genome.fa.s7924.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007924.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110330_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1741266

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809449--809884	183	2.4	183	89	1	644	42	14	17	25	1.87
809843--809884	20	2.1	20	86	8	59	50	11	19	19	1.78
811985--812017	15	2.2	15	94	0	57	18	9	63	9	1.49
812100--812164	21	3.1	21	79	0	76	38	13	30	16	1.88
812198--812263	33	2.0	33	90	0	105	28	0	46	24	1.52
814052--814100	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
814209--815366	199	5.8	199	96	0	2077	37	15	15	31	1.89
816831--816892	18	3.4	18	79	0	79	37	9	35	17	1.83
816831--816922	6	15.3	6	79	0	67	36	7	34	20	1.81
816846--816926	3	27.0	3	75	0	72	35	6	34	23	1.80
816834--816910	36	2.1	36	90	0	118	35	9	35	20	1.85
816834--816922	12	7.4	12	84	0	88	35	7	34	21	1.82
816831--816922	18	5.1	18	77	0	76	36	7	34	20	1.81
818341--818385	22	2.0	22	83	8	56	40	6	8	44	1.62
818394--819066	183	3.7	182	96	0	1202	34	14	17	33	1.90
821535--821599	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
821769--821849	23	3.7	22	76	13	69	40	3	19	35	1.70
821786--821858	23	3.2	23	86	0	92	35	2	21	39	1.68
822286--822322	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
822278--822324	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
822595--822660	34	1.9	34	93	0	114	50	16	16	16	1.79
823084--823156	23	3.2	23	84	0	92	35	4	20	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823628--823670	22	1.9	23	85	4	61	44	9	9	37	1.69
833382--833412	13	2.5	13	94	5	55	67	0	32	0	0.91
833382--833412	6	5.0	6	92	7	53	67	0	32	0	0.91
849342--849377	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
849400--849429	15	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
855019--855063	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
856081--856124	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
856775--856833	22	2.6	23	89	2	93	20	27	28	23	1.99
860004--860048	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
861736--861794	22	2.6	23	94	2	102	18	27	30	23	1.98
864494--864534	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
864602--865233	128	4.9	128	97	0	1183	23	25	18	32	1.97
865625--865682	27	2.2	27	84	9	75	43	3	5	48	1.42
865660--865723	34	1.9	34	90	3	103	34	1	4	59	1.28
866246--866314	21	3.3	21	88	8	104	21	27	31	18	1.97
866322--866369	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
868098--868182	32	2.6	32	81	5	98	60	2	0	37	1.10
868093--868173	35	2.4	34	81	8	103	61	1	0	37	1.04
868126--868205	34	2.3	34	81	12	92	65	5	0	30	1.14
870830--870891	31	2.0	32	81	9	74	66	4	12	16	1.41
871074--871157	15	5.9	15	71	22	65	40	3	22	33	1.71
871074--871116	8	5.6	8	78	10	54	39	2	25	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871080--871161	41	2.0	41	88	4	121	41	3	20	34	1.70
871814--871845	15	2.1	15	94	0	55	53	6	3	37	1.42
873324--873355	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
882668--882703	17	2.2	17	90	5	56	41	2	0	55	1.14
891438--891493	16	3.2	16	71	28	51	67	1	3	26	1.16
891438--891524	37	2.4	34	81	11	86	66	2	3	27	1.20
891432--891524	35	2.5	35	77	19	93	66	3	3	26	1.22
892749--892800	3	17.0	3	88	4	77	63	0	0	36	0.95
899613--899979	108	3.3	108	71	11	346	30	16	14	37	1.89
899756--899801	23	2.0	24	91	4	76	32	19	13	34	1.90
899430--900073	225	2.9	226	92	0	1067	30	15	14	38	1.88
909896--909926	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
911789--911826	20	1.9	20	88	0	58	42	0	5	52	1.24
912012--912073	27	2.3	26	76	13	72	54	0	4	40	1.22
