genome.fa.s7800.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007800.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110114_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4652821

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451770--2452040	139	1.9	139	89	0	416	27	10	13	47	1.76
2458026--2458055	14	2.1	14	93	0	51	53	0	0	46	1.00
2458172--2458211	20	2.0	20	100	0	80	25	20	10	45	1.81
2461962--2462007	2	23.5	2	95	4	85	52	0	0	47	1.00
2462187--2462237	22	2.3	22	96	0	93	5	43	3	47	1.46
2462188--2462237	10	4.8	10	80	9	55	6	44	4	46	1.47
2462187--2462228	2	21.0	2	85	0	57	4	45	2	47	1.36
2472609--2472649	21	2.0	21	95	0	73	26	24	19	29	1.98
2472682--2472804	21	5.9	21	81	1	140	25	21	21	30	1.99
2472688--2472812	41	3.0	41	86	1	160	23	21	21	33	1.97
2473748--2473810	6	10.5	6	92	0	99	4	15	46	33	1.67
2482104--2482147	22	2.0	23	86	4	63	13	22	45	18	1.84
2482117--2482160	17	2.6	17	85	0	70	13	22	45	18	1.84
2482170--2482205	11	3.5	11	82	17	51	38	27	19	13	1.90
2482163--2482205	20	2.2	19	91	4	68	34	30	20	13	1.92
2482163--2482205	9	4.4	10	80	13	54	34	30	20	13	1.92
2483043--2483194	20	7.4	20	68	4	106	36	18	24	21	1.95
2483027--2483222	21	9.5	21	68	4	130	33	18	23	24	1.97
2483026--2483216	41	4.7	41	94	0	337	33	18	23	24	1.97
2483718--2483773	23	2.4	23	90	0	85	28	32	12	26	1.93
2488570--2488629	20	2.9	19	72	27	52	46	1	1	50	1.21
2494022--2494137	60	1.9	60	89	3	180	16	17	22	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494490--2494549	31	1.9	31	93	0	102	30	16	25	28	1.97
2501674--2501855	60	3.0	60	87	6	244	35	17	14	32	1.90
2502059--2502101	17	2.4	18	80	7	52	44	2	4	48	1.36
2502191--2502281	48	1.9	48	84	6	123	47	1	5	46	1.33
2505273--2505376	29	3.6	29	90	1	174	20	19	15	45	1.86
2505280--2505393	58	2.0	58	87	3	167	21	19	14	45	1.85
2505759--2505915	64	2.5	63	81	6	183	26	17	20	35	1.95
2519189--2519241	21	2.5	21	75	6	54	20	22	18	37	1.94
2519231--2519278	20	2.3	20	85	3	60	39	16	20	22	1.92
2519280--2519385	20	5.2	20	77	6	97	31	25	17	25	1.97
2519268--2519405	41	3.4	41	80	6	154	34	23	17	24	1.96
2519572--2519615	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2519866--2519922	20	2.8	20	83	0	60	17	17	19	45	1.86
2520059--2520113	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
2521242--2521289	18	2.7	18	87	6	71	27	41	14	16	1.87
2521830--2521875	20	2.3	20	88	0	65	36	26	21	15	1.93
2521869--2521932	19	3.6	19	72	20	66	46	21	18	12	1.82
2521970--2522044	20	3.8	20	85	1	98	17	26	21	34	1.95
2522032--2522070	20	2.0	20	94	0	69	25	12	28	33	1.93
2522412--2522472	21	3.0	20	76	7	68	22	40	11	24	1.87
2522409--2522499	41	2.2	42	84	2	121	21	40	14	23	1.90
2524052--2524102	20	2.5	20	100	0	102	39	27	13	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2524095--2524148	14	3.5	14	75	22	54	46	20	22	11	1.82
2524108--2524153	14	2.8	17	75	25	53	45	19	21	13	1.84
2524167--2524201	14	2.5	14	95	0	61	8	22	22	45	1.79
2524360--2524472	41	2.8	41	87	4	149	23	17	26	31	1.97
2524348--2524468	20	6.0	20	82	5	127	27	18	26	28	1.98
2524360--2524489	41	3.2	41	83	3	138	24	19	25	30	1.98
2524479--2524594	20	5.7	20	65	17	60	31	17	25	25	1.97
2524957--2524990	13	2.6	13	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2533093--2533145	25	2.1	25	100	0	106	64	16	3	15	1.44
2533688--2533810	59	2.1	58	96	1	228	31	24	21	21	1.98
2544003--2544250	125	2.0	121	87	5	356	28	10	23	37	1.88
2562816--2562872	25	2.3	26	80	20	68	43	3	7	45	1.48
2574799--2574844	15	3.1	15	81	6	58	67	0	8	23	1.18
2574808--2574842	14	2.5	14	100	0	70	71	0	5	22	1.07
2575103--2575194	22	4.0	23	79	13	102	44	2	8	44	1.47
