genome.fa.s8194.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008194.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110813_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2426039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2235521--2235647	33	3.8	33	96	0	227	12	23	18	44	1.84
2235542--2235629	14	5.6	14	70	23	50	12	23	19	44	1.85
2238156--2238209	24	2.2	24	86	0	72	40	18	16	24	1.90
2239194--2239320	33	3.8	33	94	0	218	44	18	23	13	1.85
2239330--2239513	33	5.4	33	73	15	142	13	21	20	45	1.85
2239351--2239481	19	7.4	19	80	16	165	12	22	18	46	1.83
2239351--2239494	52	2.8	52	96	0	261	13	22	18	45	1.84
2241053--2241145	42	2.2	42	86	3	134	21	15	41	21	1.89
2241084--2241141	21	2.8	21	71	10	64	22	13	39	24	1.90
2241483--2241534	20	2.6	19	87	6	68	36	28	13	21	1.91
2241508--2241617	19	5.7	19	84	7	105	40	21	21	16	1.91
2241508--2241553	20	2.3	20	92	0	74	34	26	23	15	1.94
2241547--2241617	19	3.7	19	92	0	106	43	19	19	16	1.88
2241527--2241634	38	2.8	38	81	4	119	39	22	21	16	1.92
2241556--2241634	19	4.2	19	88	3	115	43	20	20	16	1.89
2241624--2241758	19	7.6	19	78	15	146	15	19	20	45	1.86
2241629--2241758	33	3.8	33	81	9	170	15	18	20	46	1.84
2241624--2241758	71	1.9	71	93	0	234	15	19	20	45	1.86
2241745--2241797	20	2.7	20	90	0	79	15	20	24	39	1.91
2242316--2242364	18	2.7	18	90	6	73	16	10	44	28	1.80
2243685--2243742	20	2.9	20	86	0	71	44	22	17	15	1.86
2243998--2244046	22	2.3	21	80	10	55	24	14	40	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2244005--2244048	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
2244235--2244298	20	3.2	20	86	0	92	29	17	23	29	1.97
2244242--2244348	20	5.3	20	76	8	92	26	16	25	31	1.97
2244215--2244350	41	3.3	41	80	10	161	25	16	23	35	1.95
2244275--2244370	41	2.3	41	85	3	122	22	19	21	35	1.96
2244338--2244385	20	2.3	21	85	3	62	20	22	14	41	1.89
2244390--2244474	21	4.1	21	82	13	95	37	14	23	24	1.92
2250431--2250653	36	6.2	36	80	2	214	25	34	23	16	1.95
2254031--2254072	20	2.2	20	95	4	77	30	4	0	64	1.14
2257380--2257603	64	3.5	63	81	7	206	32	20	20	25	1.98
2257913--2257959	12	3.9	12	94	0	76	36	2	23	38	1.67
2258104--2258150	15	3.1	15	100	0	94	14	19	31	34	1.92
2264325--2264548	64	3.5	63	81	7	206	32	20	20	25	1.98
2264857--2264892	12	3.0	12	87	0	54	36	5	22	36	1.78
2265037--2265083	15	3.1	15	100	0	94	14	19	31	34	1.92
2268106--2268135	14	2.2	13	94	5	51	0	16	0	83	0.65
2268315--2268343	13	2.3	13	94	5	51	51	0	0	48	1.00
2273682--2273769	42	2.1	42	82	4	106	23	7	10	57	1.58
2274000--2274038	17	2.3	17	90	0	60	46	2	0	51	1.14
2274009--2274078	23	3.0	23	77	12	70	51	1	1	45	1.18
2274019--2274101	29	3.0	29	72	12	75	50	1	1	46	1.16
2274118--2274203	27	3.1	27	71	18	70	47	1	2	48	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2274372--2274428	25	2.4	25	83	13	68	50	0	1	47	1.11
2274371--2274426	22	2.5	22	80	5	60	51	0	1	46	1.11
2275198--2275258	24	2.5	24	89	0	95	39	14	24	21	1.91
2275341--2275908	260	2.2	250	87	6	793	29	11	17	42	1.84
2278682--2278717	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2278870--2278919	18	2.9	18	88	5	68	36	6	28	30	1.81
2278875--2278919	16	2.6	17	89	6	65	33	6	28	31	1.83
2278909--2279034	44	2.9	44	93	0	216	28	14	21	35	1.92
2279559--2279618	26	2.2	28	94	5	106	45	35	8	11	1.71
2279738--2280215	248	1.9	246	88	7	714	37	26	11	24	1.89
2280620--2280671	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2280660--2280794	20	6.7	20	78	7	112	34	23	17	24	1.96
2280657--2280788	61	2.2	61	85	0	174	36	23	16	23	1.94
2280962--2281005	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2281268--2281326	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
