genome.fa.s8003.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008003.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110462_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3297763

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11558--11608	25	2.0	25	100	0	102	19	23	3	52	1.62
13648--13694	15	3.2	15	81	6	51	57	0	2	40	1.11
13651--13725	23	3.3	23	74	10	64	56	0	1	42	1.08
13682--13732	16	3.1	17	80	8	52	49	0	0	50	1.00
26315--26355	6	6.8	6	97	0	73	53	0	46	0	1.00
27284--27330	21	2.3	20	85	3	58	46	10	0	42	1.38
27480--27528	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
31951--31997	21	2.1	23	88	7	71	29	8	2	59	1.39
37941--37981	17	2.3	19	79	12	50	48	4	4	41	1.46
41169--41203	14	2.5	14	90	0	52	45	11	34	8	1.71
41197--41224	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
43622--43674	19	2.7	19	76	21	56	64	1	0	33	1.05
43639--43689	19	2.8	18	85	11	61	60	0	1	37	1.08
43734--43827	36	2.5	37	87	8	127	41	0	1	57	1.06
50732--50818	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
52920--53252	111	3.0	111	97	0	612	44	10	7	37	1.67
53373--53414	20	2.1	20	90	0	66	47	0	28	23	1.52
53541--53666	50	2.5	50	81	2	164	20	26	34	17	1.95
53678--53740	29	2.1	29	85	2	81	28	14	28	28	1.95
54406--54462	28	2.0	28	89	0	87	33	17	15	33	1.92
56399--56426	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
56415--57164	249	3.0	252	96	3	1410	29	13	20	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60479--60539	7	8.7	7	100	0	122	0	27	29	42	1.56
60818--60883	27	2.3	26	78	17	69	43	1	3	51	1.26
61125--61207	20	4.1	20	70	11	62	50	2	2	44	1.28
61309--61360	24	2.2	24	82	6	61	46	3	0	50	1.20
65036--65094	28	2.2	27	85	8	77	45	3	5	45	1.42
68667--68703	16	2.3	16	100	0	74	48	0	10	40	1.38
72080--72104	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
76761--76818	26	2.2	26	90	0	89	15	27	3	53	1.58
76776--76827	26	2.0	26	85	3	70	17	32	3	46	1.66
82117--82162	21	2.2	21	84	0	56	30	30	26	13	1.93
82186--82234	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
83013--83200	31	6.0	31	92	2	297	20	18	22	38	1.93
83013--83200	94	2.0	93	90	3	297	20	18	22	38	1.93
83013--83200	63	3.0	62	92	3	306	20	18	22	38	1.93
85821--85866	21	2.2	21	84	0	56	30	30	26	13	1.93
85890--85931	22	2.0	22	85	4	59	28	35	28	7	1.84
86718--86842	62	2.0	62	90	3	198	20	19	22	37	1.94
86718--86827	31	3.5	31	97	0	202	19	20	21	39	1.93
92031--92073	19	2.3	19	87	0	59	20	30	32	16	1.95
94956--95019	29	2.2	29	83	5	76	34	4	10	50	1.59
95082--95145	29	2.2	29	91	0	101	34	7	12	45	1.71
106989--107024	15	2.5	15	90	4	56	25	11	27	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110226--110281	25	2.3	24	76	11	60	41	1	0	57	1.09
115386--115458	33	2.2	33	90	0	110	26	27	23	23	2.00
117840--118038	23	8.7	22	77	11	145	48	1	26	24	1.58
117840--118032	46	4.2	45	74	11	169	47	1	25	25	1.58
117844--118038	69	2.8	68	80	5	196	48	1	25	24	1.57
117840--118038	92	2.2	92	84	5	251	48	1	26	24	1.58
118880--118919	21	1.9	21	89	0	62	37	7	5	50	1.53
122597--122756	64	2.5	62	81	8	162	35	17	20	26	1.95
123217--123434	103	2.1	103	99	0	427	24	13	24	36	1.92
123451--123518	23	3.0	23	82	4	84	22	23	26	27	1.99
129556--129679	60	2.1	59	83	7	153	36	14	12	36	1.85
130413--130491	41	1.9	41	94	0	140	25	12	7	54	1.64
130661--130802	70	2.0	71	95	1	259	26	21	9	43	1.82
143821--143856	18	2.0	18	88	0	54	33	11	5	50	1.61
144394--144418	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
147808--148256	229	2.0	227	94	1	783	45	7	7	39	1.62
