genome.fa.s8185.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008185.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110788_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3563405

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2387748--2387803	19	3.0	19	81	5	69	30	0	1	67	1.01
2388887--2388948	32	1.9	32	87	6	90	19	8	0	72	1.09
2389079--2389107	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
2389148--2389173	12	2.2	12	100	0	52	30	15	46	7	1.74
2391979--2392051	7	10.4	7	75	11	69	83	5	10	0	0.80
2391999--2392033	8	4.4	8	85	0	52	85	8	5	0	0.73
2391978--2392047	36	2.0	36	94	2	124	82	7	10	0	0.83
2392674--2392717	22	2.0	22	86	8	63	43	20	11	25	1.85
2394204--2394279	32	2.4	32	95	0	134	26	32	23	17	1.96
2394374--2394523	43	3.4	43	73	15	155	35	25	18	20	1.95
2394419--2394559	45	3.2	45	70	15	139	34	26	17	21	1.95
2394376--2394559	88	2.1	88	94	0	323	35	26	17	20	1.95
2394464--2395116	106	6.2	106	90	1	969	33	24	18	23	1.96
2394294--2395116	318	2.7	312	87	5	1134	33	25	18	22	1.96
2396489--2396519	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2396528--2396586	11	5.1	11	74	21	50	20	3	0	76	0.93
2396531--2396586	16	3.6	16	71	9	53	19	3	0	76	0.93
2396531--2396597	31	2.1	32	86	8	93	19	7	0	73	1.07
2396728--2396762	6	5.7	6	96	3	61	31	0	0	68	0.90
2398100--2398305	104	2.0	103	96	0	376	44	6	4	44	1.50
2406041--2406087	24	1.9	25	83	12	62	44	10	14	29	1.79
2410102--2410163	24	2.6	24	84	0	79	56	17	14	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410122--2410151	14	2.1	14	93	0	51	56	23	13	6	1.60
2411828--2411885	29	2.0	29	83	10	73	41	12	12	34	1.79
2422227--2422470	80	3.0	80	100	0	488	22	18	25	34	1.96
2423670--2423774	30	3.5	29	78	7	86	28	23	24	22	1.99
2432610--2432734	31	4.0	31	91	2	198	36	21	20	21	1.95
2433599--2433643	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2436063--2436107	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2439174--2439240	22	3.0	22	91	2	98	28	26	25	19	1.99
2440935--2440979	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2448664--2448709	24	1.9	24	86	0	65	28	32	30	8	1.87
2448669--2448859	30	6.4	30	93	0	292	27	30	30	10	1.91
2448669--2448922	60	4.3	60	82	10	292	27	30	30	11	1.92
2448667--2448919	90	2.9	87	84	6	316	27	30	30	11	1.92
2448769--2448845	15	5.1	15	66	12	59	27	29	31	11	1.92
2448674--2448919	30	8.4	29	86	10	210	27	30	30	12	1.93
2448822--2448960	24	5.7	24	66	20	72	29	29	28	12	1.94
2452076--2452114	20	2.0	20	84	0	51	33	2	0	64	1.08
2455187--2455228	17	2.4	18	88	7	61	33	0	2	64	1.07
2455192--2455406	64	3.5	64	89	8	322	43	0	1	54	1.11
2455371--2455440	21	3.2	22	71	16	56	41	1	1	55	1.17
2455401--2455462	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
2455924--2455983	31	1.9	31	96	0	111	43	8	6	41	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456839--2456866	14	2.0	14	100	0	56	64	14	14	7	1.48
2457888--2457959	20	3.7	18	71	12	63	54	1	4	40	1.28
2458406--2458614	75	2.8	76	86	4	271	24	32	23	20	1.98
2464407--2464491	23	3.7	23	78	12	111	20	38	24	16	1.92
2464397--2464493	46	2.1	46	98	0	185	18	43	22	15	1.88
2464428--2464514	23	3.9	22	73	11	77	21	41	24	12	1.88
2464397--2464515	46	2.6	46	89	4	152	20	42	22	15	1.89
2466110--2466157	17	2.9	17	80	17	57	14	0	27	58	1.37
2466743--2466951	75	2.8	76	86	4	271	24	32	23	20	1.98
2468508--2468558	25	2.1	24	82	17	61	50	11	0	37	1.39
2475462--2475509	20	2.5	20	89	3	71	47	2	0	50	1.12
2478938--2478973	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
2490836--2490935	36	2.8	36	92	0	155	34	14	18	34	1.90
2493564--2493593	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2501124--2501176	22	2.5	20	75	19	54	58	1	1	37	1.20
