genome.fa.s7925.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007925.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110331_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1316088

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826024--826061	20	1.9	20	84	10	51	13	13	21	52	1.73
826872--826905	15	2.3	15	89	0	50	82	2	5	8	0.93
827795--827854	25	2.4	25	94	0	102	46	11	25	16	1.81
827972--828031	27	2.2	27	81	0	75	15	15	16	53	1.74
832201--832278	34	2.3	34	97	0	147	23	20	8	47	1.78
836228--836286	22	2.7	22	75	15	59	25	13	22	38	1.90
836218--836297	22	3.6	22	69	12	56	26	15	23	35	1.94
838123--838237	52	2.2	52	85	1	160	49	9	3	37	1.52
839738--839797	21	2.9	21	97	0	111	35	3	15	46	1.62
841486--841523	5	7.4	5	88	5	58	21	2	0	76	0.91
841486--841523	16	2.5	15	91	4	58	21	2	0	76	0.91
846762--846807	22	2.0	24	91	8	78	26	15	6	52	1.67
848952--848991	17	2.4	16	84	15	55	32	0	0	67	0.91
848954--848984	13	2.3	13	94	5	53	29	0	0	70	0.87
849493--849540	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
849957--849981	11	2.3	11	100	0	50	92	0	0	8	0.40
851027--851206	74	2.4	73	83	9	213	32	26	18	23	1.97
856946--857002	21	2.7	21	97	0	105	22	33	17	26	1.96
856946--857022	21	3.7	20	89	6	84	23	32	16	27	1.96
865623--865778	78	2.0	78	100	0	312	42	21	12	23	1.87
869008--869056	22	2.2	22	100	0	98	44	10	14	30	1.78
870047--870262	84	2.6	84	81	7	208	32	14	18	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872621--872650	15	2.0	15	93	0	51	36	13	23	26	1.92
878641--878679	21	1.9	21	89	5	62	48	15	28	7	1.72
883598--883685	24	3.7	24	95	0	149	21	20	22	35	1.96
883598--883695	24	4.1	24	91	0	106	22	18	22	36	1.95
885771--885823	18	3.2	18	70	25	62	18	47	20	13	1.82
885776--885812	13	2.8	13	87	0	56	18	45	21	13	1.84
888310--888398	24	3.7	24	89	5	119	22	20	20	37	1.95
888338--888414	24	3.2	24	86	0	82	19	15	22	42	1.88
888606--888630	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
894739--894882	78	1.9	77	94	1	252	20	13	16	48	1.80
901846--901994	77	1.9	77	94	0	262	20	17	17	44	1.87
905905--906059	60	2.6	60	75	4	152	32	17	3	45	1.66
906566--906641	35	2.2	35	85	0	98	44	17	0	38	1.49
906638--906712	35	2.1	35	92	0	123	34	1	21	42	1.61
909866--909917	24	2.1	26	89	7	81	15	13	17	53	1.72
910299--910339	16	2.7	16	85	7	59	12	9	17	60	1.57
911559--911618	31	1.9	31	90	6	95	41	6	8	43	1.61
912083--912151	35	1.9	36	82	8	88	57	2	1	37	1.22
912127--912283	64	2.5	65	88	7	243	58	1	0	40	1.06
912181--912287	12	8.7	12	72	12	83	59	0	0	39	1.04
912245--912295	12	4.3	12	76	18	54	66	1	0	31	1.03
915047--915099	12	4.4	12	77	15	56	32	1	5	60	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915032--915115	25	3.4	25	85	6	100	32	3	4	59	1.35
915056--915126	25	2.8	26	83	8	67	35	4	2	57	1.33
917516--917601	11	8.0	11	74	5	77	82	2	13	1	0.83
917516--917609	22	4.3	22	79	12	88	81	2	14	1	0.83
918257--918330	28	2.6	28	86	0	103	37	35	4	22	1.74
920221--920284	21	3.1	20	80	6	83	35	1	1	60	1.15
920222--920286	19	3.3	18	75	24	69	35	1	1	61	1.15
920229--920283	23	2.3	25	87	6	78	40	1	1	56	1.21
920254--920286	17	1.9	17	93	0	57	36	3	0	60	1.12
920369--920397	12	2.4	12	100	0	58	13	6	6	72	1.26
925850--926204	72	4.9	72	90	0	532	28	18	13	40	1.88
925853--926161	36	8.6	36	67	9	175	27	19	13	40	1.88
925849--926205	143	2.5	143	87	3	529	28	18	13	40	1.88
926081--926194	36	3.2	35	70	9	104	26	17	14	42	1.87
926291--926592	36	8.8	36	66	19	144	31	19	11	37	1.88
