genome.fa.s8185.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008185.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110788_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3563405

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806730--806816	20	4.3	20	83	0	120	16	13	26	43	1.85
806730--806880	40	3.8	40	76	10	121	21	12	25	40	1.88
813028--813053	11	2.4	11	100	0	52	11	65	7	15	1.46
819840--819924	5	15.8	5	77	13	80	8	22	50	18	1.73
819834--819925	22	4.2	22	97	0	175	10	22	47	18	1.79
819845--819919	17	4.9	16	73	18	70	9	22	49	18	1.76
819841--819902	27	2.3	26	86	10	81	8	22	50	19	1.74
819921--820038	9	12.3	9	80	10	110	28	27	27	16	1.97
819927--820039	19	5.8	19	85	7	122	29	27	26	16	1.97
819946--820038	29	3.2	28	80	10	89	30	26	26	16	1.96
819927--820039	48	2.3	49	90	4	176	29	27	26	16	1.97
827204--827288	5	15.8	5	79	13	89	7	22	51	18	1.70
827203--827288	17	5.3	15	75	15	64	6	23	51	18	1.70
827197--827289	22	4.2	22	100	0	186	9	22	49	18	1.76
827287--827384	19	5.1	19	80	13	101	28	27	26	17	1.98
827285--827383	9	10.3	9	80	10	90	28	27	28	16	1.97
827286--827383	29	3.4	28	85	5	124	28	27	27	16	1.97
837015--837061	20	2.3	20	100	0	94	34	27	19	19	1.96
837055--837183	20	6.3	20	77	11	111	40	22	13	23	1.90
837035--837140	40	2.7	41	86	5	139	39	24	16	19	1.91
837129--837221	21	4.6	21	74	10	86	36	20	11	31	1.89
837379--837417	16	2.5	15	84	8	51	28	5	0	66	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838012--838045	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
838170--838221	24	2.2	23	83	6	68	21	19	15	44	1.87
839805--839866	30	2.1	30	90	6	99	40	3	24	32	1.71
839809--839873	30	2.2	30	86	5	87	41	4	23	30	1.74
840084--840146	23	2.7	23	87	0	90	19	26	26	26	1.99
844925--845007	30	2.7	30	83	7	96	42	3	21	32	1.70
845217--845285	23	3.0	23	93	0	111	21	23	26	28	1.99
848017--848090	20	3.7	20	92	0	121	20	17	20	41	1.90
848017--848106	20	4.5	20	88	0	108	21	16	21	41	1.91
848015--848112	40	2.5	40	82	0	133	22	17	20	39	1.92
848130--848177	20	2.4	20	92	0	78	20	18	20	39	1.92
848231--848406	66	2.6	65	86	8	239	52	16	2	28	1.58
849742--849860	21	5.7	21	76	10	100	25	20	33	21	1.97
849742--849863	42	2.9	41	84	7	147	25	20	33	20	1.97
850142--850196	21	2.6	21	85	0	74	30	27	20	21	1.98
850273--850322	21	2.4	21	89	0	82	34	32	16	18	1.92
852006--852059	20	2.7	19	83	8	72	46	22	16	14	1.84
852398--852469	22	3.3	22	94	1	119	19	8	45	26	1.78
852643--852839	60	3.3	59	80	11	222	19	16	24	39	1.92
852629--852794	20	8.3	20	81	11	180	18	16	24	39	1.91
852788--852834	20	2.3	20	92	0	76	21	17	25	36	1.94
867808--867894	3	29.0	3	100	0	174	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868953--869004	23	2.2	25	82	6	63	46	3	1	48	1.31
872029--872140	59	1.9	60	85	3	156	40	15	13	31	1.85
884483--884508	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
886651--886899	130	1.9	130	100	0	498	32	14	21	31	1.94
889618--889671	27	2.0	27	100	0	108	51	7	22	18	1.70
891197--891321	33	3.8	33	94	0	205	11	20	51	16	1.75
897404--897503	29	3.3	29	72	13	78	46	4	16	34	1.65
911582--911609	14	2.0	14	100	0	56	21	28	7	42	1.79
911601--911685	20	4.2	21	75	17	74	40	21	16	22	1.91
912170--912214	20	2.2	20	84	0	63	15	15	22	46	1.83
913883--913932	21	2.4	21	82	0	64	18	12	32	38	1.87
914340--914437	42	2.3	43	76	11	103	24	33	18	23	1.97
914340--914438	21	4.7	21	71	9	76	24	33	19	23	1.97
915863--915898	14	2.6	14	90	0	54	30	2	16	50	1.60
915813--915965	80	2.0	74	83	7	189	32	1	16	50	1.53
916171--916201	15	2.1	15	93	0	53	25	19	38	16	1.92
