genome.fa.s7925.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007925.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110331_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1316088

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  1  of  7  ( 790 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332--2357	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
4704--4764	21	2.9	21	80	0	77	26	24	21	27	1.99
4827--4860	18	1.9	17	88	5	50	20	17	5	55	1.62
8347--8388	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
10526--10560	18	1.9	18	88	11	54	45	20	0	34	1.51
11546--11585	21	1.9	21	90	10	64	20	32	30	17	1.95
12387--12509	3	40.7	3	84	8	160	60	0	2	37	1.10
12630--12798	45	3.8	44	86	1	221	36	18	19	24	1.94
12630--12798	90	1.9	90	87	2	250	36	18	19	24	1.94
13448--13513	22	3.0	22	84	4	80	34	12	13	39	1.82
13879--14009	54	2.5	53	85	5	158	29	18	13	38	1.89
13908--14033	54	2.3	54	88	0	189	24	20	15	38	1.92
14913--15082	75	2.3	75	85	0	232	33	23	10	32	1.89
17431--17464	14	2.5	13	86	9	50	0	17	0	82	0.67
17431--17483	15	3.6	15	82	2	63	3	16	0	79	0.88
20036--20076	21	2.0	21	95	0	73	56	12	17	14	1.68
21749--21792	5	8.6	5	85	14	63	79	2	0	18	0.83
24782--24863	3	27.7	3	82	11	98	60	1	0	37	1.04
25098--25122	7	3.6	7	100	0	50	0	44	0	56	0.99
25541--25603	33	1.9	33	81	12	76	28	12	39	19	1.88
25873--25897	9	2.8	9	100	0	50	56	0	8	36	1.29
30729--30796	32	2.1	32	88	0	100	39	0	30	29	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31924--32117	61	3.3	58	80	13	152	42	4	14	37	1.67
31986--32118	61	2.2	60	95	2	241	43	5	14	36	1.68
40393--40434	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
40393--40434	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
40487--40514	12	2.3	12	100	0	56	25	14	7	53	1.66
44577--44796	114	1.9	114	94	0	386	33	15	21	29	1.95
47308--47362	22	2.5	22	96	0	101	34	9	14	41	1.77
48040--48288	76	3.3	76	93	1	428	25	20	20	33	1.97
48322--48370	17	2.9	17	74	14	57	48	10	18	22	1.77
48322--48372	16	3.1	16	73	15	59	47	9	17	25	1.78
48382--48649	93	2.9	93	96	0	491	37	13	17	32	1.88
48551--48900	113	3.1	113	87	1	540	38	13	19	28	1.90
50636--50681	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
57734--57772	18	2.1	19	85	4	53	51	7	2	38	1.44
63518--63552	9	3.7	9	92	7	52	82	0	5	11	0.82
81850--81992	71	2.0	71	90	4	223	53	4	7	33	1.51
82773--82800	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
82917--82964	16	2.9	16	76	11	53	52	2	0	45	1.12
84516--84652	3	46.0	3	78	5	100	61	1	0	37	1.05
84511--84577	16	3.9	16	77	12	71	59	0	1	38	1.06
84986--85549	112	4.9	118	75	16	506	27	17	14	39	1.89
85024--85532	227	2.2	226	88	4	745	27	18	13	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86720--86757	18	2.1	18	95	0	67	55	5	7	31	1.51
87124--87174	19	2.8	18	80	11	50	15	5	0	78	0.93
87110--87182	30	2.5	30	80	8	78	16	8	0	75	1.03
87142--87175	11	2.9	12	86	8	52	11	2	0	85	0.71
97849--97916	28	2.6	26	82	11	84	63	0	4	32	1.14
98533--98584	16	3.2	16	76	12	54	53	1	0	44	1.11
100132--100244	3	38.0	3	78	5	86	60	0	0	38	1.03
100148--100181	17	2.0	17	94	0	59	67	0	0	32	0.91
101880--101913	6	5.7	6	85	0	50	29	17	41	11	1.85
101880--101925	18	2.6	18	96	0	83	30	17	41	10	1.84
107675--107721	24	2.0	24	82	0	58	31	14	17	36	1.90
109759--109813	17	3.2	17	100	0	110	18	18	23	40	1.91
120390--120419	12	2.5	12	100	0	60	43	10	33	13	1.77
121480--121527	14	3.2	16	72	27	52	43	4	10	41	1.58
