genome.fa.s8003.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008003.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110462_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3297763

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678535--678577	20	2.2	19	87	4	59	11	13	20	53	1.71
680489--680555	20	3.3	20	95	0	116	37	25	19	17	1.94
680653--680720	20	3.4	20	84	8	93	17	19	26	36	1.94
680707--680749	20	2.2	20	95	0	77	13	11	23	51	1.74
681226--681333	21	5.1	21	77	4	110	19	34	19	26	1.96
681226--681348	42	2.9	42	76	9	126	21	34	18	25	1.96
682874--682926	20	2.6	21	79	5	65	45	26	15	13	1.82
682970--683174	20	10.9	20	75	12	182	25	19	20	35	1.96
683012--683166	54	2.9	54	93	0	265	22	17	23	36	1.94
682921--683108	94	2.0	93	82	7	229	23	19	21	34	1.96
682921--683174	74	3.5	72	73	10	219	24	18	20	35	1.96
683145--683428	140	2.0	140	95	0	505	44	14	11	29	1.81
683485--683519	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
690889--690942	24	2.2	24	87	6	74	38	20	16	24	1.92
692326--692372	21	2.2	21	88	0	67	23	0	4	72	1.02
693100--693367	20	13.2	20	79	13	248	42	22	19	16	1.89
693462--693513	6	8.7	6	100	0	104	32	50	17	0	1.47
694014--694058	6	7.5	6	100	0	90	0	15	51	33	1.44
694154--694459	40	7.6	40	83	6	345	16	19	22	41	1.90
694154--694461	20	15.2	20	76	11	236	16	19	22	41	1.90
697661--697718	17	3.4	17	92	0	98	34	17	25	22	1.96
699383--699443	23	2.6	23	84	2	68	22	19	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708544--708585	21	2.0	21	95	0	75	30	14	7	47	1.71
708619--708647	14	2.1	14	100	0	58	24	6	20	48	1.74
708587--708680	47	2.0	46	93	2	161	30	6	17	45	1.73
708747--708782	15	2.4	15	95	0	63	16	8	13	61	1.56
712848--712901	24	2.2	24	83	0	63	20	12	18	48	1.81
720184--720247	20	3.2	20	74	10	69	46	18	0	34	1.49
721144--721280	32	4.3	32	76	9	113	31	18	14	35	1.92
721144--721298	32	4.9	31	75	12	111	32	18	15	33	1.92
721804--721851	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
723864--723928	23	2.8	23	78	0	85	29	23	26	21	1.99
724668--724704	2	18.5	2	94	0	65	51	0	0	48	1.00
726073--726146	22	3.5	22	92	7	120	27	32	27	13	1.94
730420--730448	14	2.1	14	100	0	58	37	20	6	34	1.80
735785--735827	21	2.0	21	86	0	59	30	30	23	16	1.96
735855--735891	19	1.9	19	88	0	56	24	35	29	10	1.89
736760--736940	4	45.2	4	97	0	344	26	0	23	49	1.50
737115--737210	31	3.1	30	74	12	88	27	17	20	34	1.95
737193--737535	30	11.4	30	98	0	650	23	19	23	32	1.97
740938--740974	19	1.9	19	88	0	56	24	35	29	10	1.89
741832--744295	4	617.0	4	99	0	4891	49	25	0	24	1.50
744294--744363	4	17.5	4	100	0	140	25	0	24	50	1.50
744541--744636	31	3.1	30	74	12	88	27	17	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744619--744960	30	11.4	30	97	0	641	23	19	22	33	1.97
748800--748830	12	2.6	12	94	0	53	54	25	19	0	1.44
751565--751625	29	2.1	29	81	6	70	40	3	3	52	1.34
751637--751802	64	2.6	64	88	5	264	42	7	1	48	1.40
751627--751806	29	5.8	29	68	17	112	41	7	1	49	1.39
751792--752017	29	7.5	29	64	26	89	55	1	5	38	1.31
751794--751848	26	2.1	27	89	3	85	54	0	9	36	1.32
751872--751922	23	2.1	23	82	13	59	58	0	5	35	1.22
751882--752017	29	4.7	29	74	18	124	57	1	4	36	1.28
751876--751998	58	2.1	57	82	11	153	58	1	4	35	1.27
752054--752082	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
754835--754892	28	2.0	29	96	3	109	44	5	10	39	1.61
759854--760036	91	2.0	91	96	0	339	29	16	15	38	1.89
764248--764315	34	2.0	34	97	0	127	48	5	13	32	1.66
767160--767263	7	14.9	7	69	11	52	23	0	31	45	1.53
