genome.fa.s8194.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008194.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110813_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2426039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793284--793309	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
796648--796720	36	2.0	37	97	2	139	16	31	32	19	1.94
797627--797660	17	2.1	16	89	10	52	20	17	32	29	1.96
797566--797662	39	2.5	39	89	1	151	24	22	28	23	1.99
800199--800276	32	2.4	32	95	0	138	21	19	17	41	1.91
803497--803530	14	2.4	14	85	0	50	67	5	5	20	1.33
803746--803831	43	2.0	43	86	0	118	36	23	9	31	1.86
804926--804967	13	3.2	13	83	6	57	78	2	0	19	0.86
807212--807334	61	2.0	62	98	1	239	33	13	27	26	1.93
807406--807471	3	22.7	3	82	11	75	71	0	0	28	0.87
807413--807463	14	3.6	14	91	2	75	72	0	0	27	0.85
810292--810326	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
811711--811761	26	2.0	26	96	0	93	23	39	15	21	1.92
811776--811831	23	2.4	23	100	0	112	26	23	23	26	2.00
812710--812739	15	2.0	15	93	0	51	40	3	13	43	1.60
815061--815294	49	4.3	49	76	19	225	42	0	11	45	1.43
815113--815215	35	3.2	35	62	25	91	41	0	10	47	1.38
815110--815298	60	3.2	60	91	2	319	41	0	12	46	1.45
815245--815314	25	3.1	22	79	16	63	40	0	11	48	1.39
815266--815313	14	3.6	14	81	16	66	35	0	16	47	1.47
815266--815314	25	2.0	25	95	0	89	36	0	16	46	1.47
815387--815531	21	7.2	20	65	16	68	42	0	11	45	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815380--815535	11	13.1	12	68	22	66	43	0	11	44	1.40
815387--815574	59	3.2	60	91	5	309	42	0	11	46	1.40
815514--815672	48	3.4	48	88	7	229	40	0	11	47	1.39
815623--815692	25	3.1	22	79	16	63	38	0	11	50	1.39
815644--815691	14	3.6	14	81	16	66	35	0	16	47	1.47
815446--816106	333	2.0	328	92	4	1108	40	3	11	44	1.56
815765--816009	60	4.3	59	85	11	343	40	0	11	48	1.38
815053--816005	378	2.5	381	88	5	1447	40	2	11	45	1.53
815871--815950	24	3.3	24	67	19	67	38	0	12	48	1.41
815898--816005	21	5.3	21	69	19	70	41	0	8	50	1.33
815833--816005	58	3.4	48	78	16	193	41	0	10	48	1.37
815882--816009	58	2.2	60	95	1	199	40	0	10	49	1.37
815977--816024	14	3.6	14	81	16	66	35	0	16	47	1.47
815977--816025	25	2.0	25	95	0	89	36	0	16	46	1.47
816347--816528	42	4.3	42	94	0	310	20	20	23	35	1.96
817299--817475	21	8.5	21	79	9	184	23	20	23	32	1.98
817280--817475	41	4.7	42	75	14	176	23	20	22	33	1.97
817280--817475	62	3.2	62	87	2	304	23	20	22	33	1.97
817280--817498	62	3.5	61	82	9	264	24	20	22	33	1.97
817275--817498	124	1.8	124	89	1	351	24	20	22	33	1.97
819714--819744	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
819719--819765	16	3.0	16	84	9	53	59	10	0	29	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820246--820329	26	3.3	26	94	1	143	8	38	8	45	1.65
820904--820975	29	2.5	29	86	0	90	13	23	41	20	1.88
822329--822391	6	10.5	6	100	0	126	0	15	50	33	1.45
822490--822608	21	5.7	21	71	17	86	33	23	21	21	1.97
822474--822601	21	6.1	19	73	18	78	35	22	20	21	1.96
822474--822601	42	3.0	42	88	2	195	35	22	20	21	1.96
828641--828777	68	2.0	67	88	4	204	30	17	11	40	1.85
828894--828923	11	2.7	11	94	0	51	30	0	10	60	1.30
831103--831147	18	2.6	18	89	3	65	0	48	4	46	1.22
844916--844941	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
846679--846728	25	2.0	25	100	0	100	24	4	20	52	1.63
850140--850195	20	2.9	19	76	10	60	41	0	3	55	1.17
850143--850222	38	2.1	39	86	6	110	37	1	2	58	1.19
850163--850224	12	5.0	12	75	11	54	37	1	1	59	1.17
861026--861076	2	25.5	2	95	0	93	49	0	1	49	1.12