918073--918099	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
919334--919372	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
923453--923497	18	2.5	18	96	0	81	22	33	0	44	1.53
928727--928795	31	2.2	31	97	0	129	21	11	31	34	1.89
930754--930962	75	2.8	76	84	4	271	21	23	32	23	1.98
931328--931367	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
933279--933485	75	2.7	75	86	3	263	20	24	31	23	1.98
933427--933471	23	2.0	23	95	4	83	13	22	40	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
935650--935687	19	2.0	19	89	0	58	15	26	36	21	1.93
941436--941641	75	2.7	75	87	2	270	20	24	31	23	1.98
944502--944574	19	3.7	20	83	7	87	43	15	8	32	1.76
962299--962378	31	2.6	31	89	0	124	26	12	13	47	1.79
963921--963975	21	2.6	21	97	0	101	43	21	16	18	1.88
964442--964550	19	5.4	19	79	13	101	30	28	6	34	1.82
967253--967291	10	4.0	10	86	3	53	66	0	0	33	0.92
967236--967288	19	3.0	18	76	17	58	67	1	0	30	1.01
970628--970665	20	1.9	20	94	0	67	44	10	23	21	1.83
970628--970671	20	2.3	19	88	7	63	45	9	25	20	1.80
970787--970834	18	2.7	18	80	9	62	41	0	4	54	1.20
972053--972213	5	31.2	5	67	25	70	39	3	5	52	1.41
972066--972177	43	2.6	44	81	10	119	36	2	7	53	1.42
974869--975127	125	2.1	125	97	1	484	36	12	9	42	1.75
975692--975750	21	2.7	22	76	5	75	22	25	20	32	1.98
975739--975795	20	2.8	20	91	0	96	35	15	22	26	1.94
975735--975825	20	4.6	20	82	10	80	31	20	21	25	1.98
976639--976692	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
979019--979287	139	1.9	140	96	0	504	29	13	14	42	1.84
979258--979428	20	8.9	20	79	8	185	33	24	16	25	1.96
979571--979609	14	2.8	14	92	0	60	46	15	0	38	1.46
981015--981124	42	2.6	41	74	7	105	23	19	37	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
981613--981675	20	3.3	18	82	12	72	36	25	19	19	1.94
981620--981675	20	2.8	20	91	0	85	35	23	19	21	1.96
981893--981942	18	2.8	18	96	0	91	42	6	18	34	1.74
983644--983730	19	4.5	19	77	7	77	47	20	16	16	1.83
984330--984440	20	5.6	20	91	0	168	25	20	25	28	1.99
987141--987364	114	2.0	110	90	3	349	37	17	16	28	1.92
988178--988215	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
993875--993972	50	2.0	50	100	0	196	33	10	18	37	1.84
994694--994721	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
999485--999565	23	3.7	22	70	15	60	18	16	3	61	1.48
1001535--1001589	26	2.1	26	86	6	76	56	5	3	34	1.40
1001540--1001581	19	2.2	20	86	4	59	54	4	4	35	1.42
1003053--1003095	16	2.8	16	96	3	79	23	6	0	69	1.12
1015284--1015352	22	3.4	22	67	19	67	31	36	23	8	1.85
1015274--1015369	39	2.4	38	88	6	138	30	38	21	9	1.85
1015790--1015819	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1016789--1016832	23	1.9	23	85	0	61	11	6	15	65	1.44
1021823--1021847	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1022326--1022369	23	2.0	22	86	8	63	25	4	4	65	1.30
1022470--1022542	37	2.0	37	100	0	146	46	12	0	41	1.41
1025675--1025734	14	4.6	14	71	25	51	5	6	26	61	1.42
1025698--1025741	10	4.1	10	78	16	52	4	9	25	61	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1025685--1025731	13	3.8	13	78	18	55	6	8	23	61	1.48
1025649--1025785	47	2.9	47	82	2	141	8	10	22	58	1.58
1025698--1025785	10	7.8	10	71	22	50	10	12	20	56	1.64
1026155--1026186	11	2.9	11	100	0	64	46	28	6	18	1.73
1029808--1029833	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1030260--1030306	13	3.5	13	82	11	51	29	27	4	38	1.76
1033946--1034014	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
1040608--1040933	163	2.0	163	97	0	616	26	19	18	34	1.95
1050844--1051699	159	5.4	159	83	2	914	31	25	20	22	1.98
1061572--1061601	16	1.9	15	93	6	51	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7