genome.fa.s8185.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008185.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110788_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3563405

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2626049--2626096	19	2.7	18	84	12	64	85	0	14	0	0.60
2627459--2627774	83	3.7	83	88	8	479	28	12	20	38	1.90
2627598--2627824	93	2.4	93	88	2	330	33	13	18	34	1.90
2628744--2629152	113	3.6	113	95	1	709	39	14	18	28	1.89
2629061--2629246	90	2.0	94	92	4	317	39	11	19	29	1.88
2628961--2629360	204	1.9	206	91	2	653	40	13	18	28	1.88
2629151--2629439	114	2.5	113	89	3	438	39	13	19	26	1.89
2629575--2629644	3	23.0	3	84	5	79	40	1	0	58	1.07
2629609--2629654	22	2.1	22	83	0	56	50	0	0	50	1.00
2630058--2630085	10	2.8	10	100	0	56	39	21	39	0	1.54
2630089--2630127	17	2.3	17	90	0	60	79	5	12	2	1.00
2630970--2631016	20	2.3	21	75	10	53	25	4	8	61	1.43
2631057--2631105	25	1.9	25	84	12	64	40	6	0	53	1.26
2634683--2634712	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
2647858--2648083	80	2.9	76	79	13	250	44	14	16	25	1.85
2649102--2649160	26	2.3	26	100	0	118	42	23	3	30	1.71
2650097--2650160	30	2.1	30	91	0	101	37	18	20	23	1.94
2661917--2661955	20	2.0	20	89	0	60	25	0	12	61	1.31
2662000--2662031	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2663510--2663552	15	2.6	18	78	21	65	13	6	39	39	1.72
2663518--2663552	15	2.3	15	100	0	70	14	5	40	40	1.69
2667849--2667873	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2679802--2679893	39	2.4	39	87	3	123	38	1	8	52	1.40
2679957--2680029	21	3.6	21	77	7	78	45	4	17	32	1.68
2692479--2692504	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2692856--2692884	15	1.9	15	100	0	58	34	0	20	44	1.52
2708505--2708644	69	2.0	69	100	0	280	25	14	21	39	1.91
2733051--2733197	77	1.9	77	90	0	231	55	9	4	30	1.53
2734860--2734905	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2741599--2741663	31	2.1	31	88	5	96	23	18	13	44	1.85
2741648--2741733	32	2.7	33	87	7	124	17	29	12	40	1.86
2743834--2743970	60	2.3	59	78	6	134	32	12	16	39	1.85
2744372--2744421	22	2.5	19	81	18	57	42	2	2	54	1.23
2744392--2744448	22	2.6	22	80	8	53	43	5	0	50	1.24
2750289--2750471	66	2.8	66	87	4	241	25	24	19	31	1.98
2751404--2751429	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2752688--2752845	84	1.9	84	90	0	253	17	24	22	36	1.95
2764242--2764325	41	2.0	41	100	0	168	25	9	21	44	1.82
2765774--2765807	17	2.0	17	100	0	68	23	23	5	47	1.73
2772851--2772986	60	2.3	60	93	0	227	31	8	11	47	1.71
2772828--2773085	60	4.3	58	81	8	213	28	12	12	46	1.78
2774344--2774471	53	2.4	53	100	0	256	47	10	7	35	1.64
2774515--2774547	16	2.1	16	88	11	50	66	3	6	24	1.28
2776110--2776412	160	1.9	161	89	2	475	32	12	17	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2777133--2777200	34	2.0	34	82	5	84	44	25	7	23	1.79
2789624--2789683	2	32.5	2	84	15	85	46	0	0	53	1.00
2793024--2793069	21	2.2	21	84	0	56	43	4	2	50	1.34
2794294--2794384	24	3.8	24	86	5	130	40	18	16	24	1.90
2795486--2795521	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
2796833--2796864	15	2.1	15	100	0	64	25	28	31	15	1.96
2796859--2796904	18	2.6	18	96	0	83	10	21	50	17	1.77
2796838--2796882	13	3.3	13	87	6	54	20	24	40	15	1.91
2799014--2799104	24	3.8	24	89	5	139	40	19	16	23	1.91
2799026--2799121	48	2.0	48	84	8	124	42	19	15	21	1.88
2800213--2800248	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
2801561--2801593	8	4.2	8	96	3	59	24	27	33	15	1.95
2801566--2801629	13	4.3	13	76	23	56	17	23	42	17	1.89
2801588--2801633	18	2.6	18	92	0	74	10	21	47	19	1.80
2809596--2809678	31	2.6	31	80	1	94	49	6	2	42	1.40