872806--872836	16	1.9	16	93	0	53	45	12	3	38	1.59
876721--876834	38	3.0	38	86	0	147	34	15	16	33	1.91
876457--877181	343	2.1	345	89	1	1096	29	18	19	33	1.95
877064--877303	39	6.1	39	88	1	311	30	16	16	37	1.90
877941--877994	23	2.3	23	96	3	99	0	12	0	87	0.56
877953--878002	23	2.2	23	88	0	73	2	12	4	82	0.90
877954--878017	23	2.7	23	83	7	67	1	10	6	81	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877941--877993	1	53.0	1	76	0	52	0	11	0	88	0.51
878814--878855	22	1.9	22	85	9	59	23	9	14	52	1.71
881230--881312	37	2.2	38	91	6	132	15	9	31	43	1.79
883310--883536	121	1.9	121	84	3	305	51	6	10	31	1.61
889395--889456	28	2.2	29	97	2	117	37	6	6	50	1.54
902447--902508	21	3.0	21	85	0	88	33	20	27	17	1.96
902758--902783	13	2.0	13	100	0	52	38	23	23	15	1.92
904414--904479	33	2.0	34	96	3	125	22	13	24	39	1.90
905337--905477	76	1.9	76	89	5	223	28	0	11	59	1.37
906077--906118	17	2.4	18	88	4	59	19	9	0	71	1.13
906172--906213	19	2.3	18	84	12	50	26	4	0	69	1.08
906953--907029	21	3.7	21	87	3	111	20	37	29	11	1.88
907997--908488	248	2.0	244	98	1	948	35	9	22	32	1.87
918173--918206	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
919372--919452	25	3.5	24	67	16	62	35	9	16	38	1.81
919363--919472	45	2.4	45	93	0	184	42	7	13	36	1.72
920934--920990	28	2.0	28	100	0	114	57	7	17	17	1.61
923935--924340	203	2.0	203	92	0	670	39	7	21	32	1.81
924959--925033	20	3.6	19	72	20	62	32	20	24	24	1.98
925960--926109	31	4.9	31	90	1	212	24	17	19	39	1.92
940542--940759	103	2.2	99	84	6	276	33	18	9	38	1.83
940676--940967	69	4.3	68	85	3	363	37	15	8	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
942114--942169	17	3.3	17	97	0	103	53	5	19	21	1.65
943868--943892	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
947290--947377	45	1.9	46	86	4	124	29	17	25	28	1.97
947399--947436	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
954039--954078	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
956067--956157	45	2.0	46	93	2	157	26	19	26	27	1.99
958455--958602	23	6.5	23	86	6	178	22	22	23	31	1.98
958566--958606	21	2.0	21	85	9	57	24	12	26	36	1.91
961924--962072	62	2.4	63	93	1	255	26	19	13	40	1.88
970345--970376	15	2.1	15	94	0	55	40	0	0	59	0.97
971095--971164	31	2.3	31	100	0	140	37	2	0	60	1.12
971064--971186	40	3.1	39	79	12	108	36	2	1	59	1.20
971112--971165	17	3.4	17	70	15	60	37	3	0	59	1.15
972544--972858	40	7.8	40	78	5	208	33	26	11	28	1.91
972545--972917	20	18.6	20	70	12	142	32	26	11	29	1.91
972562--972898	181	1.9	180	80	7	407	31	26	11	30	1.91
973065--973102	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
973700--973727	12	2.3	12	100	0	56	53	32	0	14	1.41
973855--973908	24	2.2	24	87	6	74	22	14	20	42	1.88
975885--975920	18	2.0	18	94	0	63	61	19	2	16	1.47
976173--976231	20	3.0	20	82	9	84	49	15	16	18	1.80
976389--976424	16	2.2	16	90	0	54	66	13	0	19	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
977826--977865	21	1.9	21	94	0	71	22	15	42	20	1.88
978331--978406	21	3.6	21	98	0	143	35	32	13	18	1.89
978516--978625	42	2.6	42	82	4	123	20	17	36	25	1.94
980133--980172	20	2.0	20	90	0	62	50	20	15	15	1.79
980122--980187	34	1.9	34	90	0	105	46	22	15	15	1.82
980155--980186	14	2.3	14	94	0	55	43	25	18	12	1.85
986375--986418	23	1.9	23	90	0	70	52	4	25	18	1.64
988472--988565	36	2.6	36	94	0	161	21	20	19	39	1.93
999367--999399	18	1.9	18	88	11	52	27	6	0	66	1.15
999519--999662	31	4.6	31	84	2	155	37	13	11	36	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13