genome.fa.s7883.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007883.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110263_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1590433

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196994--197033	21	1.9	22	90	10	66	15	10	37	37	1.80
197125--197198	20	3.7	20	81	3	94	29	24	27	18	1.98
197219--197339	42	2.9	41	81	10	138	22	17	35	24	1.95
197219--197338	21	5.8	20	82	10	116	22	17	35	24	1.95
197418--197475	30	2.0	29	86	10	82	46	15	5	32	1.68
197418--197477	29	2.0	30	90	6	95	45	15	6	33	1.72
200923--201033	23	4.8	23	74	14	104	63	1	0	34	1.11
200965--200999	16	2.1	17	89	5	54	65	2	0	31	1.07
200987--201075	4	22.0	4	72	11	56	65	0	1	33	1.00
200925--201025	42	2.3	44	86	8	143	63	1	0	33	1.12
200971--201029	27	2.3	25	88	8	84	67	1	1	28	1.10
200923--201081	69	2.3	68	81	8	180	62	1	0	35	1.08
201040--201134	34	2.8	33	79	12	102	64	1	1	33	1.08
200986--201135	37	4.3	35	76	14	125	64	0	1	34	1.07
201100--201157	22	2.5	22	83	5	62	63	5	1	29	1.25
201713--201748	18	2.0	18	94	0	63	75	2	0	22	0.94
209851--209903	23	2.3	23	93	0	88	13	18	15	52	1.74
213420--213477	22	2.5	23	80	8	64	46	5	6	41	1.53
213510--213634	62	2.0	63	90	1	198	33	8	9	48	1.67
220767--220819	23	2.3	23	93	0	88	13	18	15	52	1.74
224340--224397	22	2.5	23	80	8	64	46	5	6	41	1.53
224430--224554	62	2.0	63	90	1	198	33	8	9	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225147--225213	35	1.9	35	90	0	107	34	20	7	37	1.81
225317--225352	10	3.6	10	100	0	72	80	0	0	19	0.71
230497--230748	20	12.5	20	76	14	205	38	23	19	19	1.94
230497--230706	81	2.6	80	79	8	228	39	24	18	18	1.92
230497--230748	40	6.2	40	83	6	260	38	23	19	19	1.94
231847--231882	14	2.5	15	86	9	56	61	22	11	5	1.50
234204--234361	19	8.7	19	72	15	120	44	19	22	13	1.85
234264--234357	33	2.8	33	95	0	161	46	19	22	11	1.81
234367--234446	33	2.4	33	89	0	124	12	20	20	47	1.81
234388--234446	19	3.4	19	68	22	65	13	20	18	47	1.82
234553--234589	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
235769--235848	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
236043--236404	94	3.9	94	93	1	591	48	17	12	21	1.80
238109--238160	20	2.6	19	82	8	68	38	21	23	17	1.93
238220--238291	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
238849--239042	20	9.6	20	77	9	196	20	18	24	37	1.94
238849--239064	41	5.3	41	83	8	178	20	18	24	36	1.95
238892--239102	61	3.5	61	79	8	182	19	18	24	37	1.94
239051--239103	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
238846--239103	101	2.6	101	85	7	337	20	18	24	37	1.94
239805--239851	19	2.5	19	96	0	85	48	19	19	12	1.80
241821--241879	21	2.8	21	84	0	82	15	16	27	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241839--241877	10	3.8	10	83	6	51	15	20	25	38	1.92
242677--242745	29	2.4	29	95	4	122	53	10	10	26	1.66
243956--243992	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
246994--247080	7	11.6	7	87	12	120	79	0	0	20	0.74
246994--247100	17	6.6	17	86	9	111	74	0	0	24	0.87
247141--247295	37	4.3	36	88	7	224	41	8	3	46	1.50
247162--247300	71	2.0	70	90	5	217	41	8	3	46	1.52
247710--248544	85	10.0	85	86	3	1068	26	18	20	34	1.96
247710--248544	254	3.3	252	85	3	1058	26	18	20	34	1.96
247710--248544	339	2.5	336	86	4	1139	26	18	20	34	1.96
249788--249956	84	2.0	84	98	0	329	33	17	11	37	1.86
253886--253918	14	2.4	14	90	5	50	66	0	0	33	0.92
254094--254226	28	5.0	27	70	21	77	44	4	1	49	1.31
253924--254373	39	11.9	39	79	13	441	43	7	2	46	1.42
253931--254373	78	5.9	75	85	9	505	43	7	2	47	1.42