2809797--2809868	31	2.4	28	84	9	90	44	5	6	43	1.54
2816206--2816297	31	3.0	31	95	0	157	21	26	16	35	1.94
2818242--2818300	30	2.0	30	89	0	91	37	16	22	23	1.94
2821216--2821259	22	2.1	21	83	8	54	45	0	0	54	0.99
2832589--2832627	18	2.1	19	85	4	53	38	7	0	53	1.30
2833269--2833314	20	2.3	20	85	7	58	39	21	26	13	1.90
2833894--2834098	64	3.2	64	83	4	236	26	17	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2834042--2834143	45	2.3	45	100	0	204	28	12	20	38	1.89
2836418--2836815	218	1.8	215	86	4	568	25	24	22	27	2.00
2837899--2838012	36	3.3	36	66	18	107	25	16	33	24	1.96
2838072--2838165	30	3.1	28	78	14	91	31	21	20	26	1.98
2837901--2838108	66	3.2	66	95	0	371	27	17	30	25	1.97
2838132--2838248	54	2.2	54	85	3	155	23	22	28	25	1.99
2838087--2838228	30	4.9	30	71	12	109	27	19	24	28	1.99
2839339--2839497	54	2.9	54	88	0	210	27	21	23	28	1.99
2854805--2855147	143	2.4	145	90	4	543	31	5	7	55	1.53
2856237--2856268	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2861556--2861621	27	2.4	27	92	0	105	48	10	3	37	1.53
2866488--2866542	25	2.2	24	90	6	83	47	1	0	50	1.11
2866484--2866542	26	2.4	25	88	8	86	45	1	0	52	1.10
2867019--2867070	22	2.5	20	75	22	54	36	23	7	32	1.83
2866998--2867078	20	4.0	20	72	13	67	35	24	9	29	1.88
2867019--2867109	20	4.5	21	75	8	82	34	19	10	35	1.87
2870542--2870580	20	2.0	20	100	0	78	30	17	25	25	1.97
2870545--2870590	20	2.3	20	84	0	56	39	19	23	17	1.92
2870591--2870636	20	2.3	20	80	0	65	23	19	21	34	1.96
2870730--2870878	64	2.3	64	91	0	235	51	18	1	28	1.54
2872183--2872321	21	6.6	21	78	3	127	24	18	35	21	1.96
2874646--2874695	24	2.1	24	100	0	100	76	4	0	20	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2874764--2874821	22	2.6	22	86	0	80	20	17	41	20	1.90
2874988--2875097	20	5.5	20	94	0	157	21	17	22	38	1.93
2874988--2875114	40	3.2	40	84	2	112	22	16	24	36	1.94
2874988--2875137	60	2.5	60	77	4	142	22	16	25	36	1.94
2880557--2880622	23	2.9	23	81	0	87	22	12	15	50	1.77
2881400--2881429	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
2881461--2881503	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
2881487--2881589	32	3.5	31	73	25	116	37	0	9	52	1.35
2881415--2881978	54	10.2	54	80	13	453	35	0	11	52	1.38
2881515--2881557	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
2881616--2881927	32	10.7	32	78	19	369	34	0	11	53	1.38
2881653--2881745	22	3.8	22	74	24	87	36	0	10	52	1.36
2881734--2881787	14	3.6	14	72	18	54	37	0	5	57	1.22
2881789--2881831	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2881725--2882010	118	2.5	115	94	4	486	33	0	12	54	1.38
2881537--2882042	86	6.0	86	83	9	509	34	0	12	53	1.38
2881617--2882042	54	7.6	55	75	15	408	34	0	11	53	1.37
2882057--2882115	31	1.9	31	89	0	91	45	8	5	40	1.56
2884585--2884615	4	7.8	4	100	0	62	0	0	22	77	0.77
2899194--2899222	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2899976--2900026	23	2.2	23	89	6	77	58	7	17	15	1.60
2900392--2900483	20	4.7	19	72	7	76	40	26	7	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2900437--2900494	20	2.9	20	84	5	73	46	20	3	29	1.67
2902781--2902862	29	2.8	29	100	0	164	42	28	10	18	1.84
2902870--2902965	20	5.0	19	88	8	101	19	20	42	16	1.89
2902862--2902905	7	6.4	7	80	15	56	22	27	36	13	1.92
2902897--2902925	12	2.3	13	94	5	51	13	24	44	17	1.85
2902883--2902953	18	3.9	17	89	9	88	16	21	45	16	1.86
2902968--2903019	9	5.3	10	84	11	72	36	30	19	13	1.90
2910143--2910224	29	2.8	29	100	0	164	42	28	10	18	1.84
2910232--2910327	20	5.0	19	88	8	101	19	20	42	16	1.89
2910224--2910267	7	6.4	7	80	15	56	22	27	36	13	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16