genome.fa.s8003.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008003.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110462_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3297763

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2622056--2622094	19	2.1	19	100	0	78	23	30	5	41	1.76
2625605--2625629	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2626188--2626243	21	2.6	21	82	2	67	60	7	1	30	1.33
2655074--2655138	23	2.6	27	80	9	75	36	16	16	29	1.92
2655416--2655452	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2655592--2655667	36	2.1	37	90	2	118	47	1	1	50	1.18
2658697--2658745	21	2.4	20	86	3	62	48	6	2	42	1.39
2658636--2658737	32	3.2	31	81	9	118	51	6	2	38	1.44
2660203--2660376	90	1.9	90	81	4	208	38	19	14	27	1.91
2664669--2664785	3	35.3	3	79	17	99	59	0	40	0	0.97
2664669--2664783	7	16.7	7	84	4	146	59	0	40	0	0.98
2664936--2664989	20	2.7	19	75	10	63	35	22	14	27	1.93
2665164--2665212	20	2.5	20	93	0	89	26	16	26	30	1.97
2668030--2668084	23	2.4	23	87	0	74	52	9	1	36	1.44
2678995--2679033	20	2.0	20	85	5	53	43	0	0	56	0.99
2680694--2680731	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2681284--2681319	14	2.6	14	95	0	63	61	0	11	27	1.30
2681479--2681540	21	3.0	21	97	0	115	17	24	17	40	1.91
2681537--2681629	20	4.7	20	94	0	159	37	21	20	20	1.94
2681619--2681702	20	4.2	20	82	0	105	32	23	20	23	1.98
2682599--2682691	20	4.7	19	88	9	141	36	25	21	16	1.94
2682599--2682691	40	2.3	41	94	3	163	36	25	21	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2682697--2682753	19	2.9	19	94	2	96	12	21	17	49	1.79
2682715--2682783	33	2.1	34	83	2	86	14	20	20	44	1.86
2682748--2682787	20	2.0	20	95	0	71	15	20	22	42	1.88
2682889--2682925	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2684308--2684419	42	2.7	42	80	5	120	22	17	38	21	1.93
2684902--2685039	20	7.1	20	79	12	153	37	21	21	18	1.94
2686997--2687049	20	2.7	20	87	0	70	35	26	20	16	1.94
2687400--2687469	22	3.2	22	89	0	104	21	12	38	27	1.90
2687690--2687735	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
2691329--2691369	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
2691439--2691686	126	2.0	125	88	5	376	25	26	21	27	2.00
2709537--2709575	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2711917--2711997	42	1.9	42	92	0	135	18	28	20	32	1.97
2718414--2718446	11	3.0	11	100	0	66	45	0	18	36	1.49
2723408--2723440	16	2.1	16	88	5	50	36	6	12	45	1.66
2724655--2724680	4	6.5	4	100	0	52	23	0	26	50	1.50
2728109--2728160	22	2.2	24	86	6	72	32	19	17	30	1.95
2729583--2729624	21	2.0	21	95	0	75	30	14	7	47	1.71
2729619--2729717	33	3.0	32	91	4	153	32	7	14	46	1.71
2730824--2730862	15	2.6	15	87	0	60	28	12	12	46	1.79
2730952--2730983	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
2744686--2744767	39	2.1	39	77	4	94	36	14	3	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2745011--2745044	16	2.2	15	94	5	59	50	2	5	41	1.42
2745052--2745136	37	2.5	33	86	9	109	51	1	4	42	1.30
2747221--2747281	4	15.2	4	100	0	122	50	24	0	24	1.49
2748439--2748569	58	2.2	59	80	10	144	51	6	9	31	1.61
2748724--2748818	46	2.1	46	95	0	172	35	12	22	29	1.91
2752922--2752988	27	2.5	27	100	0	134	49	7	31	11	1.67
2753479--2753537	31	1.9	31	85	0	82	38	5	10	45	1.60
2753562--2753604	22	2.0	22	90	0	68	53	11	0	34	1.37
2753552--2753852	54	5.5	54	77	15	332	53	11	0	35	1.37
2753686--2753739	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
2753782--2753824	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2753784--2753832	22	2.2	22	85	3	62	57	14	0	28	1.38
2753826--2753879	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
2753868--2753912	22	2.0	22	100	0	90	48	13	0	37	1.42
