genome.fa.s8003.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008003.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110462_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3297763

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  9  of  14  ( 1618 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1888681--1888721	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
1889232--1889319	2	44.0	2	100	0	176	50	0	0	50	1.00
1892662--1892758	2	50.5	2	72	15	80	49	1	1	48	1.14
1894163--1894201	3	13.0	3	84	10	53	61	0	0	38	0.96
1894349--1894629	124	2.3	120	86	6	365	23	18	17	40	1.90
1894549--1895224	113	6.0	113	83	5	841	29	17	14	38	1.89
1894549--1895224	229	3.0	227	89	3	983	29	17	14	38	1.89
1896010--1896314	94	3.3	94	96	0	549	34	20	14	29	1.93
1896278--1896343	29	2.3	29	100	0	132	34	25	12	27	1.91
1896184--1896425	123	2.0	121	89	4	371	33	21	16	28	1.95
1905111--1905142	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
1910725--1910761	3	12.3	3	88	0	56	62	0	0	37	0.96
1915354--1915396	22	2.0	22	95	0	77	18	9	27	44	1.80
1923278--1923343	23	2.9	23	81	0	87	30	22	27	19	1.98
1924763--1924806	20	2.1	21	87	4	63	15	25	27	31	1.96
1928377--1928445	23	3.0	23	84	0	102	30	27	26	15	1.96
1929864--1929907	20	2.1	21	87	4	63	15	25	27	31	1.96
1932807--1932901	31	3.1	31	84	3	129	24	18	21	35	1.95
1936963--1936990	9	3.1	9	100	0	56	57	0	0	42	0.99
1946464--1946797	170	2.0	170	94	2	591	43	10	13	32	1.79
1946938--1946962	8	3.1	8	100	0	50	36	0	24	40	1.55
1947310--1947350	21	2.0	21	90	4	66	21	4	0	73	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1947325--1947354	15	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
1951034--1951082	22	2.2	22	96	0	89	34	6	8	51	1.57
1955241--1955282	16	2.6	16	84	0	57	45	23	9	21	1.81
1969557--1969610	15	3.6	15	75	9	65	55	9	5	29	1.54
1969557--1969622	30	2.2	30	97	0	123	53	9	4	33	1.53
1969574--1969622	15	3.3	15	77	11	64	53	8	2	36	1.43
1988634--1988669	19	1.9	18	88	5	54	47	2	8	41	1.48
1988609--1989633	520	2.0	506	90	3	1586	31	11	15	41	1.82
1990093--1990142	19	2.7	18	90	6	73	42	24	18	16	1.89
1990217--1990367	20	7.4	20	80	7	151	36	16	25	21	1.94
1990196--1990369	83	2.1	83	86	2	242	36	17	25	21	1.94
1990237--1990359	63	2.0	63	91	0	201	36	16	26	21	1.94
1990093--1990369	20	13.6	20	72	10	123	38	19	22	19	1.93
1990457--1990506	6	8.5	6	97	2	93	32	52	16	0	1.44
1991077--1991268	20	9.3	20	84	6	215	21	23	16	37	1.93
1991057--1991268	63	3.5	63	84	7	267	21	23	16	39	1.92
1991075--1991372	20	14.6	20	77	7	161	19	22	18	39	1.92
1991322--1991372	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
1991984--1992824	280	3.0	280	99	0	1666	43	9	6	39	1.63
1992806--1993091	6	47.7	6	96	1	448	66	12	0	21	1.25
2001861--2001918	28	2.1	28	96	0	107	37	37	5	18	1.74
2011954--2011997	17	2.6	17	96	0	79	31	0	22	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2016776--2016839	23	2.8	23	79	9	85	31	26	23	18	1.98
2016859--2017072	103	2.1	103	93	1	367	37	24	12	26	1.90
2017507--2017634	64	2.0	67	87	7	192	27	19	20	32	1.97
2017519--2017679	64	2.5	62	82	8	171	27	21	18	32	1.96
2027419--2027505	29	3.0	29	96	0	156	22	31	18	27	1.97
2030728--2030752	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2032004--2032055	20	2.8	17	83	13	59	34	13	21	30	1.92
2032048--2032234	94	2.0	94	84	7	245	42	11	21	25	1.86
2032585--2032867	54	5.0	54	78	12	273	33	13	13	39	1.84
2032729--2032755	12	2.2	12	100	0	54	25	14	14	44	1.84
2032675--2032805	66	2.0	66	95	0	235	32	12	13	40	1.83
2036848--2036879	15	2.1	15	94	0	55	40	18	18	21	1.91
2039164--2039368	102	2.0	104	89	1	315	26	13	14	44	1.83
