genome.fa.s7800.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007800.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110114_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4652821

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2698681--2698710	15	2.0	15	93	0	51	23	33	26	16	1.96
2701276--2701317	16	2.5	17	76	3	50	45	4	0	50	1.23
2705157--2705193	16	2.3	16	90	9	58	51	0	0	48	1.00
2706414--2706567	77	2.0	77	100	0	308	22	10	20	46	1.80
2715306--2715558	122	2.1	122	88	0	389	33	11	17	37	1.85
2716441--2716643	99	2.1	99	97	0	388	50	14	11	22	1.75
2717585--2717766	60	3.0	60	83	2	197	30	15	5	48	1.68
2717588--2717683	31	3.2	31	67	24	78	33	11	4	51	1.57
2740984--2741048	29	2.3	28	84	7	87	29	12	9	49	1.71
2745522--2745590	19	3.6	19	80	2	84	1	18	8	71	1.20
2745938--2746037	3	32.7	3	81	7	112	60	0	2	38	1.09
2746287--2746921	227	2.8	226	92	2	1058	28	19	13	39	1.89
2746287--2746921	113	5.6	113	93	2	1051	28	19	13	39	1.89
2747351--2747405	22	2.5	22	87	0	83	38	16	12	32	1.86
2749973--2750154	83	2.2	83	91	2	294	37	21	13	28	1.91
2752393--2752431	10	3.9	10	82	0	51	0	17	0	82	0.68
2754378--2754433	27	2.1	27	86	0	76	60	8	10	19	1.55
2754493--2754534	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
2755911--2755947	15	2.7	15	88	12	53	62	8	5	24	1.44
2755938--2755988	18	2.9	17	75	16	50	72	1	0	25	0.95
2757583--2757652	19	3.6	19	80	1	86	1	17	10	71	1.20
2758003--2758096	3	30.7	3	82	8	109	60	0	2	37	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2758901--2758947	16	2.9	16	96	0	85	40	36	6	17	1.75
2762730--2762942	31	6.9	31	81	5	243	41	19	18	20	1.91
2762727--2762942	62	3.5	62	87	1	290	41	19	18	20	1.90
2762861--2762908	16	3.1	16	75	6	62	39	18	27	14	1.90
2763051--2763099	21	2.2	23	78	10	57	42	18	2	36	1.62
2763610--2763666	3	18.3	3	78	7	51	40	0	1	57	1.09
2763608--2763637	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
2763610--2763673	21	2.9	21	75	15	67	42	0	1	56	1.09
2765313--2765527	111	1.9	111	83	3	281	38	9	10	40	1.73
2774776--2774853	22	3.7	21	82	6	86	34	12	12	39	1.82
2775550--2776054	76	6.5	76	83	7	663	24	19	20	34	1.96
2775550--2776054	152	3.2	153	89	7	798	24	19	20	34	1.96
2775799--2775971	89	2.0	88	94	1	301	25	17	21	35	1.95
2775723--2776047	165	2.0	164	96	0	596	24	19	20	35	1.96
2775996--2776109	45	2.5	45	86	2	165	23	23	21	31	1.98
2775887--2776251	197	1.8	198	91	0	606	24	20	20	34	1.96
2776041--2776294	76	3.3	76	89	1	402	22	20	21	35	1.96
2775920--2776174	121	2.1	121	94	0	449	23	21	21	34	1.97
2776451--2776528	3	25.3	3	79	5	75	41	0	1	57	1.07
2780190--2780338	3	49.7	3	87	0	217	34	3	0	61	1.18
2782470--2782494	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2793177--2793235	9	6.9	9	86	9	72	84	0	15	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2793181--2793235	8	6.6	8	83	12	67	85	0	14	0	0.60
2793177--2793235	16	3.5	17	81	13	77	84	0	15	0	0.62
2793547--2793591	16	2.8	16	83	10	56	28	8	6	55	1.56
2794360--2794767	84	4.9	84	98	0	773	26	14	21	37	1.92
2795418--2796089	113	6.0	113	95	0	1150	38	13	18	29	1.90
2796408--2796553	3	48.7	3	90	0	229	34	2	0	62	1.15
2806085--2806162	22	3.7	21	82	6	86	34	12	12	39	1.82
2809938--2810015	22	3.7	21	82	6	86	34	12	12	39	1.82
2810761--2810874	45	2.5	45	92	2	192	21	23	21	32	1.98
2810806--2811333	76	6.8	76	85	6	734	24	20	20	35	1.96
2810708--2810950	121	2.0	123	93	3	420	21	21	22	34	1.97
2810806--2811333	152	3.4	152	89	6	822	24	20	20	35	1.96
2811078--2811250	89	2.0	88	94	1	301	25	17	21	35	1.95
2811002--2811326	165	2.0	164	96	0	596	24	19	20	35	1.96
2811275--2811388	45	2.5	45	88	2	174	22	23	21	31	1.98