2501773--2501835	31	2.0	31	100	0	126	19	34	15	30	1.93
2506468--2506733	106	2.5	106	91	1	426	33	25	17	22	1.96
2506652--2506796	63	2.3	63	100	0	290	35	25	15	23	1.95
2506546--2506902	169	2.1	169	94	2	628	33	25	17	23	1.96
2506715--2507336	106	5.9	106	94	0	1039	33	25	18	23	1.97
2507540--2507799	84	3.1	81	76	7	238	28	26	21	23	1.99
2512901--2512970	21	3.3	21	88	7	106	18	32	27	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2513493--2513589	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
2513491--2513596	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
2513977--2514833	126	6.8	126	98	0	1651	31	19	26	22	1.97
2514901--2514941	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
2517934--2517971	13	3.0	13	88	3	60	44	0	0	55	0.99
2518996--2519056	24	2.5	24	86	0	86	13	9	22	54	1.68
2520567--2520641	10	7.7	10	68	21	52	10	10	20	58	1.60
2520573--2520637	16	4.1	16	87	0	103	9	10	21	58	1.59
2520707--2520737	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
2521611--2521677	31	2.2	31	83	5	82	47	1	2	47	1.26
2522443--2522603	60	2.7	58	79	6	153	33	18	5	42	1.73
2551331--2551365	15	2.2	17	90	10	56	0	14	11	74	1.08
2551348--2551398	21	2.4	21	75	12	59	1	19	9	68	1.27
2551853--2551923	3	23.7	3	94	0	124	63	1	1	33	1.12
2552240--2552789	113	4.9	113	94	2	923	30	20	12	37	1.89
2553528--2553860	83	4.0	84	93	2	582	36	21	14	27	1.92
2553529--2553863	167	2.0	166	95	1	600	36	22	14	27	1.92
2553526--2553864	84	4.1	84	94	2	603	36	22	13	26	1.92
2554974--2555046	10	7.1	10	81	17	62	4	13	0	82	0.81
2554991--2555051	1	61.0	1	73	0	50	4	8	0	86	0.69
2554976--2555050	27	2.9	26	79	14	93	4	12	0	84	0.76
2554974--2555052	11	7.5	11	78	17	62	3	13	0	82	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2567032--2567066	17	2.1	17	100	0	70	11	57	31	0	1.34
2567307--2567375	16	3.7	18	75	24	63	1	17	10	71	1.21
2567830--2567905	3	25.7	3	94	2	136	64	0	1	34	1.02
2576351--2576380	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
2577273--2577638	165	2.2	164	90	0	552	33	16	19	30	1.94
2577488--2577586	41	2.4	42	73	10	96	37	17	17	28	1.92
2579180--2579279	40	2.4	41	81	6	114	27	21	17	35	1.95
2579013--2579292	42	6.8	42	70	10	148	30	21	17	30	1.96
2581608--2581637	15	2.0	15	100	0	60	40	6	6	46	1.56
2583132--2583171	15	2.7	15	100	0	80	32	27	12	27	1.93
2583266--2583363	21	4.7	21	78	7	83	39	20	38	1	1.59
2583684--2583767	43	1.9	43	87	2	123	32	22	16	28	1.96
2583769--2583932	43	3.8	43	84	1	195	31	25	20	23	1.98
2583957--2583998	15	3.1	14	83	16	54	7	11	28	52	1.64
2587806--2587894	2	44.5	2	100	0	178	49	0	0	50	1.00
2588011--2588050	2	20.0	2	94	0	71	47	2	0	50	1.14
2589930--2589966	14	2.4	16	86	13	51	29	2	2	64	1.21
2593711--2593739	15	1.9	15	100	0	58	51	20	6	20	1.70
2601130--2601241	57	2.0	57	96	0	206	35	14	19	30	1.91
2601749--2601821	18	3.9	18	71	13	58	21	19	31	27	1.97
2603319--2603410	41	2.2	41	84	1	121	31	26	16	26	1.96
2607703--2607798	41	2.3	41	87	7	149	37	18	18	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2610375--2610413	20	2.0	20	100	0	78	41	0	0	58	0.98
2610381--2610427	20	2.3	20	85	7	60	38	0	4	57	1.18
2613154--2613221	3	22.0	3	86	3	82	39	1	0	58	1.07
2613188--2613236	20	2.5	20	79	0	53	51	0	0	48	1.00
2613650--2613688	18	2.2	18	90	0	60	79	5	12	2	1.00
2614531--2614577	20	2.3	21	75	10	53	25	4	8	61	1.43
2614618--2614671	24	2.2	24	83	12	65	42	3	0	53	1.18
2618673--2618704	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2622285--2622318	17	2.0	17	100	0	68	23	17	23	35	1.95
2626044--2626096	25	2.1	26	89	6	83	83	0	16	0	0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16