genome.fa.s7800.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007800.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110114_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4652821

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2099440--2099594	35	4.4	34	75	16	140	41	11	5	41	1.63
2100287--2100526	36	6.9	36	73	14	191	39	12	21	27	1.88
2100417--2100525	37	3.0	36	87	2	164	36	11	22	28	1.90
2100901--2101804	105	8.5	105	90	3	1353	23	18	25	33	1.96
2100901--2101804	316	2.8	315	90	3	1371	23	18	25	33	1.96
2101369--2101804	222	2.0	223	92	2	725	24	17	25	33	1.96
2101475--2101804	117	3.0	112	88	7	469	24	17	25	32	1.96
2100901--2101804	421	2.1	416	90	4	1283	23	18	25	33	1.96
2106817--2106871	11	4.7	11	77	22	51	67	1	0	30	1.01
2106867--2107035	70	2.4	71	83	5	211	42	10	5	41	1.64
2106879--2107033	35	4.4	34	75	16	140	41	11	5	41	1.63
2109489--2109548	28	2.1	28	100	0	120	36	16	16	30	1.91
2121028--2121093	32	2.1	32	91	0	105	40	24	16	18	1.90
2121708--2121756	20	2.5	20	89	0	71	18	18	26	36	1.94
2121724--2121779	20	2.8	20	91	0	85	10	16	23	50	1.76
2123117--2123165	18	2.7	18	100	0	98	28	46	12	12	1.77
2123208--2123283	33	2.3	34	86	2	100	46	18	19	15	1.85
2123250--2123287	20	1.9	20	94	0	67	52	18	15	13	1.74
2123890--2123943	21	2.6	21	93	0	90	24	33	16	25	1.96
2123917--2123998	42	2.0	42	82	4	103	24	37	14	23	1.92
2125492--2125565	20	3.7	20	90	3	105	43	27	18	10	1.83
2125559--2125636	34	2.3	33	84	4	102	20	21	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125622--2125710	20	4.4	20	92	0	142	24	22	22	30	1.99
2125923--2125957	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
2128207--2128260	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2128207--2128274	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2128916--2128948	17	1.9	17	100	0	66	27	6	30	36	1.81
2129098--2129145	20	2.4	20	89	0	78	22	20	29	27	1.99
2129098--2129181	40	2.1	40	81	0	96	26	20	23	29	1.99
2129630--2129707	38	2.1	38	97	0	147	37	14	34	14	1.86
2137451--2137475	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2143880--2143904	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2144341--2144396	24	2.2	26	75	6	62	50	8	16	25	1.74
2151453--2151493	15	2.7	15	96	0	73	60	0	12	26	1.31
2152067--2152117	25	2.1	24	89	10	77	29	0	5	64	1.17
2153715--2153756	21	2.0	21	95	0	75	11	23	35	28	1.91
2154403--2154435	14	2.3	15	85	15	52	42	12	15	30	1.83
2156356--2156424	23	3.1	21	80	12	84	23	21	36	18	1.95
2161845--2161985	64	2.2	63	81	7	160	33	17	22	26	1.96
2161973--2162030	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
2162528--2162554	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2162615--2162640	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2163032--2163101	23	3.0	23	80	0	86	21	22	25	30	1.99
2166101--2166241	64	2.2	63	79	9	153	31	16	24	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2166229--2166346	20	5.7	20	93	4	191	30	19	23	26	1.98
2166712--2166751	19	2.1	19	85	0	53	45	0	17	37	1.49
2167335--2167402	23	3.0	23	82	0	91	17	26	25	30	1.97
2170961--2171059	45	2.2	44	85	7	128	35	20	20	24	1.96
2171087--2171124	20	1.9	20	88	0	58	28	21	23	26	1.99
2176052--2176213	64	2.5	65	78	9	172	32	17	24	25	1.97
2182335--2182402	24	2.8	24	78	20	77	52	10	1	35	1.44
2183388--2183454	14	4.7	14	77	3	53	49	1	8	40	1.43
2183388--2183470	21	4.0	20	74	10	67	49	1	9	39	1.43
2183401--2183470	7	10.0	7	76	6	61	50	1	7	41	1.39
2183402--2183479	36	2.2	36	83	4	95	51	1	7	39	1.39
2186525--2186553	6	5.0	6	95	4	51	68	0	0	31	0.89
2191664--2191691	13	2.2	13	100	0	56	17	14	17	50	1.79
2198016--2198073	24	2.4	25	80	13	68	53	13	0	32	1.40
2204329--2204438	58	1.9	58	84	3	150	50	4	13	31	1.62
