genome.fa.s7925.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007925.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110331_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1316088

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225405--225439	2	18.0	2	88	5	54	48	2	0	48	1.16
226543--226589	13	3.6	13	80	11	60	4	27	0	68	1.08
226658--226694	3	12.3	3	100	0	74	35	32	0	32	1.58
227947--228004	26	2.2	27	87	9	84	67	0	29	3	1.07
227972--228011	19	2.0	20	90	4	64	67	0	27	5	1.11
228019--228055	17	2.2	17	100	0	74	56	0	32	10	1.34
228948--229007	20	3.3	20	63	36	55	46	3	8	41	1.50
228931--229007	33	2.3	33	100	0	154	48	2	7	41	1.46
240474--240585	59	1.9	59	87	3	163	32	16	17	33	1.92
244481--244635	77	2.0	78	98	1	303	28	18	16	37	1.92
244691--244772	31	2.6	31	90	0	119	21	9	14	53	1.70
245855--246022	31	5.5	31	84	7	202	51	13	11	22	1.73
245855--246022	60	2.8	61	86	4	232	51	13	11	22	1.73
245855--246022	91	1.8	92	85	3	241	51	13	11	22	1.73
246377--246584	104	2.0	104	98	1	400	48	12	13	25	1.78
246851--246899	17	2.9	17	81	9	64	57	0	4	38	1.18
248453--248482	14	2.1	14	93	0	51	23	30	6	40	1.80
249592--249670	34	2.3	34	97	0	149	27	15	6	50	1.68
250415--250504	36	2.5	37	92	5	157	40	12	16	31	1.85
263873--264036	31	5.3	30	80	6	166	31	30	25	12	1.93
263888--264036	63	2.4	63	85	5	196	30	31	26	11	1.91
265493--265534	20	2.1	20	86	0	57	16	19	40	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268134--268194	23	2.7	23	87	7	97	27	21	27	22	1.99
274155--274191	19	1.9	19	88	0	56	24	24	29	21	1.99
274227--274268	19	2.2	19	95	0	75	14	21	40	23	1.90
275829--275882	18	2.9	18	88	2	72	7	33	35	24	1.83
275836--275899	18	3.6	18	91	0	83	6	31	37	25	1.81
278696--279197	231	2.2	228	86	3	693	40	5	10	42	1.63
280283--280326	19	2.3	19	80	4	52	38	0	0	61	0.96
280283--280321	19	2.0	20	85	5	53	38	0	0	61	0.96
280443--280523	19	4.3	19	72	20	64	48	1	1	49	1.17
280804--280836	13	2.5	13	95	0	57	9	15	48	27	1.74
280877--280903	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
281083--281107	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
281155--281224	18	4.4	17	71	22	62	64	4	4	27	1.31
281574--281645	35	2.1	35	97	0	135	27	20	12	38	1.89
282352--282787	106	4.1	106	92	0	696	21	17	24	36	1.94
283689--283805	32	3.6	32	69	8	110	19	24	29	25	1.98
283729--283839	34	3.3	34	69	9	111	23	18	29	27	1.98
283690--283841	66	2.3	66	97	0	286	22	21	28	26	1.99
284225--284260	18	2.0	18	94	0	63	41	33	8	16	1.78
288796--288849	10	5.8	9	85	14	65	81	0	1	16	0.78
288802--288850	14	3.6	13	80	2	53	79	0	2	18	0.83
288795--288849	20	3.0	18	89	10	85	81	0	1	16	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289897--289976	40	2.0	40	86	9	112	56	7	5	31	1.49
290175--290204	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
290377--290409	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
290460--290529	18	4.4	17	71	22	62	64	4	4	27	1.31
290876--290952	35	2.2	35	95	0	136	25	19	11	42	1.85
298989--299036	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
299291--299402	37	3.0	37	88	0	170	41	12	15	30	1.84
299302--299365	21	3.3	21	66	28	59	45	10	14	29	1.78
299937--300071	43	3.3	43	74	15	121	30	2	3	63	1.23
300055--300098	15	2.8	16	80	13	56	25	0	2	72	0.96
300055--300099	16	2.8	16	76	10	56	24	0	2	73	0.95
300038--300139	21	4.8	21	73	15	93	24	1	0	72	1.01
300068--300153	43	2.0	44	82	11	106	22	4	1	72	1.10
303197--303334	69	2.0	69	89	0	213	37	21	13	27	1.91
