genome.fa.s7883.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007883.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110263_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1590433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5544--5623	15	5.3	15	100	0	160	13	25	33	27	1.93
7854--7898	17	2.5	19	92	7	76	15	6	6	71	1.29
13954--14087	43	3.1	43	82	2	135	36	17	15	30	1.91
13986--14094	43	2.5	42	82	4	137	36	16	13	33	1.88
19650--19718	23	3.0	23	86	0	93	28	26	24	20	1.99
19734--20049	103	3.1	103	94	0	551	37	22	13	26	1.91
24982--25049	22	3.0	23	82	4	84	27	25	26	20	1.99
25065--25380	103	3.1	103	95	0	569	36	23	13	26	1.92
29504--29590	35	2.5	34	80	12	97	54	10	8	27	1.62
31897--31946	16	3.1	16	79	2	55	66	2	0	32	1.03
34603--34642	21	1.9	21	85	10	55	40	22	10	27	1.86
36385--36425	16	2.6	16	92	3	66	29	19	12	39	1.88
36571--36604	16	2.1	17	88	5	52	35	0	8	55	1.31
38197--38243	22	2.2	22	96	3	87	63	12	0	23	1.28
38955--39013	30	2.0	30	93	0	100	30	10	6	52	1.61
39177--39201	13	1.9	13	100	0	50	0	0	12	88	0.53
41818--41845	11	2.5	11	100	0	56	42	10	25	21	1.85
45905--45957	21	2.3	23	81	15	74	32	28	20	18	1.97
45915--45955	21	2.0	21	100	0	82	29	31	19	19	1.96
51153--51183	14	2.2	14	100	0	62	0	58	0	41	0.98
51752--51780	10	3.0	10	95	5	51	72	0	0	27	0.85
51753--51782	9	3.2	9	95	4	51	73	0	0	26	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53903--53941	21	1.9	20	89	5	60	51	5	0	43	1.24
54950--55068	48	2.5	48	78	8	134	36	20	11	31	1.88
55903--55931	15	1.9	15	100	0	58	27	34	0	37	1.57
58701--58778	21	3.7	21	71	0	66	25	15	19	39	1.91
62463--62526	18	3.6	18	73	23	62	51	25	14	9	1.71
62814--62862	22	2.2	22	82	10	64	42	20	4	32	1.71
74489--74715	118	1.9	117	91	4	368	43	4	4	47	1.46
78914--78965	27	1.9	27	84	7	70	17	15	0	67	1.24
83687--83736	20	2.5	20	83	6	57	46	28	0	26	1.53
85254--85288	14	2.5	14	85	0	52	45	20	0	34	1.51
85678--85731	21	2.5	22	85	11	76	25	22	16	35	1.95
86507--86573	23	2.9	23	97	0	125	31	22	28	17	1.97
91507--91567	23	2.7	23	86	0	95	29	26	26	18	1.98
92381--92434	22	2.5	22	78	6	56	29	25	3	40	1.73
93122--93159	20	1.9	20	88	0	58	23	23	21	31	1.98
94963--94994	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
99247--99307	13	5.0	12	79	13	63	78	3	14	3	1.00
99383--99516	69	2.0	68	95	1	241	37	20	14	27	1.91
100434--100553	32	3.8	32	84	2	134	28	13	21	36	1.91
101131--101452	106	3.0	106	86	2	432	34	24	18	22	1.96
101704--101879	87	2.0	88	93	1	300	32	16	12	38	1.86
101791--101916	65	1.9	65	83	3	164	30	19	11	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101791--102212	167	2.5	167	95	1	758	29	17	12	40	1.86
101837--102028	102	1.9	102	83	2	251	26	17	12	43	1.84
101939--102084	65	2.2	65	82	2	177	28	17	12	41	1.86
101988--102273	102	2.8	102	78	7	278	29	17	12	40	1.86
102155--102238	37	2.3	36	82	10	91	26	19	14	40	1.89
102334--102395	21	3.2	21	63	25	55	20	17	16	45	1.86
102296--102405	36	3.1	36	80	5	134	23	21	15	39	1.92
102424--102510	39	2.5	33	78	20	111	39	20	8	32	1.82
117578--118295	226	3.2	228	94	1	1280	44	7	7	39	1.62
118345--118390	20	2.3	19	89	10	74	56	10	15	17	1.67
118525--118571	20	2.4	19	79	10	58	55	10	14	19	1.68
118534--118576	20	2.3	20	88	11	65	53	11	13	20	1.71
120846--120879	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
121242--121314	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
121694--122187	184	2.7	184	96	0	900	34	14	17	33	1.91
124654--124718	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