917579--917665	39	2.2	39	97	0	165	17	14	20	47	1.83
918399--918449	20	2.5	20	78	12	59	50	19	13	15	1.77
918798--918833	18	2.0	18	100	0	72	16	5	22	55	1.62
921099--921152	24	2.2	24	90	0	81	42	20	16	20	1.89
921278--921311	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
922057--922132	21	3.6	21	100	0	152	23	17	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922056--922181	42	3.1	41	85	6	168	20	15	24	39	1.91
922183--922245	20	3.2	20	93	0	99	23	17	20	38	1.93
922240--922292	20	2.7	20	93	0	88	33	9	30	26	1.88
928643--928747	42	2.5	42	88	0	138	19	15	15	50	1.78
928948--929113	29	6.0	28	67	19	98	45	1	1	51	1.19
929256--929293	18	2.0	20	85	10	53	60	0	0	39	0.97
929450--929488	20	2.0	20	94	0	69	41	15	2	41	1.61
929475--929555	30	2.7	30	86	5	112	35	16	7	40	1.76
929475--929559	45	1.9	44	92	2	143	34	15	7	43	1.74
929490--929555	15	4.4	15	84	7	98	37	15	7	39	1.75
937814--937947	58	2.3	61	80	12	154	30	23	6	38	1.81
937988--938054	29	2.3	29	94	0	116	44	11	8	34	1.73
938023--938192	60	2.8	59	75	11	159	42	5	17	34	1.72
938069--938162	29	3.2	29	70	16	84	43	3	18	35	1.66
941013--941085	36	2.0	36	84	7	94	49	1	4	45	1.29
941906--941996	38	2.4	38	80	5	96	38	36	9	15	1.81
942162--942243	38	2.2	37	86	4	119	36	36	10	15	1.83
941851--942412	249	2.2	258	86	7	763	36	27	11	25	1.89
952967--953008	19	2.2	19	86	0	57	23	11	40	23	1.88
953650--953725	36	2.1	36	83	11	93	48	1	3	46	1.29
963051--963093	22	2.0	23	86	9	63	23	0	16	60	1.35
973534--973568	15	2.3	15	95	0	61	17	20	34	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
983648--983682	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
984343--984372	14	2.1	14	100	0	60	40	0	0	60	0.97
985918--985981	28	2.2	29	83	2	85	48	0	1	50	1.10
988986--989062	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
988939--989062	63	2.0	63	82	6	153	25	29	28	16	1.97
989931--989973	7	6.4	7	89	10	72	23	30	30	16	1.96
989935--989973	13	3.0	13	100	0	78	23	30	30	15	1.95
989931--989973	20	2.2	20	91	8	70	23	30	30	16	1.96
989963--990003	17	2.4	17	95	0	73	17	24	41	17	1.89
989997--990068	19	3.8	19	85	5	101	27	30	25	16	1.97
989997--990085	9	9.3	9	71	11	61	29	28	24	17	1.98
990020--990086	29	2.3	30	77	12	77	32	25	22	19	1.97
992708--992767	23	2.7	22	82	7	68	18	25	33	23	1.97
992729--992789	20	2.9	20	85	7	68	18	26	31	24	1.97
997269--997307	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
997255--997415	65	2.5	65	86	3	218	30	26	16	27	1.96
997255--997435	64	2.8	64	83	2	220	29	26	17	27	1.97
1003213--1003268	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97
1004810--1004853	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
1005894--1005932	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
1005831--1006039	65	3.2	63	82	8	208	30	25	16	27	1.97
1005880--1006040	65	2.5	65	85	3	209	31	26	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1005831--1006060	64	3.6	64	80	6	216	29	26	17	26	1.97
1009891--1009934	21	2.0	22	95	4	81	50	36	2	11	1.51
1011248--1011300	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
1011290--1011415	20	6.6	20	77	14	122	38	19	22	19	1.93
1011317--1011342	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
1011333--1011420	21	4.2	21	85	2	124	39	17	20	22	1.92
1011330--1011415	41	2.1	41	97	0	163	39	17	23	19	1.92
1012022--1012115	33	2.8	33	90	1	143	12	22	21	43	1.86
1012016--1012143	20	7.2	19	71	19	87	14	23	17	45	1.84
1013831--1014300	94	5.1	93	95	1	777	21	12	18	47	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16