genome.fa.s8003.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008003.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110462_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3297763

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2421829--2421889	23	2.7	23	89	0	86	91	3	4	0	0.49
2422764--2422822	15	4.1	14	74	23	52	27	5	0	67	1.11
2422937--2422979	13	3.2	13	83	3	50	44	2	0	53	1.13
2423174--2423228	18	3.1	18	76	10	58	47	5	0	47	1.25
2424328--2424575	94	2.6	95	81	12	287	41	14	13	30	1.84
2424328--2424579	96	2.6	97	83	10	308	41	13	13	30	1.84
2424587--2424832	73	3.4	72	80	11	263	44	9	13	32	1.76
2426434--2426477	2	22.0	2	90	0	70	54	0	0	45	0.99
2427416--2427508	18	4.9	18	81	7	96	24	20	27	26	1.99
2427825--2428699	4	224.5	4	90	7	1385	24	0	26	49	1.52
2428634--2428681	2	24.5	2	87	4	71	4	0	45	50	1.21
2428642--2428674	17	1.9	17	100	0	66	0	0	51	48	1.00
2428611--2428685	6	12.2	6	83	7	53	10	0	38	50	1.37
2429452--2429557	18	5.9	18	92	0	158	24	33	23	18	1.97
2431416--2431461	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2432207--2432309	33	3.2	33	91	2	147	44	14	7	33	1.74
2432305--2432345	21	2.0	21	95	0	73	48	4	14	31	1.65
2435729--2435799	18	3.9	18	81	0	79	26	29	21	22	1.99
2435729--2435797	36	1.9	36	84	0	93	27	28	21	21	1.99
2436641--2436694	19	2.8	19	97	0	99	22	27	16	33	1.95
2444355--2444423	29	2.4	29	100	0	102	50	4	2	42	1.37
2444364--2444413	14	3.5	14	79	15	66	52	2	4	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2444355--2444421	13	4.6	16	75	17	74	50	4	2	41	1.37
2453083--2453142	25	2.6	22	73	16	59	50	1	0	48	1.11
2453265--2453346	19	4.3	19	72	15	62	45	0	3	51	1.19
2453411--2453494	18	4.4	18	72	17	62	40	1	2	55	1.20
2453411--2453494	40	2.2	37	83	10	98	40	1	2	55	1.20
2453499--2453551	22	2.3	23	77	6	63	47	0	3	49	1.19
2453711--2453792	42	2.0	42	85	0	110	46	10	19	23	1.81
2454317--2454366	26	1.9	26	84	8	66	42	2	0	56	1.11
2454482--2454549	19	3.6	18	74	18	59	50	1	1	47	1.19
2454568--2454697	31	4.3	29	72	16	79	50	4	0	45	1.22
2454881--2454964	34	2.5	34	98	0	159	35	14	10	39	1.81
2454955--2455042	14	6.2	13	69	17	50	36	14	4	44	1.66
2454969--2455018	15	3.4	15	83	5	75	38	14	4	44	1.63
2454953--2455037	29	3.0	29	91	1	127	34	14	4	47	1.65
2474797--2474826	10	3.0	10	95	0	51	46	20	0	33	1.51
2493915--2493947	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
2494021--2494077	16	3.6	16	82	0	78	56	21	12	10	1.65
2494312--2494352	11	3.6	11	87	6	64	24	26	21	26	2.00
2495211--2495266	14	4.3	14	80	17	75	51	25	14	8	1.70
2495204--2495251	10	4.4	10	78	19	51	54	22	12	10	1.68
2495204--2495265	24	2.6	24	94	0	106	53	24	12	9	1.69
2498642--2498693	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2498679--2498810	41	3.2	41	78	6	133	34	25	16	23	1.95
2498682--2498796	20	5.7	20	82	6	115	31	26	18	24	1.97
2499271--2499334	20	3.2	20	86	0	83	15	18	21	43	1.87
2500654--2500698	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2501180--2501246	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2501235--2501292	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
2501219--2501309	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
2501180--2501314	19	7.6	19	71	19	85	42	23	20	12	1.86
2501326--2501383	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
2501321--2501399	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
2501340--2501457	20	6.4	19	77	11	95	13	20	24	41	1.88
2503306--2503341	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2503448--2503501	14	3.5	14	77	22	63	48	20	20	11	1.80
2503429--2503506	33	2.4	33	91	0	120	42	21	23	12	1.87