767170--767267	21	4.7	21	79	10	94	24	0	29	45	1.53
767157--767249	42	2.2	42	86	0	123	25	0	30	44	1.55
768942--769027	26	3.3	26	91	4	138	0	19	26	53	1.45
769402--769442	17	2.4	17	87	0	55	24	14	26	34	1.94
769424--769496	11	6.5	11	78	6	65	32	21	20	24	1.97
769431--769497	23	2.9	23	93	0	107	34	23	17	23	1.96
784028--784067	15	2.7	15	84	7	55	60	2	0	37	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784113--784146	17	2.1	16	88	5	50	58	0	2	38	1.13
790842--790870	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
792132--792199	25	2.7	23	72	22	57	26	1	5	66	1.23
792184--792237	23	2.3	24	81	9	67	42	1	5	50	1.36
792453--792507	23	2.4	23	75	3	58	47	3	0	49	1.19
792960--793001	22	1.9	22	90	9	68	50	2	0	47	1.14
796333--796364	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
800141--800172	9	3.6	9	91	0	55	21	21	0	56	1.43
805284--805551	113	2.4	112	86	1	365	38	14	19	27	1.90
805623--805687	17	3.3	20	66	20	55	40	10	24	24	1.87
805624--806013	121	3.3	116	86	7	451	38	13	20	26	1.90
805855--805918	20	3.2	20	63	20	53	42	9	23	25	1.84
805723--806013	121	2.4	121	91	2	458	39	13	20	26	1.89
806379--806425	22	2.1	22	92	7	78	29	2	4	63	1.25
807684--807754	25	2.9	25	75	20	62	26	1	5	66	1.22
807748--807793	23	2.0	23	86	0	65	50	2	0	47	1.13
808007--808061	23	2.4	23	75	3	58	47	3	0	49	1.19
812821--812900	40	2.0	40	87	0	115	22	8	11	57	1.61
814127--814286	21	7.8	21	77	6	166	18	19	25	36	1.95
814128--814242	41	2.8	41	97	0	212	19	20	26	34	1.96
814128--814284	62	2.5	61	86	4	163	19	19	25	35	1.95
814169--814286	62	1.9	62	98	0	227	18	18	26	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814275--814327	22	2.4	22	100	0	106	16	18	28	35	1.93
814438--814462	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
817180--817206	6	4.5	6	100	0	54	33	29	18	18	1.95
823865--823950	12	7.5	12	67	27	53	50	19	3	26	1.64
823864--823966	34	3.0	34	97	0	197	51	17	4	26	1.65
828097--828166	15	4.7	15	74	0	68	30	8	21	40	1.83
828278--828347	24	3.0	24	77	4	72	27	12	20	40	1.88
830658--830775	58	2.1	58	91	1	193	16	8	21	53	1.69
835767--835807	20	2.0	20	95	0	73	17	12	41	29	1.85
840914--840942	13	2.1	14	93	6	51	6	13	3	75	1.13
849872--849921	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
853677--853730	29	1.9	27	85	7	72	46	1	1	50	1.23
854251--854282	17	1.9	17	93	6	57	71	6	0	21	1.07
856380--856427	20	2.3	21	79	13	55	54	4	0	41	1.20
857412--857510	21	4.8	20	75	6	81	37	23	18	21	1.94
857477--857766	20	14.5	20	82	5	284	37	25	17	20	1.94
857497--857766	60	4.5	60	87	3	321	36	25	17	20	1.94
858449--858495	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
860543--860585	7	6.4	7	89	10	72	23	30	30	16	1.96
860547--860585	13	3.0	13	100	0	78	23	30	30	15	1.95
860543--860585	20	2.2	20	91	8	70	23	30	30	16	1.96
860575--860632	17	3.4	17	97	0	107	17	24	41	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860626--860677	19	2.7	19	93	0	86	25	32	25	17	1.97
860626--860705	9	8.3	9	72	10	52	27	28	25	18	1.98
860633--860686	10	5.6	10	74	12	51	24	31	25	18	1.97
867881--867923	7	6.4	7	89	10	72	23	30	30	16	1.96
867885--867923	13	3.0	13	100	0	78	23	30	30	15	1.95
867881--867923	20	2.2	20	91	8	70	23	30	30	16	1.96
867913--867970	17	3.4	17	97	0	107	17	24	41	17	1.90
867964--868015	19	2.7	18	91	5	68	25	30	25	19	1.98
867972--868015	19	2.3	19	96	0	79	25	31	25	18	1.97
870705--870879	19	9.7	19	83	13	235	45	17	20	16	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14