148322--148367	20	2.3	19	85	10	65	54	8	17	19	1.68
148489--148535	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
148498--148540	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
150840--150900	32	1.9	32	86	0	86	29	1	44	24	1.63
152694--152742	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
152861--154411	196	7.9	198	95	2	2781	36	15	16	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155868--155935	21	3.4	18	69	21	55	36	8	35	19	1.83
155868--155965	6	16.3	6	80	0	70	36	7	34	21	1.81
155883--155969	3	29.0	3	77	0	84	35	5	34	24	1.79
155871--155961	42	2.2	42	91	0	146	35	7	35	21	1.83
155868--155965	18	5.4	18	78	0	88	36	7	34	21	1.81
157434--158133	184	3.8	184	95	0	1269	35	14	16	33	1.89
160715--160770	20	2.6	23	83	11	73	33	7	21	37	1.81
160738--160784	20	2.3	20	85	10	60	31	2	23	42	1.66
160782--160820	20	2.0	20	85	10	53	28	12	10	48	1.74
161138--161195	22	2.6	23	86	2	82	34	6	20	37	1.80
161138--161209	23	3.3	22	79	12	76	33	5	20	40	1.76
161557--161618	21	2.8	23	78	9	74	35	6	20	37	1.79
161557--161627	23	3.2	23	75	15	67	33	5	21	39	1.77
160611--162283	423	3.9	429	95	3	3031	39	8	13	39	1.74
161974--162037	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
161974--162046	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
162315--162365	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
162614--162650	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
162907--162993	39	2.2	39	95	0	156	50	19	12	17	1.77
163420--163467	23	2.1	23	92	0	78	35	18	10	35	1.85
166012--166060	9	5.1	10	76	16	50	46	0	2	51	1.12
167472--167524	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168114--168155	19	2.2	19	86	0	57	52	26	11	9	1.68
168159--168222	34	1.9	34	90	3	103	10	25	21	42	1.85
168154--168247	20	5.1	19	71	17	72	12	23	19	44	1.85
170333--170421	42	2.1	42	85	0	124	22	37	15	24	1.93
170333--170451	42	2.8	42	80	9	118	23	35	17	23	1.95
171804--171839	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
171995--172094	33	3.0	33	89	4	157	18	21	20	41	1.91
171998--172095	19	5.7	19	67	22	81	15	21	20	42	1.88
174190--174243	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
175046--175106	21	3.0	20	70	13	52	37	22	18	21	1.94
176951--177048	21	4.8	20	70	10	72	22	18	37	21	1.94
177421--177474	20	2.7	20	88	0	81	37	24	24	14	1.93
177419--177558	20	7.9	18	71	20	80	43	22	20	12	1.86
177461--177553	33	2.8	32	91	1	150	45	22	19	12	1.84
177478--177535	14	3.8	14	71	20	53	48	22	17	12	1.80
177525--177569	18	2.4	18	88	3	63	46	26	17	8	1.78
177624--177666	20	2.2	20	86	0	59	20	23	20	34	1.96
179488--179546	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
180020--180154	20	6.7	20	80	7	121	24	17	24	33	1.96
180020--180157	61	2.3	61	85	0	195	23	17	23	34	1.96
180020--180175	61	2.6	61	82	2	161	23	19	23	33	1.97
180225--180265	21	2.0	21	85	0	55	36	29	14	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190452--190604	66	2.4	64	81	7	177	37	5	10	45	1.63
196397--196448	20	2.5	20	75	9	52	28	0	5	65	1.16
197099--197153	27	2.0	27	100	0	110	43	0	12	43	1.42
198075--198122	21	2.2	23	82	14	57	29	6	10	54	1.59
198627--198661	18	1.9	18	88	0	52	22	28	20	28	1.98
203044--203085	21	2.0	21	85	0	57	19	21	30	28	1.97
205081--205165	34	2.5	34	90	3	127	57	2	0	40	1.11
207701--207741	9	4.7	9	84	6	57	31	0	2	65	1.05
207700--207733	17	2.0	17	100	0	68	35	0	5	58	1.22
210504--210616	46	2.5	45	88	7	167	41	6	18	33	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14