2041190--2041215	12	2.2	12	100	0	52	23	23	23	30	1.99
2049170--2049222	6	8.8	6	87	0	52	28	35	32	3	1.75
2052981--2053016	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
2056521--2056594	36	2.0	37	92	2	123	32	32	10	24	1.90
2063248--2063301	21	2.6	21	84	0	72	24	11	44	20	1.83
2063290--2063442	21	7.3	21	94	0	270	32	10	42	15	1.80
2076118--2076143	6	4.3	6	100	0	52	15	15	53	15	1.73
2080571--2080661	3	30.3	3	91	8	150	67	0	0	32	0.91
2083116--2083155	20	2.0	20	95	0	71	20	12	20	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083620--2083695	36	2.1	37	85	9	113	30	2	38	28	1.71
2083629--2083697	36	1.9	35	94	2	120	33	2	36	27	1.72
2085565--2085650	41	2.1	41	91	2	138	18	19	22	39	1.92
2085585--2085650	19	3.3	19	67	19	53	16	19	21	42	1.89
2085734--2085758	6	4.2	6	100	0	50	32	52	16	0	1.44
2086253--2086343	6	15.7	6	98	1	161	0	17	51	30	1.46
2086735--2086759	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2087042--2087084	10	3.9	11	76	11	52	58	16	25	0	1.38
2088706--2088744	15	2.5	15	87	8	51	51	2	0	46	1.14
2096487--2096544	25	2.2	27	76	14	68	58	1	6	32	1.35
2101732--2101782	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
2109168--2109279	42	2.7	41	77	14	106	29	18	25	26	1.98
2110647--2110843	41	4.8	41	69	12	127	32	18	17	30	1.94
2110659--2110884	124	1.8	123	80	4	276	32	19	17	30	1.95
2110659--2110910	124	2.0	123	79	3	265	32	17	17	32	1.94
2111169--2111330	81	2.0	81	86	0	225	13	35	22	29	1.92
2113981--2114014	17	2.0	17	88	0	50	61	2	0	35	1.11
2114171--2114303	34	4.1	30	69	12	77	36	5	9	48	1.59
2114166--2114670	198	2.6	195	87	3	708	37	5	10	45	1.63
2119210--2119341	66	2.0	66	95	0	237	28	18	9	43	1.81
2120066--2120181	43	2.7	43	84	0	133	37	24	12	25	1.91
2122222--2122250	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128829--2128917	29	3.1	29	95	0	151	25	44	19	10	1.81
2128957--2129021	32	2.0	32	100	0	130	12	30	29	27	1.93
2129451--2129512	28	2.1	30	94	5	110	30	0	12	56	1.37
2129806--2129850	21	2.2	21	84	4	56	35	0	8	55	1.31
2133013--2133348	49	6.4	49	90	5	388	41	0	12	45	1.45
2133012--2133465	60	8.1	59	72	19	359	40	0	12	45	1.45
2133009--2133149	21	7.0	21	63	19	68	40	0	14	45	1.45
2133073--2133889	207	3.8	207	85	9	1117	41	0	11	46	1.42
2133400--2133889	49	9.3	49	85	11	595	41	0	11	47	1.40
2133013--2133893	267	3.3	267	91	3	1333	41	0	12	46	1.42
2133547--2133666	60	2.0	60	96	0	222	40	0	12	46	1.42
2133636--2133716	28	3.1	28	63	23	77	40	0	11	48	1.39
2133705--2133731	10	2.7	10	100	0	54	40	0	18	40	1.51
2133547--2133893	168	2.1	168	95	1	624	41	0	11	46	1.40
2133812--2133908	14	6.7	14	72	19	65	38	0	12	49	1.41
2133547--2133893	119	3.1	108	81	12	396	41	0	11	46	1.40
2133778--2133889	48	2.3	49	95	3	199	41	0	9	48	1.36
2136417--2136457	22	1.9	21	85	5	55	53	19	0	26	1.45
2136915--2136996	29	2.8	29	88	0	119	14	21	40	23	1.90
2144935--2144970	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2147616--2147656	20	2.0	21	85	4	57	56	0	2	41	1.13
2160411--2160453	15	2.8	16	82	6	54	65	0	2	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161489--2161577	44	2.0	44	95	0	160	17	34	13	33	1.89
2179829--2180011	60	3.0	60	83	1	242	33	22	4	38	1.76
2192777--2193145	127	2.9	127	91	1	589	22	23	18	35	1.96
2193579--2193675	34	2.9	34	84	0	140	38	4	5	52	1.43
2194078--2194135	21	2.8	21	89	5	82	27	18	34	18	1.95
2195864--2195910	21	2.2	21	84	0	67	19	27	17	36	1.93
2196485--2196532	19	2.5	20	75	3	53	43	27	18	10	1.82
2196528--2196631	19	5.6	19	76	14	74	11	24	21	43	1.85
2196528--2196640	20	6.1	19	78	13	128	11	23	19	45	1.83
2196533--2196640	33	2.9	39	85	9	129	11	23	19	46	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14