304214--304296	32	2.6	32	88	0	121	31	10	16	40	1.83
305260--305338	28	2.8	28	88	0	122	18	20	15	45	1.85
305316--305427	37	3.1	37	93	2	199	25	23	14	37	1.92
305314--305558	36	6.9	36	77	9	227	26	20	13	40	1.89
305560--305619	29	2.1	29	87	0	84	43	15	10	31	1.79
305622--305811	83	2.3	84	84	4	251	32	24	17	25	1.97
306374--306485	37	3.0	37	93	0	188	41	13	14	31	1.84
307047--307176	52	2.7	51	79	15	143	30	1	3	64	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307062--307232	4	43.5	4	70	18	56	25	2	1	70	1.11
307096--307188	37	2.5	37	81	10	109	30	2	1	66	1.10
307102--307208	33	3.0	34	80	11	92	24	4	0	70	1.12
307120--307224	33	3.1	33	81	12	99	20	3	0	74	1.03
307134--307209	32	2.5	33	81	10	81	22	5	0	72	1.04
307163--307233	10	6.3	11	76	15	65	16	4	0	78	0.90
308520--308547	8	3.5	8	100	0	56	39	0	25	35	1.56
313361--313411	24	2.1	24	100	0	102	7	3	33	54	1.47
318775--318822	4	12.2	4	93	4	71	56	18	0	25	1.42
326034--326062	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
331382--331439	16	3.7	15	75	18	57	56	0	1	41	1.09
339579--339608	11	2.9	10	90	9	51	30	3	0	66	1.07
339864--339922	30	1.9	32	83	13	79	35	1	0	62	1.05
339864--339934	32	2.2	32	81	16	85	36	1	0	61	1.05
339985--340091	30	3.6	29	83	9	110	34	4	2	57	1.34
340016--340142	61	2.1	62	83	4	159	37	4	0	57	1.25
340016--340143	30	4.2	31	81	9	124	36	4	0	57	1.25
340044--340143	31	3.3	30	82	8	114	39	4	0	57	1.18
342263--342289	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
342537--342606	30	2.3	31	83	13	101	27	24	4	44	1.72
343703--343763	30	2.1	27	85	8	77	40	18	0	40	1.50
344560--344608	23	2.1	23	100	0	98	38	4	8	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
345452--345515	17	3.6	17	75	10	58	64	1	0	34	1.03
345456--345525	19	4.0	16	71	21	52	61	1	1	35	1.14
345702--345742	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
345795--345872	29	2.6	30	76	13	79	64	5	2	28	1.28
346497--346551	28	2.0	28	82	13	69	32	21	10	34	1.89
347205--347279	3	25.0	3	81	5	71	62	1	0	36	1.04
347888--348450	225	2.5	224	91	2	898	28	18	14	38	1.91
347780--348452	337	2.0	343	83	5	873	27	18	15	38	1.91
347888--348452	112	5.0	112	83	4	719	28	18	15	37	1.91
348806--348860	22	2.5	22	80	8	60	40	9	14	36	1.78
349224--349477	54	4.7	54	89	0	341	27	23	13	35	1.92
350363--350532	75	2.3	75	83	2	198	30	21	15	32	1.94
352908--352939	9	3.6	9	95	0	55	0	15	0	84	0.63
364522--364570	25	2.0	25	88	11	75	55	4	4	36	1.38
366373--366432	16	4.1	16	79	20	85	33	0	20	46	1.51
366364--366429	27	2.5	27	97	2	125	30	0	22	46	1.52
370062--370099	20	1.9	20	88	0	58	26	34	26	13	1.93
370105--370144	21	1.9	21	84	0	53	25	37	25	12	1.91
372084--372120	17	2.1	18	90	5	58	18	0	24	56	1.41
372091--372128	17	2.3	17	86	4	51	18	2	26	52	1.58
375018--375099	43	1.9	43	89	0	128	36	23	10	29	1.89
375770--375919	45	3.2	45	66	20	124	28	19	12	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
376436--376487	24	2.2	24	86	6	70	61	0	5	32	1.20
377231--377324	38	2.4	38	75	19	88	52	1	3	43	1.24
377914--377976	27	2.3	27	100	0	126	33	17	15	33	1.92
378817--378891	3	25.0	3	78	5	53	62	1	0	36	1.04
380820--380853	14	2.4	14	95	0	59	20	0	0	79	0.73
381243--381304	20	2.8	24	67	20	62	46	0	0	53	1.00
381245--381326	35	2.3	36	79	8	96	45	0	0	54	0.99
381471--381509	17	2.3	17	86	0	51	46	2	0	51	1.14
383123--383189	21	3.2	21	89	0	98	20	31	20	26	1.98
383885--383915	14	2.2	14	100	0	62	58	16	0	25	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7