926291--926382	37	2.5	37	84	3	116	29	20	11	38	1.89
926218--926582	101	3.6	102	95	1	626	30	19	12	37	1.89
926589--926685	36	2.7	36	83	12	119	37	15	14	32	1.88
928139--928196	2	30.5	2	77	10	59	43	1	1	53	1.21
928131--928172	19	2.2	18	87	8	57	38	0	2	59	1.10
929334--929639	54	5.6	55	85	5	320	32	11	16	39	1.84
929334--929641	108	2.8	108	81	5	361	32	11	16	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929662--930204	275	2.0	274	91	1	874	29	16	20	34	1.94
930665--931066	139	2.9	139	90	1	599	35	17	21	25	1.95
931120--931183	17	3.3	19	67	20	51	39	12	23	25	1.90
932394--932462	25	2.8	25	88	2	95	31	2	5	59	1.36
932385--932485	28	3.6	28	73	18	79	33	2	4	58	1.35
937638--937678	13	3.2	13	93	3	66	14	56	14	14	1.69
937736--937775	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
937778--937831	12	4.6	12	81	4	56	27	48	12	11	1.76
938800--938928	60	2.2	60	80	4	152	46	2	16	34	1.60
949961--950078	4	29.2	4	76	17	95	72	0	3	23	1.06
951070--951111	20	2.2	20	86	4	59	9	23	30	35	1.87
951226--951281	28	2.0	28	85	0	76	12	23	33	30	1.92
951378--951427	26	1.9	25	84	8	64	52	10	0	38	1.35
951398--951657	36	7.6	35	71	21	171	47	7	2	43	1.44
951441--951487	24	1.9	25	91	4	78	44	6	2	46	1.40
951427--951487	26	2.5	26	84	12	76	44	6	3	45	1.46
951398--951629	67	3.4	68	77	16	202	47	7	2	42	1.43
951455--951662	37	5.7	37	79	14	179	47	7	1	43	1.42
951640--951676	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
953407--953440	12	2.8	12	95	0	59	23	8	0	67	1.18
954259--954292	13	2.6	13	85	0	50	52	2	0	44	1.16
954307--954331	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
956606--956640	17	2.1	17	94	0	61	2	34	22	40	1.69
956604--956642	17	2.4	16	84	12	53	2	33	23	41	1.68
958117--958362	130	1.9	128	80	8	282	40	11	7	40	1.70
963237--963939	350	2.0	353	90	1	1099	39	22	10	27	1.86
966443--966563	62	2.0	62	100	0	242	42	23	11	21	1.85
970109--970206	49	2.0	49	100	0	196	26	24	20	28	1.99
971269--971307	15	2.7	14	84	7	51	7	20	12	58	1.58
971275--971306	15	2.1	15	94	0	55	6	18	15	59	1.57
972501--972620	35	3.3	36	89	5	181	44	18	5	32	1.71
972518--972647	35	3.7	36	84	11	144	42	17	6	33	1.76
974280--974354	35	2.1	35	85	0	96	17	10	25	46	1.80
975129--975170	20	2.0	21	86	4	59	23	30	21	23	1.99
979585--979649	31	2.1	31	97	0	121	23	7	13	55	1.64
980865--980897	4	8.8	4	87	12	52	18	0	0	81	0.68
980864--980893	7	4.1	7	95	4	51	16	0	0	83	0.65
986060--986492	220	2.0	219	96	3	815	36	10	13	39	1.79
987358--987395	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
988314--988366	23	2.4	23	84	9	76	20	32	11	35	1.88
988321--988372	23	2.6	18	71	25	50	19	26	17	36	1.94
989539--989645	31	3.5	31	93	0	178	34	19	16	28	1.94
992550--992644	28	3.4	28	78	8	88	35	12	4	47	1.61
992691--992732	21	2.0	22	90	4	68	47	0	2	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
996802--996959	31	5.1	31	85	2	183	37	19	13	28	1.90
997788--997861	20	3.6	20	66	18	53	21	27	22	28	1.99
999794--999873	30	2.7	30	92	3	137	46	3	17	32	1.66
1003898--1003968	2	35.0	2	94	2	124	47	1	1	49	1.18
1020456--1020515	21	2.7	22	87	5	77	25	35	23	16	1.95
1026238--1026277	21	1.9	21	85	10	55	35	7	20	37	1.81
1034858--1034891	16	2.1	17	88	5	52	32	0	29	38	1.58
1035832--1035872	20	2.0	21	85	4	57	60	2	14	21	1.45
1035847--1035901	28	1.9	29	82	10	69	56	9	16	18	1.66
1036248--1036293	21	2.2	21	84	0	56	13	39	8	39	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7