genome.fa.s8194.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008194.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110813_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2426039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2116472--2116528	29	2.0	29	96	0	105	19	33	33	14	1.91
2120972--2121785	210	3.8	211	89	4	1141	49	7	12	29	1.68
2121803--2121859	2	28.0	2	79	10	62	49	1	3	45	1.29
2121803--2121901	20	5.2	19	72	13	69	48	5	5	41	1.47
2121851--2121907	27	2.1	28	86	3	80	47	8	5	38	1.57
2121953--2122071	11	10.6	11	66	16	66	47	1	3	47	1.28
2121929--2122027	42	2.3	43	81	5	103	47	5	5	42	1.47
2121996--2122049	17	3.1	17	81	2	63	46	0	3	50	1.19
2122135--2122207	20	3.4	20	77	17	74	41	5	2	50	1.40
2122111--2122179	29	2.4	29	80	11	79	39	7	1	52	1.38
2122267--2122413	38	3.8	38	86	7	172	43	8	6	42	1.59
2122408--2122563	2	75.5	2	67	19	72	44	6	4	44	1.49
2122267--2122458	18	9.9	20	72	18	122	43	8	5	42	1.58
2122477--2122567	9	10.1	9	70	23	50	43	7	3	45	1.49
2122408--2122579	50	3.4	50	83	11	192	44	6	4	44	1.50
2122503--2122983	18	27.6	18	64	27	79	44	7	4	42	1.53
2122408--2123347	20	48.7	19	64	25	124	43	8	5	42	1.57
2122505--2122596	24	3.8	24	75	18	77	45	5	3	45	1.42
2122657--2123557	69	13.1	67	67	21	225	43	8	5	42	1.58
2122724--2123056	58	6.1	58	68	20	157	42	7	6	42	1.59
2122904--2123711	162	5.1	161	74	15	634	42	8	6	42	1.60
2122657--2123711	18	60.2	18	67	17	388	43	8	6	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2122959--2123745	58	14.9	57	72	20	533	42	8	6	42	1.60
2123119--2123178	31	2.0	31	90	3	86	43	6	8	41	1.61
2123270--2123387	16	7.2	16	69	24	70	44	5	5	44	1.50
2122957--2123710	413	1.8	416	96	2	1406	42	8	6	42	1.60
2123618--2123666	25	2.0	25	87	0	71	42	8	8	40	1.64
2123532--2123745	51	4.0	52	84	9	197	42	8	6	42	1.61
2123805--2123934	61	2.1	62	87	2	183	46	6	11	36	1.65
2124155--2124486	113	3.0	110	86	5	459	28	26	7	36	1.84
2124716--2124749	17	2.0	17	88	0	50	38	44	2	14	1.61
2124691--2124773	40	2.1	40	90	0	130	38	39	4	16	1.70
2124630--2124778	11	13.5	11	73	11	119	36	36	7	18	1.79
2124634--2124777	23	6.5	22	74	14	118	37	36	6	18	1.78
2124763--2124913	29	5.2	29	86	0	185	48	29	1	20	1.58
2124804--2124913	17	7.3	17	63	26	68	49	30	0	19	1.55
2125146--2125282	31	4.4	31	89	0	211	24	6	22	45	1.76
2127409--2127433	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
2127635--2127673	20	2.0	20	89	0	60	12	7	17	61	1.54
2128571--2128611	17	2.4	17	91	0	64	46	4	0	48	1.23
2129698--2129742	22	2.0	22	95	0	81	53	0	31	15	1.43
2130029--2130104	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
2130250--2130287	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
2131473--2131519	15	3.3	15	80	14	55	59	0	2	38	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132987--2133170	95	1.9	95	80	8	214	28	16	15	38	1.90
2133339--2133601	111	2.4	111	90	2	413	27	19	15	36	1.93
2133663--2133707	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
2133738--2134525	113	7.0	113	89	3	1133	28	18	14	38	1.90
2134926--2134983	22	2.6	22	88	0	89	37	13	15	32	1.87
2145357--2145398	13	2.9	16	76	23	56	66	0	0	33	0.92
2149840--2150235	186	2.1	189	90	6	619	43	2	7	46	1.47
2151596--2151641	21	2.2	21	84	7	58	39	15	15	30	1.88
2159332--2159359	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
2164512--2164559	20	2.5	19	75	18	55	29	2	2	66	1.14
2165474--2165540	20	3.3	20	85	0	98	34	22	17	25	1.96
2165454--2165541	40	2.2	40	85	4	115	35	23	14	26	1.94
2165469--2165559	40	2.3	38	78	17	112	38	21	16	23	1.93
2165647--2165697	20	2.5	20	96	0	93	50	31	0	17	1.46
