genome.fa.s7925.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007925.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110331_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1316088

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
585755--585881	25	5.4	25	78	19	157	37	11	10	40	1.76
585766--585928	67	2.4	67	100	0	326	36	10	11	41	1.75
586564--586597	17	2.1	17	94	5	61	44	23	11	20	1.84
588329--588995	181	3.7	182	93	3	1127	32	17	15	34	1.91
589373--589435	22	2.8	23	85	4	92	36	22	4	36	1.75
589790--589823	16	2.1	16	94	0	59	26	20	5	47	1.73
590845--590910	3	22.0	3	74	0	60	22	33	6	37	1.79
590858--590927	12	5.8	12	86	0	95	20	32	8	38	1.83
590846--590927	36	2.3	36	91	0	128	20	32	7	39	1.80
590858--590927	6	11.7	6	79	0	68	20	32	8	38	1.83
592367--593522	197	5.9	199	92	3	1902	31	17	15	36	1.91
592367--593528	393	3.0	395	91	3	1922	31	17	15	36	1.91
593638--593681	19	2.4	19	92	3	72	56	11	2	29	1.46
594263--594303	4	10.2	4	100	0	82	48	26	0	24	1.51
595485--595550	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
597789--597835	20	2.3	20	85	7	60	21	14	6	57	1.60
597961--598006	19	2.3	20	82	17	60	19	17	8	54	1.68
597749--598214	179	2.6	178	85	4	582	27	16	13	42	1.86
598281--598769	225	2.2	226	96	1	901	39	8	7	44	1.64
602021--602047	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
608706--608766	31	2.0	31	90	0	95	45	21	11	21	1.82
608795--608869	23	3.2	23	81	9	80	28	24	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
608836--608913	35	2.2	35	90	0	129	30	23	16	29	1.96
608793--608892	11	8.6	11	70	22	55	28	23	22	27	1.99
609127--609158	16	2.0	16	93	0	55	46	25	15	12	1.81
609168--609219	11	4.5	11	77	17	52	30	23	19	26	1.98
609453--609486	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
611263--611319	21	2.6	22	80	2	71	24	0	28	47	1.52
611431--611498	11	6.3	11	73	14	61	41	1	1	55	1.18
617168--617207	22	1.9	20	85	10	53	67	5	7	20	1.34
618048--618243	42	4.6	42	84	5	243	18	16	25	39	1.91
618048--618244	85	2.3	85	86	1	270	18	16	24	40	1.91
618678--618735	30	1.9	30	82	6	73	3	39	12	44	1.58
621669--621808	36	3.9	36	92	3	230	37	20	22	19	1.94
621669--621808	71	2.0	72	94	4	248	37	20	22	19	1.94
625459--625484	13	2.0	13	100	0	52	92	7	0	0	0.39
626822--626877	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
627049--627131	31	2.7	31	80	0	112	34	24	15	25	1.95
628062--628234	93	1.9	93	97	0	328	49	6	18	26	1.71
628418--628474	16	3.4	17	82	7	80	40	0	1	57	1.09
629777--629829	22	2.5	23	79	14	69	33	11	15	39	1.83
635246--635299	3	18.0	3	78	14	58	37	1	0	61	1.07
642540--642945	202	2.0	203	96	3	757	40	12	16	31	1.85
644566--644853	115	2.5	115	98	0	549	31	14	21	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
644681--645049	196	1.9	196	97	0	702	30	13	21	33	1.93
644495--645164	311	2.2	311	99	0	1313	31	13	21	33	1.92
644877--645315	115	3.8	114	94	1	745	31	14	21	31	1.94
647840--647894	22	2.5	22	87	0	83	36	9	12	41	1.75
648559--649330	74	10.4	76	94	4	1330	21	20	21	36	1.96
648559--649330	149	5.2	151	93	4	1333	21	20	21	36	1.96
649443--649492	16	3.2	15	83	8	64	40	2	0	58	1.10
652191--652221	14	2.3	14	94	5	55	16	6	3	74	1.16
656019--656080	17	3.4	17	68	20	52	17	27	9	45	1.80
660159--660194	15	2.4	15	95	0	63	27	5	13	52	1.63
662423--662480	21	2.7	21	78	7	64	27	29	25	17	1.97
667588--667796	115	1.8	115	88	2	321	25	21	17	35	1.95
668073--668115	21	2.0	21	100	0	86	32	16	18	32	1.93
668163--668200	18	2.2	18	85	4	51	10	18	15	55	1.68