2213450--2213525	32	2.4	32	88	0	116	39	34	10	15	1.82
2218932--2219015	27	3.2	26	77	14	82	47	0	1	51	1.08
2218903--2218985	24	3.3	24	71	15	69	40	1	2	55	1.21
2244374--2244416	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
2244396--2244546	67	2.2	68	88	6	220	29	27	25	17	1.97
2244911--2244969	30	2.0	30	93	0	100	38	3	23	33	1.72
2245179--2245246	22	3.1	22	100	0	136	19	27	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251286--2251328	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
2251308--2251457	67	2.3	67	90	5	234	30	28	25	16	1.97
2251421--2251458	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
2251824--2251882	30	2.0	30	93	0	100	38	3	23	33	1.72
2252093--2252160	22	3.1	22	100	0	136	19	27	26	26	1.99
2255411--2255490	17	4.5	17	71	13	54	32	1	3	62	1.21
2255462--2255510	18	2.8	17	81	6	53	30	0	2	67	1.02
2259482--2259551	28	2.5	28	95	2	122	58	7	18	15	1.59
2269086--2269117	15	2.0	17	88	11	50	46	6	15	31	1.71
2269234--2269265	16	1.9	17	93	6	57	40	0	37	21	1.54
2270349--2270395	24	2.0	24	91	8	78	46	0	0	53	1.00
2275806--2276328	43	12.3	43	79	2	524	25	21	17	34	1.96
2276941--2277463	43	12.3	43	80	2	533	25	21	18	34	1.96
2284104--2284515	207	2.0	205	96	0	761	26	19	16	37	1.93
2295515--2295573	31	1.9	31	96	0	109	38	6	10	44	1.65
2295600--2295648	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
2295588--2295834	54	4.5	54	75	11	250	53	12	0	34	1.38
2295620--2296038	32	14.4	32	73	23	351	52	13	0	33	1.40
2295764--2295806	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
2295588--2296038	86	5.3	86	84	11	563	52	12	0	34	1.40
2295850--2295892	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2295818--2295923	54	2.0	53	96	1	194	51	14	0	33	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2295852--2295970	22	5.2	22	68	22	75	52	15	0	31	1.42
2295855--2295993	70	2.0	70	92	5	237	52	15	0	32	1.43
2295974--2296074	22	4.5	22	71	8	87	51	9	0	38	1.35
2296018--2296232	15	14.5	15	78	18	204	48	1	0	49	1.09
2296069--2296228	79	2.1	76	86	11	220	47	0	0	52	1.00
2298674--2298720	18	2.7	18	83	3	60	40	8	23	27	1.83
2306266--2306335	31	2.3	31	87	5	106	28	28	10	32	1.89
2308319--2308368	21	2.4	21	93	0	82	24	18	30	28	1.97
2308319--2308374	21	2.7	21	88	0	76	23	17	28	30	1.97
2311412--2311565	77	2.0	77	82	2	184	29	9	12	48	1.72
2312527--2312690	82	2.0	82	100	0	328	30	13	32	23	1.93
2313609--2313668	22	2.7	22	84	5	68	33	11	11	43	1.77
2313743--2313875	60	2.2	59	82	2	158	33	23	4	39	1.75
2314045--2314118	31	2.5	29	81	12	87	40	5	27	27	1.78
2316471--2316511	14	2.9	14	96	0	73	9	12	19	58	1.61
2316834--2316911	31	2.5	31	97	0	147	43	15	15	25	1.86
2316921--2316961	16	2.7	16	88	7	59	12	9	17	60	1.57
2317890--2317932	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2318667--2318743	33	2.4	31	87	10	118	10	9	37	42	1.71
2318677--2318743	33	2.0	34	97	2	127	11	8	34	44	1.73
2318468--2319041	250	2.3	243	86	10	837	23	12	26	36	1.91
2319569--2319614	18	2.8	16	83	6	56	28	30	4	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319930--2319977	21	2.3	20	79	10	60	22	27	16	33	1.96
2319969--2320046	20	3.8	20	86	3	111	39	19	20	20	1.92
2325274--2325317	20	2.3	19	84	4	52	36	18	22	22	1.95
2325301--2325427	33	3.8	33	94	0	209	45	17	23	13	1.83
2325281--2325392	19	6.4	19	68	20	82	44	18	22	14	1.86
2325319--2325406	14	5.6	14	69	23	50	45	19	23	11	1.83
2325437--2325516	33	2.4	33	85	0	106	13	21	18	46	1.84
2325623--2325659	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2327551--2327637	14	5.5	14	71	24	66	44	21	24	9	1.81
2327564--2327661	19	5.7	19	71	22	99	44	21	23	10	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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