2575291--2575365	6	12.7	6	78	13	50	25	2	0	72	0.98
2575291--2575328	16	2.6	16	84	16	55	34	0	0	65	0.93
2575318--2575366	16	3.1	16	80	8	57	16	4	0	79	0.88
2575318--2575380	16	4.1	16	76	13	53	17	4	0	77	0.93
2595083--2595115	16	2.0	17	88	5	50	30	6	0	63	1.18
2595873--2595949	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
2599898--2599938	20	2.0	21	95	4	75	48	19	4	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2599949--2599991	22	1.9	23	90	4	70	48	9	9	32	1.67
2600923--2600991	31	2.3	29	78	14	77	56	1	1	40	1.17
2609884--2610102	107	2.1	107	94	0	386	41	9	13	35	1.77
2612735--2612816	39	2.1	40	95	2	148	21	10	18	48	1.78
2617727--2617831	25	4.3	24	68	12	70	39	3	1	55	1.29
2617785--2617860	30	2.5	29	81	10	82	40	2	3	52	1.34
2617713--2617860	54	2.8	53	70	13	126	39	3	2	54	1.28
2617848--2618005	31	5.4	29	78	10	162	53	0	4	41	1.25
2617895--2617968	28	2.8	25	73	16	69	54	0	6	39	1.27
2617848--2618021	59	2.9	58	79	10	183	54	0	4	40	1.25
2618234--2618302	21	3.2	21	89	2	102	26	30	18	24	1.98
2618937--2618996	31	1.9	31	93	6	104	38	20	16	25	1.93
2625248--2625285	18	2.1	18	95	0	67	23	10	31	34	1.89
2626964--2627004	18	2.3	18	91	4	66	65	0	4	29	1.13
2627044--2627081	9	3.7	10	86	13	51	47	0	31	21	1.51
2628695--2628843	49	3.0	50	88	7	232	48	6	2	42	1.41
2628940--2628989	16	3.1	16	75	11	57	40	0	0	60	0.97
2633604--2633639	16	2.2	16	100	0	72	58	25	11	5	1.54
2633709--2633753	16	2.8	16	93	0	81	55	22	13	8	1.65
2635466--2635492	14	1.9	14	100	0	54	59	22	11	7	1.56
2639423--2640021	261	2.3	260	84	3	765	36	21	17	24	1.94
2638964--2639897	459	2.0	457	82	5	1109	36	20	17	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2640241--2640451	63	3.3	63	72	3	188	35	23	18	23	1.96
2639767--2640354	327	1.8	326	82	3	761	37	21	17	24	1.94
2640177--2640490	129	2.4	129	82	3	398	35	21	17	25	1.95
2638963--2640642	66	25.7	66	68	8	626	36	21	17	24	1.94
2640658--2640748	45	2.0	45	84	0	119	43	21	15	18	1.87
2642328--2642393	23	2.8	25	76	17	70	54	0	3	42	1.15
2644945--2645073	53	2.5	52	87	6	181	41	10	6	41	1.67
2644944--2645096	52	2.9	51	79	9	148	40	10	7	41	1.67
2645709--2645750	21	2.1	19	83	16	50	30	2	23	42	1.67
2649974--2650014	20	2.0	20	86	9	57	48	4	2	43	1.37
2650925--2650966	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2654966--2655000	16	2.2	16	100	0	70	20	11	5	62	1.48
2655312--2655361	24	2.1	24	96	0	91	26	6	8	60	1.48
2657676--2657733	2	30.5	2	79	10	68	46	1	0	51	1.11
2658682--2658807	63	2.0	63	93	0	216	23	22	17	36	1.95
2659233--2659271	12	3.2	12	88	0	60	38	2	10	48	1.51
2659233--2659309	12	6.8	12	75	16	58	33	3	9	53	1.51
2669862--2669886	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2670694--2671871	105	11.2	105	95	1	2026	33	26	18	21	1.96
2672218--2672267	2	26.5	2	76	11	52	46	2	0	52	1.12
2672214--2672273	18	3.2	19	76	9	70	45	5	0	50	1.23
2673209--2673333	63	2.0	62	92	1	205	23	22	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2673762--2673798	12	3.2	12	88	7	51	40	2	8	48	1.47
2673762--2673804	10	4.1	11	88	11	56	37	4	9	48	1.56
2677370--2677427	29	2.0	29	86	6	82	55	1	10	32	1.44
2678111--2678136	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2683953--2684093	27	5.2	27	79	9	117	29	17	40	12	1.86
2686002--2686683	251	2.7	251	86	3	910	40	23	12	23	1.88
2687996--2688048	20	2.6	19	77	11	52	56	1	3	37	1.28
2690154--2690178	13	1.9	13	100	0	50	88	4	0	8	0.64
2692023--2692063	20	2.0	20	86	9	57	39	9	7	43	1.65
2698435--2698475	20	2.0	20	86	9	57	39	9	7	43	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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