2811166--2811530	197	1.8	198	93	0	633	24	20	20	34	1.97
2811320--2811573	76	3.3	76	91	1	411	23	20	20	35	1.96
2811199--2811453	121	2.1	121	95	0	458	22	21	21	34	1.97
2811730--2811800	3	23.3	3	78	8	72	40	0	0	59	0.98
2811730--2811807	18	4.1	19	79	11	88	42	0	0	57	0.98
2813429--2813643	111	1.9	111	82	3	263	38	9	10	40	1.73
2815140--2815172	14	2.4	14	94	0	57	69	6	24	0	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2818124--2818184	31	2.0	31	96	0	113	36	21	19	22	1.95
2818229--2818280	22	2.4	21	81	6	59	28	23	7	40	1.82
2818297--2818337	21	1.9	22	85	5	57	43	19	2	34	1.64
2818312--2818356	16	2.8	17	86	10	67	42	17	6	33	1.76
2819977--2820010	14	2.4	14	90	0	59	64	5	26	2	1.30
2827488--2827518	15	2.1	15	100	0	62	45	0	6	48	1.28
2827750--2827873	2	67.0	2	67	15	61	51	0	0	48	1.00
2827764--2827873	32	3.2	33	81	13	134	51	0	0	48	1.00
2827803--2827873	15	4.6	15	78	16	74	49	0	0	50	1.00
2827803--2827855	17	3.2	17	80	15	67	49	0	0	50	1.00
2827817--2827873	17	3.5	17	77	18	75	49	0	0	50	1.00
2834198--2834290	33	2.8	33	88	0	123	29	26	35	8	1.86
2834344--2834392	23	2.1	23	84	3	62	12	36	24	26	1.91
2834382--2834437	20	2.8	20	91	0	94	8	25	33	32	1.87
2834501--2834632	29	4.5	30	93	1	196	12	26	39	21	1.89
2835685--2835760	35	2.3	33	80	14	79	26	5	19	48	1.70
2847611--2847650	22	1.9	20	85	10	53	40	2	0	57	1.12
2849558--2849605	18	2.6	18	83	9	53	33	2	4	60	1.27
2849573--2849631	26	2.3	25	82	2	73	35	3	3	57	1.32
2856361--2856389	13	2.1	14	93	6	51	62	13	0	24	1.32
2856861--2856913	16	3.3	16	100	0	106	37	16	7	37	1.78
2867452--2867577	42	3.2	42	65	23	119	35	4	11	48	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2867441--2867599	75	2.1	74	95	1	282	35	5	10	47	1.62
2869212--2869274	17	3.6	17	84	2	81	34	9	25	30	1.88
2869801--2869865	27	2.4	27	89	0	103	44	33	7	13	1.73
2869795--2869871	27	2.6	30	76	16	88	42	36	9	11	1.73
2876575--2876660	36	2.4	35	88	3	118	43	12	20	23	1.86
2876611--2876831	65	3.5	65	79	9	287	39	11	19	28	1.87
2876695--2876744	21	2.4	21	100	0	100	38	10	26	26	1.87
2876594--2876831	122	2.0	122	95	0	431	40	11	19	27	1.87
2876750--2876933	102	1.8	102	89	2	289	44	11	16	27	1.83
2876685--2877095	167	2.5	166	85	4	532	40	12	18	29	1.87
2876852--2877014	65	2.5	65	80	3	184	39	11	18	31	1.85
2876891--2877096	102	2.0	103	92	2	344	38	12	17	31	1.87
2876965--2877051	37	2.4	36	82	1	102	39	13	20	26	1.90
2876902--2877148	102	2.4	102	84	2	282	38	12	18	30	1.88
2877177--2877319	72	1.9	75	91	5	238	38	13	20	27	1.90
2877216--2877335	36	3.3	36	70	9	118	41	13	18	26	1.87
2877181--2877338	72	2.1	74	87	4	221	40	13	19	26	1.88
2884206--2884661	36	13.4	36	63	18	163	39	12	19	28	1.88
2884191--2884559	101	3.6	101	87	2	472	40	12	18	28	1.87
2884501--2884706	102	2.0	103	91	0	333	37	12	18	31	1.88
2884341--2884710	167	2.2	166	85	1	488	39	12	18	29	1.87
2884511--2884758	102	2.4	102	85	1	300	38	12	19	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2884787--2884929	72	1.9	75	90	5	229	38	12	20	28	1.89
2893664--2893707	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
2894722--2894779	29	2.0	30	86	10	84	44	5	17	32	1.70
2906177--2906212	15	2.4	15	90	0	54	55	0	2	41	1.14
2906186--2906258	22	3.2	22	81	9	76	57	2	1	38	1.22
2908408--2908456	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
2908446--2908503	23	2.6	23	77	2	64	37	1	1	58	1.18
2910363--2910406	16	2.8	16	92	0	70	36	20	15	27	1.93
2911007--2911042	13	2.8	13	95	4	65	77	0	0	22	0.76
2911008--2911042	15	2.3	15	95	5	61	77	0	0	22	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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