2281463--2281517	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
2282646--2282690	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2283284--2283337	14	3.5	14	73	22	54	11	16	22	50	1.77
2283261--2283353	33	2.8	33	95	1	161	13	18	20	47	1.82
2283256--2283353	18	5.8	17	69	23	73	13	18	20	47	1.81
2283340--2283393	20	2.7	20	91	0	81	14	20	24	40	1.90
2283759--2283847	42	2.1	42	85	0	124	21	43	14	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2285263--2285298	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2285425--2285469	14	2.7	18	70	29	53	46	20	20	13	1.83
2285488--2285563	20	3.8	20	72	6	73	17	19	21	42	1.90
2285476--2285579	40	2.9	34	76	15	109	15	22	22	40	1.91
2285777--2285868	20	4.6	20	73	2	76	20	18	21	39	1.93
2285853--2285904	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
2286101--2286134	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
2286689--2286742	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
2286917--2286961	3	15.0	3	85	0	63	73	0	26	0	0.84
2286917--2286965	12	4.1	12	100	0	98	73	0	26	0	0.83
2289256--2289380	33	3.8	33	86	4	189	43	19	21	16	1.88
2289257--2289380	66	1.9	66	98	0	239	42	19	21	16	1.89
2289256--2289386	19	7.7	19	65	26	96	42	19	22	16	1.89
2289545--2289581	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2290927--2291132	42	4.9	41	74	9	173	22	18	36	21	1.95
2290957--2291132	84	2.1	84	100	0	352	23	17	38	21	1.93
2290927--2291077	21	7.2	21	62	10	58	21	19	37	22	1.95
2291351--2291535	91	2.0	93	91	6	306	48	19	11	21	1.80
2293271--2293326	14	3.6	14	74	21	58	39	25	25	10	1.87
2293247--2293343	33	2.9	33	93	1	158	41	21	24	12	1.88
2293222--2293348	20	7.1	19	69	20	85	42	19	24	13	1.87
2293344--2293388	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2293930--2293969	20	2.0	20	100	0	80	30	20	30	20	1.97
2293990--2294043	20	2.7	20	91	0	90	25	16	24	33	1.96
2294114--2294154	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
2302658--2302688	11	2.8	11	95	0	53	64	9	9	16	1.48
2308858--2308909	23	2.3	24	70	12	56	17	21	40	21	1.91
2321835--2321995	61	2.6	61	94	0	268	24	16	29	29	1.97
2322119--2322252	48	2.7	48	80	13	139	41	5	20	32	1.77
2326389--2326460	24	3.1	24	73	15	71	66	0	20	12	1.24
2339117--2339165	23	2.1	23	85	7	64	59	12	2	26	1.44
2345272--2345320	23	2.1	23	85	7	64	57	14	2	26	1.48
2348130--2348188	13	4.6	13	76	17	52	66	5	1	27	1.22
2348607--2348656	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2360590--2360617	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
2360971--2361095	31	4.0	31	85	0	160	22	15	20	41	1.89
2361802--2361845	21	2.0	21	83	12	54	27	20	27	25	1.99
2363476--2363567	18	4.9	18	84	7	121	18	20	32	28	1.96
2363476--2363567	39	2.5	36	85	5	121	18	20	32	28	1.96
2363970--2364009	21	1.9	21	90	10	64	52	0	20	27	1.46
2368863--2368903	21	1.9	21	85	5	55	53	0	17	29	1.44
2370671--2370701	16	1.9	16	93	0	53	45	12	3	38	1.59
2373992--2374190	36	5.3	36	68	10	123	31	16	12	39	1.85
2374043--2374162	40	3.1	38	69	9	100	34	15	10	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374001--2374238	76	3.1	76	86	6	306	31	16	13	39	1.86
2374241--2374380	39	3.6	39	84	0	192	30	16	15	37	1.90
2375173--2375224	17	3.4	17	70	25	60	53	3	11	30	1.54
2375163--2375223	29	2.1	30	96	3	115	59	3	9	27	1.45
2375475--2375768	39	7.6	39	90	2	400	28	20	16	33	1.95
2375788--2375869	36	2.3	35	87	4	110	29	18	14	37	1.90
2375699--2375897	101	2.0	101	90	0	317	30	19	13	37	1.90
2375933--2376082	30	4.8	30	76	9	138	26	23	14	36	1.93
2376069--2376120	16	2.9	17	70	25	52	28	25	11	34	1.91
2375933--2376119	96	1.9	97	87	1	277	26	23	14	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13