2165727--2165821	22	4.3	22	91	0	127	20	41	17	21	1.91
2166200--2166251	19	2.7	20	85	8	72	15	17	19	48	1.82
2168159--2168200	12	3.5	12	83	6	50	23	0	9	66	1.21
2168344--2168449	21	5.0	22	75	9	103	21	34	17	25	1.96
2168341--2168462	42	2.9	42	84	3	147	22	34	18	25	1.96
2169805--2169836	14	2.3	14	100	0	64	34	0	18	46	1.49
2169816--2170031	64	3.4	64	95	0	369	29	1	16	52	1.54
2170086--2170202	40	2.9	40	74	0	117	36	19	18	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170086--2170194	20	5.4	20	75	0	92	38	20	17	23	1.93
2170212--2170268	29	2.0	29	96	0	105	31	26	15	26	1.96
2171645--2171681	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2172067--2172116	25	2.0	25	88	0	73	46	20	6	28	1.74
2172504--2172539	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
2174815--2174861	24	2.0	24	95	0	85	36	21	21	21	1.96
2174987--2175020	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2174950--2175322	180	2.0	183	93	4	639	30	5	27	37	1.78
2175794--2175831	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
2175965--2176064	20	5.1	20	75	11	73	34	10	23	33	1.88
2175984--2176062	20	3.8	21	80	6	81	31	8	22	36	1.85
2175985--2176064	41	2.0	40	85	2	106	31	10	23	35	1.88
2176049--2176103	20	2.8	20	100	0	110	34	18	20	27	1.95
2176005--2176137	20	6.6	20	81	6	99	30	14	24	31	1.94
2176005--2176137	40	3.3	40	73	5	117	30	14	24	31	1.94
2176146--2176215	20	3.5	20	76	0	77	24	20	20	35	1.96
2176597--2176675	38	2.1	38	84	11	101	51	2	0	45	1.14
2177705--2177897	96	2.0	100	86	4	277	48	16	5	30	1.68
2178294--2178325	16	2.0	16	100	0	64	37	31	18	12	1.88
2179988--2180020	16	2.1	17	88	11	52	30	24	9	36	1.86
2188672--2188720	20	2.5	20	80	6	55	28	2	2	67	1.13
2190244--2190386	60	2.4	59	80	11	157	38	6	25	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193305--2193345	21	2.0	20	90	4	64	63	0	4	31	1.15
2206926--2206975	3	17.0	3	87	4	75	36	2	0	62	1.07
2208630--2208683	22	2.7	20	80	16	58	53	1	0	44	1.11
2213467--2213507	9	4.7	9	87	6	66	78	0	21	0	0.76
2213468--2213507	17	2.4	17	91	0	71	77	0	22	0	0.77
2214001--2214062	32	1.9	32	93	0	106	43	16	19	20	1.88
2216656--2216820	75	2.2	75	91	2	260	29	17	23	29	1.97
2218032--2218086	22	2.5	22	84	0	74	34	20	7	38	1.80
2218284--2218670	113	3.4	114	81	8	394	39	13	17	29	1.88
2218735--2219114	113	3.4	113	86	4	543	38	12	19	29	1.88
2218963--2219331	192	1.9	192	97	1	704	38	12	17	31	1.87
2219433--2219482	3	17.0	3	84	12	68	34	2	0	64	1.05
2222827--2222891	22	2.9	22	74	4	58	47	4	1	46	1.32
2223050--2223129	25	3.0	26	77	17	74	37	2	1	58	1.19
2227140--2227307	85	2.0	85	84	3	221	32	2	10	55	1.46
2227987--2228072	32	2.8	30	83	10	88	23	5	0	70	1.08
2230552--2230883	166	2.0	166	100	0	664	45	12	12	29	1.79
2230981--2231054	21	3.5	21	92	3	114	21	27	16	35	1.94
2230981--2231156	21	8.5	21	75	9	85	30	22	17	30	1.96
2231021--2231174	82	1.9	82	86	2	220	34	19	18	27	1.95
2230980--2231156	41	4.3	40	70	6	113	30	22	16	30	1.96
2231044--2231179	20	6.6	21	73	7	75	37	17	19	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2231021--2231205	82	2.3	82	82	5	214	34	19	17	28	1.95
2231725--2231811	19	4.5	19	82	4	102	47	21	20	10	1.80
2231718--2231811	39	2.4	40	87	3	129	47	20	21	10	1.79
2232391--2232433	21	2.0	22	82	13	54	46	6	2	44	1.43
2233234--2233448	94	2.3	94	95	0	376	20	12	20	46	1.82
2233786--2233852	21	3.2	21	66	6	55	23	32	20	22	1.98
2235378--2235506	33	3.9	33	89	3	181	46	21	19	12	1.82
2235361--2235521	19	9.3	19	71	21	106	45	21	19	13	1.83
2235478--2235521	18	2.4	18	92	3	70	45	25	15	13	1.83
2235518--2235647	19	7.6	19	64	23	83	12	23	19	44	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13