254354--254387	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
255362--255418	25	2.3	25	96	0	105	26	3	15	54	1.57
259949--259982	14	2.4	14	90	0	50	44	5	2	47	1.42
260010--260276	85	3.0	89	80	10	307	33	7	10	48	1.66
262713--262788	39	2.0	37	82	7	91	47	3	1	47	1.29
263990--264059	29	2.4	29	83	4	79	37	1	10	51	1.44
264089--264148	31	1.9	31	93	0	102	26	28	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267902--267952	24	2.1	24	85	7	68	74	1	5	17	1.11
268078--268124	18	2.6	18	82	0	58	80	2	4	12	0.94
272266--272329	23	3.0	21	79	9	67	15	23	37	23	1.93
272265--272329	21	3.0	21	77	6	67	15	23	36	24	1.93
278222--278262	21	2.0	21	90	0	64	9	17	34	39	1.82
278679--278722	13	3.3	13	78	6	52	43	6	6	43	1.57
278767--278889	35	3.3	37	77	14	101	44	8	4	43	1.52
278720--278933	39	5.9	34	74	17	139	45	7	3	43	1.48
278718--278957	37	6.7	35	77	14	172	45	7	2	44	1.48
279579--280715	84	13.7	83	76	5	1022	24	20	25	29	1.99
279686--280715	165	6.2	164	83	3	1001	24	20	24	30	1.99
279598--280715	249	4.5	249	81	5	857	25	20	24	29	1.99
279585--280715	415	2.7	416	83	3	1364	24	20	25	29	1.99
285922--285972	10	5.0	10	80	15	52	76	0	9	13	1.02
285933--285986	23	2.3	23	84	9	65	74	1	7	16	1.14
285927--285986	22	2.8	22	82	12	63	75	1	8	15	1.12
286583--286634	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
286623--286732	20	5.4	20	81	6	105	30	26	18	24	1.98
286620--286697	41	1.9	41	89	0	120	38	24	16	20	1.93
286665--286732	20	3.4	20	93	0	118	23	29	20	26	1.99
286619--286751	40	3.3	40	76	5	135	33	24	18	24	1.96
286948--287045	20	4.9	20	94	0	169	37	25	22	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288697--288788	42	2.2	42	88	1	141	20	15	42	21	1.89
288724--288784	21	2.9	21	73	9	70	21	13	42	22	1.87
289151--289205	20	2.8	20	88	0	74	32	20	27	20	1.97
289204--289259	19	3.2	19	71	23	68	14	17	19	48	1.81
289248--289291	20	2.3	19	84	4	52	22	22	15	38	1.92
289843--289888	18	2.6	18	92	0	83	13	13	45	28	1.80
291208--291245	20	1.9	20	94	0	67	52	21	15	10	1.72
291522--291570	22	2.3	21	80	10	55	26	14	38	20	1.91
291529--291572	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
291739--291812	20	3.7	19	80	5	76	25	17	22	33	1.96
291801--291894	21	4.5	21	91	1	145	22	22	15	39	1.92
291884--291936	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
294750--294794	23	2.0	23	90	0	72	17	26	26	28	1.98
296343--296375	10	3.4	10	87	4	50	69	0	9	21	1.15
296305--296392	39	2.3	38	81	12	101	63	2	5	28	1.29
296497--296579	40	2.1	40	88	2	123	42	6	3	48	1.45
296563--296642	35	2.4	32	82	13	99	45	8	3	42	1.53
296497--296641	34	4.1	34	77	17	127	42	7	4	45	1.51
298839--298915	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
298792--298915	63	2.0	63	82	6	153	25	29	28	16	1.97
299813--299865	5	9.8	5	76	15	52	7	22	50	18	1.72
299806--299866	17	3.3	17	79	20	77	11	22	47	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299786--299816	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
299799--299865	22	3.0	22	93	4	107	11	23	46	17	1.82
299862--299960	9	10.3	9	75	10	81	29	27	27	16	1.97
299887--299961	29	2.5	31	89	8	120	29	26	26	17	1.97
299862--299960	19	5.2	19	76	17	80	29	27	27	16	1.97
299923--299961	21	1.9	21	89	5	62	33	23	25	17	1.96
306182--306258	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
307128--307158	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
307155--307212	5	10.8	5	75	14	53	6	22	50	20	1.72
307148--307212	22	3.0	22	97	0	121	9	23	47	20	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9