121867--121905	15	2.7	15	92	4	53	15	25	10	48	1.76
121872--121905	15	2.3	15	100	0	68	11	26	11	50	1.73
125923--125991	33	2.1	32	89	2	102	40	8	5	44	1.59
126877--126924	20	2.6	18	80	6	51	25	12	33	29	1.92
126912--127089	94	1.9	95	80	3	207	38	11	22	28	1.88
127429--128038	54	11.2	54	88	3	803	31	12	17	37	1.88
130454--130494	20	2.0	21	85	4	57	21	24	24	29	1.99
138692--138772	31	2.6	31	82	5	94	45	8	17	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141404--141460	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
146502--146608	2	50.5	2	72	17	74	47	5	1	44	1.37
146444--146509	30	2.2	31	78	8	73	43	7	3	45	1.47
146536--146653	13	9.1	13	72	11	73	47	5	3	43	1.44
146505--146601	31	3.2	30	81	8	108	47	5	2	45	1.36
146502--146608	7	16.8	6	73	15	74	47	5	1	44	1.37
146558--146645	38	2.3	40	84	9	112	47	5	3	43	1.43
146502--146608	9	12.6	8	76	14	74	47	5	1	44	1.37
146525--146618	29	3.2	29	76	8	91	45	6	2	45	1.40
148011--148102	18	5.3	18	72	22	65	46	7	3	42	1.48
148067--148102	17	2.1	17	89	0	54	52	8	0	38	1.32
148187--148241	27	2.0	27	82	0	65	40	9	7	43	1.64
148197--148248	27	1.9	27	84	0	68	40	3	7	48	1.50
148228--148256	14	2.0	15	93	6	51	41	6	0	51	1.28
148268--148301	15	2.3	15	90	10	52	38	8	14	38	1.78
149128--149194	23	2.9	23	82	4	82	32	22	25	19	1.97
154071--154131	23	2.7	23	76	7	61	34	26	22	16	1.95
154505--154547	14	3.1	14	96	0	77	32	23	13	30	1.93
156418--156468	18	2.8	18	96	0	93	50	5	3	39	1.45
156416--156526	20	5.8	19	73	18	72	45	4	4	45	1.44
156418--156540	18	6.9	18	74	18	73	46	4	4	44	1.43
156447--156532	29	3.0	29	74	23	76	43	3	4	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156408--156540	15	8.9	15	72	19	66	46	5	4	43	1.46
157255--157291	18	2.1	18	89	0	56	51	10	2	35	1.51
157255--157315	16	3.8	16	80	12	63	47	8	3	40	1.49
157280--157362	30	2.9	28	80	14	80	45	7	7	39	1.59
157294--157362	27	2.4	27	83	9	75	44	7	7	40	1.60
157727--157760	11	2.9	12	82	8	52	41	8	5	44	1.60
164702--164756	23	2.4	23	87	0	83	52	10	21	14	1.72
166449--166534	43	2.1	40	83	12	104	56	16	1	25	1.47
177960--178032	30	2.4	30	86	2	92	45	13	9	31	1.76
178745--178819	31	2.5	31	82	6	82	34	8	13	44	1.73
180581--180632	2	26.0	2	92	7	88	48	1	0	50	1.12
181598--181647	20	2.5	21	83	9	68	28	20	14	38	1.91
182022--182055	14	2.4	14	90	0	50	55	14	14	14	1.69
182368--182449	14	6.1	14	73	21	59	64	15	8	10	1.48
182383--182461	24	3.2	24	87	5	97	63	16	8	11	1.51
184493--184521	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
187056--187102	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
187174--187221	15	3.2	15	75	21	55	60	4	6	29	1.40
187221--187249	14	2.1	14	100	0	58	37	20	13	27	1.91
197360--197392	18	1.9	17	88	11	50	36	12	3	48	1.56
202433--202526	24	4.0	24	83	2	102	26	15	20	37	1.93
202484--202533	24	2.1	24	92	0	82	32	12	20	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204514--204575	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
206454--206484	16	1.9	16	100	0	62	25	19	19	35	1.95
207109--207169	18	3.4	18	75	6	70	11	34	11	42	1.77
207097--207169	35	2.0	38	89	7	116	15	32	10	41	1.82
209174--209228	15	3.5	15	92	5	83	34	23	10	30	1.89
212216--212258	22	2.0	22	90	0	68	32	9	20	37	1.85
218025--218096	22	3.4	21	83	7	83	37	9	20	31	1.85
218673--218751	39	2.0	39	92	0	131	31	18	16	32	1.94
222668--222740	31	2.3	31	90	2	110	42	10	8	38	1.70
225232--225348	59	2.0	59	81	6	139	34	10	17	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7