096	21	1.9	21	89	0	62	30	10	10	50	1.69
157205--157263	30	2.0	30	86	0	82	37	5	18	38	1.73
157395--157446	18	2.9	18	77	13	63	23	34	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164649--165105	227	2.0	228	95	0	826	38	7	27	26	1.84
165131--165170	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
169023--169062	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
175182--175351	90	1.9	88	91	2	277	45	7	9	38	1.64
175735--175774	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
177588--177620	16	2.1	16	100	0	66	45	12	0	42	1.41
182455--182526	25	2.9	25	87	0	108	34	15	1	48	1.54
189882--189914	12	2.8	12	100	0	66	27	9	33	30	1.88
193512--193550	6	6.5	6	100	0	78	33	48	0	17	1.48
197918--197950	16	2.0	17	88	5	50	36	6	24	33	1.80
198821--198851	16	1.9	16	93	0	53	51	6	0	41	1.27
199146--199175	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
199341--199369	14	2.1	14	93	6	51	13	20	44	20	1.85
199876--199932	28	2.0	28	89	0	87	22	15	21	40	1.91
203594--203661	35	1.9	35	90	0	109	42	22	1	33	1.62
203668--203728	28	2.2	28	100	0	122	37	0	18	44	1.50
203700--203768	35	2.0	35	94	0	120	34	0	21	43	1.53
212857--212894	20	2.0	20	89	5	60	15	10	7	65	1.45
214211--214241	15	2.1	15	100	0	62	12	38	12	35	1.82
225561--225606	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
226080--226153	10	6.9	10	76	14	58	36	20	5	37	1.76
226078--226161	23	3.9	21	73	15	64	36	22	4	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227962--228029	30	2.3	30	76	2	75	27	26	4	41	1.75
231789--231834	21	2.1	22	92	4	76	60	10	2	26	1.41
241272--241323	27	1.9	27	84	0	68	15	17	25	42	1.88
243627--243665	18	2.2	18	85	0	51	43	2	2	51	1.29
243585--243695	59	1.9	59	83	3	145	42	4	3	49	1.40
253233--253312	35	2.2	34	89	10	115	40	26	5	28	1.77
264567--264595	14	2.0	15	93	6	51	65	0	20	13	1.26
266397--266455	23	2.5	23	86	2	73	25	22	25	27	2.00
266415--266466	11	4.6	11	85	4	68	25	23	23	28	1.99
266414--266457	23	1.9	23	95	0	79	22	20	25	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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