2753836--2754209	54	6.9	54	80	12	455	52	11	0	35	1.39
2753866--2753964	22	5.1	20	72	23	79	51	11	0	37	1.38
2753866--2753918	22	2.4	22	90	6	81	52	11	0	35	1.37
2753924--2753972	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
2753567--2754283	220	3.3	218	89	6	980	52	11	0	35	1.39
2754024--2754214	32	6.7	32	72	23	167	51	10	0	36	1.41
2754046--2754099	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
2754088--2754132	22	2.0	22	100	0	90	48	13	0	37	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754086--2754178	22	4.9	20	72	27	71	50	10	1	37	1.44
2754086--2754138	22	2.4	22	90	6	81	52	11	0	35	1.37
2754263--2754380	15	7.5	15	82	13	148	52	2	0	44	1.14
2754265--2754402	45	3.3	43	77	11	146	50	3	0	45	1.19
2754262--2754424	82	2.0	81	84	9	217	49	3	0	46	1.19
2783224--2783279	25	2.3	26	85	14	77	53	1	5	39	1.34
2783506--2784428	474	1.9	471	91	2	1503	30	13	13	41	1.83
2795888--2795985	50	2.0	50	95	0	178	25	11	27	35	1.90
2798655--2798766	42	2.7	42	90	2	172	25	18	21	33	1.96
2798655--2798781	42	3.0	42	87	4	159	27	18	22	31	1.97
2801615--2801699	20	4.2	20	70	19	68	28	30	11	29	1.92
2801738--2801779	20	2.0	21	82	13	52	21	21	11	45	1.84
2801827--2801866	20	2.0	20	85	9	55	35	22	12	30	1.91
2801982--2802025	22	2.0	22	82	8	54	25	34	6	34	1.82
2802023--2802060	16	2.5	15	88	12	60	28	2	0	68	1.03
2802802--2802855	24	2.2	24	93	0	90	24	14	20	40	1.90
2806860--2806935	21	3.6	21	96	0	134	17	21	42	19	1.90
2806860--2806960	21	4.8	21	91	3	132	21	19	37	20	1.94
2807365--2807417	21	2.5	21	90	0	79	35	32	11	20	1.88
2807532--2807630	42	2.4	42	84	3	128	19	17	35	28	1.94
2809130--2809171	20	2.1	20	95	0	75	50	21	16	11	1.77
2809541--2809632	22	4.2	22	95	0	166	18	18	47	15	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2809783--2809831	20	2.5	20	93	0	80	20	12	22	44	1.84
2814337--2814372	19	1.9	18	88	5	54	13	22	5	58	1.56
2820261--2820285	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2823530--2823576	20	2.3	20	92	0	76	29	14	23	31	1.95
2823480--2823768	77	3.7	77	85	3	366	28	14	20	36	1.92
2823605--2823653	20	2.5	20	89	0	71	28	16	24	30	1.96
2823704--2823743	20	2.0	20	90	0	62	30	15	15	40	1.87
2824748--2824791	23	1.9	23	95	0	79	52	0	2	45	1.13
2832226--2832261	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2834760--2834793	17	2.0	17	88	0	50	35	2	2	58	1.28
2843067--2843144	40	2.0	40	84	5	104	37	8	17	35	1.82
2843209--2843275	10	6.9	10	76	8	59	50	1	31	16	1.54
2843210--2843276	29	2.3	29	92	0	107	50	1	32	14	1.52
2843210--2843275	19	3.4	20	76	14	59	51	1	31	15	1.52
2860807--2861002	106	1.8	106	85	0	275	48	13	10	27	1.74
2864850--2864879	10	3.1	10	95	4	53	10	26	10	53	1.66
2870900--2870949	24	2.1	24	88	7	75	58	14	0	28	1.37
2874675--2874706	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2878289--2878336	23	2.0	25	84	8	64	50	2	4	43	1.33
2882266--2882308	3	14.0	3	85	4	59	30	4	0	65	1.13
2896070--2896100	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
2898471--2898504	12	2.8	12	90	4	50	26	2	5	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2903056--2903101	18	2.6	17	80	10	56	58	2	6	32	1.36
2909508--2909918	210	1.9	212	98	0	790	30	17	22	29	1.97
2929024--2929051	11	2.5	11	100	0	56	75	7	0	17	1.03
2929017--2929059	18	2.4	18	88	0	59	74	4	0	20	1.00
2929519--2929548	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2930830--2930873	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2932038--2932067	5	5.8	5	92	7	51	16	3	0	80	0.85
2934690--2934740	22	2.3	22	89	0	75	35	29	13	21	1.92
2935143--2935178	18	2.0	18	88	0	54	16	11	33	38	1.84
2935431--2935468	20	1.9	20	94	0	67	21	44	21	13	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14