genome.fa.s8185.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008185.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110788_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3563405

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2087393--2087447	14	4.2	14	73	17	55	9	10	23	56	1.62
2087382--2087454	24	3.0	24	93	0	128	9	12	23	54	1.66
2087389--2087467	24	3.3	23	89	3	104	12	10	18	58	1.62
2088544--2088596	16	3.3	16	97	0	97	11	11	18	58	1.62
2092882--2092926	15	3.1	14	84	9	54	46	2	8	42	1.47
2092866--2092932	29	2.4	27	80	12	73	52	1	7	38	1.39
2093542--2093575	17	1.9	18	94	5	61	35	11	11	41	1.78
2093763--2093803	21	2.0	21	100	0	82	31	24	24	19	1.98
2094011--2094065	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
2096363--2096401	12	2.9	13	82	17	53	20	17	15	46	1.84
2096363--2096401	15	2.9	14	85	14	55	20	17	15	46	1.84
2104989--2105051	23	2.7	23	80	7	74	23	38	23	14	1.92
2106247--2106286	18	2.2	18	90	0	62	42	27	27	2	1.68
2111642--2111667	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2112023--2112056	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2112134--2112186	21	2.7	20	83	11	65	35	0	3	60	1.15
2116429--2116454	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2120188--2120291	52	2.0	52	100	0	208	21	17	13	48	1.81
2120981--2121005	13	1.9	13	100	0	50	56	8	28	8	1.57
2121099--2121129	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2127837--2127983	79	1.9	79	91	0	240	27	17	14	40	1.89
2129180--2129212	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129520--2129592	30	2.4	30	93	0	128	31	24	17	26	1.97
2129578--2129670	31	3.0	31	77	3	89	35	20	17	26	1.94
2130600--2130756	64	2.5	64	77	10	160	26	20	21	32	1.97
2133504--2133538	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2133537--2133577	17	2.4	18	80	12	50	63	0	19	17	1.31
2135668--2135726	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
2140353--2140411	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
2140793--2140938	68	2.1	68	86	10	195	31	15	14	39	1.87
2156719--2156819	52	1.9	53	91	2	168	41	13	8	35	1.76
2157334--2157380	11	4.5	11	73	10	53	55	2	2	40	1.24
2162943--2162974	15	2.1	16	94	5	57	37	3	0	59	1.13
2163255--2163308	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2170019--2170203	31	6.0	31	96	1	327	20	19	22	37	1.94
2174209--2174393	31	6.0	31	96	1	327	20	19	22	37	1.94
2194017--2194096	31	2.6	31	89	0	115	47	13	20	18	1.82
2194045--2194144	31	3.2	32	88	5	141	43	13	21	23	1.87
2196749--2197196	231	1.9	231	79	7	498	36	15	27	20	1.92
2200765--2200939	29	6.0	29	76	8	133	37	4	16	42	1.68
2200781--2200832	17	3.4	17	67	25	51	36	3	19	40	1.70
2200764--2200932	58	2.9	58	77	11	177	37	4	15	42	1.68
2208300--2208350	17	2.9	18	82	5	68	19	47	19	13	1.83
2208357--2208493	58	2.3	58	85	3	177	36	3	15	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208357--2208515	29	5.4	29	77	5	124	35	3	16	44	1.63
2208357--2208508	59	2.6	59	80	2	171	36	3	16	44	1.64
2214062--2214102	19	2.2	19	100	0	82	26	21	4	46	1.72
2218267--2218312	20	2.3	19	78	10	56	52	8	17	21	1.71
2219987--2220037	24	2.2	23	86	6	68	49	0	3	47	1.20
2220424--2220467	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
2220500--2220565	33	2.0	33	90	0	105	31	0	45	22	1.53
2222603--2223029	201	2.1	201	92	0	712	36	13	18	31	1.89
2224437--2224546	51	2.1	53	80	12	131	37	19	20	23	1.94
2224254--2224737	250	1.9	250	85	2	659	38	14	15	31	1.87
2227324--2228025	200	3.5	197	82	6	745	40	14	15	30	1.87
2228124--2228175	23	2.3	23	86	0	77	30	21	9	38	1.85
2228050--2228211	87	1.9	87	93	0	279	33	14	10	40	1.81
2228714--2228780	35	1.9	35	90	6	109	20	17	5	55	1.63