672530--672666	67	2.0	67	98	0	265	31	23	11	33	1.91
672539--672643	33	3.2	32	67	12	95	33	21	12	32	1.91
678372--678431	16	3.2	18	66	25	52	35	16	16	31	1.92
679031--679087	27	2.1	27	80	6	62	56	14	3	26	1.54
681075--681157	23	3.7	23	77	9	100	25	22	26	25	2.00
682765--682802	19	2.0	19	94	0	67	26	23	15	34	1.95
685597--685632	16	2.2	16	90	0	54	11	13	16	58	1.63
686944--687093	65	2.3	64	87	5	205	30	17	22	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
689327--689372	10	4.3	10	84	13	56	2	19	0	78	0.86
689343--689394	19	2.8	19	85	2	61	7	11	0	80	0.89
689331--689419	12	7.7	11	74	19	58	8	12	0	78	0.96
692182--692339	45	3.5	45	98	0	298	32	22	5	39	1.78
692199--692272	25	3.2	25	62	31	63	29	22	8	39	1.83
697346--697434	43	2.1	43	93	0	151	16	11	35	35	1.85
706586--706660	34	2.2	34	88	4	107	44	22	1	32	1.62
709086--709133	19	2.5	20	86	3	62	31	14	6	47	1.69
709111--709157	24	2.0	24	83	8	60	46	14	4	34	1.64
710262--710309	22	2.4	19	80	13	51	60	14	4	20	1.51
714733--714841	54	2.0	54	96	0	200	21	22	18	38	1.93
720735--720760	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
721010--721047	19	2.1	19	85	5	51	31	7	21	39	1.82
727382--727406	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
729809--729838	6	5.0	6	95	0	51	33	46	0	20	1.51
731041--731076	17	2.1	17	89	0	54	52	22	0	25	1.47
730959--731051	27	3.4	27	96	0	177	47	18	0	34	1.49
736502--736546	19	2.6	17	86	10	56	40	0	0	60	0.97
737477--737515	20	2.0	20	89	0	60	2	28	15	53	1.55
737877--737955	12	7.2	11	78	14	67	58	0	0	41	0.98
737889--737957	3	23.0	3	90	0	111	62	0	0	37	0.96
737890--737968	15	5.5	14	78	12	65	63	1	0	35	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738206--738849	225	2.9	221	85	8	698	29	19	13	37	1.90
738189--738659	112	4.2	114	85	4	586	29	19	13	37	1.90
738559--738755	96	2.1	95	92	0	322	32	19	12	35	1.89
739532--739962	115	3.8	115	96	1	751	32	20	13	33	1.91
741034--741094	1	61.0	1	76	0	59	0	11	0	88	0.51
741022--741093	16	4.5	15	85	11	90	0	13	0	86	0.58
741024--741097	24	3.1	25	81	13	93	0	14	0	85	0.61
741022--741097	17	4.5	16	85	8	98	0	14	0	85	0.60
751691--751748	21	3.1	19	80	11	59	62	1	1	34	1.16
753358--753394	19	1.9	19	88	0	56	0	29	18	51	1.47
753747--753809	3	22.0	3	76	15	53	57	1	0	41	1.08
753742--753809	23	3.0	21	82	17	84	55	1	0	42	1.08
753991--754038	3	16.0	3	91	0	78	62	0	0	37	0.95
753982--754028	15	3.3	15	77	22	57	57	0	0	42	0.98
753966--754037	12	6.2	12	78	12	62	54	0	0	45	0.99
755167--755516	82	4.2	83	80	4	409	36	17	8	36	1.81
755167--755516	167	2.1	167	88	2	524	36	17	8	36	1.81
762735--763119	183	2.1	183	93	2	652	46	8	3	42	1.49
763247--763275	15	1.9	15	100	0	58	17	6	27	48	1.72
764881--765032	75	2.0	75	94	0	268	44	18	8	28	1.79
803493--803542	22	2.3	22	85	0	64	32	20	16	32	1.94
809256--809288	16	2.1	16	100	0	66	24	33	6	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811824--811933	36	3.0	36	89	1	157	53	17	7	21	1.67
812018--812126	36	3.0	36	90	0	164	53	17	7	22	1.68
811789--812176	194	2.0	194	98	1	760	47	18	5	27	1.71
812461--812516	28	2.0	28	89	0	85	32	14	8	44	1.76
814731--814768	12	3.1	12	88	11	51	23	2	0	73	0.95
814731--814768	13	3.0	13	88	11	53	23	2	0	73	0.95
815888--815941	27	2.0	28	89	7	85	44	3	1	50	1.30
815891--815957	27	2.5	27	80	9	75	49	2	1	46	1.26
816191--816253	21	3.0	21	72	2	56	23	6	4	65	1.36
824270--824383	50	2.3	51	86	7	153	55	6	2	35	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7