125065--125137	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
125411--125460	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
125845--125881	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
125837--125883	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
126085--126160	35	2.2	35	80	4	91	39	25	10	25	1.87
126152--126238	39	2.2	39	93	0	147	48	19	13	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126658--126730	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
127089--127161	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
127520--127590	23	3.2	23	84	8	92	33	4	22	39	1.74
127526--127595	21	3.2	21	78	11	70	32	4	22	40	1.74
127948--128020	23	3.2	23	90	0	110	34	2	21	41	1.68
126456--128799	859	2.7	861	97	0	4484	40	7	12	38	1.72
126456--128799	430	5.5	431	98	0	4470	40	7	12	38	1.72
128378--128450	23	3.2	23	86	0	101	32	5	20	41	1.75
129127--129161	3	11.3	3	93	6	61	68	0	0	31	0.90
129806--130035	124	1.9	124	90	1	372	24	16	25	33	1.96
130057--130354	156	1.9	154	85	4	413	26	15	20	37	1.92
130872--130991	32	3.8	32	81	0	141	33	22	14	30	1.93
135124--135210	8	10.0	8	73	18	59	77	3	5	13	1.09
135129--135209	20	4.3	19	75	9	60	77	3	6	12	1.08
138030--138061	16	2.0	16	93	0	55	53	0	6	40	1.26
138969--139012	20	2.3	19	88	7	63	22	25	9	43	1.82
142230--142299	3	24.0	3	80	11	83	67	1	2	28	1.14
142230--142305	38	2.0	38	92	5	127	65	2	3	27	1.23
142509--142807	130	2.3	130	91	1	474	25	19	29	25	1.98
142542--142792	43	5.7	45	70	13	128	25	19	28	26	1.99
142671--142831	83	1.9	83	85	7	223	24	19	31	24	1.98
142870--142931	28	2.2	28	88	5	90	51	12	11	24	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143269--143327	15	3.9	15	95	0	100	44	5	20	30	1.73
143482--143605	63	2.0	63	84	4	162	43	11	14	30	1.80
143700--143756	30	2.0	28	82	6	69	45	10	14	29	1.78
143839--143957	37	3.4	37	67	24	105	42	11	11	33	1.78
143786--143964	67	2.7	66	86	5	231	44	12	12	30	1.79
144263--144338	16	5.2	16	63	23	51	26	1	26	46	1.61
144259--144338	28	2.9	28	96	0	142	26	2	26	45	1.66
145505--145573	11	6.4	11	72	14	54	2	17	10	69	1.29
145529--145570	19	2.2	19	91	0	66	2	19	9	69	1.28
145547--145596	12	3.9	13	82	10	59	2	14	8	76	1.10
145500--145591	27	3.4	27	76	15	93	3	15	10	70	1.28
147626--147687	32	2.0	32	84	15	85	59	9	16	14	1.60
151366--151438	3	25.0	3	81	10	89	67	1	2	28	1.13
151366--151444	41	1.9	41	92	5	133	65	2	3	27	1.22
151684--151714	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
154575--155697	306	3.6	305	83	7	1430	29	12	19	39	1.88
158462--158610	76	2.0	76	94	0	262	40	10	10	38	1.74
167160--167207	23	2.0	24	96	4	89	27	25	12	35	1.92
171790--171841	27	2.0	26	88	3	77	40	36	7	15	1.76
182871--182905	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
183260--183323	23	2.8	23	78	0	83	32	25	25	17	1.96
184478--184528	20	2.4	21	81	15	61	33	15	0	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184976--185112	64	2.2	62	82	11	154	24	22	19	32	1.97
193815--193884	34	2.1	34	84	5	90	24	27	15	32	1.95
194099--194138	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
194300--194400	20	4.9	20	89	10	150	20	19	36	22	1.95
194300--194397	43	2.4	42	89	8	148	20	19	36	23	1.95
194300--194418	20	5.7	21	86	10	147	21	18	36	23	1.95
194300--194418	42	2.9	41	80	14	145	21	18	36	23	1.95
194498--194555	30	2.0	29	86	10	82	44	15	5	34	1.69
194498--194557	29	2.0	30	90	6	95	43	15	6	35	1.72
195807--195854	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9