2230235--2231069	144	5.8	144	83	3	945	40	20	24	15	1.90
2231994--2232074	30	2.7	30	84	7	110	34	20	16	28	1.94
2233928--2234212	142	2.0	142	98	0	552	54	10	19	15	1.69
2239077--2239126	25	2.0	25	88	11	77	36	4	2	58	1.29
2240327--2240428	35	2.8	36	91	5	161	31	6	18	43	1.76
2240333--2240445	35	3.2	36	87	5	122	33	6	18	41	1.75
2244929--2245047	35	3.3	36	87	5	170	31	5	19	44	1.72
2247808--2247859	6	8.8	6	89	4	79	1	15	51	30	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247940--2247991	20	2.6	20	96	0	95	40	25	25	9	1.85
2247980--2248033	21	2.6	21	90	0	90	31	27	14	25	1.95
2249040--2249071	12	2.7	12	100	0	64	0	0	43	56	0.99
2249071--2249140	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
2251288--2251613	30	10.8	30	74	11	256	37	7	1	53	1.39
2251489--2251543	25	2.2	26	83	3	67	38	7	1	52	1.40
2251320--2251635	149	2.1	148	81	10	353	37	7	1	53	1.39
2256535--2256572	13	3.0	13	80	7	51	23	0	2	73	0.95
2258693--2258729	16	2.4	16	90	4	58	16	13	5	64	1.45
2262346--2262398	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
2263062--2263200	30	5.0	29	73	15	123	50	15	6	28	1.68
2263132--2263176	21	2.1	22	91	4	74	62	13	6	17	1.52
2270089--2270113	6	4.2	6	100	0	50	48	16	20	16	1.82
2270306--2270454	29	5.1	29	84	2	183	47	14	5	32	1.67
2270306--2270454	57	2.6	58	83	5	185	47	14	5	32	1.67
2277028--2277059	16	2.0	16	93	0	55	37	25	15	21	1.93
2277805--2277854	25	2.0	24	84	3	64	38	6	2	54	1.37
2279482--2279540	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
2284077--2284135	29	2.0	29	96	0	109	50	13	11	23	1.74
2285233--2285284	24	2.2	24	100	0	104	59	7	25	7	1.51
2285888--2286239	30	11.8	30	76	11	269	37	7	0	53	1.36
2286115--2286169	25	2.2	26	86	3	76	38	7	0	54	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2285888--2286258	119	3.2	114	75	11	313	38	7	0	53	1.36
2286105--2286282	93	1.9	92	80	6	207	42	5	0	52	1.25
2294312--2294348	2	18.5	2	94	0	65	54	0	0	45	1.00
2296533--2296864	73	4.6	73	93	1	544	40	12	14	32	1.84
2296550--2296812	37	7.2	37	65	8	144	38	13	15	32	1.86
2299859--2299928	7	10.7	7	80	11	69	1	12	0	85	0.66
2299854--2299928	20	3.9	19	79	6	80	4	13	0	82	0.80
2299878--2299926	1	49.0	1	83	0	62	0	8	0	91	0.41
2299859--2299925	6	11.5	6	84	10	70	1	11	0	86	0.64
2299863--2299926	33	1.9	33	87	0	92	1	10	0	87	0.61
2302441--2302474	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
2302949--2302995	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47
2306167--2306219	25	2.1	25	89	0	79	45	15	22	16	1.85
2306914--2306950	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2307268--2307294	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
2307341--2307376	14	2.6	14	91	8	56	61	5	11	22	1.50
2307374--2307435	25	2.5	26	84	5	83	64	3	8	24	1.36
2313820--2313862	22	2.0	22	95	0	77	39	11	4	44	1.62
2317237--2317283	20	2.3	20	88	0	76	21	6	27	44	1.76
2320993--2321144	29	5.1	31	70	12	77	38	6	0	54	1.31
2321001--2321052	25	2.0	26	88	3	79	38	5	0	55	1.24
2321056--2321144	29	3.2	29	76	10	78	39	6	1	52	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325164--2325221	28	2.2	28	82	11	70	32	3	0	63	1.11
2325224--2325267	19	2.2	20	84	4	54	50	4	2	43	1.35
2335205--2335481	145	1.9	145	98	0	536	37	11	16	33	1.86
2338051--2338112	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
2351691--2351720	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2352950--2352995	17	2.6	18	79	10	58	45	0	4	50	1.21
2352981--2353052	37	1.9	38	83	8	94	47	4	0	48	1.21
2371523--2371569	23	2.0	23	100	0	94	40	12	4	42	1.63
2379587--2379613	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2386832--2386871	20	2.0	20	85	4	55	27	10	5	57	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16