2503525--2503582	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
2504794--2504818	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2507110--2507236	33	3.8	33	84	4	175	44	18	21	15	1.87
2507111--2507243	66	2.0	66	92	0	221	42	18	21	17	1.89
2507110--2507240	19	7.7	19	63	23	67	44	19	21	15	1.87
2507236--2507278	19	2.2	20	87	4	61	16	20	23	39	1.92
2507419--2507455	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2508780--2508846	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2508780--2508902	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
2510912--2511010	33	3.0	33	86	1	135	39	26	22	12	1.89
2510887--2511052	20	9.1	19	74	16	136	43	22	21	12	1.86
2511048--2511092	19	2.4	19	84	0	63	6	13	24	55	1.62
2511644--2511696	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
2511705--2511758	20	2.7	20	94	0	90	25	18	22	33	1.97
2511829--2511869	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
2518907--2518964	27	2.1	27	93	0	98	32	6	15	44	1.73
2526325--2526371	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
2530530--2530617	23	3.7	23	73	13	72	55	3	3	37	1.33
2542156--2542233	39	2.0	39	94	0	138	48	15	10	25	1.76
2547752--2547784	13	2.4	14	90	5	50	27	3	0	69	1.03
2549459--2549500	12	3.7	12	84	12	61	64	0	35	0	0.94
2549465--2549505	22	1.9	22	85	5	57	65	0	34	0	0.93
2551324--2551379	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
2561990--2562072	22	3.8	22	93	0	130	31	22	22	22	1.99
2562489--2562529	21	2.0	21	95	0	73	24	24	26	24	2.00
2568256--2568314	23	2.6	23	94	0	100	28	13	37	20	1.91
2575124--2575219	29	3.3	30	75	16	85	21	15	10	52	1.73
2575613--2575680	31	2.2	31	100	0	136	36	11	2	48	1.55
2579238--2579277	14	3.0	14	79	20	50	70	10	20	0	1.16
2581038--2581106	23	3.0	23	82	0	57	28	24	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2581122--2581339	103	2.1	103	98	0	418	37	22	13	26	1.92
2586065--2586122	23	2.5	23	80	0	71	27	27	25	18	1.98
2586138--2586352	103	2.1	100	95	2	385	36	22	13	27	1.92
2588727--2588796	4	17.5	4	91	5	115	50	27	0	22	1.50
2589123--2589259	35	3.8	36	85	6	170	32	18	13	36	1.89
2589123--2589259	71	1.9	73	86	3	197	32	18	13	36	1.89
2589294--2589396	36	2.8	36	75	4	100	33	16	11	37	1.85
2589706--2589779	30	2.5	30	82	4	78	28	20	10	40	1.86
2589723--2589910	96	1.9	97	82	7	231	29	16	13	39	1.87
2589801--2589878	31	2.6	31	89	4	115	34	11	15	38	1.83
2590203--2590298	40	2.4	40	87	0	138	23	33	15	27	1.95
2589940--2590270	135	2.5	135	85	2	452	26	29	18	25	1.98
2592522--2592617	29	3.3	30	77	16	94	20	15	11	52	1.74
2597917--2597995	32	2.6	31	90	6	117	20	21	37	20	1.94
2598191--2598260	27	2.4	29	93	6	117	34	0	24	41	1.55
2598513--2598544	13	2.4	14	85	15	50	59	0	0	40	0.97
2598573--2599157	275	2.1	271	88	5	856	31	9	21	36	1.86
2599198--2599310	56	2.0	56	94	1	201	33	27	8	30	1.87
2599994--2600063	27	2.4	29	90	6	108	41	22	0	35	1.54
2600259--2600335	32	2.5	31	83	8	104	22	36	22	19	1.95
2603949--2603980	14	2.3	14	100	0	64	37	9	6	46	1.61
2605254--2605297	22	2.0	22	86	0	61	20	6	13	59	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2606132--2606491	181	2.0	183	96	1	661	25	16	21	36	1.94
2606979--2607042	19	3.3	18	75	16	58	48	0	0	51	1.00
2606994--2607064	16	4.2	16	72	13	54	46	0	1	52	1.09
2607665--2607775	58	1.9	58	81	7	136	33	16	4	45	1.67
2608319--2608512	97	2.0	97	88	2	291	38	15	9	36	1.80
2610500--2610554	15	3.6	15	82	4	74	43	12	12	30	1.80
2610503--2610552	16	3.2	16	80	5	66	44	12	10	34	1.75
2610952--2610981	13	2.3	13	94	0	51	46	6	3	43	1.46
2610992--2611090	33	3.0	33	94	1	164	46	15	6	32	1.70
2611085--2611124	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14